Doublet Group distance statistics: 53786

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.012
O2	A	0, 0.003, 0.035, 0.066, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.035 std_dev=0.032
N4	A	0, 0.006, 0.043, 0.081, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.043 std_dev=0.037
O4'	A	0, 0.108, 0.303, 0.499, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.303 std_dev=0.196
C2'	A	0, 0.057, 0.295, 0.533, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.295 std_dev=0.238
O2'	A	0, 0.130, 0.399, 0.668, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.399 std_dev=0.269
C4'	A	0, 0.196, 0.478, 0.760, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.478 std_dev=0.282
C6	B	0, 0.213, 0.496, 0.778, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.496 std_dev=0.282
C5	B	0, 0.208, 0.491, 0.773, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.491 std_dev=0.282
C4	B	0, 0.186, 0.475, 0.765, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.475 std_dev=0.289
N3	B	0, 0.212, 0.507, 0.802, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.507 std_dev=0.295
N1	B	0, 0.230, 0.541, 0.852, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.541 std_dev=0.311
C2	B	0, 0.245, 0.558, 0.871, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.558 std_dev=0.313
C3'	A	0, 0.193, 0.519, 0.846, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.519 std_dev=0.327
N4	B	0, 0.229, 0.606, 0.983, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.606 std_dev=0.377
O2	B	0, 0.354, 0.742, 1.130, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.742 std_dev=0.388
C1'	B	0, 0.295, 0.737, 1.178, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.737 std_dev=0.442
O4'	B	0, 0.230, 0.678, 1.126, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.678 std_dev=0.448
O5'	B	0, 0.378, 0.826, 1.274, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.826 std_dev=0.448
O3'	A	0, 0.291, 0.743, 1.195, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.743 std_dev=0.452
P	B	0, 0.402, 0.881, 1.360, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.881 std_dev=0.479
OP2	B	0, 0.457, 0.943, 1.429, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.943 std_dev=0.486
C4'	B	0, 0.338, 0.832, 1.326, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.832 std_dev=0.494
C5'	B	0, 0.330, 0.849, 1.369, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.849 std_dev=0.520
C5'	A	0, 0.317, 0.852, 1.386, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.852 std_dev=0.535
C3'	B	0, 0.326, 0.903, 1.480, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.903 std_dev=0.577
C2'	B	0, 0.332, 0.915, 1.498, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.915 std_dev=0.583
OP1	B	0, 0.502, 1.105, 1.709, 1.972 max_d=1.972 avg_d=1.105 std_dev=0.604
O5'	A	0, 0.367, 1.020, 1.673, 1.815 max_d=1.815 avg_d=1.020 std_dev=0.653
O2'	B	0, 0.450, 1.214, 1.978, 2.378 max_d=2.378 avg_d=1.214 std_dev=0.764
OP2	A	0, 0.468, 1.267, 2.065, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.267 std_dev=0.798
O3'	B	0, 0.320, 1.132, 1.943, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.132 std_dev=0.811
P	A	0, 0.395, 1.212, 2.028, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.212 std_dev=0.817
OP1	A	0, 0.488, 1.520, 2.553, 3.142 max_d=3.142 avg_d=1.520 std_dev=1.033

