ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53823

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 10, 8, 1, 5, 6, 6, 3, 1, 2, 7, 7, 4, 5, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.014 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.006, 0.032, 0.059, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.032 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.024, 0.063, 0.102, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.063 std_dev=0.039
N7 B 0, 0.144, 0.397, 0.649, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.397 std_dev=0.252
C5 B 0, 0.212, 0.475, 0.738, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.475 std_dev=0.263
C8 B 0, 0.241, 0.545, 0.849, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.545 std_dev=0.304
N9 B 0, 0.296, 0.630, 0.965, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.630 std_dev=0.335
N6 B 0, 0.371, 0.709, 1.047, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.709 std_dev=0.338
O4' A 0, 0.089, 0.444, 0.800, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.444 std_dev=0.355
C2' A 0, 0.107, 0.471, 0.836, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.471 std_dev=0.365
C4 B 0, 0.277, 0.648, 1.019, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.648 std_dev=0.371
C6 B 0, 0.293, 0.672, 1.050, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.672 std_dev=0.378
C1' B 0, 0.404, 0.854, 1.304, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.854 std_dev=0.450
N3 B 0, 0.362, 0.943, 1.525, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.943 std_dev=0.581
C4' A 0, 0.094, 0.678, 1.263, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.678 std_dev=0.585
N1 B 0, 0.382, 0.985, 1.588, 2.253 max_d=2.253 avg_d=0.985 std_dev=0.603
C3' A 0, 0.023, 0.668, 1.312, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.668 std_dev=0.645
O2' A 0, 0.195, 0.854, 1.513, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.854 std_dev=0.659
C2 B 0, 0.407, 1.083, 1.759, 2.381 max_d=2.381 avg_d=1.083 std_dev=0.676
C5' A 0, 0.255, 1.010, 1.765, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.010 std_dev=0.755
O4' B 0, 0.352, 1.109, 1.866, 4.118 max_d=4.118 avg_d=1.109 std_dev=0.757
C4' B 0, 0.402, 1.274, 2.146, 4.808 max_d=4.808 avg_d=1.274 std_dev=0.872
C2' B 0, 0.290, 1.193, 2.097, 3.465 max_d=3.465 avg_d=1.193 std_dev=0.903
C3' B 0, 0.595, 1.523, 2.450, 4.365 max_d=4.365 avg_d=1.523 std_dev=0.928
O5' A 0, 0.198, 1.164, 2.131, 5.045 max_d=5.045 avg_d=1.164 std_dev=0.966
O3' A 0, -0.279, 0.862, 2.003, 3.025 max_d=3.025 avg_d=0.862 std_dev=1.141
O3' B 0, 0.709, 2.084, 3.459, 4.381 max_d=4.381 avg_d=2.084 std_dev=1.375
P A 0, 0.425, 1.848, 3.271, 6.844 max_d=6.844 avg_d=1.848 std_dev=1.423
O2' B 0, 0.340, 1.917, 3.494, 5.519 max_d=5.519 avg_d=1.917 std_dev=1.577
C5' B 0, 0.106, 1.782, 3.457, 7.731 max_d=7.731 avg_d=1.782 std_dev=1.675
OP2 A 0, 0.455, 2.150, 3.844, 6.853 max_d=6.853 avg_d=2.150 std_dev=1.694
OP1 A 0, -0.086, 2.040, 4.166, 7.958 max_d=7.958 avg_d=2.040 std_dev=2.126
O5' B 0, 0.115, 2.257, 4.399, 8.869 max_d=8.869 avg_d=2.257 std_dev=2.142
P B 0, -0.354, 2.740, 5.834, 11.896 max_d=11.896 avg_d=2.740 std_dev=3.094
OP1 B 0, -0.282, 2.993, 6.268, 12.901 max_d=12.901 avg_d=2.993 std_dev=3.275
OP2 B 0, -0.040, 3.539, 7.118, 12.383 max_d=12.383 avg_d=3.539 std_dev=3.579

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.30 0.03 0.01 0.22 0.49 0.18 0.29
C2 0.02 0.00 0.21 0.25 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.02 0.14 0.28 0.73 0.55 0.49
