Doublet Group distance statistics: 53788

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O2	A	0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.037 std_dev=0.021
N4	A	0, 0.015, 0.049, 0.083, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.049 std_dev=0.034
N1	B	0, 0.081, 0.225, 0.370, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.225 std_dev=0.144
C2	B	0, 0.120, 0.300, 0.479, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.300 std_dev=0.180
N3	B	0, 0.195, 0.414, 0.634, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.414 std_dev=0.220
C1'	B	0, 0.223, 0.448, 0.674, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.448 std_dev=0.225
O2	B	0, 0.141, 0.367, 0.592, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.367 std_dev=0.226
C6	B	0, 0.083, 0.309, 0.535, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.309 std_dev=0.226
C4	B	0, 0.230, 0.473, 0.715, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.473 std_dev=0.242
C5	B	0, 0.178, 0.422, 0.666, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.422 std_dev=0.244
C2'	B	0, 0.248, 0.551, 0.854, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.551 std_dev=0.303
N4	B	0, 0.307, 0.625, 0.943, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.625 std_dev=0.318
OP2	A	0, 0.383, 0.783, 1.183, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.783 std_dev=0.400
P	A	0, 0.413, 0.836, 1.259, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.836 std_dev=0.423
OP1	A	0, 0.507, 1.021, 1.535, 1.347 max_d=1.347 avg_d=1.021 std_dev=0.514
O4'	A	0, 0.495, 1.012, 1.528, 1.451 max_d=1.451 avg_d=1.012 std_dev=0.516
O5'	A	0, 0.527, 1.069, 1.610, 1.464 max_d=1.464 avg_d=1.069 std_dev=0.541
C2'	A	0, 0.536, 1.089, 1.641, 1.518 max_d=1.518 avg_d=1.089 std_dev=0.553
O4'	B	0, 0.568, 1.231, 1.893, 1.814 max_d=1.814 avg_d=1.231 std_dev=0.662
C3'	A	0, 0.699, 1.413, 2.128, 1.943 max_d=1.943 avg_d=1.413 std_dev=0.714
C4'	A	0, 0.701, 1.423, 2.145, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.423 std_dev=0.722
O2'	A	0, 0.842, 1.706, 2.569, 2.291 max_d=2.291 avg_d=1.706 std_dev=0.864
C3'	B	0, 0.711, 1.611, 2.511, 2.508 max_d=2.508 avg_d=1.611 std_dev=0.900
O2'	B	0, 0.753, 1.675, 2.598, 2.600 max_d=2.600 avg_d=1.675 std_dev=0.923
O3'	A	0, 0.970, 1.946, 2.923, 2.492 max_d=2.492 avg_d=1.946 std_dev=0.976
C4'	B	0, 0.869, 1.864, 2.859, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.864 std_dev=0.995
C5'	A	0, 0.975, 1.985, 2.996, 2.809 max_d=2.809 avg_d=1.985 std_dev=1.011
O5'	B	0, 1.108, 2.292, 3.477, 3.238 max_d=3.238 avg_d=2.292 std_dev=1.184
C5'	B	0, 1.094, 2.295, 3.497, 3.281 max_d=3.281 avg_d=2.295 std_dev=1.202
OP2	B	0, 1.211, 2.491, 3.771, 3.467 max_d=3.467 avg_d=2.491 std_dev=1.280
O3'	B	0, 1.206, 2.513, 3.819, 3.515 max_d=3.515 avg_d=2.513 std_dev=1.306
P	B	0, 1.351, 2.743, 4.135, 3.727 max_d=3.727 avg_d=2.743 std_dev=1.392
OP1	B	0, 1.789, 3.605, 5.421, 4.759 max_d=4.759 avg_d=3.605 std_dev=1.816

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.13	0.00	0.13	0.21	0.13	0.13
C2	0.01	0.00	0.11	0.11	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.04	0.05	0.18	0.22	0.17	0.16
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.04	0.01	0.07	0.10	0.09	0.02	0.09	0.05	0.18	0.00	0.02	0.01	0.30	0.44	0.35	0.35
