ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53796

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 5, 5, 10, 8, 5, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.017, 0.052, 0.087, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.052 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.016, 0.052, 0.087, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.052 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.023, 0.132, 0.241, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.132 std_dev=0.109
C2' A 0, 0.066, 0.188, 0.311, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.188 std_dev=0.122
C4' A 0, 0.076, 0.230, 0.385, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.230 std_dev=0.155
O2' A 0, 0.123, 0.295, 0.466, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.295 std_dev=0.172
C3' A 0, 0.104, 0.288, 0.473, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.288 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.262, 0.470, 0.678, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.470 std_dev=0.208
N9 B 0, 0.220, 0.430, 0.639, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.430 std_dev=0.209
C8 B 0, 0.299, 0.528, 0.757, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.528 std_dev=0.229
C1' B 0, 0.276, 0.509, 0.743, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.509 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.234, 0.483, 0.731, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.483 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.405, 0.654, 0.903, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.654 std_dev=0.249
N7 B 0, 0.282, 0.544, 0.807, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.544 std_dev=0.263
C6 B 0, 0.354, 0.632, 0.909, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.632 std_dev=0.278
O3' A 0, 0.162, 0.440, 0.717, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.440 std_dev=0.278
C5' A 0, 0.141, 0.419, 0.696, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.419 std_dev=0.278
N1 B 0, 0.483, 0.782, 1.081, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.782 std_dev=0.299
C2 B 0, 0.499, 0.809, 1.120, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.809 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.215, 0.533, 0.851, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.533 std_dev=0.318
O6 B 0, 0.386, 0.727, 1.068, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.727 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.294, 0.651, 1.009, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.651 std_dev=0.357
O5' A 0, 0.180, 0.554, 0.929, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.554 std_dev=0.374
O5' B 0, 0.293, 0.686, 1.078, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.686 std_dev=0.393
P B 0, 0.267, 0.676, 1.085, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.676 std_dev=0.409
C4' B 0, 0.263, 0.683, 1.102, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.683 std_dev=0.419
N2 B 0, 0.631, 1.069, 1.506, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.069 std_dev=0.438
OP2 B 0, 0.324, 0.764, 1.204, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.764 std_dev=0.440
C5' B 0, 0.284, 0.736, 1.188, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.736 std_dev=0.452
P A 0, 0.371, 0.829, 1.287, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.829 std_dev=0.458
C3' B 0, 0.232, 0.751, 1.269, 2.645 max_d=2.645 avg_d=0.751 std_dev=0.518
OP1 B 0, 0.387, 0.941, 1.494, 2.407 max_d=2.407 avg_d=0.941 std_dev=0.553
O2' B 0, 0.278, 0.916, 1.553, 2.526 max_d=2.526 avg_d=0.916 std_dev=0.638
OP1 A 0, 0.484, 1.279, 2.074, 3.875 max_d=3.875 avg_d=1.279 std_dev=0.795
