ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53781

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 2, 3, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.019, 0.031, 0.044, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.032, 0.059, 0.087, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.059 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.022, 0.053, 0.085, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.053 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.029, 0.237, 0.445, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.237 std_dev=0.208
C2' A 0, 0.039, 0.285, 0.530, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.285 std_dev=0.246
N3 B 0, 0.555, 0.858, 1.160, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.858 std_dev=0.302
C2 B 0, 0.472, 0.786, 1.100, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.786 std_dev=0.314
N1 B 0, 0.552, 0.882, 1.211, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.882 std_dev=0.329
C4 B 0, 0.663, 0.995, 1.326, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.995 std_dev=0.331
O4' B 0, 0.627, 0.967, 1.306, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.967 std_dev=0.340
C6 B 0, 0.698, 1.039, 1.381, 1.446 max_d=1.446 avg_d=1.039 std_dev=0.342
O2 B 0, 0.379, 0.721, 1.064, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.721 std_dev=0.343
C5 B 0, 0.741, 1.089, 1.436, 1.590 max_d=1.590 avg_d=1.089 std_dev=0.348
C5' B 0, 0.647, 1.010, 1.372, 1.485 max_d=1.485 avg_d=1.010 std_dev=0.363
C4' A 0, -0.031, 0.344, 0.719, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.344 std_dev=0.375
C1' B 0, 0.591, 0.970, 1.350, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.970 std_dev=0.379
C3' A 0, 0.065, 0.455, 0.845, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.455 std_dev=0.390
C4' B 0, 0.708, 1.113, 1.518, 1.611 max_d=1.611 avg_d=1.113 std_dev=0.405
N4 B 0, 0.698, 1.109, 1.520, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.109 std_dev=0.411
O5' A 0, 0.220, 0.644, 1.069, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.644 std_dev=0.425
O2' A 0, 0.000, 0.428, 0.855, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.428 std_dev=0.427
C5' A 0, 0.110, 0.586, 1.062, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.586 std_dev=0.476
C2' B 0, 0.696, 1.209, 1.722, 1.945 max_d=1.945 avg_d=1.209 std_dev=0.513
C3' B 0, 0.776, 1.290, 1.805, 1.910 max_d=1.910 avg_d=1.290 std_dev=0.515
P A 0, 0.457, 0.993, 1.530, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.993 std_dev=0.537
O3' A 0, 0.170, 0.760, 1.350, 2.776 max_d=2.776 avg_d=0.760 std_dev=0.590
OP1 A 0, 0.578, 1.195, 1.812, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.195 std_dev=0.617
O5' B 0, 0.438, 1.075, 1.711, 3.158 max_d=3.158 avg_d=1.075 std_dev=0.636
O2' B 0, 0.685, 1.350, 2.015, 2.381 max_d=2.381 avg_d=1.350 std_dev=0.665
OP2 A 0, 0.573, 1.254, 1.935, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.254 std_dev=0.681
OP2 B 0, 0.410, 1.102, 1.793, 3.403 max_d=3.403 avg_d=1.102 std_dev=0.691
P B 0, 0.308, 1.007, 1.705, 3.428 max_d=3.428 avg_d=1.007 std_dev=0.698
O3' B 0, 0.935, 1.643, 2.350, 2.600 max_d=2.600 avg_d=1.643 std_dev=0.707
