ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53782

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 2, 4, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.032, 0.062, 0.093, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.062 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.027, 0.058, 0.089, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.058 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.031, 0.141, 0.250, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.141 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.035, 0.157, 0.279, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.157 std_dev=0.122
C4' A 0, 0.102, 0.253, 0.403, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.253 std_dev=0.151
O2' A 0, 0.095, 0.264, 0.434, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.264 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.167, 0.337, 0.507, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.337 std_dev=0.170
C3' A 0, 0.083, 0.255, 0.428, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.255 std_dev=0.172
C1' B 0, 0.159, 0.371, 0.584, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.371 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.199, 0.432, 0.665, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.432 std_dev=0.233
O3' A 0, 0.118, 0.366, 0.614, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.366 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.186, 0.440, 0.694, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.440 std_dev=0.254
C2' B 0, 0.178, 0.444, 0.711, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.444 std_dev=0.267
N3 B 0, 0.256, 0.531, 0.806, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.531 std_dev=0.275
C5' A 0, 0.196, 0.485, 0.774, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.485 std_dev=0.289
C4 B 0, 0.223, 0.528, 0.834, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.528 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.155, 0.469, 0.783, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.469 std_dev=0.314
C5 B 0, 0.203, 0.521, 0.839, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.521 std_dev=0.318
O2' B 0, 0.249, 0.569, 0.888, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.569 std_dev=0.320
O2 B 0, 0.206, 0.549, 0.892, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.549 std_dev=0.343
O5' B 0, 0.168, 0.527, 0.886, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.527 std_dev=0.359
C3' B 0, 0.173, 0.550, 0.927, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.550 std_dev=0.377
P B 0, 0.147, 0.535, 0.922, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.535 std_dev=0.388
C4' B 0, 0.169, 0.560, 0.952, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.560 std_dev=0.391
N4 B 0, 0.280, 0.684, 1.089, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.684 std_dev=0.404
OP2 B 0, 0.205, 0.643, 1.081, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.643 std_dev=0.438
O3' B 0, 0.229, 0.725, 1.222, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.725 std_dev=0.496
OP1 B 0, 0.242, 0.772, 1.301, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.772 std_dev=0.530
C5' B 0, 0.131, 0.674, 1.217, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.674 std_dev=0.543
O5' A 0, 0.192, 0.784, 1.376, 2.216 max_d=2.216 avg_d=0.784 std_dev=0.592