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.11	0.00	0.08	0.02	0.05	0.07	0.13	0.12	0.12	0.01	0.01	0.01	0.14	0.32	0.14	0.19
C4	0.01	0.00	0.04	0.11	0.00	0.01	0.00	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.14	0.04	0.02	0.21	0.21	0.18	0.18
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.04	0.11	0.01	0.00	0.01	0.13	0.10	0.03
C5	0.01	0.00	0.07	0.08	0.00	0.02	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.04	0.04	0.22	0.21	0.16	0.18
C5'	0.05	0.06	0.10	0.02	0.06	0.00	0.07	0.00	0.08	0.06	0.06	0.06	0.06	0.04	0.10	0.02	0.01	0.09	0.14	0.02
C6	0.01	0.00	0.09	0.05	0.01	0.02	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.14	0.05	0.05	0.21	0.21	0.15	0.17
N1	0.00	0.01	0.02	0.07	0.01	0.01	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.06	0.01	0.18	0.22	0.15	0.15
N3	0.01	0.00	0.09	0.13	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.11	0.03	0.04	0.20	0.22	0.18	0.17
N4	0.01	0.01	0.05	0.12	0.00	0.02	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.15	0.05	0.02	0.22	0.21	0.19	0.18
O2	0.02	0.01	0.18	0.12	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.14	0.05	0.09	0.16	0.22	0.18	0.15
O2'	0.01	0.09	0.00	0.01	0.14	0.11	0.16	0.04	0.14	0.08	0.11	0.15	0.14	0.00	0.02	0.06	0.19	0.37	0.38	0.30
O3'	0.13	0.04	0.02	0.01	0.04	0.01	0.04	0.10	0.05	0.06	0.03	0.05	0.05	0.02	0.00	0.10	0.05	0.17	0.14	0.09
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.02	0.00	0.04	0.02	0.05	0.01	0.04	0.02	0.09	0.06	0.10	0.00	0.04	0.07	0.13	0.06
O5'	0.13	0.18	0.30	0.14	0.21	0.01	0.22	0.01	0.21	0.18	0.20	0.22	0.16	0.19	0.05	0.04	0.00	0.04	0.03	0.00
OP1	0.21	0.22	0.44	0.32	0.21	0.13	0.21	0.09	0.21	0.22	0.22	0.21	0.22	0.37	0.17	0.07	0.04	0.00	0.01	0.01
OP2	0.13	0.17	0.35	0.14	0.18	0.10	0.16	0.14	0.15	0.15	0.18	0.19	0.18	0.38	0.14	0.13	0.03	0.01	0.00	0.01
P	0.13	0.16	0.35	0.19	0.18	0.03	0.18	0.02	0.17	0.15	0.17	0.18	0.15	0.30	0.09	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.07	0.07	0.05	0.04	0.10	0.05	0.07	0.09	0.03	0.03	0.10	0.13	0.08	0.06	0.03	0.10	0.25	0.38	0.16	0.33
C2	0.10	0.12	0.10	0.11	0.10	0.15	0.09	0.25	0.10	0.10	0.12	0.10	0.12	0.16	0.17	0.08	0.17	0.20	0.16	0.19
C2'	0.12	0.09	0.05	0.12	0.22	0.18	0.20	0.08	0.09	0.05	0.16	0.28	0.07	0.11	0.14	0.22	0.36	0.44	0.12	0.37
C3'	0.36	0.19	0.25	0.41	0.10	0.47	0.14	0.42	0.24	0.26	0.13	0.07	0.20	0.32	0.45	0.47	0.67	0.76	0.50	0.72
C4	0.05	0.07	0.06	0.08	0.04	0.15	0.04	0.19	0.06	0.05	0.07	0.05	0.09	0.08	0.21	0.13	0.14	0.14	0.15	0.17
C4'	0.28	0.13	0.19	0.36	0.09	0.38	0.16	0.38	0.22	0.20	0.10	0.08	0.13	0.24	0.38	0.37	0.64	0.85	0.63	0.78
C5	0.07	0.07	0.06	0.08	0.06	0.08	0.06	0.11	0.07	0.06	0.08	0.08	0.08	0.07	0.14	0.08	0.19	0.20	0.16	0.23
C5'	0.29	0.12	0.22	0.45	0.08	0.47	0.18	0.51	0.25	0.21	0.08	0.08	0.10	0.22	0.47	0.39	0.73	0.96	0.82	0.90
C6	0.07	0.07	0.05	0.08	0.09	0.07	0.05	0.09	0.06	0.05	0.10	0.11	0.08	0.05	0.09	0.07	0.23	0.27	0.18	0.29
N1	0.06	0.08	0.03	0.03	0.09	0.04	0.05	0.12	0.03	0.04	0.10	0.11	0.09	0.07	0.07	0.04	0.20	0.27	0.14	0.26
N3	0.09	0.12	0.10	0.13	0.08	0.20	0.08	0.27	0.10	0.10	0.11	0.08	0.13	0.16	0.24	0.15	0.17	0.17	0.18	0.17
N4	0.08	0.06	0.08	0.11	0.01	0.19	0.05	0.21	0.07	0.07	0.04	0.03	0.09	0.09	0.28	0.19	0.14	0.14	0.17	0.15
