ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53778

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 3, 3, 8, 5, 8, 7, 2, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.016, 0.042, 0.067, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.042 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.041, 0.079, 0.116, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.079 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.049, 0.164, 0.279, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.164 std_dev=0.115
C2' A 0, 0.084, 0.222, 0.359, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.222 std_dev=0.138
C4' A 0, 0.091, 0.266, 0.442, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.266 std_dev=0.176
O2' A 0, 0.139, 0.328, 0.517, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.328 std_dev=0.189
C3' A 0, 0.133, 0.335, 0.537, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.335 std_dev=0.202
C6 B 0, 0.218, 0.442, 0.666, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.442 std_dev=0.224
C5 B 0, 0.215, 0.462, 0.709, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.462 std_dev=0.247
N1 B 0, 0.336, 0.620, 0.903, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.620 std_dev=0.284
O5' B 0, 0.225, 0.523, 0.820, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.523 std_dev=0.297
O3' A 0, 0.204, 0.503, 0.801, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.503 std_dev=0.298
C4 B 0, 0.235, 0.539, 0.842, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.539 std_dev=0.303
C2 B 0, 0.432, 0.740, 1.047, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.740 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.342, 0.653, 0.964, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.653 std_dev=0.311
O4' B 0, 0.402, 0.713, 1.025, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.713 std_dev=0.311
C5' A 0, 0.180, 0.509, 0.837, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.509 std_dev=0.329
C5' B 0, 0.294, 0.630, 0.966, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.630 std_dev=0.336
P B 0, 0.268, 0.627, 0.986, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.627 std_dev=0.359
C4' B 0, 0.356, 0.728, 1.100, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.728 std_dev=0.372
C1' B 0, 0.459, 0.832, 1.206, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.832 std_dev=0.374
N4 B 0, 0.308, 0.694, 1.079, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.694 std_dev=0.385
OP2 B 0, 0.343, 0.743, 1.143, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.743 std_dev=0.400
O2 B 0, 0.575, 0.993, 1.411, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.993 std_dev=0.418
C3' B 0, 0.299, 0.785, 1.271, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.785 std_dev=0.486
C2' B 0, 0.483, 0.992, 1.501, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.992 std_dev=0.509
OP1 B 0, 0.326, 0.843, 1.360, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.843 std_dev=0.517
O2' B 0, 0.700, 1.318, 1.936, 2.626 max_d=2.626 avg_d=1.318 std_dev=0.618
O3' B 0, 0.381, 1.010, 1.639, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.010 std_dev=0.629
O5' A 0, 0.195, 0.895, 1.595, 2.764 max_d=2.764 avg_d=0.895 std_dev=0.700
P A 0, 0.842, 2.003, 3.165, 4.947 max_d=4.947 avg_d=2.003 std_dev=1.162
OP1 A 0, 1.231, 2.503, 3.774, 5.443 max_d=5.443 avg_d=2.503 std_dev=1.272
OP2 A 0, 1.066, 2.469, 3.871, 6.190 max_d=6.190 avg_d=2.469 std_dev=1.403

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.29 0.33 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.29 0.22 0.72 0.37
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.05 0.13 0.00 0.02 0.01 0.20 0.27 0.32 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.13 0.05 0.08 0.10 0.13 0.02 0.01 0.01 0.30 0.19 0.32 0.18
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.42 0.51 1.08 0.67
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.08 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.34 0.17 0.13
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04 0.44 0.58 1.09 0.72
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.11 0.16 0.07 0.05 0.06 0.01 0.01 0.07 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.04 0.38 0.39 0.85 0.55
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.27 0.21 0.63 0.34
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.37 0.34 0.92 0.53
N4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.04 0.45 0.62 1.21 0.77
O2 0.03 0.00 0.13 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.15 0.04 0.23 0.24 0.59 0.25
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.06 0.14 0.00 0.05 0.05 0.06 0.57 0.18 0.19
