Doublet Group distance statistics: 53784

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2	A	0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C4	A	0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N4	A	0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.019
O2	A	0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O4'	A	0, 0.034, 0.145, 0.256, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.145 std_dev=0.111
C2'	A	0, 0.049, 0.166, 0.283, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.166 std_dev=0.117
O2'	A	0, 0.047, 0.204, 0.361, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.204 std_dev=0.157
C4'	A	0, 0.064, 0.234, 0.405, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.234 std_dev=0.170
C3'	A	0, 0.086, 0.260, 0.435, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.260 std_dev=0.174
C6	B	0, 0.203, 0.379, 0.555, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.379 std_dev=0.176
C5	B	0, 0.184, 0.359, 0.535, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.359 std_dev=0.176
C4	B	0, 0.137, 0.343, 0.550, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.343 std_dev=0.206
O5'	A	0, 0.181, 0.389, 0.596, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.389 std_dev=0.208
N4	B	0, 0.127, 0.337, 0.547, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.337 std_dev=0.210
N1	B	0, 0.191, 0.411, 0.631, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.411 std_dev=0.220
O4'	B	0, 0.247, 0.469, 0.691, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.469 std_dev=0.222
C4'	B	0, 0.275, 0.516, 0.758, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.516 std_dev=0.241
C1'	B	0, 0.237, 0.481, 0.724, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.481 std_dev=0.243
C2'	B	0, 0.279, 0.541, 0.802, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.541 std_dev=0.262
C5'	A	0, 0.139, 0.409, 0.679, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.409 std_dev=0.270
P	A	0, 0.309, 0.591, 0.872, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.591 std_dev=0.282
O3'	A	0, 0.112, 0.394, 0.676, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.394 std_dev=0.282
C5'	B	0, 0.244, 0.530, 0.816, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.530 std_dev=0.286
C3'	B	0, 0.246, 0.534, 0.821, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.534 std_dev=0.287
P	B	0, 0.181, 0.472, 0.762, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.472 std_dev=0.291
N3	B	0, 0.095, 0.386, 0.678, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.386 std_dev=0.291
C2	B	0, 0.118, 0.428, 0.737, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.428 std_dev=0.310
O2'	B	0, 0.359, 0.678, 0.997, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.678 std_dev=0.319
OP2	A	0, 0.329, 0.663, 0.996, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.663 std_dev=0.333
OP1	A	0, 0.332, 0.698, 1.064, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.698 std_dev=0.366
O3'	B	0, 0.293, 0.661, 1.030, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.661 std_dev=0.368
O5'	B	0, 0.160, 0.538, 0.916, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.538 std_dev=0.378
O2	B	0, 0.098, 0.519, 0.940, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.519 std_dev=0.421
OP1	B	0, 0.221, 0.708, 1.194, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.708 std_dev=0.486
OP2	B	0, 0.125, 0.655, 1.184, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.655 std_dev=0.529

