ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53783

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.014, 0.047, 0.081, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.047 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.019, 0.055, 0.092, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.055 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.115, 0.271, 0.427, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.271 std_dev=0.156
O4' A 0, 0.118, 0.285, 0.452, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.285 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.090, 0.260, 0.430, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.260 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.238, 0.451, 0.664, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.451 std_dev=0.213
N3 B 0, 0.217, 0.459, 0.702, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.459 std_dev=0.243
C4' A 0, 0.189, 0.435, 0.681, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.435 std_dev=0.246
C3' A 0, 0.195, 0.453, 0.711, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.453 std_dev=0.258
N1 B 0, 0.212, 0.499, 0.787, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.499 std_dev=0.287
C2' B 0, 0.311, 0.601, 0.890, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.601 std_dev=0.289
C4 B 0, 0.195, 0.496, 0.796, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.496 std_dev=0.300
O2 B 0, 0.339, 0.649, 0.959, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.649 std_dev=0.310
O2' B 0, 0.438, 0.784, 1.130, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.784 std_dev=0.346
O3' A 0, 0.273, 0.630, 0.986, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.630 std_dev=0.357
C1' B 0, 0.343, 0.710, 1.077, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.710 std_dev=0.367
P B 0, 0.245, 0.628, 1.011, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.628 std_dev=0.383
OP2 B 0, 0.246, 0.630, 1.013, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.630 std_dev=0.383
C6 B 0, 0.234, 0.622, 1.011, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.622 std_dev=0.388
C5 B 0, 0.235, 0.626, 1.017, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.626 std_dev=0.391
O5' A 0, 0.194, 0.616, 1.038, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.616 std_dev=0.422
C5' A 0, 0.294, 0.716, 1.139, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.716 std_dev=0.422
N4 B 0, 0.210, 0.637, 1.064, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.637 std_dev=0.427
C3' B 0, 0.204, 0.640, 1.077, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.640 std_dev=0.437
O3' B 0, 0.162, 0.640, 1.119, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.640 std_dev=0.478
O5' B 0, 0.479, 0.985, 1.490, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.985 std_dev=0.506
C4' B 0, 0.325, 0.892, 1.459, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.892 std_dev=0.567
O4' B 0, 0.383, 0.951, 1.519, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.951 std_dev=0.568
P A 0, 0.197, 0.818, 1.439, 2.191 max_d=2.191 avg_d=0.818 std_dev=0.621
OP2 A 0, 0.190, 0.876, 1.562, 2.457 max_d=2.457 avg_d=0.876 std_dev=0.686
OP1 A 0, 0.319, 1.038, 1.757, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.038 std_dev=0.719
C5' B 0, 0.443, 1.164, 1.885, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.164 std_dev=0.721
OP1 B 0, 0.289, 1.102, 1.914, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.102 std_dev=0.813

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.12 0.10 0.38 0.19
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.29 0.28 0.51 0.35
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.09 0.01 0.02 0.01 0.22 0.18 0.33 0.18
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.10 0.04 0.07 0.08 0.09 0.02 0.01 0.01 0.32 0.27 0.29 0.22
C4 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.40 0.46 0.62 0.49
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.08 0.30 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.02 0.41 0.49 0.62 0.51
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.10 0.32 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.03 0.36 0.38 0.53 0.42
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.27 0.26 0.47 0.32
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.36 0.38 0.58 0.43
N4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.12 0.02 0.43 0.52 0.65 0.53
O2 0.02 0.01 0.09 0.09 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.10 0.11 0.02 0.23 0.20 0.47 0.29
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.10 0.00 0.05 0.04 0.08 0.12 0.30 0.08
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.10 0.03 0.12 0.03 0.11 0.04 0.09 0.12 0.11 0.05 0.00 0.02 0.30 0.34 0.27 0.23
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.12 0.07 0.37 0.18
