ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53803

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 1, 3, 3, 0, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.015, 0.026, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.047, 0.082, 0.117, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.082 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.040, 0.075, 0.111, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.075 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.094, 0.202, 0.309, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.202 std_dev=0.108
O4' A 0, 0.087, 0.197, 0.307, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.197 std_dev=0.110
C3' A 0, 0.182, 0.358, 0.533, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.358 std_dev=0.176
C4' A 0, 0.143, 0.324, 0.506, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.324 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.012, 0.214, 0.415, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.214 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.237, 0.466, 0.694, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.466 std_dev=0.229
O3' A 0, 0.295, 0.530, 0.766, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.530 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.219, 0.467, 0.715, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.467 std_dev=0.248
N9 B 0, 0.284, 0.544, 0.804, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.544 std_dev=0.260
C5 B 0, 0.289, 0.563, 0.837, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.563 std_dev=0.274
C8 B 0, 0.345, 0.620, 0.895, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.620 std_dev=0.275
C2 B 0, 0.264, 0.545, 0.826, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.545 std_dev=0.281
N7 B 0, 0.339, 0.644, 0.948, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.644 std_dev=0.304
C5' A 0, 0.241, 0.559, 0.876, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.559 std_dev=0.317
N2 B 0, 0.313, 0.658, 1.004, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.658 std_dev=0.345
N1 B 0, 0.279, 0.638, 0.997, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.638 std_dev=0.359
C6 B 0, 0.318, 0.677, 1.037, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.677 std_dev=0.360
C1' B 0, 0.290, 0.673, 1.056, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.673 std_dev=0.383
O4' B 0, 0.331, 0.722, 1.112, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.722 std_dev=0.391
O6 B 0, 0.391, 0.863, 1.334, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.863 std_dev=0.472
O5' A 0, 0.223, 0.696, 1.170, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.696 std_dev=0.473
C4' B 0, 0.331, 0.834, 1.337, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.834 std_dev=0.503
P A 0, 0.425, 0.930, 1.435, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.930 std_dev=0.505
OP2 A 0, 0.509, 1.107, 1.705, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.107 std_dev=0.598
C5' B 0, 0.335, 0.941, 1.547, 2.617 max_d=2.617 avg_d=0.941 std_dev=0.606
C2' B 0, 0.238, 0.847, 1.455, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.847 std_dev=0.609
C3' B 0, 0.269, 0.913, 1.558, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.913 std_dev=0.644
OP1 A 0, 0.451, 1.095, 1.740, 2.662 max_d=2.662 avg_d=1.095 std_dev=0.645
O3' B 0, 0.537, 1.413, 2.289, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.413 std_dev=0.876
O2' B 0, 0.454, 1.510, 2.567, 2.930 max_d=2.930 avg_d=1.510 std_dev=1.057
O5' B 0, -0.024, 1.064, 2.153, 4.984 max_d=4.984 avg_d=1.064 std_dev=1.089
P B 0, -0.206, 1.154, 2.514, 6.238 max_d=6.238 avg_d=1.154 std_dev=1.360