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.06 0.02 0.14 0.19 0.19 0.03 0.16 0.35 0.01 0.03 0.07 0.02 0.45 0.57 0.33 0.48
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.37 0.01 0.36 0.02 0.29 0.22 0.33 0.19 0.03 0.01 0.40 0.02 0.16 0.18 0.21 0.15
C4 0.02 0.02 0.06 0.37 0.00 0.14 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.35 0.14 0.01 0.03 0.43 0.86 0.96 0.72
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.19 0.08 0.09 0.12 0.31 0.03 0.15 0.01 0.02 0.29 0.19 0.03
C5 0.02 0.01 0.14 0.36 0.01 0.20 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.20 0.01 0.12 0.49 0.83 0.98 0.75
C5' 0.08 0.13 0.19 0.02 0.18 0.01 0.22 0.00 0.19 0.10 0.14 0.17 0.14 0.23 0.19 0.02 0.01 0.39 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.19 0.29 0.01 0.19 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.13 0.02 0.16 0.43 0.73 0.72 0.63
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.09 0.02 0.01 0.29 0.66 0.47 0.46
N3 0.02 0.01 0.16 0.33 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.08 0.01 0.10 0.35 0.82 0.77 0.61
O2 0.03 0.01 0.35 0.19 0.02 0.12 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.33 0.29 0.03 0.24 0.25 0.71 0.43 0.43
O2' 0.03 0.22 0.01 0.03 0.35 0.31 0.42 0.14 0.39 0.21 0.27 0.33 0.00 0.06 0.37 0.21 0.37 0.49 0.37 0.42
O3' 0.30 0.15 0.03 0.01 0.14 0.03 0.20 0.23 0.13 0.09 0.08 0.29 0.06 0.00 0.18 0.20 0.26 0.54 0.33 0.30
O4 0.03 0.02 0.07 0.40 0.01 0.15 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.03 0.37 0.18 0.00 0.04 0.46 0.90 1.08 0.77
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.03 0.01 0.12 0.02 0.16 0.01 0.10 0.24 0.21 0.20 0.04 0.00 0.11 0.49 0.16 0.22
O5' 0.22 0.28 0.45 0.16 0.43 0.02 0.49 0.01 0.43 0.29 0.35 0.25 0.37 0.26 0.46 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 0.73 0.57 0.18 0.86 0.29 0.83 0.39 0.73 0.66 0.82 0.71 0.49 0.54 0.90 0.49 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.55 0.33 0.21 0.96 0.19 0.98 0.37 0.72 0.47 0.77 0.43 0.37 0.33 1.08 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.49 0.48 0.15 0.72 0.03 0.75 0.02 0.63 0.46 0.61 0.43 0.42 0.30 0.77 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 0.16 0.56 0.86 0.24 0.83 0.17 1.40 0.18 0.35 0.18 0.21 0.26 0.22 0.35 0.88 0.98 0.60 1.83 2.78 3.04 2.55
C2 0.40 0.17 0.48 0.75 0.23 0.66 0.18 1.06 0.18 0.36 0.19 0.21 0.27 0.24 0.33 0.75 0.82 0.49 1.47 2.27 2.42 1.99
C2' 0.71 0.40 0.83 0.95 0.48 0.83 0.38 1.35 0.32 0.57 0.34 0.48 0.30 0.41 0.59 1.16 1.12 0.64 1.68 2.70 2.89 2.42
C3' 0.59 0.44 0.73 0.96 0.45 0.88 0.41 1.49 0.42 0.49 0.44 0.45 0.45 0.41 0.51 1.07 1.14 0.62 1.86 2.95 3.15 2.68
C4 0.31 0.14 0.35 0.59 0.19 0.42 0.17 0.62 0.14 0.33 0.17 0.15 0.20 0.28 0.28 0.64 0.65 0.32 1.00 1.71 1.76 1.35
C4' 0.51 0.20 0.61 0.96 0.29 0.98 0.22 1.60 0.20 0.41 0.20 0.26 0.26 0.28 0.41 0.92 1.08 0.75 2.01 2.98 3.29 2.80
C5 0.33 0.14 0.39 0.65 0.19 0.50 0.17 0.76 0.13 0.34 0.16 0.15 0.18 0.28 0.29 0.68 0.73 0.36 1.17 1.94 2.04 1.61
C5' 0.56 0.26 0.61 0.96 0.35 0.95 0.29 1.49 0.24 0.48 0.25 0.32 0.26 0.36 0.47 0.92 1.09 0.75 1.88 2.81 3.11 2.63
C6 0.38 0.14 0.45 0.73 0.21 0.62 0.17 0.99 0.14 0.36 0.17 0.17 0.21 0.26 0.32 0.74 0.83 0.45 1.41 2.25 2.42 1.96
N1 0.41 0.16 0.50 0.78 0.22 0.70 0.17 1.15 0.17 0.36 0.18 0.20 0.25 0.24 0.34 0.79 0.88 0.51 1.57 2.43 2.63 2.17
N3 0.34 0.16 0.39 0.64 0.21 0.50 0.17 0.76 0.17 0.34 0.19 0.18 0.26 0.26 0.30 0.65 0.69 0.38 1.15 1.87 1.93 1.53
O2 0.44 0.20 0.55 0.80 0.25 0.76 0.19 1.24 0.21 0.35 0.20 0.24 0.29 0.22 0.35 0.81 0.87 0.57 1.66 2.45 2.63 2.21
O2' 0.68 0.29 0.80 0.92 0.39 0.88 0.28 1.47 0.24 0.50 0.25 0.39 0.30 0.32 0.53 1.10 1.10 0.71 1.77 2.90 2.98 2.55
