ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53824

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 9, 10, 10, 3, 1, 2, 4, 1, 2, 6, 2, 3, 0, 1, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.043 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.036, 0.081, 0.127, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.081 std_dev=0.045
C5 B 0, 0.140, 0.294, 0.447, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.294 std_dev=0.153
C6 B 0, 0.113, 0.361, 0.608, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.361 std_dev=0.247
N7 B 0, 0.064, 0.331, 0.597, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.331 std_dev=0.267
C4 B 0, 0.172, 0.469, 0.766, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.469 std_dev=0.297
C8 B 0, 0.132, 0.489, 0.845, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.489 std_dev=0.356
N1 B 0, 0.039, 0.441, 0.843, 2.143 max_d=2.143 avg_d=0.441 std_dev=0.402
O4' A 0, -0.042, 0.374, 0.789, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.374 std_dev=0.415
N9 B 0, 0.144, 0.575, 1.007, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.575 std_dev=0.432
N6 B 0, 0.068, 0.513, 0.957, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.513 std_dev=0.444
N3 B 0, 0.165, 0.615, 1.066, 2.279 max_d=2.279 avg_d=0.615 std_dev=0.450
C2' A 0, -0.046, 0.418, 0.881, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.418 std_dev=0.463
C2 B 0, 0.061, 0.535, 1.009, 2.639 max_d=2.639 avg_d=0.535 std_dev=0.474
C3' A 0, -0.036, 0.561, 1.157, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.561 std_dev=0.596
C4' A 0, -0.028, 0.588, 1.205, 2.481 max_d=2.481 avg_d=0.588 std_dev=0.617
C1' B 0, 0.139, 0.832, 1.526, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.832 std_dev=0.693
O2' B 0, 0.250, 1.043, 1.836, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.043 std_dev=0.793
O2' A 0, -0.138, 0.673, 1.485, 2.769 max_d=2.769 avg_d=0.673 std_dev=0.811
C2' B 0, 0.146, 0.987, 1.827, 2.745 max_d=2.745 avg_d=0.987 std_dev=0.840
O3' A 0, -0.161, 0.702, 1.565, 2.538 max_d=2.538 avg_d=0.702 std_dev=0.863
C5' A 0, -0.033, 0.846, 1.725, 3.839 max_d=3.839 avg_d=0.846 std_dev=0.879
O4' B 0, 0.023, 1.059, 2.094, 4.662 max_d=4.662 avg_d=1.059 std_dev=1.035
C3' B 0, 0.121, 1.299, 2.478, 3.699 max_d=3.699 avg_d=1.299 std_dev=1.178
C4' B 0, 0.059, 1.297, 2.535, 4.871 max_d=4.871 avg_d=1.297 std_dev=1.238
O5' B 0, -0.247, 1.027, 2.300, 6.811 max_d=6.811 avg_d=1.027 std_dev=1.274
C5' B 0, -0.060, 1.327, 2.715, 6.899 max_d=6.899 avg_d=1.327 std_dev=1.387
P B 0, -0.491, 1.007, 2.506, 8.978 max_d=8.978 avg_d=1.007 std_dev=1.498
O5' A 0, 0.026, 1.541, 3.056, 4.142 max_d=4.142 avg_d=1.541 std_dev=1.515
O3' B 0, 0.117, 1.657, 3.197, 4.762 max_d=4.762 avg_d=1.657 std_dev=1.540
OP2 B 0, -0.363, 1.239, 2.842, 10.672 max_d=10.672 avg_d=1.239 std_dev=1.602
OP1 B 0, -0.392, 1.751, 3.894, 10.227 max_d=10.227 avg_d=1.751 std_dev=2.143
P A 0, -0.172, 2.152, 4.477, 6.279 max_d=6.279 avg_d=2.152 std_dev=2.325
OP1 A 0, -0.161, 2.414, 4.990, 7.366 max_d=7.366 avg_d=2.414 std_dev=2.576
OP2 A 0, -0.273, 2.487, 5.248, 7.609 max_d=7.609 avg_d=2.487 std_dev=2.760

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.29 0.02 0.00 0.43 0.52 0.38 0.36
C2 0.02 0.00 0.20 0.23 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.17 0.01 0.13 0.74 0.89 0.85 0.72
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.04 0.01 0.14 0.19 0.18 0.02 0.14 0.35 0.00 0.02 0.05 0.02 0.33 0.48 0.42 0.36
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.31 0.01 0.29 0.02 0.24 0.19 0.28 0.20 0.02 0.01 0.33 0.02 0.24 0.20 0.25 0.20
C4 0.02 0.01 0.04 0.31 0.00 0.12 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.07 0.00 0.03 1.07 1.41 1.45 1.28
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.18 0.07 0.07 0.11 0.26 0.02 0.13 0.00 0.02 0.17 0.26 0.17
