ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53787

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C5 B 0, 0.288, 0.589, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.589 std_dev=0.302
C4 B 0, 0.331, 0.670, 1.010, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.670 std_dev=0.340
O4' A 0, 0.118, 0.492, 0.866, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.492 std_dev=0.374
C2' A 0, 0.155, 0.537, 0.919, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.537 std_dev=0.382
C6 B 0, 0.284, 0.667, 1.050, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.667 std_dev=0.383
O2' A 0, 0.262, 0.680, 1.097, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.680 std_dev=0.417
N1 B 0, 0.302, 0.727, 1.152, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.727 std_dev=0.425
N3 B 0, 0.335, 0.774, 1.213, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.774 std_dev=0.439
C2 B 0, 0.239, 0.728, 1.217, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.728 std_dev=0.489
C4' A 0, 0.280, 0.785, 1.289, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.785 std_dev=0.505
C3' A 0, 0.306, 0.878, 1.450, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.878 std_dev=0.572
N4 B 0, 0.615, 1.223, 1.830, 1.777 max_d=1.777 avg_d=1.223 std_dev=0.607
O4' B 0, 0.476, 1.193, 1.909, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.193 std_dev=0.716
C1' B 0, 0.590, 1.328, 2.067, 2.062 max_d=2.062 avg_d=1.328 std_dev=0.738
O2 B 0, 0.502, 1.253, 2.004, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.253 std_dev=0.751
O3' A 0, 0.487, 1.297, 2.106, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.297 std_dev=0.809
C5' A 0, 0.517, 1.395, 2.273, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.395 std_dev=0.878
O5' A 0, 0.662, 1.560, 2.458, 2.459 max_d=2.459 avg_d=1.560 std_dev=0.898
O5' B 0, 0.740, 1.671, 2.603, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.671 std_dev=0.932
P B 0, 0.735, 1.715, 2.695, 2.863 max_d=2.863 avg_d=1.715 std_dev=0.980
C5' B 0, 0.630, 1.615, 2.600, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.615 std_dev=0.985
C4' B 0, 0.707, 1.695, 2.683, 2.733 max_d=2.733 avg_d=1.695 std_dev=0.988
OP2 B 0, 0.797, 1.815, 2.832, 2.825 max_d=2.825 avg_d=1.815 std_dev=1.018
C2' B 0, 0.892, 1.941, 2.989, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.941 std_dev=1.048
C3' B 0, 0.933, 2.055, 3.177, 3.306 max_d=3.306 avg_d=2.055 std_dev=1.122
OP1 B 0, 0.850, 2.106, 3.361, 3.567 max_d=3.567 avg_d=2.106 std_dev=1.255
P A 0, 0.923, 2.251, 3.580, 3.611 max_d=3.611 avg_d=2.251 std_dev=1.328
O2' B 0, 1.193, 2.569, 3.945, 4.002 max_d=4.002 avg_d=2.569 std_dev=1.376
O3' B 0, 1.288, 2.819, 4.350, 4.397 max_d=4.397 avg_d=2.819 std_dev=1.531
OP1 A 0, 0.888, 2.440, 3.991, 4.431 max_d=4.431 avg_d=2.440 std_dev=1.552
OP2 A 0, 0.924, 2.775, 4.626, 5.586 max_d=5.586 avg_d=2.775 std_dev=1.851

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.11 0.19 0.18
C2 0.01 0.00 0.12 0.15 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.15 0.06 0.34 0.24 0.71 0.44
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.09 0.03 0.22 0.00 0.01 0.00 0.08 0.16 0.11 0.06
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.03 0.15 0.09 0.16 0.15 0.19 0.01 0.00 0.02 0.12 0.19 0.28 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.14 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.50 0.43 1.21 0.69
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.06 0.11 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.22 0.01
C5 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.14 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.18 0.05 0.54 0.49 1.25 0.73
C5' 0.03 0.11 0.02 0.03 0.25 0.01 0.31 0.00 0.28 0.15 0.17 0.28 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.24 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.15 0.01 0.13 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.17 0.07 0.48 0.40 0.93 0.59
N1 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.34 0.25 0.63 0.41
N3 0.00 0.00 0.09 0.16 0.00 0.06 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.16 0.05 0.43 0.33 0.98 0.57
N4 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.11 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.01 0.54 0.49 1.39 0.77
O2 0.01 0.00 0.22 0.19 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.22 0.10 0.26 0.16 0.51 0.32
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.04 0.07 0.06 0.16 0.00 0.03 0.06 0.05 0.16 0.27 0.04
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.15 0.01 0.18 0.02 0.17 0.07 0.16 0.17 0.22 0.03 0.00 0.01 0.19 0.26 0.61 0.24