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.03	0.04	0.02	0.02	0.01	0.05	0.05	0.13	0.09
C2	0.02	0.00	0.06	0.05	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.06	0.07	0.04	0.14	0.13	0.22	0.16
C2'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.04	0.02	0.05	0.04	0.10	0.00	0.03	0.01	0.06	0.15	0.10	0.06
C3'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.06	0.00	0.08	0.02	0.08	0.04	0.05	0.07	0.08	0.01	0.00	0.01	0.08	0.20	0.12	0.10
C4	0.03	0.01	0.04	0.06	0.00	0.07	0.00	0.15	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.03	0.07	0.04	0.20	0.24	0.32	0.25
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.07	0.00	0.08	0.00	0.08	0.04	0.05	0.07	0.05	0.03	0.02	0.00	0.01	0.09	0.04	0.02
C5	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.08	0.00	0.17	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.10	0.03	0.22	0.25	0.32	0.26
C5'	0.02	0.09	0.01	0.02	0.15	0.00	0.17	0.00	0.15	0.09	0.12	0.17	0.07	0.03	0.03	0.01	0.01	0.07	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.04	0.08	0.01	0.08	0.00	0.15	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.09	0.02	0.19	0.18	0.24	0.20
N1	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.04	0.01	0.09	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.13	0.11	0.19	0.14
N3	0.02	0.00	0.05	0.05	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.07	0.04	0.17	0.18	0.28	0.21
N4	0.03	0.02	0.04	0.07	0.00	0.07	0.01	0.17	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.08	0.04	0.22	0.28	0.36	0.28
O2	0.04	0.00	0.10	0.08	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.11	0.12	0.05	0.11	0.10	0.20	0.14
O2'	0.02	0.06	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02	0.03	0.03	0.02	0.05	0.04	0.11	0.00	0.05	0.03	0.03	0.15	0.08	0.03
O3'	0.02	0.07	0.03	0.00	0.07	0.02	0.10	0.03	0.09	0.03	0.07	0.08	0.12	0.05	0.00	0.02	0.11	0.30	0.20	0.18
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.04	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.04	0.04	0.05	0.03	0.02	0.00	0.05	0.08	0.16	0.13
O5'	0.05	0.14	0.06	0.08	0.20	0.01	0.22	0.01	0.19	0.13	0.17	0.22	0.11	0.03	0.11	0.05	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.05	0.13	0.15	0.20	0.24	0.09	0.25	0.07	0.18	0.11	0.18	0.28	0.10	0.15	0.30	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.13	0.22	0.10	0.12	0.32	0.04	0.32	0.02	0.24	0.19	0.28	0.36	0.20	0.08	0.20	0.16	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.09	0.16	0.06	0.10	0.25	0.02	0.26	0.01	0.20	0.14	0.21	0.28	0.14	0.03	0.18	0.13	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.26	0.19	0.29	0.18	0.16	0.16	0.19	0.14	0.11	0.15	0.16	0.21	0.29	0.45	0.19	0.19	0.16	0.06	0.17	0.07
C2	0.33	0.28	0.36	0.26	0.20	0.23	0.23	0.18	0.18	0.23	0.22	0.23	0.39	0.47	0.28	0.24	0.16	0.13	0.35	0.09
C2'	0.25	0.16	0.31	0.17	0.13	0.14	0.17	0.16	0.10	0.11	0.11	0.17	0.26	0.49	0.19	0.17	0.26	0.08	0.22	0.12
C3'	0.33	0.19	0.36	0.25	0.07	0.27	0.10	0.07	0.04	0.17	0.10	0.13	0.28	0.53	0.26	0.30	0.06	0.04	0.10	0.01
C4	0.33	0.34	0.33	0.25	0.19	0.20	0.17	0.11	0.15	0.27	0.27	0.22	0.42	0.40	0.25	0.24	0.12	0.12	0.47	0.13
C4'	0.31	0.19	0.35	0.24	0.10	0.25	0.11	0.09	0.03	0.17	0.12	0.16	0.28	0.52	0.26	0.28	0.09	0.05	0.13	0.07
C5	0.34	0.31	0.31	0.23	0.16	0.20	0.11	0.10	0.13	0.26	0.25	0.19	0.38	0.39	0.22	0.26	0.17	0.13	0.45	0.15
C5'	0.31	0.16	0.33	0.26	0.11	0.30	0.11	0.18	0.05	0.16	0.10	0.20	0.25	0.50	0.29	0.31	0.27	0.10	0.27	0.17
C6	0.33	0.27	0.31	0.21	0.15	0.19	0.13	0.09	0.09	0.23	0.21	0.19	0.35	0.42	0.20	0.26	0.13	0.10	0.37	0.13
N1	0.31	0.24	0.32	0.21	0.17	0.18	0.18	0.13	0.12	0.19	0.19	0.21	0.34	0.44	0.22	0.23	0.10	0.06	0.31	0.09
