ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53821

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 12, 14, 9, 10, 9, 11, 13, 14, 15, 13, 9, 13, 10, 8, 4, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.015, 0.022, 0.028, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.013, 0.020, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.025, 0.032, 0.040, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.028, 0.039, 0.049, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.039 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.033, 0.044, 0.055, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.044 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.035, 0.047, 0.059, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.047 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.026, 0.038, 0.049, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.038 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.042, 0.065, 0.088, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.065 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.070, 0.109, 0.147, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.109 std_dev=0.038
N7 B 0, 0.354, 0.642, 0.929, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.642 std_dev=0.287
C8 B 0, 0.378, 0.719, 1.059, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.719 std_dev=0.341
C5 B 0, 0.330, 0.691, 1.052, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.691 std_dev=0.361
N9 B 0, 0.404, 0.808, 1.211, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.808 std_dev=0.404
C4 B 0, 0.368, 0.773, 1.178, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.773 std_dev=0.405
N6 B 0, 0.406, 0.832, 1.258, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.832 std_dev=0.426
C6 B 0, 0.344, 0.778, 1.213, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.778 std_dev=0.434
C2' A 0, 0.030, 0.496, 0.962, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.496 std_dev=0.466
O4' A 0, 0.052, 0.528, 1.005, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.528 std_dev=0.477
N3 B 0, 0.417, 0.899, 1.381, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.899 std_dev=0.482
C1' B 0, 0.482, 0.969, 1.455, 2.243 max_d=2.243 avg_d=0.969 std_dev=0.487
N1 B 0, 0.372, 0.909, 1.445, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.909 std_dev=0.536
C2 B 0, 0.393, 0.942, 1.491, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.942 std_dev=0.549
C2' B 0, 1.771, 2.388, 3.005, 3.651 max_d=3.651 avg_d=2.388 std_dev=0.617
C3' A 0, 0.248, 0.898, 1.547, 2.410 max_d=2.410 avg_d=0.898 std_dev=0.650
C4' A 0, 0.108, 0.793, 1.479, 2.738 max_d=2.738 avg_d=0.793 std_dev=0.685
O2' A 0, 0.127, 0.892, 1.657, 2.828 max_d=2.828 avg_d=0.892 std_dev=0.765
O2' B 0, 2.127, 2.962, 3.798, 4.965 max_d=4.965 avg_d=2.962 std_dev=0.835
O3' A 0, 0.423, 1.377, 2.332, 3.165 max_d=3.165 avg_d=1.377 std_dev=0.955
C3' B 0, 1.916, 2.929, 3.942, 4.961 max_d=4.961 avg_d=2.929 std_dev=1.013
O4' B 0, 1.216, 2.254, 3.293, 4.783 max_d=4.783 avg_d=2.254 std_dev=1.038
C5' A 0, 0.176, 1.214, 2.253, 4.247 max_d=4.247 avg_d=1.214 std_dev=1.039
O3' B 0, 1.583, 2.783, 3.983, 5.148 max_d=5.148 avg_d=2.783 std_dev=1.200
C4' B 0, 1.731, 3.002, 4.273, 5.422 max_d=5.422 avg_d=3.002 std_dev=1.271
O5' A 0, 0.524, 1.819, 3.113, 6.136 max_d=6.136 avg_d=1.819 std_dev=1.294
P A 0, 1.027, 2.731, 4.434, 7.625 max_d=7.625 avg_d=2.731 std_dev=1.704
OP2 A 0, 1.375, 3.122, 4.869, 7.902 max_d=7.902 avg_d=3.122 std_dev=1.747
OP1 A 0, 1.507, 3.453, 5.398, 8.182 max_d=8.182 avg_d=3.453 std_dev=1.945
C5' B 0, 2.400, 4.591, 6.781, 7.699 max_d=7.699 avg_d=4.591 std_dev=2.191
O5' B 0, 2.614, 5.146, 7.678, 9.796 max_d=9.796 avg_d=5.146 std_dev=2.532
OP2 B 0, 4.165, 6.893, 9.621, 12.877 max_d=12.877 avg_d=6.893 std_dev=2.728