O4' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.06 0.01 0.00 0.14 0.09 0.12 0.14
O5' 0.16 0.34 0.08 0.12 0.50 0.02 0.54 0.01 0.48 0.34 0.43 0.54 0.26 0.05 0.19 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.24 0.16 0.19 0.43 0.09 0.49 0.09 0.40 0.25 0.33 0.49 0.16 0.16 0.26 0.09 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.19 0.71 0.11 0.28 1.21 0.22 1.25 0.24 0.93 0.63 0.98 1.39 0.51 0.27 0.61 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.18 0.44 0.06 0.11 0.69 0.01 0.73 0.01 0.59 0.41 0.57 0.77 0.32 0.04 0.24 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.12 0.20 0.24 0.11 0.29 0.18 0.39 0.19 0.15 0.10 0.12 0.15 0.27 0.29 0.25 0.22 0.07 0.16 0.10
C2 0.26 0.18 0.25 0.24 0.09 0.32 0.15 0.37 0.18 0.19 0.12 0.09 0.23 0.32 0.28 0.30 0.14 0.12 0.09 0.07
C2' 0.15 0.08 0.15 0.25 0.10 0.27 0.18 0.43 0.19 0.12 0.06 0.11 0.10 0.17 0.31 0.19 0.30 0.13 0.31 0.20
C3' 0.20 0.27 0.20 0.25 0.28 0.16 0.29 0.28 0.27 0.25 0.28 0.28 0.27 0.14 0.24 0.15 0.06 0.01 0.05 0.01
C4 0.26 0.30 0.23 0.19 0.10 0.26 0.10 0.27 0.12 0.22 0.25 0.06 0.38 0.30 0.19 0.29 0.24 0.16 0.21 0.16
C4' 0.15 0.25 0.12 0.18 0.35 0.11 0.37 0.26 0.29 0.22 0.30 0.39 0.23 0.11 0.18 0.11 0.07 0.09 0.27 0.12
C5 0.19 0.25 0.16 0.17 0.14 0.23 0.11 0.27 0.12 0.17 0.24 0.12 0.29 0.20 0.18 0.24 0.26 0.23 0.31 0.24
C5' 0.31 0.49 0.34 0.37 0.65 0.22 0.65 0.30 0.52 0.45 0.59 0.72 0.45 0.22 0.33 0.22 0.24 0.19 0.57 0.28
C6 0.17 0.18 0.16 0.20 0.13 0.25 0.12 0.32 0.14 0.14 0.17 0.14 0.21 0.19 0.23 0.24 0.22 0.21 0.28 0.21
N1 0.19 0.15 0.18 0.20 0.10 0.27 0.15 0.34 0.17 0.15 0.13 0.10 0.19 0.23 0.23 0.25 0.12 0.06 0.15 0.07
N3 0.30 0.26 0.29 0.25 0.07 0.32 0.11 0.34 0.15 0.23 0.17 0.10 0.34 0.36 0.27 0.33 0.19 0.14 0.11 0.10
N4 0.31 0.37 0.28 0.21 0.13 0.27 0.11 0.25 0.12 0.26 0.31 0.12 0.47 0.36 0.21 0.30 0.29 0.20 0.24 0.19
O2 0.29 0.15 0.31 0.30 0.10 0.38 0.16 0.44 0.21 0.20 0.10 0.11 0.20 0.39 0.36 0.33 0.21 0.21 0.12 0.15
O2' 0.43 0.30 0.44 0.47 0.23 0.49 0.28 0.57 0.34 0.35 0.25 0.20 0.32 0.50 0.54 0.45 0.60 0.20 0.35 0.30
O3' 0.22 0.27 0.22 0.27 0.28 0.18 0.30 0.27 0.29 0.26 0.28 0.28 0.28 0.17 0.27 0.22 0.02 0.01 0.01 0.01
O4' 0.15 0.17 0.12 0.15 0.25 0.18 0.26 0.30 0.21 0.15 0.21 0.29 0.17 0.19 0.19 0.16 0.09 0.04 0.15 0.05
O5' 0.45 0.69 0.51 0.50 0.84 0.33 0.79 0.33 0.64 0.60 0.80 0.91 0.66 0.39 0.45 0.33 0.29 0.11 0.39 0.18
OP1 0.73 0.97 0.87 0.91 1.16 0.65 1.13 0.67 0.96 0.90 1.09 1.25 0.92 0.71 0.89 0.58 0.71 0.49 1.05 0.64
OP2 0.72 1.25 0.75 0.58 1.61 0.34 1.38 0.24 1.03 1.01 1.51 1.86 1.20 0.62 0.46 0.44 0.25 0.69 0.18 0.33
P 0.57 0.90 0.63 0.57 1.12 0.35 1.01 0.27 0.79 0.76 1.05 1.25 0.86 0.50 0.49 0.39 0.32 0.15 0.44 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.13 0.22 0.08
C2 0.02 0.00 0.09 0.13 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.04 0.30 0.20 0.12 0.17
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.07 0.04 0.17 0.00 0.01 0.03 0.21 0.22 0.19 0.13
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.11 0.01 0.09 0.03 0.09 0.06 0.13 0.12 0.18 0.03 0.01 0.02 0.28 0.29 0.19 0.20
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.42 0.27 0.14 0.26
C4' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.11 0.28 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.12 0.04 0.44 0.28 0.15 0.28
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.11 0.00 0.12 0.00 0.11 0.06 0.09 0.12 0.07 0.04 0.05 0.01 0.01 0.13 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.06 0.39 0.24 0.12 0.22
N1 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.28 0.19 0.14 0.15
N3 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.03 0.36 0.24 0.11 0.22
N4 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.16 0.02 0.44 0.29 0.19 0.29
O2 0.03 0.01 0.17 0.18 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.20 0.08 0.23 0.17 0.13 0.14
O2' 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.07 0.03 0.02 0.03 0.10 0.00 0.03 0.03 0.07 0.14 0.22 0.04
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.14 0.04 0.12 0.05 0.11 0.06 0.16 0.16 0.20 0.03 0.00 0.02 0.24 0.33 0.22 0.22
O4' 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.02 0.00 0.09 0.14 0.32 0.14
O5' 0.12 0.30 0.21 0.28 0.42 0.01 0.44 0.01 0.39 0.28 0.36 0.44 0.23 0.07 0.24 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.13 0.20 0.22 0.29 0.27 0.11 0.28 0.13 0.24 0.19 0.24 0.29 0.17 0.14 0.33 0.14 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.22 0.12 0.19 0.19 0.14 0.28 0.15 0.32 0.12 0.14 0.11 0.19 0.13 0.22 0.22 0.32 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.08 0.17 0.13 0.20 0.26 0.03 0.28 0.02 0.22 0.15 0.22 0.29 0.14 0.04 0.22 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00