N3	0.34	0.33	0.36	0.27	0.21	0.22	0.23	0.16	0.19	0.26	0.26	0.24	0.44	0.44	0.29	0.24	0.12	0.14	0.43	0.11
N4	0.32	0.35	0.32	0.25	0.19	0.20	0.16	0.11	0.16	0.28	0.31	0.22	0.43	0.36	0.25	0.22	0.14	0.14	0.52	0.15
O2	0.32	0.26	0.38	0.29	0.22	0.27	0.25	0.25	0.21	0.23	0.21	0.24	0.37	0.50	0.33	0.27	0.27	0.21	0.30	0.12
O2'	0.19	0.14	0.29	0.14	0.14	0.11	0.19	0.22	0.14	0.09	0.11	0.18	0.24	0.49	0.18	0.11	0.41	0.13	0.12	0.13
O3'	0.33	0.19	0.38	0.27	0.07	0.30	0.11	0.07	0.07	0.17	0.10	0.12	0.28	0.57	0.30	0.30	0.02	0.02	0.01	0.00
O4'	0.30	0.22	0.32	0.21	0.14	0.21	0.12	0.08	0.06	0.18	0.17	0.19	0.31	0.48	0.22	0.25	0.07	0.04	0.06	0.03
O5'	0.27	0.12	0.27	0.23	0.13	0.28	0.13	0.20	0.05	0.14	0.09	0.23	0.20	0.42	0.25	0.30	0.36	0.17	0.20	0.18
OP1	0.22	0.12	0.20	0.21	0.19	0.23	0.19	0.23	0.10	0.12	0.13	0.28	0.16	0.34	0.25	0.24	0.31	0.37	0.24	0.24
OP2	0.23	0.14	0.19	0.21	0.20	0.23	0.19	0.22	0.11	0.14	0.15	0.29	0.17	0.30	0.24	0.25	0.36	0.28	0.33	0.22
P	0.25	0.12	0.22	0.19	0.16	0.24	0.16	0.19	0.07	0.13	0.10	0.26	0.18	0.36	0.22	0.27	0.34	0.23	0.20	0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.02	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.05	0.01	0.01	0.01	0.05	0.39	0.23	0.13
C2	0.03	0.00	0.05	0.08	0.02	0.02	0.02	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.09	0.08	0.03	0.09	0.29	0.40	0.05
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.04	0.02	0.04	0.02	0.04	0.02	0.05	0.05	0.09	0.00	0.02	0.01	0.03	0.47	0.21	0.16
C3'	0.02	0.08	0.00	0.00	0.10	0.00	0.11	0.02	0.10	0.07	0.09	0.11	0.09	0.01	0.00	0.01	0.02	0.39	0.26	0.10
C4	0.03	0.02	0.04	0.10	0.00	0.04	0.00	0.09	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.08	0.11	0.03	0.15	0.15	0.58	0.15
C4'	0.00	0.02	0.02	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.03	0.02	0.05	0.06	0.07	0.01	0.00	0.02	0.42	0.14	0.15
C5	0.02	0.02	0.04	0.11	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.05	0.13	0.02	0.18	0.14	0.60	0.19
C5'	0.01	0.04	0.02	0.02	0.09	0.01	0.11	0.00	0.09	0.05	0.06	0.11	0.05	0.07	0.04	0.01	0.01	0.21	0.23	0.01
C6	0.01	0.01	0.04	0.10	0.01	0.06	0.01	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.11	0.02	0.16	0.16	0.51	0.12
N1	0.01	0.01	0.02	0.07	0.02	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.03	0.06	0.02	0.10	0.27	0.38	0.06
N3	0.03	0.01	0.05	0.09	0.01	0.02	0.01	0.06	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.10	0.10	0.03	0.12	0.22	0.49	0.08
N4	0.03	0.02	0.05	0.11	0.00	0.05	0.01	0.11	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.09	0.13	0.03	0.17	0.14	0.64	0.20
O2	0.05	0.01	0.09	0.09	0.02	0.06	0.03	0.05	0.03	0.03	0.01	0.02	0.00	0.15	0.11	0.06	0.06	0.38	0.32	0.10
O2'	0.01	0.09	0.00	0.01	0.08	0.07	0.05	0.07	0.03	0.03	0.10	0.09	0.15	0.00	0.06	0.06	0.09	0.64	0.06	0.32
O3'	0.01	0.08	0.02	0.00	0.11	0.01	0.13	0.04	0.11	0.06	0.10	0.13	0.11	0.06	0.00	0.01	0.04	0.45	0.19	0.14
O4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.06	0.06	0.01	0.00	0.05	0.36	0.18	0.14
O5'	0.05	0.09	0.03	0.02	0.15	0.02	0.18	0.01	0.16	0.10	0.12	0.17	0.06	0.09	0.04	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.39	0.29	0.47	0.39	0.15	0.42	0.14	0.21	0.16	0.27	0.22	0.14	0.38	0.64	0.45	0.36	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.23	0.40	0.21	0.26	0.58	0.14	0.60	0.23	0.51	0.38	0.49	0.64	0.32	0.06	0.19	0.18	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.13	0.05	0.16	0.10	0.15	0.15	0.19	0.01	0.12	0.06	0.08	0.20	0.10	0.32	0.14	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00