ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53799

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 6, 11, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.012, 0.016, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.011, 0.017, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.018, 0.032, 0.046, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.018, 0.032, 0.046, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.021, 0.036, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.060, 0.100, 0.139, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.100 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.055, 0.097, 0.140, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.097 std_dev=0.043
C4 B 0, 0.178, 0.284, 0.390, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.284 std_dev=0.106
N9 B 0, 0.145, 0.258, 0.372, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.258 std_dev=0.114
C2' A 0, 0.021, 0.143, 0.265, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.143 std_dev=0.122
C8 B 0, 0.241, 0.370, 0.500, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.370 std_dev=0.129
O4' A 0, 0.005, 0.144, 0.284, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.144 std_dev=0.139
C5 B 0, 0.231, 0.372, 0.513, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.372 std_dev=0.141
N7 B 0, 0.303, 0.449, 0.596, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.449 std_dev=0.146
C1' B 0, 0.222, 0.372, 0.522, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.372 std_dev=0.150
O2' A 0, 0.065, 0.219, 0.373, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.219 std_dev=0.154
N3 B 0, 0.194, 0.349, 0.505, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.349 std_dev=0.155
C4' A 0, 0.023, 0.218, 0.414, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.218 std_dev=0.196
O4' B 0, 0.214, 0.417, 0.620, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.417 std_dev=0.203
C3' A 0, 0.036, 0.241, 0.445, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.241 std_dev=0.205
C6 B 0, 0.264, 0.472, 0.681, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.472 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.226, 0.442, 0.657, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.442 std_dev=0.215
C4' B 0, 0.225, 0.458, 0.690, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.458 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.249, 0.484, 0.720, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.484 std_dev=0.236
O5' B 0, 0.247, 0.493, 0.739, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.493 std_dev=0.246
C2' B 0, 0.284, 0.556, 0.829, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.556 std_dev=0.272
O6 B 0, 0.320, 0.594, 0.868, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.594 std_dev=0.274
O3' A 0, 0.124, 0.399, 0.675, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.399 std_dev=0.276
C3' B 0, 0.239, 0.533, 0.828, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.533 std_dev=0.294
N2 B 0, 0.252, 0.566, 0.880, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.566 std_dev=0.314
P B 0, 0.246, 0.562, 0.878, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.562 std_dev=0.316
C5' B 0, 0.186, 0.512, 0.838, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.512 std_dev=0.326
OP2 B 0, 0.347, 0.706, 1.065, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.706 std_dev=0.359
C5' A 0, 0.013, 0.379, 0.745, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.379 std_dev=0.366
O2' B 0, 0.411, 0.813, 1.216, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.813 std_dev=0.403
O3' B 0, 0.314, 0.753, 1.192, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.753 std_dev=0.439
