ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53805

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.068, 0.181, 0.294, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.181 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.091, 0.228, 0.365, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.228 std_dev=0.137
C4' A 0, 0.116, 0.305, 0.494, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.305 std_dev=0.189
O2' A 0, 0.168, 0.393, 0.618, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.393 std_dev=0.225
C3' A 0, 0.157, 0.391, 0.626, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.391 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.131, 0.426, 0.721, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.426 std_dev=0.295
C1' B 0, 0.314, 0.623, 0.932, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.623 std_dev=0.309
C4 B 0, 0.113, 0.423, 0.732, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.423 std_dev=0.309
N1 B 0, 0.132, 0.443, 0.754, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.443 std_dev=0.311
C2 B 0, 0.185, 0.497, 0.809, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.497 std_dev=0.312
C5 B 0, 0.182, 0.500, 0.819, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.500 std_dev=0.318
C5' A 0, 0.273, 0.600, 0.928, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.600 std_dev=0.327
C6 B 0, 0.080, 0.409, 0.737, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.409 std_dev=0.329
N9 B 0, 0.259, 0.598, 0.936, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.598 std_dev=0.338
O6 B 0, 0.146, 0.501, 0.856, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.501 std_dev=0.355
O3' A 0, 0.215, 0.579, 0.943, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.579 std_dev=0.364
C2' B 0, 0.370, 0.743, 1.117, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.743 std_dev=0.374
N2 B 0, 0.376, 0.760, 1.144, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.760 std_dev=0.384
O2' B 0, 0.365, 0.773, 1.181, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.773 std_dev=0.408
N7 B 0, 0.341, 0.759, 1.178, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.759 std_dev=0.419
C8 B 0, 0.341, 0.798, 1.254, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.798 std_dev=0.456
O4' B 0, 0.094, 0.564, 1.033, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.564 std_dev=0.469
O5' A 0, 0.595, 1.093, 1.591, 1.630 max_d=1.630 avg_d=1.093 std_dev=0.498
P A 0, 0.497, 1.108, 1.720, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.108 std_dev=0.612
C4' B 0, -0.112, 0.673, 1.459, 2.904 max_d=2.904 avg_d=0.673 std_dev=0.786
C3' B 0, 0.068, 0.865, 1.661, 3.048 max_d=3.048 avg_d=0.865 std_dev=0.796
OP1 A 0, 0.744, 1.588, 2.431, 2.572 max_d=2.572 avg_d=1.588 std_dev=0.844
C5' B 0, -0.207, 0.744, 1.694, 3.503 max_d=3.503 avg_d=0.744 std_dev=0.951
OP2 A 0, 0.955, 2.008, 3.061, 3.326 max_d=3.326 avg_d=2.008 std_dev=1.053
O3' B 0, -0.045, 1.069, 2.183, 4.214 max_d=4.214 avg_d=1.069 std_dev=1.114
O5' B 0, -0.503, 1.050, 2.602, 5.595 max_d=5.595 avg_d=1.050 std_dev=1.552
P B 0, -1.034, 1.214, 3.461, 7.864 max_d=7.864 avg_d=1.214 std_dev=2.248
OP1 B 0, -1.117, 1.396, 3.910, 8.817 max_d=8.817 avg_d=1.396 std_dev=2.514
OP2 B 0, -1.406, 1.528, 4.461, 10.229 max_d=10.229 avg_d=1.528 std_dev=2.934

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.68 0.16 0.16
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.03 0.18 0.98 0.46 0.26
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.17 0.36 0.20 0.17