O5' 0.12 0.29 0.22 0.32 0.40 0.01 0.41 0.01 0.36 0.27 0.36 0.43 0.23 0.08 0.30 0.12 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.10 0.28 0.18 0.27 0.46 0.08 0.49 0.10 0.38 0.26 0.38 0.52 0.20 0.12 0.34 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.51 0.33 0.29 0.62 0.30 0.62 0.32 0.53 0.47 0.58 0.65 0.47 0.30 0.27 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.18 0.22 0.49 0.05 0.51 0.01 0.42 0.32 0.43 0.53 0.29 0.08 0.23 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.16 0.11 0.12 0.28 0.14 0.40 0.37 0.29 0.12 0.16 0.35 0.27 0.31 0.12 0.09 0.23 0.07 0.17 0.06
C2 0.18 0.21 0.19 0.15 0.23 0.18 0.33 0.33 0.26 0.14 0.18 0.28 0.32 0.33 0.13 0.16 0.31 0.13 0.27 0.09
C2' 0.14 0.14 0.07 0.16 0.29 0.14 0.40 0.40 0.32 0.14 0.17 0.34 0.20 0.23 0.15 0.09 0.26 0.14 0.20 0.13
C3' 0.17 0.21 0.15 0.25 0.39 0.15 0.46 0.33 0.36 0.22 0.27 0.44 0.19 0.14 0.24 0.16 0.13 0.02 0.09 0.01
C4 0.18 0.19 0.18 0.16 0.17 0.16 0.19 0.23 0.10 0.13 0.16 0.27 0.28 0.26 0.14 0.16 0.36 0.15 0.34 0.16
C4' 0.15 0.20 0.12 0.24 0.42 0.14 0.50 0.36 0.37 0.20 0.28 0.50 0.19 0.17 0.23 0.13 0.09 0.13 0.21 0.09
C5 0.19 0.20 0.15 0.15 0.21 0.15 0.21 0.21 0.09 0.14 0.19 0.32 0.26 0.24 0.14 0.17 0.33 0.20 0.38 0.20
C5' 0.19 0.27 0.22 0.31 0.50 0.18 0.55 0.33 0.39 0.25 0.36 0.59 0.22 0.15 0.32 0.17 0.16 0.28 0.38 0.21
C6 0.18 0.18 0.13 0.12 0.26 0.13 0.31 0.24 0.16 0.13 0.19 0.36 0.25 0.25 0.12 0.15 0.27 0.17 0.34 0.17
N1 0.17 0.17 0.13 0.11 0.25 0.13 0.36 0.30 0.24 0.12 0.16 0.32 0.27 0.29 0.10 0.10 0.26 0.07 0.26 0.09
N3 0.19 0.21 0.21 0.17 0.22 0.18 0.27 0.28 0.20 0.13 0.20 0.28 0.31 0.31 0.15 0.19 0.34 0.13 0.30 0.11
N4 0.19 0.20 0.19 0.19 0.16 0.17 0.16 0.21 0.09 0.13 0.16 0.29 0.29 0.25 0.17 0.18 0.40 0.18 0.36 0.19
O2 0.22 0.25 0.25 0.19 0.24 0.25 0.34 0.41 0.31 0.19 0.23 0.27 0.39 0.40 0.19 0.24 0.32 0.23 0.25 0.13
O2' 0.12 0.11 0.10 0.20 0.26 0.20 0.38 0.50 0.30 0.11 0.13 0.31 0.21 0.28 0.22 0.10 0.34 0.24 0.17 0.18
O3' 0.21 0.24 0.23 0.33 0.39 0.21 0.43 0.36 0.35 0.25 0.30 0.43 0.21 0.18 0.33 0.22 0.01 0.01 0.03 0.00
O4' 0.14 0.16 0.06 0.16 0.36 0.12 0.47 0.36 0.33 0.14 0.21 0.45 0.23 0.24 0.14 0.07 0.16 0.08 0.17 0.04
O5' 0.51 0.53 0.46 0.43 0.55 0.43 0.52 0.40 0.46 0.49 0.54 0.59 0.55 0.51 0.43 0.49 0.43 0.42 0.51 0.41
OP1 0.47 0.55 0.47 0.48 0.69 0.41 0.62 0.40 0.50 0.50 0.64 0.80 0.54 0.46 0.49 0.45 0.45 0.52 0.58 0.45
OP2 0.62 0.69 0.60 0.57 0.75 0.51 0.70 0.44 0.63 0.65 0.74 0.81 0.70 0.60 0.56 0.57 0.43 0.50 0.54 0.43
P 0.49 0.56 0.46 0.44 0.64 0.39 0.59 0.36 0.50 0.51 0.62 0.72 0.57 0.47 0.43 0.46 0.38 0.45 0.51 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.16 0.09 0.45 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.02 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.12 0.13 0.03 0.41 0.21 0.27 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.07 0.12 0.00 0.02 0.01 0.27 0.27 0.28 0.12
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.16 0.00 0.15 0.01 0.13 0.11 0.15 0.17 0.13 0.02 0.01 0.01 0.36 0.38 0.19 0.22
C4 0.06 0.02 0.06 0.16 0.00 0.10 0.01 0.17 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.10 0.19 0.07 0.61 0.33 0.28 0.35
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.11 0.04 0.10 0.02 0.00 0.01 0.15 0.43 0.07
C5 0.04 0.01 0.04 0.15 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.19 0.06 0.64 0.32 0.28 0.36
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.17 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.13 0.18 0.06 0.09 0.01 0.01 0.01 0.17 0.37 0.01
C6 0.03 0.02 0.04 0.13 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.15 0.06 0.54 0.23 0.29 0.24
N1 0.02 0.01 0.03 0.11 0.04 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.10 0.02 0.39 0.17 0.32 0.14
N3 0.03 0.01 0.08 0.15 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.12 0.17 0.05 0.52 0.28 0.24 0.27
N4 0.07 0.04 0.07 0.17 0.01 0.11 0.02 0.18 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.12 0.21 0.08 0.66 0.38 0.33 0.42
O2 0.04 0.00 0.12 0.13 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.16 0.13 0.05 0.32 0.18 0.29 0.12
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.10 0.10 0.05 0.09 0.03 0.05 0.12 0.12 0.16 0.00 0.03 0.09 0.09 0.23 0.34 0.05
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.19 0.02 0.19 0.01 0.15 0.10 0.17 0.21 0.13 0.03 0.00 0.02 0.28 0.49 0.17 0.26
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.08 0.05 0.09 0.02 0.00 0.08 0.11 0.61 0.24
O5' 0.16 0.41 0.27 0.36 0.61 0.01 0.64 0.01 0.54 0.39 0.52 0.66 0.32 0.09 0.28 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.21 0.27 0.38 0.33 0.15 0.32 0.17 0.23 0.17 0.28 0.38 0.18 0.23 0.49 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.27 0.28 0.19 0.28 0.43 0.28 0.37 0.29 0.32 0.24 0.33 0.29 0.34 0.17 0.61 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.12 0.22 0.35 0.07 0.36 0.01 0.24 0.14 0.27 0.42 0.12 0.05 0.26 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00