P A 0, 0.273, 1.089, 1.905, 2.781 max_d=2.781 avg_d=1.089 std_dev=0.816
OP2 A 0, 0.291, 1.236, 2.181, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.236 std_dev=0.945
OP1 A 0, 0.392, 1.371, 2.349, 3.616 max_d=3.616 avg_d=1.371 std_dev=0.979

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.25 0.36 0.22 0.23
C2 0.03 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.09 0.03 0.41 0.44 0.48 0.40
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.07 0.12 0.01 0.02 0.01 0.21 0.30 0.22 0.18
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.03 0.11 0.05 0.09 0.08 0.13 0.03 0.01 0.01 0.27 0.31 0.22 0.23
C4 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.08 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.04 0.55 0.59 0.70 0.58
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.07 0.09 0.07 0.07 0.04 0.00 0.01 0.27 0.17 0.08
C5 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.13 0.05 0.59 0.61 0.69 0.60
C5' 0.04 0.14 0.03 0.03 0.21 0.01 0.22 0.00 0.18 0.13 0.18 0.23 0.11 0.07 0.05 0.02 0.01 0.24 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.05 0.54 0.53 0.53 0.50
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.42 0.43 0.42 0.38
N3 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.10 0.03 0.48 0.51 0.61 0.49
N4 0.03 0.02 0.07 0.08 0.01 0.09 0.02 0.23 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.11 0.11 0.05 0.58 0.64 0.78 0.63
O2 0.05 0.01 0.12 0.13 0.02 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.16 0.14 0.05 0.34 0.40 0.42 0.33
O2' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.09 0.07 0.05 0.07 0.03 0.05 0.12 0.11 0.16 0.00 0.06 0.07 0.09 0.32 0.11 0.14
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.10 0.04 0.13 0.05 0.12 0.05 0.10 0.11 0.14 0.06 0.00 0.04 0.28 0.29 0.26 0.24
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.07 0.04 0.00 0.23 0.39 0.19 0.23
O5' 0.25 0.41 0.21 0.27 0.55 0.01 0.59 0.01 0.54 0.42 0.48 0.58 0.34 0.09 0.28 0.23 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.36 0.44 0.30 0.31 0.59 0.27 0.61 0.24 0.53 0.43 0.51 0.64 0.40 0.32 0.29 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.48 0.22 0.22 0.70 0.17 0.69 0.31 0.53 0.42 0.61 0.78 0.42 0.11 0.26 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.40 0.18 0.23 0.58 0.08 0.60 0.02 0.50 0.38 0.49 0.63 0.33 0.14 0.24 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.29 0.19 0.20 0.34 0.16 0.35 0.18 0.26 0.23 0.32 0.39 0.33 0.21 0.18 0.18 0.17 0.06 0.12 0.04
C2 0.19 0.31 0.18 0.16 0.26 0.13 0.24 0.12 0.19 0.20 0.32 0.27 0.38 0.18 0.15 0.15 0.19 0.10 0.22 0.09
C2' 0.19 0.29 0.19 0.22 0.36 0.17 0.37 0.22 0.30 0.25 0.32 0.39 0.30 0.19 0.19 0.18 0.19 0.10 0.10 0.07
C3' 0.20 0.34 0.23 0.27 0.49 0.15 0.51 0.18 0.41 0.32 0.42 0.53 0.30 0.18 0.24 0.16 0.11 0.02 0.07 0.02
C4 0.17 0.25 0.17 0.20 0.23 0.17 0.23 0.20 0.20 0.16 0.30 0.29 0.31 0.17 0.19 0.18 0.19 0.14 0.33 0.16
C4' 0.18 0.33 0.20 0.26 0.52 0.16 0.54 0.22 0.41 0.30 0.43 0.59 0.30 0.17 0.24 0.16 0.11 0.07 0.12 0.06
C5 0.17 0.24 0.18 0.22 0.28 0.20 0.22 0.21 0.19 0.16 0.31 0.37 0.29 0.17 0.22 0.21 0.21 0.21 0.37 0.21
C5' 0.25 0.47 0.29 0.32 0.70 0.16 0.69 0.18 0.53 0.41 0.59 0.80 0.40 0.22 0.30 0.18 0.14 0.15 0.22 0.13
C6 0.18 0.27 0.18 0.21 0.33 0.18 0.28 0.15 0.19 0.18 0.33 0.41 0.31 0.18 0.21 0.20 0.20 0.18 0.33 0.19