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.14 0.07 0.08 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.25 0.22 0.13 0.20
C4 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.30 1.19 0.73 0.39
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.04 0.08 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.17 0.17 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.03 0.34 1.18 0.73 0.41
C5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.15 0.01 0.18 0.00 0.15 0.08 0.10 0.16 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.10 0.36 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.03 0.29 1.06 0.54 0.35
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.19 0.93 0.39 0.26
N3 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.24 1.11 0.61 0.32
N4 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.02 0.33 1.24 0.82 0.42
O2 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.07 0.04 0.12 0.89 0.37 0.21
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.09 0.07 0.15 0.00 0.04 0.05 0.09 0.27 0.07 0.10
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.12 0.02 0.16 0.03 0.15 0.07 0.07 0.13 0.07 0.04 0.00 0.02 0.25 0.38 0.12 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.08 0.66 0.10 0.15
O5' 0.07 0.18 0.17 0.25 0.30 0.02 0.34 0.01 0.29 0.19 0.24 0.33 0.12 0.09 0.25 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.68 0.98 0.36 0.22 1.19 0.17 1.18 0.10 1.06 0.93 1.11 1.24 0.89 0.27 0.38 0.66 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.46 0.20 0.13 0.73 0.17 0.73 0.36 0.54 0.39 0.61 0.82 0.37 0.07 0.12 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.26 0.17 0.20 0.39 0.05 0.41 0.02 0.35 0.26 0.32 0.42 0.21 0.10 0.21 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.18 0.19 0.17 0.08 0.13 0.15 0.17 0.18 0.35 0.19 0.26 0.12 0.30 0.20 0.21 0.15 0.16 0.46 0.24 0.14 0.81 0.50
C2 0.32 0.21 0.34 0.32 0.17 0.36 0.17 0.41 0.14 0.39 0.18 0.31 0.18 0.32 0.30 0.35 0.47 0.31 0.34 0.19 0.57 0.41 0.17
C2' 0.17 0.16 0.15 0.18 0.11 0.18 0.18 0.17 0.18 0.35 0.17 0.21 0.13 0.31 0.19 0.12 0.16 0.22 0.57 0.23 0.39 0.87 0.67
C3' 0.17 0.14 0.09 0.31 0.06 0.35 0.08 0.38 0.11 0.22 0.12 0.19 0.13 0.20 0.11 0.06 0.33 0.32 0.92 0.16 1.02 1.55 1.28
C4 0.29 0.27 0.32 0.31 0.22 0.30 0.20 0.30 0.16 0.36 0.23 0.35 0.24 0.32 0.30 0.30 0.46 0.28 0.49 0.20 0.37 0.86 0.42
C4' 0.16 0.16 0.09 0.26 0.05 0.27 0.10 0.29 0.14 0.24 0.16 0.21 0.11 0.22 0.12 0.06 0.27 0.25 0.79 0.20 0.92 1.49 1.15
C5 0.21 0.22 0.23 0.27 0.13 0.19 0.12 0.20 0.13 0.33 0.22 0.30 0.16 0.30 0.22 0.20 0.28 0.17 0.69 0.20 0.26 1.26 0.74
C5' 0.18 0.14 0.10 0.36 0.08 0.34 0.09 0.40 0.13 0.22 0.14 0.19 0.12 0.19 0.14 0.08 0.38 0.29 0.98 0.19 1.24 1.92 1.45
C6 0.20 0.21 0.18 0.25 0.08 0.16 0.10 0.18 0.16 0.34 0.22 0.28 0.14 0.29 0.20 0.17 0.20 0.14 0.71 0.24 0.31 1.29 0.80
N1 0.23 0.19 0.23 0.21 0.09 0.18 0.13 0.21 0.15 0.37 0.19 0.28 0.13 0.31 0.23 0.24 0.24 0.17 0.49 0.22 0.16 0.86 0.48
N3 0.35 0.27 0.38 0.38 0.25 0.42 0.21 0.42 0.16 0.39 0.22 0.36 0.26 0.33 0.34 0.37 0.58 0.37 0.37 0.19 0.64 0.47 0.21
N4 0.30 0.32 0.35 0.35 0.27 0.34 0.25 0.33 0.21 0.34 0.28 0.41 0.29 0.32 0.30 0.31 0.55 0.32 0.48 0.25 0.45 0.84 0.39
O2 0.35 0.21 0.39 0.42 0.17 0.49 0.17 0.58 0.14 0.39 0.18 0.31 0.18 0.31 0.31 0.40 0.57 0.38 0.39 0.19 0.92 0.14 0.39
O2' 0.26 0.21 0.24 0.23 0.20 0.23 0.23 0.24 0.22 0.39 0.21 0.25 0.19 0.34 0.27 0.22 0.22 0.30 0.32 0.24 0.24 0.34 0.29
O3' 0.22 0.12 0.13 0.41 0.09 0.50 0.05 0.57 0.07 0.16 0.08 0.16 0.14 0.15 0.13 0.10 0.53 0.43 1.01 0.13 1.44 1.59 1.52
