ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53807

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.028, 0.055, 0.082, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.055 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.039, 0.077, 0.115, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.077 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.048, 0.115, 0.181, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.115 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.072, 0.168, 0.264, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.168 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.059, 0.159, 0.258, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.159 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.045, 0.160, 0.276, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.160 std_dev=0.115
N2 B 0, 0.115, 0.235, 0.355, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.235 std_dev=0.120
C2 B 0, 0.097, 0.218, 0.340, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.218 std_dev=0.121
N3 B 0, 0.077, 0.208, 0.339, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.208 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.072, 0.235, 0.397, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.235 std_dev=0.162
C5' A 0, 0.178, 0.354, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.354 std_dev=0.175
N1 B 0, 0.107, 0.297, 0.487, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.297 std_dev=0.190
C4 B 0, 0.074, 0.277, 0.480, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.277 std_dev=0.203
C6 B 0, 0.097, 0.345, 0.593, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.345 std_dev=0.248
C5 B 0, 0.077, 0.332, 0.586, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.332 std_dev=0.255
O2' A 0, 0.056, 0.322, 0.587, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.322 std_dev=0.265
N9 B 0, 0.098, 0.365, 0.632, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.365 std_dev=0.267
C1' B 0, 0.136, 0.417, 0.699, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.417 std_dev=0.281
O5' A 0, 0.245, 0.534, 0.824, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.534 std_dev=0.290
O4' B 0, 0.123, 0.421, 0.718, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.421 std_dev=0.297
O6 B 0, 0.133, 0.439, 0.746, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.439 std_dev=0.306
N7 B 0, 0.102, 0.425, 0.748, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.425 std_dev=0.323
C8 B 0, 0.110, 0.439, 0.768, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.439 std_dev=0.329
O2' B 0, 0.214, 0.580, 0.946, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.580 std_dev=0.366
C2' B 0, 0.200, 0.567, 0.934, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.567 std_dev=0.367
P A 0, 0.329, 0.731, 1.133, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.731 std_dev=0.402
OP1 A 0, 0.378, 0.781, 1.184, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.781 std_dev=0.403
C4' B 0, 0.161, 0.564, 0.967, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.564 std_dev=0.403
C3' B 0, 0.212, 0.641, 1.069, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.641 std_dev=0.428
O5' B 0, 0.327, 0.755, 1.184, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.755 std_dev=0.428
C5' B 0, 0.243, 0.700, 1.158, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.700 std_dev=0.457
O3' B 0, 0.252, 0.759, 1.265, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.759 std_dev=0.506
OP2 B 0, 0.387, 0.895, 1.404, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.895 std_dev=0.508
OP2 A 0, 0.368, 0.882, 1.396, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.882 std_dev=0.514
P B 0, 0.351, 0.887, 1.423, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.887 std_dev=0.536
OP1 B 0, 0.365, 0.963, 1.561, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.963 std_dev=0.598

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.31 0.06 0.13
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.32 0.03 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.26 0.04 0.10
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.05 0.05
C4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02 0.09 0.32 0.07 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.00 0.01 0.19 0.04 0.08
C5 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.08 0.03 0.14 0.33 0.11 0.17
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.03 0.06 0.08 0.07 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.07 0.04 0.14 0.32 0.10 0.17
N1 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.32 0.05 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.32 0.02 0.11
N4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.02 0.10 0.32 0.08 0.14
O2 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.07 0.11 0.32 0.08 0.12