OP2 A 0, 0.485, 1.286, 2.088, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.286 std_dev=0.802
O3' B 0, 0.225, 1.100, 1.976, 4.146 max_d=4.146 avg_d=1.100 std_dev=0.876

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.16 0.42 0.34 0.19
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.04 0.30 0.67 0.56 0.32
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.10 0.04 0.05 0.08 0.12 0.00 0.02 0.01 0.15 0.24 0.25 0.12
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.12 0.00 0.15 0.02 0.15 0.07 0.08 0.13 0.10 0.02 0.01 0.01 0.19 0.31 0.18 0.14
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.14 0.04 0.39 0.86 0.77 0.43
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.14 0.26 0.07
C5 0.02 0.01 0.10 0.15 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.19 0.05 0.41 0.87 0.76 0.44
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.08 0.11 0.17 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.19 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.16 0.05 0.37 0.75 0.60 0.36
N1 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.29 0.62 0.49 0.29
N3 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.35 0.78 0.68 0.38
N4 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.04 0.41 0.92 0.85 0.47
O2 0.05 0.01 0.12 0.10 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.13 0.07 0.26 0.59 0.49 0.28
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.09 0.08 0.16 0.00 0.05 0.05 0.05 0.16 0.23 0.08
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.14 0.02 0.19 0.04 0.16 0.07 0.09 0.16 0.13 0.05 0.00 0.02 0.17 0.53 0.24 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.12 0.42 0.32 0.21
O5' 0.16 0.30 0.15 0.19 0.39 0.01 0.41 0.01 0.37 0.29 0.35 0.41 0.26 0.05 0.17 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.42 0.67 0.24 0.31 0.86 0.14 0.87 0.19 0.75 0.62 0.78 0.92 0.59 0.16 0.53 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.56 0.25 0.18 0.77 0.26 0.76 0.37 0.60 0.49 0.68 0.85 0.49 0.23 0.24 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.32 0.12 0.14 0.43 0.07 0.44 0.02 0.36 0.29 0.38 0.47 0.28 0.08 0.18 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.41 0.19 0.17 0.26 0.19 0.26 0.26 0.34 0.22 0.41 0.48 0.35 0.23 0.17 0.18 0.19 0.18 0.19 0.36 0.06 0.07 0.06
C2 0.19 0.49 0.16 0.17 0.26 0.17 0.22 0.24 0.33 0.28 0.46 0.58 0.41 0.23 0.17 0.22 0.22 0.15 0.21 0.31 0.11 0.16 0.12
C2' 0.17 0.34 0.22 0.16 0.24 0.17 0.24 0.26 0.29 0.22 0.33 0.38 0.30 0.24 0.16 0.16 0.18 0.17 0.21 0.31 0.10 0.10 0.10
C3' 0.21 0.34 0.30 0.10 0.28 0.12 0.30 0.13 0.34 0.23 0.35 0.36 0.31 0.30 0.23 0.21 0.13 0.22 0.06 0.37 0.02 0.06 0.01
C4 0.19 0.48 0.17 0.30 0.22 0.19 0.17 0.23 0.33 0.28 0.49 0.57 0.36 0.24 0.17 0.19 0.21 0.18 0.27 0.32 0.22 0.31 0.24
C4' 0.18 0.39 0.28 0.09 0.30 0.11 0.33 0.15 0.40 0.23 0.41 0.42 0.34 0.31 0.22 0.18 0.12 0.18 0.06 0.44 0.07 0.15 0.06
C5 0.20 0.45 0.20 0.33 0.25 0.22 0.23 0.26 0.37 0.25 0.47 0.52 0.35 0.21 0.19 0.25 0.27 0.22 0.30 0.39 0.27 0.35 0.28
C5' 0.26 0.47 0.36 0.14 0.39 0.13 0.44 0.12 0.51 0.32 0.51 0.49 0.41 0.41 0.31 0.30 0.17 0.23 0.10 0.56 0.15 0.28 0.15
C6 0.20 0.44 0.21 0.29 0.27 0.21 0.26 0.25 0.38 0.23 0.46 0.50 0.36 0.20 0.19 0.24 0.25 0.22 0.27 0.40 0.22 0.29 0.23
N1 0.18 0.45 0.17 0.20 0.27 0.17 0.25 0.23 0.36 0.23 0.45 0.52 0.37 0.21 0.17 0.18 0.18 0.18 0.21 0.36 0.10 0.16 0.12
N3 0.19 0.52 0.18 0.22 0.24 0.17 0.19 0.22 0.32 0.29 0.49 0.62 0.41 0.25 0.18 0.21 0.21 0.16 0.23 0.29 0.16 0.23 0.17
N4 0.20 0.46 0.20 0.34 0.20 0.21 0.17 0.24 0.28 0.31 0.48 0.58 0.33 0.30 0.20 0.20 0.23 0.19 0.30 0.27 0.27 0.37 0.27
O2 0.24 0.50 0.22 0.18 0.29 0.23 0.24 0.29 0.32 0.31 0.44 0.60 0.43 0.26 0.22 0.34 0.34 0.19 0.24 0.30 0.17 0.14 0.14