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.14	0.04	0.55	0.18
C2	0.02	0.00	0.09	0.13	0.00	0.07	0.00	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.11	0.14	0.02	0.32	0.14	0.48	0.15
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.05	0.02	0.11	0.02	0.13	0.03	0.05	0.06	0.20	0.01	0.02	0.02	0.22	0.25	0.33	0.04
C3'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.11	0.01	0.21	0.03	0.22	0.07	0.11	0.13	0.26	0.02	0.01	0.01	0.29	0.39	0.18	0.15
C4	0.01	0.00	0.05	0.11	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.08	0.13	0.01	0.50	0.22	0.38	0.21
C4'	0.01	0.07	0.02	0.01	0.07	0.00	0.12	0.01	0.13	0.04	0.07	0.08	0.12	0.08	0.04	0.00	0.01	0.16	0.43	0.11
C5	0.01	0.00	0.11	0.21	0.00	0.12	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.07	0.24	0.02	0.56	0.21	0.35	0.21
C5'	0.01	0.13	0.02	0.03	0.14	0.01	0.16	0.00	0.16	0.07	0.15	0.16	0.18	0.08	0.07	0.01	0.00	0.22	0.36	0.01
C6	0.00	0.00	0.13	0.22	0.00	0.13	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.23	0.02	0.49	0.15	0.42	0.13
N1	0.01	0.01	0.03	0.07	0.01	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.06	0.01	0.32	0.10	0.49	0.12
N3	0.02	0.00	0.05	0.11	0.00	0.07	0.00	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.10	0.12	0.01	0.41	0.19	0.43	0.18
N4	0.02	0.01	0.06	0.13	0.00	0.08	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.09	0.16	0.01	0.53	0.26	0.36	0.26
O2	0.03	0.00	0.20	0.26	0.00	0.12	0.00	0.18	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.18	0.29	0.03	0.24	0.14	0.51	0.18
O2'	0.01	0.11	0.01	0.02	0.08	0.08	0.07	0.08	0.06	0.04	0.10	0.09	0.18	0.00	0.03	0.07	0.07	0.22	0.40	0.11
O3'	0.01	0.14	0.02	0.01	0.13	0.04	0.24	0.07	0.23	0.06	0.12	0.16	0.29	0.03	0.00	0.02	0.21	0.52	0.11	0.22
O4'	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.07	0.02	0.00	0.06	0.09	0.67	0.30
O5'	0.14	0.32	0.22	0.29	0.50	0.01	0.56	0.00	0.49	0.32	0.41	0.53	0.24	0.07	0.21	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.04	0.14	0.25	0.39	0.22	0.16	0.21	0.22	0.15	0.10	0.19	0.26	0.14	0.22	0.52	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.55	0.48	0.33	0.18	0.38	0.43	0.35	0.36	0.42	0.49	0.43	0.36	0.51	0.40	0.11	0.67	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.18	0.15	0.04	0.15	0.21	0.11	0.21	0.01	0.13	0.12	0.18	0.26	0.18	0.11	0.22	0.30	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.33	0.24	0.30	0.27	0.17	0.25	0.21	0.21	0.27	0.28	0.19	0.15	0.25	0.31	0.26	0.31	0.18	0.04	0.05	0.06
C2	0.17	0.16	0.17	0.13	0.17	0.12	0.19	0.16	0.20	0.18	0.16	0.16	0.15	0.17	0.14	0.14	0.10	0.10	0.12	0.10
C2'	0.29	0.23	0.28	0.28	0.21	0.23	0.25	0.21	0.30	0.27	0.20	0.19	0.22	0.26	0.26	0.28	0.24	0.09	0.14	0.13
C3'	0.10	0.11	0.06	0.12	0.17	0.06	0.17	0.11	0.12	0.09	0.15	0.21	0.10	0.10	0.17	0.11	0.05	0.02	0.02	0.01
C4	0.07	0.07	0.08	0.15	0.14	0.09	0.23	0.13	0.16	0.06	0.07	0.19	0.13	0.07	0.19	0.08	0.16	0.20	0.31	0.20
C4'	0.12	0.09	0.08	0.14	0.21	0.10	0.19	0.13	0.10	0.07	0.15	0.28	0.08	0.12	0.18	0.15	0.07	0.11	0.20	0.11
C5	0.11	0.06	0.16	0.25	0.14	0.16	0.24	0.21	0.22	0.11	0.09	0.16	0.08	0.11	0.30	0.12	0.28	0.32	0.41	0.32
C5'	0.15	0.28	0.21	0.27	0.44	0.14	0.41	0.17	0.29	0.23	0.37	0.52	0.24	0.18	0.33	0.10	0.22	0.24	0.42	0.26
C6	0.20	0.11	0.22	0.28	0.15	0.21	0.24	0.23	0.25	0.18	0.11	0.17	0.08	0.19	0.31	0.20	0.28	0.29	0.36	0.30
N1	0.22	0.16	0.22	0.21	0.16	0.16	0.21	0.15	0.24	0.21	0.14	0.14	0.15	0.21	0.22	0.19	0.15	0.09	0.16	0.11