P B 0, 3.230, 6.648, 10.067, 12.357 max_d=12.357 avg_d=6.648 std_dev=3.419
OP1 B 0, 4.210, 8.049, 11.887, 13.213 max_d=13.213 avg_d=8.049 std_dev=3.838

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.33 0.02 0.01 0.31 0.48 0.18 0.31
C2 0.02 0.00 0.19 0.22 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.23 0.02 0.14 0.43 0.78 0.44 0.47
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.05 0.02 0.12 0.24 0.16 0.02 0.15 0.32 0.00 0.03 0.07 0.02 0.50 0.51 0.50 0.56
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.37 0.01 0.41 0.03 0.37 0.22 0.30 0.20 0.02 0.01 0.40 0.03 0.12 0.19 0.23 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.37 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.16 0.01 0.03 0.65 1.07 0.94 0.73
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.19 0.07 0.07 0.14 0.32 0.02 0.13 0.00 0.02 0.15 0.22 0.04
C5 0.02 0.01 0.12 0.41 0.01 0.19 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.24 0.01 0.11 0.73 1.08 1.04 0.79
C5' 0.10 0.14 0.24 0.03 0.17 0.01 0.22 0.00 0.20 0.11 0.14 0.19 0.10 0.23 0.18 0.01 0.01 0.24 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.37 0.01 0.19 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.19 0.01 0.15 0.66 0.91 0.77 0.67
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.10 0.02 0.02 0.46 0.73 0.44 0.47
N3 0.02 0.01 0.15 0.30 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.15 0.02 0.10 0.52 0.94 0.67 0.59
O2 0.04 0.01 0.32 0.20 0.02 0.14 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.44 0.43 0.03 0.24 0.35 0.68 0.28 0.40
O2' 0.03 0.32 0.00 0.02 0.37 0.32 0.40 0.10 0.36 0.21 0.36 0.44 0.00 0.05 0.41 0.22 0.38 0.34 0.53 0.48
O3' 0.33 0.23 0.03 0.01 0.16 0.02 0.24 0.23 0.19 0.10 0.15 0.43 0.05 0.00 0.20 0.24 0.23 0.56 0.22 0.27
O4 0.02 0.02 0.07 0.40 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.03 0.41 0.20 0.00 0.04 0.69 1.16 1.06 0.79
O4' 0.01 0.14 0.02 0.03 0.03 0.00 0.11 0.01 0.15 0.02 0.10 0.24 0.22 0.24 0.04 0.00 0.24 0.39 0.20 0.24
O5' 0.31 0.43 0.50 0.12 0.65 0.02 0.73 0.01 0.66 0.46 0.52 0.35 0.38 0.23 0.69 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.48 0.78 0.51 0.19 1.07 0.15 1.08 0.24 0.91 0.73 0.94 0.68 0.34 0.56 1.16 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.44 0.50 0.23 0.94 0.22 1.04 0.35 0.77 0.44 0.67 0.28 0.53 0.22 1.06 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.47 0.56 0.13 0.73 0.04 0.79 0.02 0.67 0.47 0.59 0.40 0.48 0.27 0.79 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.13 0.35 0.78 0.17 1.06 0.12 1.79 0.14 0.25 0.14 0.17 0.22 0.14 0.26 0.71 0.58 0.79 2.46 3.66 3.85 3.29
C2 0.29 0.14 0.27 0.66 0.17 0.79 0.13 1.31 0.14 0.24 0.14 0.16 0.20 0.15 0.23 0.67 0.47 0.59 2.03 3.06 2.96 2.58
C2' 0.54 0.29 0.70 0.86 0.34 1.10 0.28 1.89 0.27 0.42 0.28 0.33 0.32 0.31 0.43 1.06 0.62 0.83 2.51 3.86 4.05 3.46
C3' 0.38 0.38 0.64 0.82 0.31 1.04 0.34 1.92 0.43 0.30 0.44 0.33 0.52 0.30 0.31 1.05 0.58 0.70 2.54 4.00 4.15 3.57
C4 0.20 0.14 0.20 0.62 0.12 0.53 0.12 0.87 0.16 0.20 0.18 0.12 0.23 0.16 0.17 0.60 0.47 0.32 1.62 2.76 2.33 2.04
C4' 0.30 0.15 0.47 0.86 0.14 1.15 0.13 1.99 0.20 0.21 0.21 0.14 0.30 0.13 0.21 0.80 0.61 0.83 2.62 3.95 4.16 3.57
C5 0.23 0.15 0.23 0.72 0.12 0.68 0.11 1.12 0.17 0.22 0.19 0.11 0.25 0.15 0.18 0.63 0.56 0.43 1.87 3.13 2.78 2.43
C5' 0.38 0.25 0.41 0.78 0.24 1.05 0.22 1.82 0.26 0.30 0.27 0.24 0.32 0.22 0.30 0.83 0.61 0.78 2.43 3.79 3.96 3.36
C6 0.27 0.13 0.27 0.77 0.13 0.84 0.10 1.39 0.16 0.24 0.17 0.12 0.24 0.15 0.21 0.66 0.59 0.57 2.13 3.41 3.22 2.80
N1 0.31 0.12 0.29 0.74 0.16 0.90 0.12 1.51 0.14 0.25 0.14 0.15 0.22 0.15 0.24 0.68 0.56 0.65 2.23 3.42 3.38 2.92
N3 0.23 0.12 0.22 0.60 0.14 0.59 0.12 0.95 0.14 0.22 0.14 0.13 0.20 0.15 0.19 0.62 0.43 0.39 1.69 2.72 2.38 2.10
