ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53810

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.013
O3' A 0, 0.041, 0.098, 0.156, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.098 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.028, 0.147, 0.266, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.147 std_dev=0.119
O4' A 0, 0.002, 0.132, 0.262, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.132 std_dev=0.130
C2' A 0, 0.030, 0.162, 0.295, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.162 std_dev=0.132
C4' A 0, 0.003, 0.175, 0.347, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.175 std_dev=0.172
C4 B 0, 0.085, 0.297, 0.508, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.297 std_dev=0.212
O2' A 0, 0.066, 0.286, 0.506, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.286 std_dev=0.220
C5 B 0, 0.068, 0.310, 0.552, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.310 std_dev=0.242
N9 B 0, 0.114, 0.356, 0.599, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.356 std_dev=0.242
N3 B 0, 0.156, 0.401, 0.646, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.401 std_dev=0.245
N7 B 0, 0.129, 0.379, 0.629, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.379 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.193, 0.462, 0.732, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.462 std_dev=0.269
C6 B 0, 0.198, 0.470, 0.743, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.470 std_dev=0.273
C8 B 0, 0.085, 0.366, 0.647, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.366 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.200, 0.482, 0.765, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.482 std_dev=0.282
C2 B 0, 0.178, 0.464, 0.749, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.464 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.031, 0.323, 0.615, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.323 std_dev=0.292
N1 B 0, 0.211, 0.510, 0.810, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.510 std_dev=0.299
C4' B 0, 0.199, 0.511, 0.823, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.511 std_dev=0.312
O5' B 0, 0.231, 0.553, 0.876, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.553 std_dev=0.322
O3' B 0, 0.176, 0.512, 0.849, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.512 std_dev=0.336
C1' B 0, 0.169, 0.512, 0.856, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.512 std_dev=0.344
C5' B 0, 0.230, 0.589, 0.948, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.589 std_dev=0.359
OP2 A 0, 0.248, 0.615, 0.981, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.615 std_dev=0.366
O5' A 0, 0.006, 0.380, 0.754, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.380 std_dev=0.374
O6 B 0, 0.247, 0.622, 0.998, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.622 std_dev=0.376
P A 0, 0.149, 0.527, 0.905, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.527 std_dev=0.378
P B 0, 0.253, 0.641, 1.029, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.641 std_dev=0.388
OP2 B 0, 0.264, 0.653, 1.042, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.653 std_dev=0.389
N2 B 0, 0.179, 0.588, 0.997, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.588 std_dev=0.409
OP1 A 0, 0.142, 0.587, 1.031, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.587 std_dev=0.444
OP1 B 0, 0.393, 0.944, 1.495, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.944 std_dev=0.551
C2' B 0, 0.054, 0.655, 1.255, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.655 std_dev=0.600
O2' B 0, -0.124, 1.050, 2.224, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.050 std_dev=1.174

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.12 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.20 0.09
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.19 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.05
C5' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.10 0.06
O2 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.04 0.01 0.08 0.04 0.06 0.04
O2' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.11 0.00 0.04 0.01 0.01 0.10 0.24 0.11
O3' 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.18 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01
O5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.07 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.10 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.05 0.20 0.19 0.08 0.09 0.08 0.02 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.24 0.18 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.09 0.07 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.11 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.15 0.22 0.23 0.09 0.20 0.19 0.09 0.28 0.22 0.27 0.20 0.04 0.23 0.19 0.41 0.19 0.26 0.08 0.37 0.07 0.08 0.06
C2 0.17 0.27 0.14 0.17 0.05 0.14 0.18 0.06 0.31 0.23 0.32 0.34 0.17 0.27 0.11 0.13 0.11 0.19 0.04 0.41 0.05 0.10 0.06
