ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53809

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.029, 0.067, 0.106, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.067 std_dev=0.039
N4 A 0, 0.042, 0.092, 0.143, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.092 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.149, 0.361, 0.573, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.361 std_dev=0.212
O2' A 0, 0.194, 0.412, 0.630, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.412 std_dev=0.218
O4' A 0, 0.137, 0.362, 0.587, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.362 std_dev=0.225
N3 B 0, 0.168, 0.408, 0.648, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.408 std_dev=0.240
C4 B 0, 0.228, 0.473, 0.719, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.473 std_dev=0.246
C2 B 0, 0.171, 0.425, 0.679, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.425 std_dev=0.254
N1 B 0, 0.269, 0.545, 0.821, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.545 std_dev=0.276
C5 B 0, 0.276, 0.571, 0.866, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.571 std_dev=0.295
C6 B 0, 0.306, 0.626, 0.945, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.626 std_dev=0.319
C4' A 0, 0.177, 0.496, 0.815, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.496 std_dev=0.319
N9 B 0, 0.305, 0.647, 0.990, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.647 std_dev=0.342
C3' A 0, 0.210, 0.558, 0.906, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.558 std_dev=0.348
N2 B 0, 0.179, 0.533, 0.888, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.533 std_dev=0.354
N7 B 0, 0.334, 0.757, 1.181, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.757 std_dev=0.423
C1' B 0, 0.349, 0.780, 1.211, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.780 std_dev=0.431
C8 B 0, 0.329, 0.774, 1.220, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.774 std_dev=0.445
O6 B 0, 0.368, 0.827, 1.285, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.827 std_dev=0.458
C2' B 0, 0.407, 0.873, 1.339, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.873 std_dev=0.466
O3' A 0, 0.290, 0.792, 1.294, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.792 std_dev=0.502
C3' B 0, 0.468, 0.977, 1.487, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.977 std_dev=0.509
C5' A 0, 0.321, 0.865, 1.408, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.865 std_dev=0.544
O4' B 0, 0.350, 0.896, 1.443, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.896 std_dev=0.546
O2' B 0, 0.421, 0.983, 1.544, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.983 std_dev=0.561
C4' B 0, 0.428, 1.000, 1.572, 1.668 max_d=1.668 avg_d=1.000 std_dev=0.572
O3' B 0, 0.531, 1.120, 1.710, 1.666 max_d=1.666 avg_d=1.120 std_dev=0.590
O5' A 0, 0.350, 0.986, 1.623, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.986 std_dev=0.637
P B 0, 0.368, 1.013, 1.658, 1.732 max_d=1.732 avg_d=1.013 std_dev=0.645
C5' B 0, 0.399, 1.048, 1.697, 1.731 max_d=1.731 avg_d=1.048 std_dev=0.649
O5' B 0, 0.346, 1.032, 1.718, 1.697 max_d=1.697 avg_d=1.032 std_dev=0.686
OP2 B 0, 0.378, 1.068, 1.758, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.068 std_dev=0.690
OP1 B 0, 0.437, 1.160, 1.883, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.160 std_dev=0.723
OP2 A 0, 0.412, 1.168, 1.924, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.168 std_dev=0.756
P A 0, 0.411, 1.179, 1.947, 1.802 max_d=1.802 avg_d=1.179 std_dev=0.768
OP1 A 0, 0.487, 1.327, 2.167, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.327 std_dev=0.840

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.13 0.05 0.04 0.04 0.11 0.05
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.08 0.02 0.21 0.00 0.02 0.01 0.03 0.11 0.02 0.03
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.13 0.04 0.10 0.08 0.17 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.04 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.08 0.07 0.12 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.13 0.04 0.10 0.07 0.12 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.06 0.09 0.06 0.10 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.04 0.06 0.06 0.13 0.06
N4 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.03 0.08 0.07 0.12 0.06
O2 0.01 0.00 0.21 0.17 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.22 0.08 0.03 0.03 0.12 0.05
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.20 0.00 0.04 0.03 0.03 0.13 0.02 0.03
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.02 0.14 0.05 0.12 0.10 0.22 0.04 0.00 0.02 0.03 0.18 0.08 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.04 0.03 0.08 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.11 0.08