O3' 0.56 0.21 0.69 1.10 0.30 1.15 0.21 1.86 0.18 0.41 0.19 0.28 0.25 0.26 0.43 0.96 1.28 0.86 2.22 3.39 3.57 3.12
O4 0.26 0.14 0.29 0.51 0.18 0.31 0.18 0.40 0.13 0.31 0.17 0.14 0.16 0.30 0.25 0.62 0.54 0.25 0.77 1.41 1.40 1.00
O4' 0.54 0.23 0.59 0.96 0.33 1.00 0.27 1.56 0.23 0.46 0.23 0.29 0.27 0.34 0.45 0.85 1.05 0.81 2.00 2.87 3.21 2.72
O5' 0.66 0.47 0.63 0.95 0.50 0.85 0.46 1.26 0.43 0.57 0.45 0.50 0.45 0.49 0.58 0.94 1.13 0.70 1.61 2.51 2.76 2.28
OP1 1.04 0.96 0.89 1.22 0.99 1.20 0.97 1.45 0.95 1.02 0.95 0.98 0.95 0.99 1.02 1.02 1.37 1.15 1.73 2.43 2.68 2.24
OP2 0.86 0.95 0.89 1.05 0.86 0.83 0.86 1.08 0.94 0.80 0.98 0.90 0.99 0.81 0.83 1.18 1.19 0.74 1.36 2.18 2.44 1.98
P 0.83 0.75 0.74 1.07 0.75 0.94 0.73 1.23 0.73 0.77 0.74 0.75 0.74 0.73 0.78 0.98 1.26 0.84 1.53 2.32 2.58 2.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.21 0.52 0.50 0.29
C2 0.03 0.00 0.38 0.61 0.02 0.61 0.01 1.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.39 0.45 1.03 1.16 1.32 1.14
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.20 0.03 0.12 0.20 0.19 0.20 0.30 0.38 0.16 0.14 0.05 0.01 0.05 0.03 0.36 0.62 0.59 0.41
C3' 0.02 0.61 0.01 0.00 0.37 0.01 0.38 0.05 0.45 0.39 0.54 0.58 0.46 0.41 0.23 0.03 0.01 0.03 0.39 0.41 0.50 0.31
C4 0.02 0.02 0.20 0.37 0.00 0.28 0.01 0.49 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.19 0.23 0.46 0.64 0.68 0.44
C4' 0.01 0.61 0.03 0.01 0.28 0.00 0.17 0.01 0.28 0.33 0.47 0.58 0.22 0.24 0.08 0.32 0.04 0.01 0.03 0.26 0.30 0.09
C5 0.02 0.01 0.12 0.38 0.01 0.17 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.25 0.11 0.44 0.78 0.74 0.43
C5' 0.09 1.10 0.20 0.05 0.49 0.01 0.29 0.00 0.51 0.50 0.87 1.00 0.40 0.35 0.13 0.14 0.19 0.02 0.02 0.35 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.45 0.01 0.28 0.01 0.51 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.40 0.31 0.20 0.55 0.78 0.80 0.51
C8 0.02 0.02 0.20 0.39 0.01 0.33 0.01 0.50 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.36 0.29 0.25 0.80 1.27 1.17 0.96
N1 0.03 0.01 0.30 0.54 0.02 0.47 0.01 0.87 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.44 0.35 0.35 0.83 0.97 1.08 0.88
N3 0.03 0.01 0.38 0.58 0.01 0.58 0.01 1.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.41 0.35 0.44 0.91 0.97 1.13 0.98
N6 0.02 0.01 0.16 0.46 0.01 0.22 0.01 0.40 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.42 0.37 0.14 0.53 0.85 0.85 0.50
N7 0.02 0.01 0.14 0.41 0.01 0.24 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.38 0.33 0.13 0.70 1.20 1.14 0.86
N9 0.01 0.02 0.05 0.23 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.22 0.14 0.02 0.36 0.72 0.65 0.41
O2' 0.03 0.45 0.01 0.03 0.31 0.32 0.35 0.14 0.40 0.36 0.44 0.41 0.42 0.38 0.22 0.00 0.08 0.20 0.35 0.38 0.62 0.32
O3' 0.27 0.39 0.05 0.01 0.19 0.04 0.25 0.19 0.31 0.29 0.35 0.35 0.37 0.33 0.14 0.08 0.00 0.18 0.46 0.64 0.70 0.50
O4' 0.01 0.45 0.03 0.03 0.23 0.01 0.11 0.02 0.20 0.25 0.35 0.44 0.14 0.13 0.02 0.20 0.18 0.00 0.23 0.47 0.52 0.29
O5' 0.21 1.03 0.36 0.39 0.46 0.03 0.44 0.02 0.55 0.80 0.83 0.91 0.53 0.70 0.36 0.35 0.46 0.23 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.52 1.16 0.62 0.41 0.64 0.26 0.78 0.35 0.78 1.27 0.97 0.97 0.85 1.20 0.72 0.38 0.64 0.47 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 1.32 0.59 0.50 0.68 0.30 0.74 0.33 0.80 1.17 1.08 1.13 0.85 1.14 0.65 0.62 0.70 0.52 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.29 1.14 0.41 0.31 0.44 0.09 0.43 0.02 0.51 0.96 0.88 0.98 0.50 0.86 0.41 0.32 0.50 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00