OP1 B 0, 0.287, 0.756, 1.226, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.756 std_dev=0.470
O5' A 0, -0.025, 0.468, 0.960, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.468 std_dev=0.492
P A 0, 0.056, 0.570, 1.083, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.570 std_dev=0.513
OP1 A 0, 0.050, 0.713, 1.376, 2.456 max_d=2.456 avg_d=0.713 std_dev=0.663
OP2 A 0, -0.134, 0.733, 1.600, 4.332 max_d=4.332 avg_d=0.733 std_dev=0.867

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.13 0.28 0.22 0.16
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.32 0.37 0.37 0.28
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.12 0.00 0.02 0.01 0.21 0.24 0.17 0.16
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.10 0.04 0.08 0.07 0.12 0.01 0.01 0.01 0.29 0.28 0.20 0.21
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.46 0.49 0.58 0.42
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.13 0.21 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.48 0.52 0.59 0.44
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.11 0.07 0.10 0.14 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.14 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.04 0.42 0.46 0.44 0.35
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.30 0.37 0.33 0.26
N3 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.39 0.43 0.48 0.35
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.49 0.53 0.66 0.46
O2 0.03 0.01 0.12 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.15 0.03 0.25 0.32 0.30 0.22
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.07 0.05 0.12 0.00 0.04 0.03 0.07 0.17 0.15 0.06
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.02 0.11 0.04 0.11 0.04 0.09 0.08 0.15 0.04 0.00 0.02 0.23 0.35 0.22 0.22
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.06 0.29 0.28 0.18
O5' 0.13 0.32 0.21 0.29 0.46 0.02 0.48 0.01 0.42 0.30 0.39 0.49 0.25 0.07 0.23 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.37 0.24 0.28 0.49 0.13 0.52 0.14 0.46 0.37 0.43 0.53 0.32 0.17 0.35 0.29 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.37 0.17 0.20 0.58 0.21 0.59 0.28 0.44 0.33 0.48 0.66 0.30 0.15 0.22 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.28 0.16 0.21 0.42 0.05 0.44 0.02 0.35 0.26 0.35 0.46 0.22 0.06 0.22 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.19 0.14 0.15 0.14 0.16 0.17 0.23 0.20 0.15 0.20 0.21 0.17 0.19 0.11 0.21 0.16 0.16 0.18 0.23 0.09 0.11 0.05
C2 0.18 0.20 0.19 0.16 0.13 0.17 0.14 0.20 0.18 0.16 0.20 0.23 0.18 0.16 0.13 0.27 0.18 0.17 0.15 0.20 0.11 0.18 0.08
C2' 0.12 0.17 0.12 0.17 0.14 0.16 0.17 0.26 0.19 0.16 0.18 0.18 0.15 0.20 0.12 0.15 0.17 0.14 0.20 0.22 0.14 0.08 0.10
C3' 0.13 0.17 0.13 0.18 0.16 0.12 0.19 0.19 0.20 0.17 0.19 0.18 0.16 0.21 0.14 0.12 0.19 0.14 0.07 0.23 0.02 0.09 0.01
C4 0.18 0.20 0.18 0.16 0.12 0.13 0.12 0.13 0.17 0.15 0.20 0.23 0.17 0.15 0.13 0.24 0.16 0.14 0.15 0.21 0.10 0.23 0.11
C4' 0.14 0.20 0.13 0.18 0.18 0.12 0.22 0.20 0.25 0.20 0.23 0.21 0.18 0.25 0.16 0.13 0.18 0.13 0.07 0.29 0.07 0.19 0.07
C5 0.15 0.20 0.14 0.12 0.12 0.10 0.14 0.09 0.20 0.14 0.21 0.22 0.16 0.15 0.12 0.19 0.12 0.12 0.19 0.23 0.14 0.26 0.15
C5' 0.21 0.27 0.23 0.26 0.26 0.17 0.30 0.20 0.33 0.29 0.30 0.27 0.25 0.33 0.24 0.19 0.27 0.18 0.13 0.36 0.18 0.32 0.17
C6 0.15 0.19 0.13 0.11 0.12 0.10 0.15 0.11 0.20 0.13 0.21 0.21 0.16 0.16 0.11 0.19 0.11 0.14 0.20 0.24 0.14 0.23 0.15
N1 0.16 0.19 0.14 0.12 0.13 0.13 0.16 0.17 0.19 0.14 0.20 0.21 0.17 0.17 0.11 0.22 0.13 0.14 0.17 0.22 0.08 0.16 0.07
N3 0.20 0.20 0.21 0.18 0.12 0.17 0.12 0.18 0.17 0.16 0.20 0.23 0.17 0.15 0.14 0.28 0.19 0.17 0.15 0.19 0.10 0.21 0.10