N3	0.12	0.10	0.11	0.11	0.18	0.13	0.21	0.16	0.16	0.11	0.11	0.21	0.12	0.14	0.12	0.15	0.08	0.10	0.18	0.11
N4	0.10	0.14	0.07	0.16	0.14	0.11	0.23	0.15	0.14	0.07	0.11	0.24	0.24	0.10	0.20	0.12	0.17	0.24	0.35	0.24
O2	0.26	0.25	0.24	0.21	0.20	0.25	0.18	0.32	0.22	0.26	0.23	0.18	0.25	0.25	0.22	0.24	0.25	0.28	0.21	0.26
O2'	0.54	0.43	0.54	0.52	0.33	0.51	0.35	0.43	0.44	0.48	0.37	0.28	0.45	0.51	0.48	0.55	0.39	0.15	0.15	0.19
O3'	0.11	0.12	0.06	0.10	0.17	0.06	0.17	0.07	0.13	0.11	0.14	0.20	0.10	0.11	0.17	0.13	0.02	0.01	0.01	0.00
O4'	0.22	0.12	0.18	0.18	0.15	0.18	0.13	0.17	0.12	0.15	0.11	0.22	0.15	0.21	0.19	0.23	0.09	0.06	0.12	0.05
O5'	0.41	0.36	0.34	0.28	0.33	0.31	0.35	0.24	0.38	0.39	0.33	0.30	0.37	0.34	0.25	0.41	0.26	0.14	0.23	0.21
OP1	0.33	0.25	0.29	0.32	0.35	0.41	0.30	0.44	0.28	0.27	0.31	0.46	0.24	0.33	0.34	0.41	0.42	0.59	0.44	0.50
OP2	0.34	0.44	0.28	0.23	0.47	0.24	0.39	0.20	0.34	0.37	0.48	0.52	0.45	0.28	0.24	0.31	0.17	0.22	0.25	0.18
P	0.23	0.23	0.18	0.18	0.28	0.20	0.25	0.19	0.23	0.22	0.26	0.35	0.22	0.19	0.20	0.25	0.22	0.30	0.31	0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.04	0.05	0.08	0.06
C2	0.02	0.00	0.07	0.06	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.11	0.08	0.03	0.05	0.07	0.13	0.09
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.08	0.01	0.09	0.01	0.09	0.04	0.07	0.09	0.11	0.00	0.01	0.01	0.06	0.09	0.10	0.07
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.10	0.00	0.13	0.02	0.12	0.06	0.08	0.11	0.09	0.02	0.01	0.01	0.11	0.13	0.14	0.12
C4	0.02	0.00	0.08	0.10	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.14	0.02	0.11	0.14	0.19	0.16
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.06	0.00	0.08	0.01	0.07	0.03	0.03	0.07	0.03	0.07	0.01	0.00	0.02	0.04	0.03	0.02
C5	0.01	0.00	0.09	0.13	0.00	0.08	0.00	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.18	0.02	0.11	0.14	0.19	0.16
C5'	0.01	0.05	0.01	0.02	0.10	0.01	0.12	0.00	0.09	0.05	0.07	0.12	0.03	0.06	0.03	0.01	0.01	0.05	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.09	0.12	0.01	0.07	0.01	0.09	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.16	0.03	0.08	0.09	0.13	0.11
N1	0.01	0.00	0.04	0.06	0.01	0.03	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.07	0.02	0.05	0.06	0.11	0.08
N3	0.02	0.01	0.07	0.08	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.10	0.03	0.08	0.11	0.17	0.13
N4	0.02	0.01	0.09	0.11	0.01	0.07	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.11	0.16	0.03	0.13	0.17	0.22	0.18
O2	0.03	0.00	0.11	0.09	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.16	0.12	0.05	0.05	0.06	0.12	0.08
O2'	0.02	0.11	0.00	0.02	0.10	0.07	0.08	0.06	0.07	0.05	0.12	0.11	0.16	0.00	0.02	0.07	0.06	0.09	0.09	0.07
O3'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.14	0.01	0.18	0.03	0.16	0.07	0.10	0.16	0.12	0.02	0.00	0.01	0.18	0.24	0.26	0.22
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.03	0.05	0.07	0.01	0.00	0.09	0.09	0.12	0.11
O5'	0.04	0.05	0.06	0.11	0.11	0.02	0.11	0.01	0.08	0.05	0.08	0.13	0.05	0.06	0.18	0.09	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.05	0.07	0.09	0.13	0.14	0.04	0.14	0.05	0.09	0.06	0.11	0.17	0.06	0.09	0.24	0.09	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.08	0.13	0.10	0.14	0.19	0.03	0.19	0.02	0.13	0.11	0.17	0.22	0.12	0.09	0.26	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.09	0.07	0.12	0.16	0.02	0.16	0.01	0.11	0.08	0.13	0.18	0.08	0.07	0.22	0.11	0.00	0.01	0.01	0.00