N1 0.19 0.30 0.18 0.18 0.32 0.14 0.30 0.09 0.22 0.21 0.33 0.37 0.34 0.19 0.17 0.17 0.17 0.06 0.22 0.08
N3 0.17 0.29 0.17 0.17 0.22 0.15 0.19 0.16 0.17 0.17 0.31 0.24 0.36 0.18 0.16 0.15 0.19 0.11 0.27 0.11
N4 0.18 0.21 0.18 0.22 0.23 0.21 0.30 0.26 0.26 0.17 0.26 0.28 0.28 0.20 0.22 0.21 0.21 0.17 0.35 0.17
O2 0.23 0.33 0.22 0.19 0.23 0.19 0.23 0.23 0.21 0.23 0.30 0.23 0.41 0.22 0.19 0.20 0.24 0.21 0.20 0.15
O2' 0.27 0.32 0.26 0.27 0.32 0.27 0.33 0.40 0.28 0.27 0.31 0.34 0.36 0.28 0.26 0.28 0.23 0.19 0.08 0.12
O3' 0.21 0.32 0.25 0.31 0.46 0.18 0.48 0.26 0.40 0.31 0.40 0.51 0.28 0.18 0.28 0.17 0.03 0.02 0.02 0.01
O4' 0.18 0.30 0.18 0.21 0.42 0.15 0.44 0.19 0.32 0.24 0.36 0.50 0.31 0.19 0.19 0.17 0.15 0.04 0.11 0.03
O5' 0.42 0.54 0.41 0.41 0.63 0.37 0.57 0.33 0.47 0.47 0.61 0.71 0.55 0.41 0.42 0.40 0.38 0.44 0.50 0.41
OP1 0.46 0.64 0.48 0.50 0.80 0.41 0.74 0.40 0.59 0.56 0.75 0.92 0.62 0.47 0.53 0.42 0.44 0.49 0.62 0.45
OP2 0.56 0.73 0.57 0.52 0.86 0.48 0.75 0.47 0.64 0.64 0.83 0.97 0.73 0.53 0.53 0.52 0.44 0.48 0.57 0.43
P 0.43 0.59 0.44 0.43 0.72 0.38 0.64 0.35 0.52 0.50 0.68 0.82 0.58 0.41 0.46 0.40 0.39 0.45 0.55 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.15 0.16 0.26 0.15
C2 0.02 0.00 0.06 0.16 0.01 0.08 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.04 0.27 0.28 0.43 0.31
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.03 0.09 0.04 0.09 0.04 0.07 0.08 0.10 0.00 0.04 0.01 0.21 0.21 0.27 0.20
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.25 0.01 0.27 0.05 0.24 0.16 0.21 0.27 0.12 0.03 0.01 0.02 0.29 0.27 0.23 0.25
C4 0.02 0.01 0.08 0.25 0.00 0.16 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.28 0.04 0.37 0.42 0.55 0.44
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.16 0.00 0.18 0.01 0.17 0.09 0.12 0.17 0.04 0.13 0.03 0.00 0.03 0.15 0.18 0.04
C5 0.02 0.02 0.09 0.27 0.01 0.18 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.31 0.05 0.38 0.42 0.53 0.45
C5' 0.05 0.18 0.04 0.05 0.33 0.01 0.36 0.00 0.31 0.19 0.26 0.36 0.11 0.12 0.07 0.03 0.01 0.14 0.27 0.03
C6 0.01 0.01 0.09 0.24 0.01 0.17 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.26 0.05 0.33 0.34 0.42 0.36
N1 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.13 0.02 0.25 0.25 0.37 0.28
N3 0.03 0.01 0.07 0.21 0.00 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.20 0.04 0.32 0.35 0.51 0.38
N4 0.02 0.01 0.08 0.27 0.00 0.17 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.31 0.05 0.40 0.47 0.60 0.49
O2 0.03 0.01 0.10 0.12 0.02 0.04 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.20 0.12 0.05 0.22 0.23 0.40 0.26
O2' 0.02 0.14 0.00 0.03 0.10 0.13 0.07 0.12 0.06 0.07 0.13 0.12 0.20 0.00 0.09 0.10 0.12 0.21 0.20 0.12
O3' 0.03 0.13 0.04 0.01 0.28 0.03 0.31 0.07 0.26 0.13 0.20 0.31 0.12 0.09 0.00 0.02 0.27 0.31 0.27 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.10 0.02 0.00 0.11 0.12 0.23 0.11
O5' 0.15 0.27 0.21 0.29 0.37 0.03 0.38 0.01 0.33 0.25 0.32 0.40 0.22 0.12 0.27 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.28 0.21 0.27 0.42 0.15 0.42 0.14 0.34 0.25 0.35 0.47 0.23 0.21 0.31 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.43 0.27 0.23 0.55 0.18 0.53 0.27 0.42 0.37 0.51 0.60 0.40 0.20 0.27 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.31 0.20 0.25 0.44 0.04 0.45 0.03 0.36 0.28 0.38 0.49 0.26 0.12 0.25 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00