O4' 0.17 0.19 0.12 0.17 0.06 0.13 0.14 0.14 0.20 0.29 0.22 0.26 0.12 0.27 0.15 0.14 0.12 0.16 0.60 0.28 0.46 1.18 0.81
O5' 0.38 0.52 0.39 0.53 0.45 0.46 0.46 0.51 0.51 0.37 0.53 0.54 0.49 0.41 0.40 0.38 0.51 0.40 1.13 0.51 1.25 2.14 1.56
OP1 0.51 1.01 0.43 0.49 0.75 0.44 0.73 0.48 0.89 0.42 1.02 1.10 0.89 0.52 0.56 0.50 0.51 0.49 1.12 0.89 1.50 2.27 1.65
OP2 0.49 0.89 0.53 0.53 0.74 0.39 0.83 0.43 0.96 0.59 0.96 0.91 0.78 0.74 0.60 0.59 0.49 0.35 1.14 1.05 1.33 2.32 1.62
P 0.38 0.59 0.37 0.51 0.48 0.43 0.50 0.48 0.57 0.35 0.61 0.62 0.54 0.41 0.40 0.39 0.48 0.38 1.15 0.59 1.33 2.26 1.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.23 0.00 0.26 0.02 0.17 0.39 0.20
C2 0.05 0.00 0.24 0.23 0.01 0.13 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.41 0.20 0.44 0.01 0.25 0.81 0.39
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.14 0.01 0.11 0.14 0.17 0.09 0.22 0.28 0.22 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.16 0.19 0.14 0.06
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.21 0.00 0.30 0.02 0.32 0.30 0.29 0.23 0.18 0.34 0.19 0.02 0.01 0.01 0.10 0.36 0.17 0.09 0.09
C4 0.03 0.01 0.14 0.21 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.24 0.10 0.56 0.01 0.15 0.95 0.55
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.11 0.22 0.10 0.17 0.12 0.20 0.09 0.20 0.03 0.00 0.01 0.14 0.31 0.08 0.11
C5 0.03 0.01 0.11 0.30 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.22 0.06 0.76 0.02 0.38 1.34 0.83
C5' 0.04 0.12 0.14 0.02 0.09 0.01 0.17 0.00 0.16 0.26 0.12 0.16 0.11 0.27 0.10 0.07 0.13 0.01 0.01 0.21 0.12 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.32 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.29 0.09 0.75 0.01 0.35 1.40 0.84
C8 0.01 0.01 0.09 0.30 0.00 0.22 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.19 0.11 0.86 0.02 0.57 1.34 0.94
N1 0.04 0.00 0.22 0.29 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.36 0.16 0.60 0.01 0.17 1.12 0.61
N2 0.05 0.00 0.28 0.23 0.01 0.17 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.50 0.23 0.33 0.01 0.41 0.63 0.25
N3 0.05 0.00 0.22 0.18 0.01 0.12 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.39 0.19 0.38 0.01 0.27 0.67 0.31
N7 0.02 0.01 0.06 0.34 0.01 0.20 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.22 0.05 0.92 0.03 0.66 1.60 1.07
N9 0.01 0.02 0.04 0.19 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.12 0.01 0.57 0.02 0.19 0.88 0.56
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.12 0.20 0.19 0.07 0.18 0.26 0.15 0.18 0.12 0.26 0.14 0.00 0.04 0.16 0.07 0.22 0.15 0.07 0.05
O3' 0.23 0.41 0.02 0.01 0.24 0.03 0.22 0.13 0.29 0.19 0.36 0.50 0.39 0.22 0.12 0.04 0.00 0.16 0.13 0.32 0.21 0.17 0.13
O4' 0.00 0.20 0.02 0.01 0.10 0.00 0.06 0.01 0.09 0.11 0.16 0.23 0.19 0.05 0.01 0.16 0.16 0.00 0.26 0.07 0.23 0.31 0.16
O5' 0.26 0.44 0.06 0.10 0.56 0.01 0.76 0.01 0.75 0.86 0.60 0.33 0.38 0.92 0.57 0.07 0.13 0.26 0.00 0.85 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.16 0.36 0.01 0.14 0.02 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.22 0.32 0.07 0.85 0.00 0.51 1.63 1.00
OP1 0.17 0.25 0.19 0.17 0.15 0.31 0.38 0.12 0.35 0.57 0.17 0.41 0.27 0.66 0.19 0.15 0.21 0.23 0.02 0.51 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.81 0.14 0.09 0.95 0.08 1.34 0.03 1.40 1.34 1.12 0.63 0.67 1.60 0.88 0.07 0.17 0.31 0.02 1.63 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.39 0.06 0.09 0.55 0.11 0.83 0.02 0.84 0.94 0.61 0.25 0.31 1.07 0.56 0.05 0.13 0.16 0.01 1.00 0.01 0.01 0.00