ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53822

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 6, 5, 2, 1, 2, 7, 10, 3, 14, 8, 13, 8, 5, 3, 2, 1, 2, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.025, 0.036, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.017, 0.029, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.035, 0.059, 0.084, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.059 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.052, 0.124, 0.196, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.124 std_dev=0.072
C5 B 0, 0.365, 0.691, 1.017, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.691 std_dev=0.326
N7 B 0, 0.299, 0.633, 0.967, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.633 std_dev=0.334
N6 B 0, 0.366, 0.713, 1.060, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.713 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.330, 0.699, 1.067, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.699 std_dev=0.369
C2' A 0, -0.018, 0.390, 0.799, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.390 std_dev=0.409
C4 B 0, 0.454, 0.867, 1.281, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.867 std_dev=0.413
O4' A 0, -0.127, 0.319, 0.766, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.319 std_dev=0.447
C8 B 0, 0.294, 0.766, 1.238, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.766 std_dev=0.472
N1 B 0, 0.352, 0.829, 1.306, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.829 std_dev=0.477
N3 B 0, 0.516, 1.008, 1.499, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.008 std_dev=0.491
C2 B 0, 0.426, 0.947, 1.468, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.947 std_dev=0.521
N9 B 0, 0.397, 0.922, 1.446, 2.121 max_d=2.121 avg_d=0.922 std_dev=0.524
O2' A 0, 0.072, 0.675, 1.278, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.675 std_dev=0.603
C4' A 0, -0.152, 0.556, 1.263, 2.593 max_d=2.593 avg_d=0.556 std_dev=0.707
C3' A 0, 0.019, 0.736, 1.454, 2.489 max_d=2.489 avg_d=0.736 std_dev=0.718
C1' B 0, 0.448, 1.171, 1.895, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.171 std_dev=0.724
C2' B 0, 0.591, 1.374, 2.157, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.374 std_dev=0.783
C5' A 0, -0.069, 0.834, 1.737, 3.622 max_d=3.622 avg_d=0.834 std_dev=0.903
O5' A 0, 0.041, 0.962, 1.883, 4.173 max_d=4.173 avg_d=0.962 std_dev=0.921
O3' B 0, 0.922, 1.900, 2.878, 4.742 max_d=4.742 avg_d=1.900 std_dev=0.978
C3' B 0, 1.139, 2.146, 3.153, 3.991 max_d=3.991 avg_d=2.146 std_dev=1.007
O3' A 0, 0.102, 1.183, 2.264, 3.466 max_d=3.466 avg_d=1.183 std_dev=1.081
O2' B 0, 1.096, 2.282, 3.467, 5.065 max_d=5.065 avg_d=2.282 std_dev=1.185
P A 0, -0.003, 1.267, 2.537, 4.836 max_d=4.836 avg_d=1.267 std_dev=1.270
O4' B 0, 1.401, 2.811, 4.221, 5.358 max_d=5.358 avg_d=2.811 std_dev=1.410
C4' B 0, 1.521, 3.038, 4.555, 6.226 max_d=6.226 avg_d=3.038 std_dev=1.517
OP2 A 0, -0.116, 1.550, 3.216, 6.376 max_d=6.376 avg_d=1.550 std_dev=1.666
OP1 A 0, -0.102, 1.588, 3.278, 5.661 max_d=5.661 avg_d=1.588 std_dev=1.690
C5' B 0, 2.452, 4.982, 7.512, 8.347 max_d=8.347 avg_d=4.982 std_dev=2.530
O5' B 0, 3.083, 6.105, 9.128, 9.428 max_d=9.428 avg_d=6.105 std_dev=3.023
P B 0, 4.057, 8.242, 12.426, 12.210 max_d=12.210 avg_d=8.242 std_dev=4.184
OP2 B 0, 4.312, 8.670, 13.027, 13.222 max_d=13.222 avg_d=8.670 std_dev=4.358
OP1 B 0, 4.442, 9.067, 13.692, 13.521 max_d=13.521 avg_d=9.067 std_dev=4.625

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.28 0.02 0.01 0.22 0.44 0.24 0.24
C2 0.03 0.00 0.19 0.22 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.02 0.15 0.26 0.63 0.46 0.29