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.10 0.03 0.15 0.06 0.14 0.05 0.08 0.12 0.15 0.05 0.00 0.02 0.27 0.33 0.29 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.10 0.35 0.23 0.14
O5' 0.11 0.29 0.20 0.30 0.42 0.02 0.44 0.01 0.38 0.27 0.37 0.45 0.23 0.06 0.27 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.22 0.27 0.19 0.51 0.34 0.58 0.07 0.39 0.21 0.34 0.62 0.24 0.57 0.33 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.72 0.32 0.32 1.08 0.17 1.09 0.21 0.85 0.63 0.92 1.21 0.59 0.18 0.29 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.37 0.10 0.18 0.67 0.13 0.72 0.02 0.55 0.34 0.53 0.77 0.25 0.19 0.14 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.32 0.23 0.19 0.26 0.20 0.21 0.21 0.19 0.25 0.32 0.27 0.36 0.25 0.19 0.23 0.15 0.05 0.10 0.04
C2 0.35 0.39 0.33 0.26 0.21 0.26 0.17 0.22 0.17 0.29 0.34 0.22 0.48 0.39 0.27 0.29 0.17 0.11 0.14 0.09
C2' 0.23 0.26 0.20 0.18 0.23 0.18 0.21 0.21 0.20 0.22 0.26 0.24 0.29 0.20 0.19 0.21 0.17 0.09 0.10 0.08
C3' 0.21 0.27 0.17 0.13 0.29 0.12 0.26 0.11 0.22 0.23 0.29 0.31 0.27 0.16 0.14 0.21 0.06 0.02 0.07 0.01
C4 0.31 0.41 0.30 0.20 0.17 0.20 0.19 0.17 0.16 0.27 0.37 0.21 0.53 0.36 0.21 0.24 0.16 0.15 0.28 0.16
C4' 0.22 0.31 0.17 0.13 0.35 0.12 0.30 0.11 0.24 0.25 0.35 0.39 0.32 0.17 0.14 0.20 0.05 0.08 0.14 0.07
C5 0.27 0.39 0.23 0.17 0.27 0.16 0.19 0.19 0.18 0.26 0.41 0.28 0.47 0.27 0.17 0.20 0.19 0.22 0.34 0.22
C5' 0.26 0.38 0.23 0.19 0.46 0.15 0.40 0.12 0.32 0.31 0.44 0.52 0.37 0.20 0.20 0.22 0.12 0.18 0.25 0.16
C6 0.25 0.37 0.21 0.16 0.29 0.16 0.19 0.20 0.18 0.25 0.39 0.31 0.43 0.24 0.17 0.20 0.18 0.19 0.29 0.20
N1 0.28 0.36 0.25 0.19 0.25 0.19 0.18 0.19 0.18 0.27 0.35 0.26 0.42 0.28 0.18 0.23 0.14 0.07 0.17 0.08
N3 0.36 0.41 0.35 0.26 0.18 0.26 0.18 0.21 0.15 0.28 0.34 0.23 0.55 0.43 0.27 0.28 0.17 0.11 0.19 0.11
N4 0.32 0.40 0.32 0.22 0.15 0.21 0.23 0.18 0.18 0.26 0.34 0.25 0.56 0.40 0.23 0.24 0.17 0.18 0.31 0.19
O2 0.40 0.38 0.40 0.35 0.22 0.35 0.19 0.30 0.21 0.31 0.32 0.23 0.48 0.46 0.37 0.36 0.25 0.21 0.13 0.16
O2' 0.28 0.28 0.28 0.27 0.23 0.28 0.22 0.29 0.23 0.25 0.26 0.24 0.31 0.29 0.29 0.28 0.23 0.14 0.09 0.12
O3' 0.18 0.19 0.12 0.10 0.24 0.11 0.23 0.08 0.18 0.18 0.22 0.27 0.20 0.13 0.13 0.20 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.25 0.34 0.20 0.15 0.34 0.16 0.27 0.16 0.22 0.26 0.37 0.38 0.37 0.21 0.15 0.21 0.08 0.05 0.13 0.04
O5' 0.52 0.58 0.54 0.52 0.64 0.44 0.65 0.40 0.61 0.57 0.61 0.65 0.56 0.50 0.52 0.47 0.48 0.40 0.65 0.46
OP1 0.40 0.60 0.45 0.44 0.80 0.31 0.74 0.31 0.58 0.52 0.73 0.94 0.56 0.39 0.47 0.32 0.37 0.39 0.68 0.38
OP2 0.94 1.14 0.99 0.90 1.29 0.72 1.23 0.58 1.09 1.06 1.23 1.37 1.11 0.93 0.88 0.78 0.70 0.49 0.81 0.56
P 0.60 0.79 0.64 0.59 0.95 0.42 0.91 0.32 0.77 0.72 0.88 1.04 0.75 0.57 0.57 0.47 0.46 0.30 0.69 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.11 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.11 0.03 0.12 0.12 0.15 0.13
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.06 0.12 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.08 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.02 0.12 0.07 0.11 0.13 0.11 0.02 0.01 0.01 0.07 0.12 0.10 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.16 0.03 0.18 0.19 0.22 0.20
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.17 0.03 0.19 0.20 0.21 0.20
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.10 0.15 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.03 0.16 0.15 0.15 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.11 0.11 0.13 0.11
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.14 0.03 0.15 0.16 0.19 0.17
N4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.03 0.20 0.22 0.25 0.23
O2 0.03 0.00 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.14 0.05 0.10 0.10 0.14 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.07 0.05 0.12 0.00 0.08 0.04 0.05 0.11 0.06 0.05
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.16 0.02 0.17 0.04 0.14 0.07 0.14 0.18 0.14 0.08 0.00 0.02 0.13 0.22 0.21 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.08 0.09 0.15 0.12
O5' 0.06 0.12 0.05 0.07 0.18 0.02 0.19 0.01 0.16 0.11 0.15 0.20 0.10 0.05 0.13 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.12 0.09 0.12 0.19 0.06 0.20 0.06 0.15 0.11 0.16 0.22 0.10 0.11 0.22 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.15 0.08 0.10 0.22 0.04 0.21 0.02 0.15 0.13 0.19 0.25 0.14 0.06 0.21 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.13 0.05 0.08 0.20 0.03 0.20 0.02 0.15 0.11 0.17 0.23 0.11 0.05 0.17 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00