C2' 0.34 0.17 0.31 0.26 0.15 0.20 0.24 0.07 0.33 0.23 0.33 0.21 0.06 0.25 0.22 0.56 0.23 0.23 0.05 0.40 0.07 0.07 0.04
C3' 0.32 0.25 0.34 0.21 0.15 0.15 0.24 0.07 0.34 0.19 0.37 0.29 0.10 0.22 0.17 0.72 0.20 0.18 0.10 0.41 0.10 0.09 0.08
C4 0.08 0.29 0.26 0.14 0.12 0.14 0.19 0.10 0.32 0.18 0.34 0.32 0.19 0.19 0.04 0.35 0.10 0.18 0.06 0.37 0.09 0.13 0.09
C4' 0.28 0.26 0.27 0.19 0.13 0.16 0.21 0.10 0.31 0.16 0.34 0.29 0.12 0.18 0.14 0.67 0.17 0.19 0.14 0.37 0.13 0.11 0.12
C5 0.14 0.22 0.26 0.18 0.08 0.19 0.15 0.12 0.26 0.15 0.28 0.25 0.14 0.12 0.07 0.25 0.17 0.24 0.06 0.30 0.06 0.10 0.07
C5' 0.25 0.31 0.28 0.17 0.16 0.15 0.20 0.12 0.30 0.13 0.35 0.35 0.20 0.15 0.12 0.73 0.16 0.16 0.15 0.32 0.16 0.12 0.13
C6 0.23 0.18 0.20 0.22 0.02 0.22 0.12 0.12 0.23 0.18 0.25 0.22 0.09 0.14 0.14 0.18 0.20 0.29 0.06 0.28 0.05 0.07 0.04
N1 0.24 0.19 0.17 0.21 0.04 0.19 0.16 0.08 0.27 0.22 0.27 0.25 0.10 0.22 0.15 0.21 0.17 0.25 0.05 0.34 0.05 0.09 0.05
N3 0.09 0.31 0.19 0.14 0.10 0.12 0.19 0.07 0.33 0.22 0.36 0.37 0.21 0.26 0.06 0.26 0.08 0.16 0.04 0.42 0.07 0.12 0.08
N4 0.06 0.31 0.34 0.10 0.15 0.12 0.22 0.12 0.35 0.16 0.37 0.34 0.21 0.18 0.05 0.53 0.07 0.15 0.09 0.40 0.13 0.16 0.13
O2 0.17 0.27 0.12 0.16 0.06 0.12 0.21 0.04 0.33 0.24 0.33 0.38 0.18 0.31 0.11 0.14 0.11 0.16 0.05 0.47 0.05 0.11 0.07
O2' 0.34 0.07 0.33 0.27 0.19 0.20 0.28 0.07 0.37 0.27 0.32 0.17 0.16 0.31 0.24 0.53 0.25 0.22 0.03 0.47 0.06 0.08 0.04
O3' 0.33 0.20 0.34 0.21 0.16 0.16 0.26 0.09 0.35 0.23 0.35 0.22 0.09 0.26 0.20 0.73 0.19 0.19 0.09 0.44 0.10 0.06 0.07
O4' 0.26 0.21 0.19 0.19 0.10 0.18 0.19 0.10 0.29 0.17 0.30 0.24 0.08 0.19 0.14 0.46 0.17 0.23 0.13 0.35 0.11 0.11 0.11
O5' 0.20 0.38 0.33 0.12 0.19 0.10 0.23 0.13 0.33 0.11 0.40 0.45 0.26 0.15 0.10 0.88 0.13 0.10 0.16 0.36 0.17 0.13 0.14
OP1 0.16 0.34 0.42 0.05 0.15 0.11 0.16 0.18 0.26 0.08 0.34 0.43 0.24 0.09 0.07 1.08 0.15 0.13 0.18 0.28 0.19 0.16 0.18
OP2 0.16 0.23 0.40 0.11 0.10 0.23 0.09 0.31 0.15 0.09 0.21 0.30 0.18 0.06 0.07 1.00 0.28 0.22 0.29 0.15 0.28 0.27 0.29
P 0.19 0.30 0.40 0.07 0.13 0.10 0.14 0.18 0.22 0.09 0.29 0.37 0.21 0.08 0.08 1.04 0.14 0.11 0.19 0.23 0.19 0.17 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.00 0.11 0.02 0.12 0.14 0.13
C2 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.14 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.36 0.16 0.24 0.00 0.19 0.29 0.25
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.17 0.02 0.11 0.07 0.15 0.11 0.07 0.02 0.00 0.00 0.02 0.36 0.01 0.35 0.46 0.41
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.14 0.26 0.07 0.05 0.02 0.25 0.13 0.02 0.01 0.02 0.03 0.18 0.11 0.09 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.20 0.08 0.19 0.01 0.18 0.25 0.21
C4' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.15 0.10 0.18 0.13 0.12 0.05 0.24 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.00 0.17 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.08 0.03 0.21 0.01 0.25 0.33 0.27
C5' 0.05 0.23 0.17 0.01 0.14 0.00 0.13 0.00 0.17 0.09 0.21 0.27 0.21 0.10 0.07 0.07 0.19 0.01 0.01 0.16 0.06 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.14 0.07 0.24 0.00 0.27 0.38 0.30
C8 0.01 0.00 0.11 0.26 0.00 0.15 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.41 0.11 0.09 0.12 0.01 0.24 0.22 0.20
N1 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.27 0.12 0.25 0.00 0.23 0.35 0.29
N2 0.03 0.00 0.15 0.05 0.01 0.18 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.45 0.19 0.25 0.00 0.19 0.28 0.25
N3 0.02 0.00 0.11 0.02 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.36 0.17 0.22 0.01 0.17 0.24 0.22
N7 0.01 0.01 0.07 0.25 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.08 0.06 0.18 0.01 0.30 0.33 0.28
N9 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.10 0.01 0.12 0.01 0.15 0.18 0.16
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.11 0.24 0.24 0.07 0.21 0.41 0.12 0.26 0.16 0.40 0.18 0.00 0.03 0.15 0.27 0.27 0.38 0.59 0.41
O3' 0.23 0.36 0.00 0.01 0.20 0.02 0.08 0.19 0.14 0.11 0.27 0.45 0.36 0.08 0.10 0.03 0.00 0.15 0.16 0.08 0.37 0.26 0.27
O4' 0.00 0.16 0.02 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.09 0.12 0.19 0.17 0.06 0.01 0.15 0.15 0.00 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06
O5' 0.11 0.24 0.36 0.03 0.19 0.01 0.21 0.01 0.24 0.12 0.25 0.25 0.22 0.18 0.12 0.27 0.16 0.06 0.00 0.25 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.00 0.01 0.18 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.08 0.05 0.25 0.00 0.32 0.43 0.34
OP1 0.12 0.19 0.35 0.11 0.18 0.08 0.25 0.06 0.27 0.24 0.23 0.19 0.17 0.30 0.15 0.38 0.37 0.08 0.02 0.32 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.29 0.46 0.09 0.25 0.04 0.33 0.01 0.38 0.22 0.35 0.28 0.24 0.33 0.18 0.59 0.26 0.08 0.01 0.43 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.25 0.41 0.07 0.21 0.03 0.27 0.01 0.30 0.20 0.29 0.25 0.22 0.28 0.16 0.41 0.27 0.06 0.01 0.34 0.00 0.00 0.00