N4 0.20 0.21 0.22 0.20 0.15 0.16 0.12 0.15 0.16 0.17 0.20 0.25 0.19 0.16 0.16 0.25 0.21 0.16 0.15 0.21 0.11 0.25 0.12
O2 0.20 0.21 0.23 0.22 0.15 0.24 0.15 0.28 0.18 0.18 0.20 0.25 0.20 0.17 0.15 0.32 0.25 0.22 0.19 0.19 0.18 0.18 0.14
O2' 0.17 0.18 0.19 0.25 0.17 0.25 0.19 0.36 0.20 0.18 0.19 0.19 0.18 0.21 0.16 0.22 0.27 0.19 0.25 0.22 0.22 0.08 0.15
O3' 0.13 0.16 0.15 0.21 0.15 0.13 0.18 0.20 0.19 0.16 0.17 0.16 0.15 0.19 0.14 0.10 0.22 0.14 0.02 0.21 0.02 0.02 0.00
O4' 0.13 0.20 0.12 0.15 0.16 0.13 0.21 0.21 0.25 0.19 0.23 0.21 0.17 0.24 0.13 0.17 0.15 0.14 0.11 0.30 0.04 0.18 0.04
O5' 0.45 0.54 0.42 0.38 0.52 0.35 0.54 0.30 0.56 0.48 0.56 0.54 0.52 0.52 0.48 0.41 0.35 0.41 0.39 0.57 0.29 0.45 0.34
OP1 0.44 0.55 0.43 0.41 0.50 0.36 0.53 0.33 0.58 0.46 0.58 0.56 0.52 0.51 0.46 0.41 0.40 0.41 0.43 0.62 0.48 0.57 0.45
OP2 0.53 0.71 0.53 0.45 0.66 0.38 0.72 0.31 0.77 0.60 0.76 0.71 0.66 0.69 0.59 0.49 0.43 0.45 0.41 0.82 0.36 0.53 0.38
P 0.38 0.48 0.37 0.33 0.45 0.29 0.48 0.25 0.52 0.41 0.51 0.49 0.45 0.46 0.41 0.35 0.31 0.35 0.35 0.54 0.33 0.45 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.09 0.03 0.09 0.18 0.08
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.16 0.04 0.17 0.01 0.13 0.20 0.13
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.07 0.09 0.13 0.10 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.13 0.07 0.15 0.11 0.10
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.13 0.12 0.14 0.15 0.12 0.13 0.08 0.01 0.01 0.01 0.19 0.14 0.21 0.08 0.15
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.18 0.02 0.13 0.19 0.13
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.05 0.05 0.04 0.09 0.05 0.06 0.04 0.00 0.02 0.08 0.10 0.16 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.03 0.23 0.02 0.17 0.22 0.17
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.11 0.12 0.08 0.05 0.05 0.13 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.13 0.11 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.17 0.04 0.24 0.01 0.19 0.24 0.19
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.00 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.04 0.23 0.02 0.15 0.19 0.15
N1 0.03 0.00 0.09 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.17 0.04 0.21 0.01 0.17 0.22 0.17
N2 0.03 0.01 0.13 0.15 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.19 0.05 0.16 0.01 0.12 0.19 0.12
N3 0.03 0.01 0.10 0.12 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.04 0.15 0.02 0.12 0.19 0.12
N7 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.17 0.04 0.26 0.02 0.19 0.22 0.20
N9 0.00 0.02 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.16 0.02 0.11 0.18 0.11
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.04 0.11 0.16 0.12 0.05 0.03 0.00 0.05 0.06 0.05 0.09 0.14 0.12 0.05
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.11 0.04 0.15 0.04 0.17 0.14 0.17 0.19 0.14 0.17 0.08 0.05 0.00 0.03 0.20 0.19 0.27 0.15 0.19
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.12 0.04 0.11 0.25 0.13
O5' 0.09 0.17 0.13 0.19 0.18 0.02 0.23 0.01 0.24 0.23 0.21 0.16 0.15 0.26 0.16 0.05 0.20 0.12 0.00 0.26 0.02 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.07 0.14 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.19 0.04 0.26 0.00 0.22 0.26 0.22
OP1 0.09 0.13 0.15 0.21 0.13 0.10 0.17 0.11 0.19 0.15 0.17 0.12 0.12 0.19 0.11 0.14 0.27 0.11 0.02 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.20 0.11 0.08 0.19 0.16 0.22 0.18 0.24 0.19 0.22 0.19 0.19 0.22 0.18 0.12 0.15 0.25 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.10 0.15 0.13 0.02 0.17 0.02 0.19 0.15 0.17 0.12 0.12 0.20 0.11 0.05 0.19 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00