O2 0.33 0.18 0.32 0.62 0.21 0.86 0.17 1.42 0.16 0.25 0.16 0.22 0.19 0.17 0.27 0.69 0.44 0.70 2.11 2.96 3.01 2.63
O2' 0.75 0.54 0.59 0.62 0.56 1.06 0.49 1.84 0.49 0.60 0.51 0.57 0.50 0.48 0.64 1.02 0.62 0.95 2.27 3.48 3.96 3.25
O3' 0.46 0.37 0.61 0.76 0.31 1.06 0.30 2.00 0.39 0.33 0.41 0.34 0.46 0.27 0.36 1.13 0.67 0.71 2.54 4.03 4.24 3.65
O4 0.17 0.18 0.18 0.56 0.14 0.37 0.14 0.61 0.18 0.19 0.21 0.15 0.24 0.17 0.16 0.56 0.43 0.20 1.32 2.42 1.91 1.64
O4' 0.41 0.24 0.37 0.87 0.28 1.16 0.24 1.90 0.23 0.34 0.23 0.27 0.26 0.26 0.34 0.66 0.67 0.89 2.55 3.76 3.94 3.39
O5' 0.58 0.55 0.50 0.68 0.51 0.91 0.51 1.57 0.57 0.52 0.59 0.52 0.63 0.49 0.53 0.99 0.66 0.74 2.13 3.56 3.65 3.05
OP1 0.92 1.08 0.73 0.69 0.99 0.96 1.02 1.49 1.09 0.92 1.11 1.02 1.13 0.96 0.94 1.22 0.76 0.97 1.88 3.27 3.38 2.75
OP2 0.52 0.71 0.59 0.77 0.57 0.86 0.64 1.48 0.79 0.51 0.82 0.60 0.93 0.58 0.50 1.01 0.63 0.69 2.09 3.56 3.55 2.96
P 0.71 0.68 0.51 0.66 0.64 0.92 0.62 1.47 0.67 0.63 0.69 0.66 0.71 0.60 0.65 1.01 0.72 0.84 1.93 3.33 3.45 2.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.31 0.51 0.31 0.24
C2 0.04 0.00 0.45 0.49 0.01 0.64 0.01 1.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.27 0.50 1.04 1.33 2.02 1.50
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.23 0.03 0.11 0.20 0.19 0.26 0.34 0.46 0.13 0.16 0.03 0.00 0.04 0.03 0.31 0.34 0.55 0.32
C3' 0.02 0.49 0.01 0.00 0.31 0.01 0.36 0.03 0.38 0.44 0.43 0.47 0.41 0.44 0.24 0.03 0.01 0.02 0.27 0.27 0.41 0.24
C4 0.02 0.01 0.23 0.31 0.00 0.28 0.00 0.62 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.18 0.26 0.47 0.86 1.01 0.61
C4' 0.02 0.64 0.03 0.01 0.28 0.00 0.16 0.01 0.27 0.40 0.48 0.61 0.21 0.30 0.09 0.32 0.03 0.01 0.02 0.24 0.24 0.06
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.00 0.16 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.20 0.12 0.65 1.24 1.06 0.72
C5' 0.09 1.31 0.20 0.03 0.62 0.01 0.42 0.00 0.65 0.58 1.05 1.21 0.54 0.45 0.19 0.17 0.22 0.02 0.01 0.36 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.38 0.01 0.27 0.01 0.65 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.24 0.23 0.62 1.22 1.31 0.83
C8 0.02 0.01 0.26 0.44 0.01 0.40 0.01 0.58 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.48 0.17 0.27 1.22 1.69 1.26 1.26
N1 0.04 0.00 0.34 0.43 0.01 0.48 0.01 1.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.25 0.39 0.80 1.22 1.75 1.20
N3 0.04 0.01 0.46 0.47 0.00 0.61 0.01 1.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.27 0.49 0.91 1.09 1.70 1.26
N6 0.03 0.01 0.13 0.41 0.02 0.21 0.02 0.54 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.33 0.29 0.16 0.71 1.45 1.35 0.89
N7 0.01 0.01 0.16 0.44 0.01 0.30 0.00 0.45 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.48 0.22 0.14 1.12 1.78 1.33 1.22
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.13 0.02 0.58 0.94 0.64 0.54
O2' 0.02 0.25 0.00 0.03 0.15 0.32 0.30 0.17 0.25 0.48 0.18 0.27 0.33 0.48 0.23 0.00 0.07 0.22 0.21 0.28 0.59 0.26
O3' 0.31 0.27 0.04 0.01 0.18 0.03 0.20 0.22 0.24 0.17 0.25 0.27 0.29 0.22 0.13 0.07 0.00 0.22 0.31 0.57 0.48 0.38
O4' 0.01 0.50 0.03 0.02 0.26 0.01 0.12 0.02 0.23 0.27 0.39 0.49 0.16 0.14 0.02 0.22 0.22 0.00 0.32 0.49 0.36 0.28
O5' 0.31 1.04 0.31 0.27 0.47 0.02 0.65 0.01 0.62 1.22 0.80 0.91 0.71 1.12 0.58 0.21 0.31 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.51 1.33 0.34 0.27 0.86 0.24 1.24 0.36 1.22 1.69 1.22 1.09 1.45 1.78 0.94 0.28 0.57 0.49 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 2.02 0.55 0.41 1.01 0.24 1.06 0.31 1.31 1.26 1.75 1.70 1.35 1.33 0.64 0.59 0.48 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 1.50 0.32 0.24 0.61 0.06 0.72 0.02 0.83 1.26 1.20 1.26 0.89 1.22 0.54 0.26 0.38 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00