OP1 B 0, -0.089, 1.376, 2.840, 6.768 max_d=6.768 avg_d=1.376 std_dev=1.464
OP2 B 0, -0.459, 1.487, 3.434, 8.799 max_d=8.799 avg_d=1.487 std_dev=1.947

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.15 0.22 0.17 0.14
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.04 0.32 0.33 0.42 0.33
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.07 0.02 0.06 0.04 0.13 0.00 0.02 0.01 0.22 0.22 0.18 0.20
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.10 0.08 0.13 0.01 0.01 0.01 0.29 0.29 0.14 0.24
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03 0.45 0.46 0.61 0.49
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.11 0.18 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.46 0.47 0.59 0.49
C5' 0.03 0.12 0.03 0.03 0.20 0.01 0.21 0.00 0.18 0.12 0.16 0.22 0.07 0.07 0.05 0.01 0.01 0.15 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.41 0.39 0.44 0.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.31 0.31 0.34 0.29
N3 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.04 0.39 0.40 0.54 0.42
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.47 0.51 0.69 0.54
O2 0.03 0.00 0.13 0.13 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.07 0.26 0.28 0.36 0.27
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.02 0.06 0.05 0.10 0.00 0.06 0.04 0.06 0.13 0.09 0.07
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.05 0.08 0.04 0.11 0.10 0.15 0.06 0.00 0.01 0.21 0.28 0.16 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.01 0.00 0.06 0.23 0.15 0.09
O5' 0.15 0.32 0.22 0.29 0.45 0.02 0.46 0.01 0.41 0.31 0.39 0.47 0.26 0.06 0.21 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.22 0.33 0.22 0.29 0.46 0.11 0.47 0.15 0.39 0.31 0.40 0.51 0.28 0.13 0.28 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.42 0.18 0.14 0.61 0.18 0.59 0.31 0.44 0.34 0.54 0.69 0.36 0.09 0.16 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.33 0.20 0.24 0.49 0.02 0.49 0.01 0.39 0.29 0.42 0.54 0.27 0.07 0.18 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.41 0.27 0.22 0.21 0.21 0.17 0.30 0.25 0.37 0.32 0.34 0.29 0.21 0.34 0.27 0.55 0.16 0.32 0.37 0.45 0.08 0.69 0.42
C2 0.53 0.26 0.51 0.34 0.17 0.24 0.24 0.32 0.35 0.30 0.35 0.31 0.18 0.26 0.30 0.84 0.33 0.27 0.29 0.42 0.30 0.51 0.24
C2' 0.36 0.28 0.19 0.20 0.27 0.21 0.36 0.29 0.39 0.39 0.35 0.27 0.23 0.41 0.30 0.49 0.20 0.36 0.46 0.44 0.23 0.69 0.51
C3' 0.24 0.18 0.23 0.29 0.18 0.35 0.29 0.45 0.33 0.32 0.27 0.17 0.12 0.37 0.20 0.19 0.32 0.37 0.83 0.40 0.69 1.24 1.00
C4 0.42 0.24 0.45 0.35 0.10 0.22 0.21 0.26 0.39 0.20 0.39 0.28 0.14 0.20 0.24 0.57 0.32 0.22 0.42 0.49 0.12 0.83 0.46
C4' 0.26 0.20 0.24 0.26 0.18 0.28 0.31 0.38 0.36 0.34 0.30 0.19 0.13 0.39 0.21 0.23 0.28 0.34 0.73 0.45 0.60 1.26 0.93
C5 0.35 0.22 0.28 0.31 0.09 0.19 0.23 0.23 0.41 0.17 0.37 0.24 0.13 0.22 0.19 0.34 0.18 0.21 0.57 0.53 0.23 1.10 0.66
C5' 0.32 0.28 0.48 0.42 0.30 0.40 0.40 0.50 0.44 0.45 0.37 0.26 0.24 0.49 0.33 0.42 0.41 0.38 0.95 0.53 0.89 1.67 1.21
C6 0.36 0.24 0.20 0.29 0.14 0.19 0.26 0.23 0.39 0.20 0.35 0.25 0.16 0.26 0.20 0.34 0.14 0.25 0.58 0.50 0.25 1.09 0.68
N1 0.44 0.26 0.30 0.26 0.18 0.17 0.27 0.23 0.37 0.28 0.35 0.28 0.19 0.29 0.26 0.57 0.17 0.27 0.41 0.46 0.08 0.78 0.45
N3 0.52 0.26 0.58 0.38 0.14 0.27 0.21 0.32 0.35 0.25 0.37 0.31 0.16 0.21 0.29 0.83 0.41 0.25 0.31 0.43 0.28 0.57 0.28
N4 0.39 0.24 0.50 0.38 0.15 0.25 0.22 0.27 0.40 0.21 0.42 0.27 0.17 0.21 0.25 0.56 0.39 0.24 0.42 0.51 0.15 0.83 0.45
O2 0.57 0.26 0.59 0.38 0.19 0.31 0.25 0.42 0.33 0.34 0.33 0.32 0.19 0.29 0.33 1.06 0.40 0.32 0.30 0.39 0.56 0.25 0.19
O2' 0.43 0.35 0.35 0.28 0.35 0.26 0.39 0.39 0.41 0.43 0.39 0.35 0.32 0.43 0.38 0.66 0.28 0.40 0.25 0.45 0.25 0.22 0.17
