ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53789

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O2 A 0, 0.000, 0.059, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.000, 0.084, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.000, 0.104, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O5' A 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O3' A 0, 0.000, 0.178, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.178 std_dev=0.178
O2 B 0, 0.000, 0.323, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.323
O4' B 0, 0.000, 0.333, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C2 B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
N3 B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C4 B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
P A 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
OP1 A 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
N1 B 0, 0.000, 0.381, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C5 B 0, 0.000, 0.384, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.384 std_dev=0.384
N4 B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C6 B 0, 0.000, 0.400, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.400 std_dev=0.400
C1' B 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
O5' B 0, 0.000, 0.565, 1.129, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.565 std_dev=0.565
C4' B 0, 0.000, 0.616, 1.233, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.616 std_dev=0.616
C2' B 0, 0.000, 0.635, 1.270, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.635 std_dev=0.635
OP2 A 0, 0.000, 0.651, 1.303, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.651 std_dev=0.651
OP1 B 0, 0.000, 0.689, 1.378, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.689 std_dev=0.689
C3' B 0, 0.000, 0.713, 1.426, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.713 std_dev=0.713
P B 0, 0.000, 0.719, 1.438, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.719 std_dev=0.719
O2' B 0, 0.000, 0.722, 1.445, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.722 std_dev=0.722
C5' B 0, 0.000, 0.787, 1.574, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.787 std_dev=0.787
O3' B 0, 0.000, 0.954, 1.909, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.954 std_dev=0.954
OP2 B 0, 0.000, 0.967, 1.935, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.967 std_dev=0.967

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C2 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.13 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.15 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.11 0.13 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.12 0.15 0.11
C5' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.10 0.11 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.09 0.09 0.09
N4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.12 0.14 0.11
O2 0.06 0.00 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.12 0.03
O3' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.16 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02
O5' 0.00 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.01 0.07 0.06 0.07 0.11 0.03 0.12 0.01 0.10 0.06 0.09 0.12 0.06 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.13 0.15 0.13 0.06 0.15 0.02 0.11 0.05 0.09 0.14 0.05 0.12 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.08 0.05 0.06 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.11 0.08 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.04 0.09 0.02 0.09 0.00 0.14 0.11 0.15 0.09 0.04 0.08 0.00 0.08 0.02 0.05 0.32 0.01 0.27 0.20
C2 0.08 0.04 0.07 0.00 0.11 0.05 0.16 0.19 0.15 0.09 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.01 0.33 0.14 0.14 0.10
C2' 0.12 0.06 0.09 0.05 0.11 0.02 0.16 0.03 0.17 0.11 0.06 0.10 0.01 0.06 0.03 0.08 0.31 0.08 0.36 0.26
C3' 0.06 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.10 0.11 0.10 0.05 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.03 0.21 0.10 0.31 0.22
C4 0.07 0.09 0.09 0.17 0.01 0.21 0.03 0.36 0.01 0.07 0.07 0.01 0.12 0.08 0.18 0.12 0.23 0.28 0.06 0.06
C4' 0.08 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.09 0.12 0.10 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.21 0.07 0.24 0.17
C5 0.06 0.08 0.10 0.19 0.03 0.22 0.01 0.39 0.01 0.06 0.07 0.02 0.10 0.08 0.21 0.10 0.20 0.24 0.09 0.07
C5' 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.10 0.03 0.20 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.02 0.13 0.01 0.14 0.05 0.12 0.10
C6 0.00 0.03 0.04 0.13 0.02 0.16 0.06 0.32 0.05 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03 0.15 0.04 0.24 0.14 0.01 0.01
N1 0.07 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.13 0.22 0.13 0.06 0.03 0.07 0.02 0.04 0.05 0.00 0.30 0.10 0.14 0.10
N3 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.13 0.11 0.27 0.09 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.08 0.08 0.29 0.22 0.05 0.02
N4 0.13 0.16 0.15 0.23 0.09 0.25 0.06 0.40 0.09 0.14 0.15 0.05 0.17 0.13 0.23 0.16 0.19 0.34 0.14 0.12
O2 0.17 0.12 0.17 0.10 0.16 0.05 0.20 0.08 0.21 0.17 0.12 0.15 0.07 0.17 0.11 0.06 0.36 0.10 0.23 0.17
O2' 0.21 0.13 0.20 0.17 0.16 0.16 0.21 0.13 0.23 0.19 0.13 0.15 0.09 0.18 0.17 0.17 0.33 0.13 0.45 0.33
O3' 0.08 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.14 0.15 0.37 0.24
O4' 0.09 0.02 0.06 0.01 0.06 0.03 0.12 0.14 0.12 0.07 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.04 0.27 0.03 0.22 0.17
O5' 0.00 0.07 0.05 0.13 0.04 0.14 0.00 0.25 0.01 0.03 0.07 0.05 0.09 0.06 0.17 0.01 0.15 0.04 0.05 0.07
OP1 0.00 0.08 0.05 0.12 0.09 0.11 0.04 0.20 0.02 0.04 0.10 0.11 0.09 0.05 0.18 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06
OP2 0.05 0.06 0.01 0.04 0.07 0.04 0.00 0.13 0.04 0.00 0.09 0.10 0.07 0.01 0.08 0.08 0.30 0.23 0.11 0.19
P 0.01 0.08 0.04 0.11 0.07 0.11 0.01 0.21 0.01 0.03 0.09 0.09 0.10 0.04 0.15 0.01 0.18 0.13 0.05 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.27 0.14 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.26 0.32 0.04 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.35 0.06 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.13 0.04 0.02 0.08 0.05 0.00 0.00 0.01 0.07 0.37 0.00 0.11
C4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.27 0.33 0.07 0.06
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.05 0.05 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.29 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.15 0.04 0.27 0.34 0.07 0.07
C5' 0.04 0.12 0.00 0.01 0.20 0.00 0.22 0.00 0.20 0.13 0.16 0.22 0.08 0.02 0.04 0.01 0.00 0.27 0.11 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.14 0.04 0.27 0.34 0.00 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.26 0.31 0.06 0.00
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.27 0.33 0.02 0.03
N4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.08 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.27 0.32 0.12 0.09
O2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.05 0.24 0.31 0.07 0.01
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.04 0.05 0.04 0.34 0.07 0.07
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.01 0.15 0.04 0.14 0.04 0.01 0.09 0.10 0.04 0.00 0.01 0.30 0.41 0.09 0.22
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.00 0.28 0.16 0.23 0.14
O5' 0.21 0.26 0.04 0.07 0.27 0.00 0.27 0.00 0.27 0.26 0.27 0.27 0.24 0.04 0.30 0.28 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.27 0.32 0.35 0.37 0.33 0.29 0.34 0.27 0.34 0.31 0.33 0.32 0.31 0.34 0.41 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.04 0.06 0.00 0.07 0.10 0.07 0.11 0.00 0.06 0.02 0.12 0.07 0.07 0.09 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.01 0.06 0.11 0.06 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.03 0.09 0.01 0.07 0.22 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00