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.08 0.09 0.13 0.07 0.12 0.05 0.04 0.09 0.10 0.00 0.03 0.05 0.11 0.38 0.13 0.20
O3' 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.15 0.08 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.05 0.02 0.00 0.06 0.28 0.05 0.13
O5' 0.04 0.05 0.03 0.02 0.09 0.01 0.14 0.01 0.14 0.06 0.05 0.10 0.11 0.11 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.31 0.32 0.26 0.16 0.32 0.19 0.33 0.05 0.32 0.32 0.32 0.32 0.32 0.38 0.15 0.28 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.03 0.04 0.05 0.07 0.04 0.11 0.04 0.10 0.05 0.02 0.08 0.08 0.13 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.11 0.10 0.05 0.14 0.08 0.17 0.01 0.17 0.13 0.11 0.14 0.12 0.20 0.08 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.07 0.15 0.14 0.08 0.14 0.06 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.11 0.17 0.15 0.14 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09
C2 0.10 0.07 0.10 0.10 0.07 0.10 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.07 0.11 0.10 0.10 0.05 0.11 0.06 0.07 0.05
C2' 0.17 0.16 0.20 0.20 0.08 0.20 0.08 0.18 0.12 0.10 0.16 0.22 0.10 0.07 0.11 0.22 0.22 0.18 0.13 0.12 0.13 0.11 0.13
C3' 0.12 0.16 0.12 0.11 0.13 0.10 0.14 0.09 0.15 0.12 0.17 0.17 0.14 0.13 0.12 0.14 0.11 0.11 0.11 0.16 0.09 0.12 0.10
C4 0.12 0.09 0.12 0.13 0.09 0.13 0.06 0.13 0.04 0.09 0.06 0.10 0.10 0.07 0.10 0.12 0.13 0.13 0.12 0.05 0.12 0.11 0.12
C4' 0.11 0.09 0.12 0.11 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.12 0.14 0.13
C5 0.13 0.08 0.14 0.14 0.11 0.14 0.10 0.12 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.10 0.12 0.14 0.13 0.14 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07
C5' 0.11 0.10 0.12 0.13 0.10 0.13 0.10 0.15 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.14 0.12 0.16 0.11 0.15 0.16 0.15
C6 0.15 0.07 0.14 0.13 0.11 0.12 0.10 0.07 0.08 0.12 0.07 0.06 0.10 0.11 0.13 0.15 0.13 0.14 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06
N1 0.12 0.06 0.13 0.12 0.08 0.11 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.09 0.06 0.09 0.14 0.12 0.12 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05
N3 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.07 0.09 0.04 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09
N4 0.12 0.10 0.14 0.16 0.09 0.15 0.07 0.17 0.06 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.11 0.13 0.16 0.14 0.17 0.06 0.18 0.17 0.18
O2 0.10 0.08 0.10 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.12 0.06 0.11 0.10 0.09 0.08 0.07 0.11 0.10 0.10 0.04 0.15 0.05 0.07 0.05
O2' 0.35 0.06 0.38 0.36 0.19 0.32 0.14 0.26 0.05 0.26 0.06 0.18 0.14 0.19 0.28 0.40 0.37 0.31 0.22 0.04 0.22 0.18 0.21
O3' 0.13 0.14 0.13 0.11 0.13 0.09 0.13 0.08 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.12 0.13 0.14 0.11 0.11 0.11 0.14 0.11 0.12 0.10
O4' 0.13 0.07 0.14 0.14 0.07 0.14 0.07 0.14 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.10 0.15 0.15 0.13 0.14 0.07 0.14 0.16 0.15
O5' 0.12 0.10 0.12 0.15 0.11 0.16 0.12 0.19 0.12 0.14 0.11 0.11 0.10 0.14 0.12 0.12 0.16 0.14 0.22 0.12 0.20 0.21 0.20
OP1 0.23 0.31 0.21 0.21 0.30 0.21 0.33 0.23 0.35 0.30 0.34 0.30 0.29 0.33 0.28 0.18 0.18 0.24 0.30 0.38 0.24 0.32 0.27
OP2 0.10 0.11 0.11 0.10 0.08 0.09 0.08 0.06 0.10 0.07 0.12 0.12 0.09 0.07 0.08 0.15 0.12 0.08 0.03 0.12 0.08 0.05 0.07
P 0.12 0.15 0.11 0.11 0.15 0.11 0.16 0.12 0.18 0.15 0.17 0.14 0.14 0.16 0.14 0.12 0.11 0.13 0.16 0.19 0.11 0.16 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.14 0.11 0.09
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.11 0.09 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.15 0.11 0.10
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.14 0.08 0.08
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.13 0.12 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.12 0.12 0.10
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.11 0.11 0.08
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.15 0.16 0.13
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.09 0.08
N2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.11 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.12 0.10 0.09
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.13 0.15 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.14 0.13 0.11
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.13 0.09 0.08
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.11 0.06 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.07 0.06
O5' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.10 0.08
OP1 0.14 0.11 0.15 0.14 0.13 0.08 0.12 0.03 0.11 0.15 0.11 0.11 0.12 0.13 0.14 0.13 0.11 0.10 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.04 0.12 0.01 0.11 0.16 0.09 0.08 0.10 0.15 0.13 0.09 0.06 0.07 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.04 0.10 0.01 0.08 0.13 0.08 0.07 0.09 0.11 0.11 0.08 0.06 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00