O5' 0.01 0.04 0.03 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.08 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.04 0.11 0.13 0.07 0.07 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.03 0.13 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.02 0.04 0.12 0.02 0.12 0.01 0.10 0.10 0.13 0.12 0.12 0.02 0.08 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.03 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.10 0.09 0.06 0.13 0.09 0.10 0.10 0.08 0.05 0.11 0.10 0.14 0.05 0.15 0.11 0.13 0.13 0.16 0.06 0.04 0.05
C2 0.22 0.05 0.23 0.23 0.07 0.28 0.10 0.26 0.07 0.18 0.03 0.09 0.06 0.16 0.15 0.28 0.26 0.26 0.26 0.10 0.19 0.11 0.17
C2' 0.16 0.14 0.16 0.15 0.14 0.17 0.15 0.13 0.14 0.15 0.12 0.16 0.16 0.18 0.13 0.17 0.16 0.17 0.13 0.17 0.09 0.05 0.07
C3' 0.09 0.04 0.11 0.12 0.05 0.16 0.14 0.14 0.17 0.12 0.11 0.03 0.02 0.20 0.02 0.13 0.13 0.15 0.07 0.24 0.02 0.03 0.02
C4 0.23 0.08 0.22 0.20 0.13 0.21 0.11 0.18 0.08 0.14 0.06 0.06 0.13 0.11 0.17 0.27 0.20 0.22 0.28 0.08 0.18 0.10 0.16
C4' 0.12 0.04 0.13 0.13 0.06 0.15 0.14 0.13 0.18 0.12 0.11 0.02 0.04 0.20 0.07 0.14 0.13 0.16 0.07 0.26 0.04 0.12 0.04
C5 0.12 0.08 0.12 0.10 0.10 0.09 0.12 0.07 0.12 0.11 0.09 0.06 0.09 0.13 0.11 0.16 0.10 0.12 0.28 0.13 0.19 0.15 0.18
C5' 0.18 0.14 0.19 0.19 0.16 0.19 0.23 0.16 0.26 0.21 0.20 0.11 0.12 0.27 0.17 0.19 0.18 0.21 0.11 0.34 0.11 0.19 0.10
C6 0.11 0.05 0.10 0.09 0.08 0.10 0.11 0.06 0.12 0.10 0.08 0.04 0.07 0.13 0.09 0.14 0.09 0.13 0.26 0.16 0.17 0.14 0.18
N1 0.11 0.04 0.10 0.08 0.04 0.14 0.09 0.10 0.10 0.10 0.05 0.07 0.06 0.14 0.05 0.16 0.11 0.14 0.19 0.14 0.10 0.03 0.09
N3 0.29 0.05 0.29 0.28 0.13 0.31 0.10 0.28 0.06 0.19 0.04 0.07 0.10 0.14 0.20 0.35 0.30 0.31 0.29 0.07 0.21 0.11 0.18
N4 0.27 0.14 0.28 0.25 0.17 0.25 0.10 0.21 0.08 0.13 0.07 0.12 0.21 0.09 0.20 0.33 0.26 0.25 0.30 0.11 0.20 0.12 0.17
O2 0.26 0.07 0.29 0.33 0.08 0.39 0.10 0.38 0.06 0.21 0.04 0.13 0.07 0.18 0.17 0.35 0.38 0.33 0.31 0.09 0.28 0.19 0.24
O2' 0.25 0.21 0.26 0.25 0.21 0.26 0.18 0.22 0.17 0.21 0.16 0.24 0.24 0.21 0.21 0.27 0.26 0.26 0.17 0.18 0.11 0.06 0.10
O3' 0.07 0.06 0.10 0.13 0.07 0.13 0.17 0.14 0.20 0.15 0.13 0.04 0.03 0.23 0.05 0.11 0.15 0.11 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01
O4' 0.13 0.05 0.13 0.12 0.07 0.16 0.14 0.13 0.17 0.13 0.11 0.04 0.06 0.20 0.08 0.16 0.13 0.17 0.09 0.25 0.03 0.11 0.04
O5' 0.24 0.20 0.25 0.23 0.22 0.22 0.27 0.18 0.30 0.27 0.25 0.17 0.19 0.31 0.24 0.25 0.22 0.25 0.14 0.36 0.09 0.16 0.09
OP1 0.20 0.32 0.21 0.15 0.27 0.11 0.35 0.05 0.42 0.26 0.39 0.31 0.26 0.34 0.24 0.19 0.13 0.19 0.03 0.52 0.17 0.07 0.10
OP2 0.34 0.42 0.32 0.24 0.39 0.23 0.43 0.13 0.48 0.37 0.46 0.41 0.38 0.41 0.36 0.33 0.21 0.30 0.08 0.54 0.09 0.09 0.05
P 0.28 0.32 0.28 0.22 0.31 0.20 0.37 0.13 0.41 0.32 0.38 0.31 0.30 0.37 0.30 0.27 0.20 0.27 0.08 0.49 0.09 0.08 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.05 0.02
C2 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.04 0.21 0.01 0.17 0.13 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.08 0.08 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.14 0.12 0.11 0.06 0.06 0.15 0.08 0.02 0.00 0.01 0.07 0.17 0.08 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.22 0.01 0.18 0.11 0.14
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.12 0.04 0.04 0.03 0.13 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.02 0.30 0.01 0.25 0.19 0.22
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.17 0.19 0.11 0.04 0.04 0.22 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.13 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.02 0.32 0.00 0.27 0.24 0.25
C8 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.13 0.05 0.30 0.02 0.23 0.12 0.19
N1 0.02 0.00 0.03 0.11 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.11 0.03 0.27 0.01 0.23 0.19 0.20
N2 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.07 0.06 0.18 0.02 0.15 0.11 0.11
N3 0.03 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.04 0.17 0.00 0.14 0.08 0.10
N7 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.13 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.17 0.04 0.34 0.02 0.28 0.22 0.27
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.20 0.01 0.16 0.06 0.11
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.08 0.13 0.10 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.10 0.07 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.16 0.13 0.11 0.07 0.06 0.17 0.07 0.02 0.00 0.01 0.12 0.19 0.08 0.09 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.03 0.10 0.09 0.03
O5' 0.08 0.21 0.03 0.07 0.22 0.01 0.30 0.01 0.32 0.30 0.27 0.18 0.17 0.34 0.20 0.04 0.12 0.08 0.00 0.37 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.19 0.03 0.37 0.00 0.32 0.31 0.32
OP1 0.10 0.17 0.08 0.08 0.18 0.11 0.25 0.13 0.27 0.23 0.23 0.15 0.14 0.28 0.16 0.10 0.08 0.10 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.13 0.08 0.07 0.11 0.04 0.19 0.02 0.24 0.12 0.19 0.11 0.08 0.22 0.06 0.07 0.09 0.09 0.02 0.31 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.14 0.04 0.06 0.14 0.02 0.22 0.01 0.25 0.19 0.20 0.11 0.10 0.27 0.11 0.04 0.08 0.03 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00