O3' 0.18 0.16 0.33 0.32 0.17 0.41 0.27 0.54 0.30 0.29 0.24 0.15 0.12 0.35 0.17 0.17 0.43 0.37 0.90 0.37 0.97 1.25 1.15
O4' 0.34 0.22 0.16 0.20 0.17 0.18 0.29 0.26 0.36 0.32 0.31 0.24 0.14 0.36 0.22 0.35 0.17 0.31 0.53 0.46 0.26 1.01 0.67
O5' 0.62 0.66 0.40 0.62 0.65 0.55 0.71 0.49 0.74 0.69 0.70 0.65 0.63 0.74 0.64 0.43 0.62 0.65 1.04 0.78 0.92 1.78 1.27
OP1 0.52 0.73 0.45 0.67 0.67 0.57 0.78 0.64 0.87 0.67 0.82 0.72 0.66 0.80 0.60 0.46 0.73 0.59 1.21 0.97 1.25 2.11 1.50
OP2 0.59 0.89 0.53 0.73 0.78 0.56 0.87 0.55 0.98 0.68 0.97 0.90 0.80 0.82 0.67 0.51 0.68 0.58 1.16 1.06 1.07 2.01 1.40
P 0.57 0.73 0.40 0.64 0.68 0.54 0.75 0.53 0.82 0.65 0.79 0.72 0.67 0.75 0.62 0.40 0.64 0.61 1.11 0.90 1.04 1.96 1.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.31 0.00 0.31 0.02 0.21 0.48 0.27
C2 0.04 0.00 0.38 0.34 0.01 0.16 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.39 0.26 0.35 0.01 0.20 0.64 0.31
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.21 0.01 0.11 0.22 0.18 0.18 0.30 0.46 0.37 0.11 0.04 0.00 0.03 0.02 0.53 0.15 0.61 0.64 0.54
C3' 0.02 0.34 0.00 0.00 0.31 0.01 0.39 0.02 0.42 0.37 0.39 0.34 0.29 0.42 0.25 0.02 0.01 0.02 0.21 0.46 0.33 0.12 0.15
C4 0.02 0.01 0.21 0.31 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.14 0.21 0.13 0.47 0.01 0.25 0.80 0.47
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.27 0.10 0.24 0.16 0.25 0.11 0.32 0.02 0.00 0.02 0.16 0.12 0.25 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.39 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.31 0.17 0.04 0.66 0.01 0.44 1.11 0.71
C5' 0.08 0.17 0.22 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.18 0.31 0.13 0.24 0.17 0.32 0.13 0.09 0.22 0.01 0.01 0.24 0.15 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.42 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.22 0.09 0.64 0.00 0.43 1.13 0.70
C8 0.01 0.01 0.18 0.37 0.00 0.27 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.44 0.19 0.17 0.79 0.01 0.60 1.18 0.82
N1 0.03 0.00 0.30 0.39 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.30 0.19 0.48 0.01 0.26 0.89 0.51
N2 0.06 0.01 0.46 0.34 0.02 0.24 0.02 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.29 0.50 0.32 0.27 0.01 0.28 0.47 0.19
N3 0.04 0.01 0.37 0.29 0.00 0.16 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.39 0.26 0.31 0.01 0.19 0.55 0.27
N7 0.01 0.01 0.11 0.42 0.00 0.25 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.46 0.22 0.10 0.84 0.01 0.66 1.35 0.92
N9 0.01 0.02 0.04 0.25 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.22 0.09 0.01 0.52 0.01 0.31 0.80 0.51
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.14 0.32 0.31 0.09 0.28 0.44 0.15 0.29 0.18 0.46 0.22 0.00 0.05 0.23 0.38 0.35 0.51 0.71 0.45
O3' 0.31 0.39 0.03 0.01 0.21 0.02 0.17 0.22 0.22 0.19 0.30 0.50 0.39 0.22 0.09 0.05 0.00 0.21 0.22 0.25 0.33 0.24 0.21
O4' 0.00 0.26 0.02 0.02 0.13 0.00 0.04 0.01 0.09 0.17 0.19 0.32 0.26 0.10 0.01 0.23 0.21 0.00 0.20 0.05 0.11 0.46 0.26
O5' 0.31 0.35 0.53 0.21 0.47 0.02 0.66 0.01 0.64 0.79 0.48 0.27 0.31 0.84 0.52 0.38 0.22 0.20 0.00 0.73 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.15 0.46 0.01 0.16 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.25 0.05 0.73 0.00 0.55 1.32 0.84
OP1 0.21 0.20 0.61 0.33 0.25 0.12 0.44 0.15 0.43 0.60 0.26 0.28 0.19 0.66 0.31 0.51 0.33 0.11 0.02 0.55 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.64 0.64 0.12 0.80 0.25 1.11 0.24 1.13 1.18 0.89 0.47 0.55 1.35 0.80 0.71 0.24 0.46 0.02 1.32 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.31 0.54 0.15 0.47 0.06 0.71 0.02 0.70 0.82 0.51 0.19 0.27 0.92 0.51 0.45 0.21 0.26 0.01 0.84 0.01 0.01 0.00