OP1 B 0, 0.256, 1.159, 2.062, 4.359 max_d=4.359 avg_d=1.159 std_dev=0.903

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.15 0.00 0.13 0.17 0.25 0.17
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.08 0.17 0.21 0.40 0.26
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.10 0.13 0.02 0.08 0.05 0.20 0.00 0.02 0.01 0.23 0.37 0.37 0.31
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.20 0.01 0.22 0.02 0.20 0.13 0.16 0.21 0.11 0.02 0.01 0.02 0.06 0.24 0.13 0.13
C4 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.11 0.02 0.22 0.35 0.55 0.37
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.15 0.05 0.03 0.09 0.09 0.17 0.02 0.00 0.02 0.12 0.05 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.22 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.17 0.08 0.26 0.39 0.54 0.40
C5' 0.04 0.07 0.10 0.02 0.11 0.01 0.18 0.00 0.17 0.06 0.07 0.12 0.12 0.07 0.11 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.20 0.01 0.15 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.14 0.11 0.24 0.29 0.42 0.32
N1 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.04 0.01 0.17 0.19 0.35 0.24
N3 0.01 0.00 0.08 0.16 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.07 0.06 0.19 0.27 0.48 0.31
N4 0.01 0.01 0.05 0.21 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.14 0.03 0.23 0.41 0.60 0.40
O2 0.05 0.01 0.20 0.11 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.19 0.14 0.17 0.19 0.36 0.24
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.23 0.17 0.30 0.07 0.28 0.12 0.13 0.25 0.19 0.00 0.05 0.12 0.16 0.34 0.43 0.28
O3' 0.15 0.09 0.02 0.01 0.11 0.02 0.17 0.11 0.14 0.04 0.07 0.14 0.19 0.05 0.00 0.10 0.19 0.23 0.26 0.20
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.06 0.03 0.14 0.12 0.10 0.00 0.12 0.09 0.22 0.16
O5' 0.13 0.17 0.23 0.06 0.22 0.02 0.26 0.01 0.24 0.17 0.19 0.23 0.17 0.16 0.19 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.17 0.21 0.37 0.24 0.35 0.12 0.39 0.07 0.29 0.19 0.27 0.41 0.19 0.34 0.23 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.40 0.37 0.13 0.55 0.05 0.54 0.02 0.42 0.35 0.48 0.60 0.36 0.43 0.26 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.26 0.31 0.13 0.37 0.04 0.40 0.02 0.32 0.24 0.31 0.40 0.24 0.28 0.20 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.20 0.18 0.13 0.20 0.18 0.25 0.23 0.20 0.17 0.18 0.25 0.26 0.26 0.14 0.22 0.30 0.18 0.21 0.20
C2 0.22 0.20 0.19 0.13 0.26 0.18 0.27 0.22 0.18 0.15 0.21 0.34 0.28 0.29 0.14 0.20 0.24 0.12 0.16 0.12
C2' 0.32 0.28 0.27 0.22 0.23 0.25 0.25 0.26 0.24 0.27 0.24 0.23 0.33 0.32 0.23 0.32 0.20 0.10 0.26 0.12
C3' 0.34 0.35 0.30 0.28 0.38 0.24 0.40 0.22 0.37 0.35 0.36 0.40 0.35 0.29 0.27 0.33 0.11 0.03 0.06 0.01
C4 0.22 0.21 0.18 0.17 0.18 0.20 0.19 0.24 0.13 0.17 0.17 0.32 0.28 0.24 0.18 0.23 0.22 0.17 0.28 0.18
C4' 0.25 0.24 0.20 0.19 0.30 0.18 0.34 0.21 0.29 0.24 0.26 0.35 0.26 0.23 0.20 0.26 0.07 0.09 0.10 0.04
C5 0.23 0.23 0.19 0.21 0.16 0.22 0.17 0.26 0.15 0.20 0.19 0.24 0.28 0.22 0.22 0.24 0.25 0.22 0.31 0.22
C5' 0.26 0.24 0.23 0.25 0.33 0.21 0.38 0.25 0.32 0.26 0.26 0.39 0.24 0.23 0.28 0.28 0.11 0.26 0.26 0.20
