ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53813

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2 A 0, 0.000, 0.050, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.000, 0.059, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O4' B 0, 0.000, 0.088, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C5' B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C4' B 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C3' B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
O5' B 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O4' A 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O3' B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C1' B 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C3' A 0, 0.000, 0.262, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C2' B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C4' A 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
N9 B 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
O3' A 0, 0.000, 0.360, 0.721, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.360 std_dev=0.360
O5' A 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
P B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C5' A 0, 0.000, 0.431, 0.862, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.431 std_dev=0.431
C8 B 0, 0.000, 0.443, 0.886, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.443 std_dev=0.443
C4 B 0, 0.000, 0.459, 0.918, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.459 std_dev=0.459
OP1 B 0, 0.000, 0.468, 0.935, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.468 std_dev=0.468
O2' B 0, 0.000, 0.484, 0.968, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.484 std_dev=0.484
P A 0, 0.000, 0.489, 0.978, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.489 std_dev=0.489
N3 B 0, 0.000, 0.505, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.505 std_dev=0.505
OP1 A 0, 0.000, 0.515, 1.029, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.515 std_dev=0.515
OP2 A 0, 0.000, 0.537, 1.075, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.537 std_dev=0.537
C5 B 0, 0.000, 0.564, 1.128, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.564 std_dev=0.564
N7 B 0, 0.000, 0.566, 1.133, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.566 std_dev=0.566
OP2 B 0, 0.000, 0.574, 1.148, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.574 std_dev=0.574
C2 B 0, 0.000, 0.625, 1.249, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.625 std_dev=0.625
C6 B 0, 0.000, 0.682, 1.363, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.682 std_dev=0.682
N1 B 0, 0.000, 0.693, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.693 std_dev=0.693
N2 B 0, 0.000, 0.712, 1.423, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.712 std_dev=0.712
O6 B 0, 0.000, 0.796, 1.592, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.796 std_dev=0.796

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04
C2 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.06
C4 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.10 0.09 0.09 0.10
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03
C5 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.11 0.10 0.07 0.10
C5' 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.02 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05 0.00 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
N3 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06
N4 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.02 0.13 0.13 0.13 0.13
O2 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.09 0.02 0.03 0.01 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05
O3' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.03 0.02 0.07 0.09 0.03 0.02 0.00 0.00 0.09 0.11 0.04 0.09
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03
O5' 0.02 0.02 0.05 0.06 0.10 0.02 0.11 0.01 0.07 0.01 0.06 0.13 0.02 0.05 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.02 0.01 0.05 0.06 0.09 0.00 0.10 0.03 0.05 0.00 0.06 0.13 0.03 0.04 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.06 0.13 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.06 0.06 0.10 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.13 0.03 0.05 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.16 0.01 0.04 0.10 0.06 0.12 0.07 0.16 0.03 0.18 0.16 0.12 0.08 0.05 0.02 0.03 0.03 0.12 0.17 0.18 0.19 0.14
C2 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.12 0.01 0.06 0.00 0.12 0.08 0.07 0.03 0.05 0.11 0.07 0.10 0.06 0.06
C2' 0.01 0.16 0.00 0.07 0.14 0.10 0.19 0.11 0.22 0.09 0.20 0.15 0.13 0.17 0.08 0.02 0.07 0.08 0.15 0.23 0.22 0.23 0.18
C3' 0.09 0.12 0.08 0.14 0.06 0.15 0.12 0.13 0.18 0.01 0.16 0.12 0.07 0.09 0.01 0.05 0.13 0.15 0.14 0.22 0.24 0.23 0.18
C4 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.07 0.17 0.06 0.16 0.19 0.02 0.17 0.04 0.23 0.10 0.05 0.00 0.05 0.10 0.22 0.11 0.06 0.06
C4' 0.05 0.14 0.06 0.11 0.07 0.11 0.11 0.11 0.17 0.01 0.18 0.15 0.09 0.07 0.00 0.03 0.09 0.11 0.11 0.21 0.24 0.23 0.18
C5 0.03 0.20 0.04 0.05 0.02 0.07 0.04 0.07 0.03 0.14 0.17 0.27 0.13 0.15 0.05 0.00 0.00 0.06 0.12 0.02 0.16 0.14 0.11
C5' 0.07 0.15 0.07 0.12 0.06 0.12 0.10 0.11 0.17 0.04 0.18 0.17 0.09 0.03 0.01 0.04 0.10 0.12 0.10 0.21 0.24 0.23 0.17
C6 0.02 0.21 0.01 0.04 0.08 0.07 0.06 0.08 0.15 0.07 0.22 0.25 0.15 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.12 0.13 0.18 0.17 0.13
N1 0.02 0.15 0.02 0.04 0.06 0.07 0.05 0.07 0.10 0.05 0.15 0.17 0.11 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.12 0.09 0.15 0.14 0.12
N3 0.07 0.04 0.08 0.06 0.12 0.06 0.19 0.06 0.19 0.18 0.11 0.04 0.04 0.21 0.12 0.09 0.01 0.04 0.09 0.21 0.08 0.02 0.04
N4 0.06 0.02 0.07 0.05 0.12 0.06 0.23 0.06 0.27 0.22 0.13 0.16 0.01 0.28 0.13 0.06 0.01 0.05 0.09 0.35 0.09 0.03 0.04
O2 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.08 0.09 0.07 0.05 0.07 0.09 0.09 0.11 0.05 0.03 0.09 0.07 0.05 0.00 0.03
O2' 0.07 0.17 0.07 0.00 0.18 0.03 0.21 0.06 0.22 0.18 0.21 0.16 0.15 0.21 0.15 0.07 0.01 0.02 0.12 0.24 0.21 0.23 0.18
O3' 0.12 0.09 0.12 0.20 0.05 0.20 0.13 0.18 0.18 0.02 0.15 0.08 0.04 0.14 0.02 0.08 0.19 0.20 0.16 0.24 0.29 0.26 0.22
O4' 0.02 0.17 0.02 0.06 0.09 0.08 0.12 0.09 0.17 0.00 0.19 0.18 0.12 0.06 0.03 0.00 0.05 0.06 0.12 0.19 0.21 0.22 0.17
O5' 0.05 0.16 0.05 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.17 0.04 0.19 0.18 0.10 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.08 0.22 0.20 0.20 0.14
OP1 0.04 0.19 0.04 0.09 0.10 0.09 0.13 0.07 0.22 0.01 0.23 0.21 0.13 0.06 0.02 0.02 0.07 0.10 0.07 0.27 0.23 0.23 0.16
OP2 0.10 0.16 0.11 0.15 0.02 0.14 0.02 0.11 0.13 0.14 0.19 0.20 0.08 0.09 0.07 0.06 0.11 0.15 0.11 0.18 0.24 0.21 0.16
P 0.05 0.17 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.07 0.17 0.06 0.20 0.20 0.11 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.07 0.21 0.20 0.20 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.08
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04
C4' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05
C5' 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.04 0.00 0.01 0.10 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.07
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03
N2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.03 0.03 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05
O2' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05
O5' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.04 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.05
OP1 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.02 0.07 0.07 0.03 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.02 0.08 0.07 0.04 0.07 0.05 0.01 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00