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.21 0.16 0.04 0.15 0.32 0.01 0.03 0.08 0.02 0.39 0.47 0.44 0.47
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.36 0.01 0.38 0.02 0.33 0.22 0.30 0.17 0.02 0.01 0.39 0.02 0.10 0.21 0.19 0.13
C4 0.02 0.01 0.07 0.36 0.00 0.14 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.21 0.01 0.04 0.42 0.68 0.88 0.43
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.21 0.08 0.07 0.14 0.28 0.03 0.14 0.00 0.02 0.17 0.13 0.05
C5 0.02 0.01 0.12 0.38 0.01 0.21 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.27 0.01 0.12 0.48 0.62 0.96 0.49
C5' 0.09 0.15 0.21 0.02 0.19 0.01 0.25 0.00 0.23 0.12 0.16 0.20 0.10 0.21 0.21 0.02 0.01 0.12 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.33 0.01 0.21 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.21 0.01 0.16 0.43 0.53 0.73 0.41
N1 0.01 0.01 0.04 0.22 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.12 0.02 0.02 0.28 0.54 0.46 0.29
N3 0.02 0.00 0.15 0.30 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.15 0.01 0.11 0.33 0.69 0.66 0.35
O2 0.04 0.01 0.32 0.17 0.02 0.14 0.02 0.20 0.02 0.02 0.01 0.00 0.35 0.31 0.02 0.25 0.23 0.64 0.33 0.29
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.31 0.28 0.38 0.10 0.35 0.18 0.25 0.35 0.00 0.06 0.33 0.20 0.29 0.34 0.48 0.40
O3' 0.28 0.17 0.03 0.01 0.21 0.03 0.27 0.21 0.21 0.12 0.15 0.31 0.06 0.00 0.25 0.20 0.24 0.51 0.29 0.29
O4 0.02 0.02 0.08 0.39 0.01 0.14 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.33 0.25 0.00 0.04 0.45 0.72 0.99 0.47
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.04 0.00 0.12 0.02 0.16 0.02 0.11 0.25 0.20 0.20 0.04 0.00 0.19 0.40 0.27 0.22
O5' 0.22 0.26 0.39 0.10 0.42 0.02 0.48 0.01 0.43 0.28 0.33 0.23 0.29 0.24 0.45 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.63 0.47 0.21 0.68 0.17 0.62 0.12 0.53 0.54 0.69 0.64 0.34 0.51 0.72 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.46 0.44 0.19 0.88 0.13 0.96 0.21 0.73 0.46 0.66 0.33 0.48 0.29 0.99 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.29 0.47 0.13 0.43 0.05 0.49 0.02 0.41 0.29 0.35 0.29 0.40 0.29 0.47 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.20 0.49 0.84 0.19 0.95 0.19 1.71 0.23 0.21 0.22 0.19 0.29 0.19 0.22 0.86 0.64 0.62 2.01 2.77 2.91 2.65
C2 0.23 0.19 0.41 0.71 0.17 0.72 0.18 1.25 0.23 0.19 0.22 0.17 0.29 0.17 0.19 0.81 0.52 0.45 1.56 2.07 2.14 1.94
C2' 0.52 0.30 0.71 0.93 0.36 0.96 0.30 1.76 0.27 0.42 0.27 0.35 0.29 0.33 0.43 1.08 0.77 0.64 1.93 2.79 3.01 2.66
C3' 0.36 0.30 0.64 0.93 0.29 0.92 0.29 1.75 0.31 0.31 0.31 0.30 0.35 0.29 0.31 1.02 0.78 0.52 1.92 2.85 3.05 2.69
C4 0.22 0.15 0.33 0.61 0.14 0.39 0.13 0.67 0.17 0.22 0.18 0.14 0.24 0.17 0.19 0.74 0.46 0.20 1.03 1.53 1.51 1.22
C4' 0.30 0.21 0.55 0.94 0.21 1.06 0.19 1.87 0.21 0.23 0.22 0.22 0.26 0.19 0.25 0.88 0.74 0.69 2.12 2.99 3.14 2.85
C5 0.22 0.15 0.37 0.68 0.14 0.50 0.13 0.88 0.16 0.21 0.18 0.13 0.24 0.16 0.18 0.78 0.53 0.26 1.19 1.76 1.74 1.47
C5' 0.35 0.29 0.54 0.92 0.29 0.98 0.27 1.73 0.29 0.29 0.30 0.30 0.32 0.27 0.31 0.90 0.74 0.65 1.94 2.77 2.90 2.62
C6 0.23 0.14 0.41 0.74 0.13 0.66 0.13 1.18 0.17 0.20 0.18 0.13 0.25 0.15 0.18 0.82 0.58 0.37 1.46 2.10 2.11 1.87
N1 0.24 0.17 0.43 0.77 0.16 0.77 0.16 1.38 0.21 0.20 0.20 0.16 0.27 0.16 0.19 0.83 0.58 0.47 1.67 2.30 2.38 2.15
N3 0.21 0.16 0.35 0.62 0.13 0.50 0.14 0.85 0.20 0.20 0.20 0.13 0.28 0.15 0.17 0.75 0.45 0.28 1.18 1.62 1.62 1.40
O2 0.26 0.24 0.45 0.74 0.22 0.86 0.24 1.48 0.27 0.22 0.26 0.22 0.31 0.23 0.22 0.84 0.52 0.60 1.81 2.26 2.40 2.23