C6 0.23 0.21 0.18 0.19 0.17 0.22 0.19 0.26 0.15 0.19 0.18 0.23 0.27 0.22 0.21 0.24 0.24 0.15 0.21 0.16
N1 0.22 0.19 0.17 0.15 0.20 0.19 0.24 0.24 0.17 0.16 0.18 0.27 0.26 0.25 0.15 0.22 0.23 0.08 0.13 0.09
N3 0.21 0.19 0.18 0.14 0.25 0.18 0.25 0.22 0.14 0.14 0.20 0.38 0.28 0.27 0.14 0.21 0.21 0.11 0.21 0.12
N4 0.23 0.22 0.19 0.19 0.19 0.21 0.19 0.24 0.15 0.18 0.18 0.33 0.29 0.24 0.20 0.23 0.24 0.22 0.34 0.23
O2 0.24 0.23 0.24 0.15 0.30 0.18 0.31 0.20 0.23 0.19 0.27 0.37 0.31 0.35 0.17 0.19 0.30 0.22 0.20 0.20
O2' 0.27 0.29 0.22 0.15 0.41 0.15 0.49 0.24 0.41 0.29 0.33 0.45 0.30 0.29 0.15 0.23 0.32 0.22 0.61 0.32
O3' 0.30 0.28 0.24 0.24 0.31 0.21 0.34 0.20 0.32 0.29 0.29 0.33 0.28 0.24 0.24 0.32 0.02 0.02 0.01 0.00
O4' 0.23 0.19 0.16 0.08 0.22 0.14 0.27 0.17 0.20 0.17 0.18 0.29 0.25 0.26 0.09 0.22 0.21 0.11 0.11 0.10
O5' 0.26 0.26 0.25 0.28 0.38 0.23 0.41 0.25 0.34 0.28 0.31 0.44 0.24 0.24 0.32 0.27 0.20 0.38 0.38 0.30
OP1 0.27 0.28 0.26 0.28 0.41 0.27 0.42 0.29 0.34 0.28 0.34 0.50 0.25 0.27 0.34 0.31 0.24 0.51 0.30 0.32
OP2 0.30 0.34 0.32 0.33 0.45 0.28 0.44 0.30 0.37 0.33 0.39 0.54 0.31 0.30 0.38 0.30 0.33 0.62 0.54 0.45
P 0.27 0.28 0.26 0.28 0.41 0.24 0.42 0.26 0.35 0.29 0.34 0.49 0.26 0.25 0.33 0.28 0.23 0.49 0.40 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.09 0.12 0.18 0.15
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.03 0.20 0.21 0.25 0.22
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.04 0.13 0.00 0.02 0.01 0.15 0.18 0.12 0.14
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.02 0.11 0.05 0.07 0.07 0.11 0.02 0.01 0.01 0.21 0.26 0.14 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.29 0.31 0.34 0.31
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.09 0.13 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.04 0.31 0.32 0.34 0.32
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.08 0.12 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.11 0.19 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.11 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.05 0.26 0.26 0.26 0.27
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.19 0.20 0.22 0.21
N3 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.25 0.26 0.30 0.27
N4 0.03 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.03 0.31 0.34 0.38 0.34
O2 0.03 0.00 0.13 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.13 0.06 0.16 0.18 0.23 0.19
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.07 0.05 0.13 0.00 0.05 0.04 0.07 0.12 0.11 0.08
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.02 0.12 0.05 0.08 0.11 0.13 0.05 0.00 0.02 0.21 0.34 0.23 0.23
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.11 0.13 0.23 0.19
O5' 0.09 0.20 0.15 0.21 0.29 0.03 0.31 0.01 0.26 0.19 0.25 0.31 0.16 0.07 0.21 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.21 0.18 0.26 0.31 0.09 0.32 0.11 0.26 0.20 0.26 0.34 0.18 0.12 0.34 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.25 0.12 0.14 0.34 0.13 0.34 0.19 0.26 0.22 0.30 0.38 0.23 0.11 0.23 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.22 0.14 0.18 0.31 0.05 0.32 0.02 0.27 0.21 0.27 0.34 0.19 0.08 0.23 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00