O2' 0.20 0.33 0.25 0.26 0.23 0.28 0.23 0.37 0.27 0.26 0.32 0.39 0.29 0.25 0.19 0.27 0.30 0.22 0.28 0.29 0.16 0.11 0.15
O3' 0.20 0.26 0.31 0.07 0.24 0.11 0.28 0.09 0.30 0.23 0.29 0.27 0.25 0.30 0.20 0.19 0.19 0.22 0.01 0.34 0.02 0.02 0.00
O4' 0.17 0.43 0.23 0.12 0.29 0.14 0.31 0.20 0.40 0.20 0.45 0.49 0.36 0.26 0.18 0.16 0.13 0.17 0.11 0.43 0.04 0.12 0.03
O5' 0.48 0.61 0.57 0.41 0.56 0.35 0.57 0.28 0.60 0.50 0.62 0.63 0.58 0.53 0.51 0.57 0.39 0.43 0.31 0.61 0.26 0.43 0.29
OP1 0.59 0.88 0.76 0.56 0.75 0.49 0.80 0.56 0.91 0.63 0.93 0.91 0.79 0.73 0.65 0.80 0.63 0.49 0.58 0.96 0.81 0.78 0.69
OP2 0.60 0.87 0.77 0.46 0.78 0.39 0.86 0.34 0.96 0.68 0.95 0.88 0.79 0.81 0.68 0.89 0.46 0.44 0.36 1.04 0.48 0.51 0.39
P 0.51 0.71 0.66 0.43 0.64 0.35 0.68 0.30 0.74 0.56 0.75 0.72 0.65 0.64 0.57 0.70 0.43 0.42 0.33 0.78 0.33 0.50 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.15 0.02 0.15 0.21 0.16
C2 0.04 0.00 0.29 0.28 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.26 0.15 0.20 0.01 0.23 0.30 0.23
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.15 0.01 0.09 0.17 0.14 0.15 0.23 0.35 0.28 0.10 0.04 0.00 0.03 0.01 0.36 0.12 0.40 0.47 0.40
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.26 0.00 0.32 0.02 0.35 0.28 0.32 0.27 0.24 0.33 0.20 0.02 0.01 0.02 0.06 0.37 0.16 0.11 0.08
C4 0.02 0.01 0.15 0.26 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.16 0.08 0.19 0.01 0.21 0.27 0.21
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.16 0.08 0.09 0.07 0.16 0.08 0.25 0.04 0.00 0.02 0.14 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.09 0.32 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.20 0.04 0.24 0.01 0.28 0.34 0.28
C5' 0.07 0.14 0.17 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.18 0.18 0.16 0.14 0.12 0.21 0.11 0.09 0.17 0.02 0.01 0.21 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.35 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.23 0.07 0.26 0.01 0.32 0.39 0.31
C8 0.01 0.01 0.15 0.28 0.00 0.16 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.20 0.09 0.21 0.02 0.23 0.26 0.23
N1 0.03 0.00 0.23 0.32 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.23 0.12 0.23 0.01 0.28 0.36 0.28
N2 0.05 0.00 0.35 0.27 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.33 0.18 0.19 0.02 0.22 0.30 0.21
N3 0.03 0.01 0.28 0.24 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.26 0.14 0.17 0.01 0.19 0.26 0.19
N7 0.01 0.01 0.10 0.33 0.00 0.16 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.25 0.05 0.26 0.02 0.30 0.34 0.31
N9 0.01 0.02 0.04 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.09 0.01 0.16 0.02 0.17 0.22 0.18
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.14 0.25 0.24 0.09 0.23 0.31 0.16 0.21 0.14 0.33 0.17 0.00 0.07 0.17 0.26 0.28 0.31 0.52 0.32
O3' 0.24 0.26 0.03 0.01 0.16 0.04 0.20 0.17 0.23 0.20 0.23 0.33 0.26 0.25 0.09 0.07 0.00 0.18 0.22 0.28 0.37 0.33 0.29
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.12 0.18 0.14 0.05 0.01 0.17 0.18 0.00 0.07 0.06 0.09 0.11 0.11
O5' 0.15 0.20 0.36 0.06 0.19 0.02 0.24 0.01 0.26 0.21 0.23 0.19 0.17 0.26 0.16 0.26 0.22 0.07 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.12 0.37 0.01 0.14 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.28 0.28 0.06 0.30 0.00 0.38 0.44 0.36
OP1 0.15 0.23 0.40 0.16 0.21 0.07 0.28 0.06 0.32 0.23 0.28 0.22 0.19 0.30 0.17 0.31 0.37 0.09 0.02 0.38 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.30 0.47 0.11 0.27 0.03 0.34 0.02 0.39 0.26 0.36 0.30 0.26 0.34 0.22 0.52 0.33 0.11 0.02 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.23 0.40 0.08 0.21 0.02 0.28 0.02 0.31 0.23 0.28 0.21 0.19 0.31 0.18 0.32 0.29 0.11 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00