O2' 0.59 0.46 0.70 0.93 0.46 1.08 0.43 1.97 0.46 0.48 0.47 0.47 0.50 0.41 0.50 1.05 0.78 0.78 2.18 3.16 3.38 3.03
O3' 0.38 0.27 0.66 1.05 0.27 1.07 0.25 1.97 0.27 0.29 0.28 0.28 0.32 0.25 0.31 0.98 0.93 0.64 2.14 3.17 3.37 2.99
O4 0.24 0.18 0.30 0.53 0.18 0.25 0.17 0.40 0.17 0.25 0.20 0.18 0.23 0.22 0.22 0.71 0.42 0.20 0.87 1.36 1.39 1.00
O4' 0.40 0.32 0.55 0.94 0.33 1.10 0.31 1.83 0.31 0.34 0.31 0.34 0.32 0.31 0.36 0.85 0.74 0.79 2.14 2.89 3.01 2.78
O5' 0.31 0.29 0.55 0.91 0.27 0.85 0.27 1.51 0.31 0.28 0.31 0.27 0.37 0.28 0.28 0.92 0.76 0.52 1.70 2.48 2.63 2.30
OP1 0.68 0.83 0.76 1.09 0.77 1.01 0.79 1.56 0.85 0.71 0.86 0.79 0.89 0.76 0.72 1.02 0.96 0.82 1.73 2.42 2.56 2.24
OP2 0.54 0.70 0.77 0.94 0.61 0.73 0.65 1.20 0.73 0.54 0.75 0.64 0.80 0.60 0.56 1.11 0.84 0.52 1.28 2.01 2.18 1.78
P 0.36 0.38 0.55 0.91 0.34 0.81 0.35 1.38 0.39 0.32 0.41 0.35 0.45 0.33 0.33 0.91 0.79 0.53 1.52 2.24 2.40 2.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.35 0.01 0.33 0.50 0.43 0.32
C2 0.04 0.00 0.37 0.51 0.01 0.73 0.01 1.43 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.35 0.42 0.54 1.62 2.25 2.62 2.11
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.20 0.03 0.12 0.22 0.19 0.18 0.30 0.37 0.15 0.11 0.04 0.00 0.05 0.02 0.55 0.78 0.65 0.62
C3' 0.02 0.51 0.01 0.00 0.30 0.01 0.36 0.02 0.38 0.50 0.43 0.49 0.42 0.49 0.25 0.02 0.01 0.03 0.41 0.64 0.44 0.41
C4 0.02 0.01 0.20 0.30 0.00 0.32 0.00 0.66 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.22 0.29 0.84 1.18 1.40 1.02
C4' 0.01 0.73 0.03 0.01 0.32 0.00 0.18 0.01 0.31 0.42 0.56 0.70 0.24 0.30 0.10 0.34 0.04 0.00 0.02 0.35 0.28 0.11
C5 0.02 0.01 0.12 0.36 0.00 0.18 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.19 0.14 0.73 1.12 1.31 0.87
C5' 0.10 1.43 0.22 0.02 0.66 0.01 0.40 0.00 0.69 0.58 1.15 1.32 0.54 0.40 0.15 0.15 0.27 0.02 0.01 0.43 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.38 0.01 0.31 0.01 0.69 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.31 0.25 0.26 0.98 1.49 1.82 1.28
C8 0.02 0.02 0.18 0.50 0.01 0.42 0.01 0.58 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.43 0.23 0.28 0.85 1.05 0.89 0.87
N1 0.04 0.01 0.30 0.43 0.02 0.56 0.01 1.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.32 0.32 0.43 1.39 2.02 2.43 1.86
N3 0.04 0.01 0.37 0.49 0.01 0.70 0.01 1.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.42 0.53 1.42 1.86 2.15 1.75
N6 0.02 0.02 0.15 0.42 0.01 0.24 0.01 0.54 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.35 0.28 0.19 0.90 1.43 1.74 1.17
N7 0.01 0.02 0.11 0.49 0.01 0.30 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.43 0.26 0.14 0.75 1.06 0.99 0.78
N9 0.01 0.02 0.04 0.25 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.15 0.02 0.50 0.72 0.72 0.50
O2' 0.03 0.35 0.00 0.02 0.23 0.34 0.31 0.15 0.31 0.43 0.32 0.33 0.35 0.43 0.22 0.00 0.08 0.24 0.37 0.54 0.58 0.44
O3' 0.35 0.42 0.05 0.01 0.22 0.04 0.19 0.27 0.25 0.23 0.32 0.42 0.28 0.26 0.15 0.08 0.00 0.24 0.37 0.68 0.70 0.48
O4' 0.01 0.54 0.02 0.03 0.29 0.00 0.14 0.02 0.26 0.28 0.43 0.53 0.19 0.14 0.02 0.24 0.24 0.00 0.23 0.33 0.31 0.19
O5' 0.33 1.62 0.55 0.41 0.84 0.02 0.73 0.01 0.98 0.85 1.39 1.42 0.90 0.75 0.50 0.37 0.37 0.23 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.50 2.25 0.78 0.64 1.18 0.35 1.12 0.43 1.49 1.05 2.02 1.86 1.43 1.06 0.72 0.54 0.68 0.33 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 2.62 0.65 0.44 1.40 0.28 1.31 0.41 1.82 0.89 2.43 2.15 1.74 0.99 0.72 0.58 0.70 0.31 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.32 2.11 0.62 0.41 1.02 0.11 0.87 0.02 1.28 0.87 1.86 1.75 1.17 0.78 0.50 0.44 0.48 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00