O2	0.15	0.15	0.16	0.18	0.13	0.22	0.13	0.34	0.15	0.15	0.14	0.12	0.16	0.23	0.20	0.14	0.22	0.24	0.23	0.21
O2'	0.21	0.34	0.37	0.27	0.41	0.18	0.43	0.32	0.39	0.33	0.37	0.41	0.31	0.23	0.20	0.12	0.08	0.20	0.26	0.08
O3'	0.36	0.18	0.27	0.44	0.11	0.49	0.16	0.45	0.24	0.25	0.13	0.07	0.19	0.37	0.52	0.46	0.73	0.96	0.60	0.86
O4'	0.18	0.10	0.10	0.20	0.10	0.20	0.14	0.18	0.16	0.13	0.10	0.10	0.09	0.15	0.17	0.21	0.44	0.62	0.44	0.57
O5'	0.06	0.19	0.12	0.13	0.22	0.16	0.12	0.21	0.08	0.12	0.23	0.26	0.21	0.15	0.13	0.11	0.42	0.63	0.50	0.58
OP1	0.13	0.23	0.23	0.12	0.25	0.14	0.20	0.20	0.17	0.18	0.25	0.27	0.24	0.31	0.15	0.07	0.35	0.54	0.42	0.46
OP2	0.12	0.21	0.18	0.16	0.23	0.18	0.16	0.27	0.13	0.16	0.24	0.27	0.22	0.30	0.15	0.08	0.37	0.44	0.41	0.45
P	0.08	0.20	0.16	0.13	0.22	0.15	0.14	0.23	0.10	0.13	0.23	0.26	0.21	0.25	0.13	0.07	0.39	0.54	0.45	0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.05	0.01	0.13	0.00	0.02	0.21	0.21	0.11
C2	0.02	0.00	0.06	0.10	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.07	0.06	0.05	0.14	0.15	0.07
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.10	0.06	0.01	0.04	0.01	0.10	0.00	0.02	0.00	0.19	0.48	0.44	0.36
C3'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.16	0.00	0.16	0.01	0.13	0.09	0.14	0.18	0.05	0.02	0.00	0.00	0.16	0.37	0.22	0.24
C4	0.01	0.01	0.01	0.16	0.00	0.11	0.00	0.13	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.15	0.06	0.03	0.18	0.09	0.13	0.16
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.11	0.00	0.14	0.00	0.13	0.05	0.05	0.12	0.05	0.10	0.02	0.00	0.00	0.11	0.07	0.04
C5	0.01	0.01	0.05	0.16	0.00	0.14	0.00	0.16	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.16	0.09	0.08	0.21	0.11	0.14	0.18
C5'	0.03	0.04	0.10	0.01	0.13	0.00	0.16	0.00	0.12	0.04	0.08	0.16	0.05	0.02	0.08	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01
C6	0.02	0.01	0.06	0.13	0.01	0.13	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.13	0.06	0.10	0.15	0.08	0.13	0.10
N1	0.01	0.01	0.01	0.09	0.00	0.05	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.08	0.04	0.01	0.07	0.14	0.16	0.07
N3	0.02	0.01	0.04	0.14	0.00	0.05	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.03	0.03	0.11	0.08	0.12	0.10
N4	0.01	0.01	0.01	0.18	0.00	0.12	0.01	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.17	0.08	0.04	0.21	0.14	0.18	0.21
O2	0.05	0.01	0.10	0.05	0.02	0.05	0.02	0.05	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.06	0.15	0.12	0.03	0.21	0.18	0.09
O2'	0.01	0.08	0.00	0.02	0.15	0.10	0.16	0.02	0.13	0.08	0.12	0.17	0.06	0.00	0.05	0.10	0.10	0.46	0.44	0.31
O3'	0.13	0.07	0.02	0.00	0.06	0.02	0.09	0.08	0.06	0.04	0.03	0.08	0.15	0.05	0.00	0.10	0.05	0.24	0.11	0.12
O4'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.00	0.08	0.01	0.10	0.01	0.03	0.04	0.12	0.10	0.10	0.00	0.10	0.05	0.06	0.06
O5'	0.02	0.05	0.19	0.16	0.18	0.00	0.21	0.01	0.15	0.07	0.11	0.21	0.03	0.10	0.05	0.10	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.21	0.14	0.48	0.37	0.09	0.11	0.11	0.03	0.08	0.14	0.08	0.14	0.21	0.46	0.24	0.05	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.21	0.15	0.44	0.22	0.13	0.07	0.14	0.02	0.13	0.16	0.12	0.18	0.18	0.44	0.11	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.11	0.07	0.36	0.24	0.16	0.04	0.18	0.01	0.10	0.07	0.10	0.21	0.09	0.31	0.12	0.06	0.00	0.00	0.01	0.00