C5 0.01 0.01 0.14 0.29 0.01 0.18 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.11 0.01 0.11 1.14 1.49 1.54 1.41
C5' 0.06 0.08 0.19 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.18 0.06 0.09 0.13 0.08 0.20 0.16 0.01 0.01 0.39 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.24 0.01 0.18 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.08 0.01 0.15 1.03 1.26 1.23 1.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.11 0.01 0.01 0.76 0.90 0.83 0.77
N3 0.02 0.00 0.14 0.28 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.10 0.01 0.09 0.90 1.14 1.15 0.99
O2 0.04 0.01 0.35 0.20 0.02 0.11 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.29 0.02 0.22 0.58 0.67 0.62 0.48
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.34 0.26 0.42 0.08 0.38 0.20 0.24 0.28 0.00 0.05 0.37 0.18 0.32 0.45 0.50 0.36
O3' 0.29 0.17 0.02 0.01 0.07 0.02 0.11 0.20 0.08 0.11 0.10 0.29 0.05 0.00 0.09 0.20 0.26 0.28 0.29 0.32
O4 0.02 0.01 0.05 0.33 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.09 0.00 0.04 1.12 1.53 1.60 1.39
O4' 0.00 0.13 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.09 0.22 0.18 0.20 0.04 0.00 0.41 0.46 0.17 0.24
O5' 0.43 0.74 0.33 0.24 1.07 0.02 1.14 0.01 1.03 0.76 0.90 0.58 0.32 0.26 1.12 0.41 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.52 0.89 0.48 0.20 1.41 0.17 1.49 0.39 1.26 0.90 1.14 0.67 0.45 0.28 1.53 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.85 0.42 0.25 1.45 0.26 1.54 0.34 1.23 0.83 1.15 0.62 0.50 0.29 1.60 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.36 0.72 0.36 0.20 1.28 0.17 1.41 0.01 1.18 0.77 0.99 0.48 0.36 0.32 1.39 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.21 0.43 0.28 0.14 0.56 0.14 0.85 0.26 0.21 0.28 0.16 0.38 0.11 0.21 0.54 0.31 0.53 1.06 1.66 1.13 1.07
C2 0.26 0.22 0.34 0.20 0.12 0.41 0.13 0.66 0.27 0.24 0.29 0.15 0.37 0.13 0.19 0.49 0.26 0.42 0.96 1.80 0.91 0.96
C2' 0.49 0.38 0.62 0.53 0.34 0.69 0.30 0.92 0.36 0.39 0.40 0.36 0.41 0.29 0.40 0.73 0.54 0.65 1.16 1.60 1.50 1.27
C3' 0.30 0.29 0.47 0.34 0.20 0.60 0.25 0.94 0.35 0.23 0.36 0.22 0.46 0.23 0.22 0.57 0.35 0.54 1.10 1.55 1.32 1.18
C4 0.23 0.24 0.23 0.19 0.12 0.31 0.11 0.51 0.23 0.28 0.31 0.16 0.33 0.21 0.20 0.42 0.23 0.35 0.81 1.78 0.77 0.82
C4' 0.45 0.27 0.45 0.45 0.27 0.77 0.23 1.05 0.29 0.30 0.30 0.28 0.40 0.21 0.34 0.50 0.50 0.72 1.12 1.50 1.22 1.13
C5 0.27 0.23 0.27 0.19 0.14 0.39 0.11 0.60 0.22 0.27 0.29 0.16 0.33 0.18 0.22 0.44 0.26 0.42 0.87 1.77 0.86 0.85
C5' 0.49 0.35 0.42 0.47 0.33 0.80 0.28 1.06 0.34 0.35 0.36 0.36 0.43 0.26 0.39 0.47 0.54 0.77 1.13 1.51 1.20 1.12
C6 0.29 0.22 0.33 0.21 0.14 0.46 0.12 0.70 0.24 0.26 0.29 0.16 0.35 0.14 0.22 0.48 0.29 0.47 0.94 1.74 0.96 0.92
N1 0.29 0.22 0.37 0.23 0.13 0.48 0.13 0.74 0.26 0.24 0.29 0.15 0.37 0.12 0.21 0.51 0.29 0.48 0.99 1.74 1.00 0.98
N3 0.23 0.24 0.26 0.18 0.11 0.32 0.11 0.53 0.26 0.27 0.31 0.15 0.36 0.18 0.18 0.44 0.23 0.35 0.85 1.80 0.78 0.87
O2 0.25 0.21 0.38 0.22 0.13 0.43 0.16 0.70 0.27 0.22 0.28 0.15 0.36 0.14 0.18 0.52 0.26 0.44 1.02 1.80 0.93 1.03
O2' 0.57 0.43 0.72 0.58 0.37 0.75 0.30 0.94 0.37 0.38 0.43 0.42 0.42 0.25 0.43 0.87 0.65 0.70 1.17 1.66 1.57 1.34
O3' 0.53 0.38 0.66 0.55 0.37 0.80 0.31 1.12 0.35 0.37 0.38 0.40 0.41 0.28 0.42 0.74 0.58 0.69 1.15 1.59 1.26 1.20
O4 0.21 0.26 0.19 0.21 0.13 0.24 0.13 0.42 0.21 0.28 0.31 0.17 0.29 0.25 0.19 0.39 0.22 0.30 0.73 1.76 0.69 0.77
O4' 0.56 0.36 0.56 0.57 0.39 0.83 0.32 1.07 0.34 0.43 0.35 0.40 0.41 0.32 0.47 0.60 0.62 0.79 1.15 1.58 1.10 1.08
O5' 0.35 0.83 0.24 0.26 0.63 0.52 0.79 0.84 1.00 0.50 0.99 0.66 1.20 0.72 0.46 0.45 0.25 0.51 0.97 1.39 1.20 1.07
OP1 0.38 1.03 0.39 0.35 0.74 0.61 0.95 0.91 1.24 0.54 1.25 0.79 1.50 0.84 0.51 0.67 0.51 0.45 0.85 1.24 0.90 0.85
OP2 0.36 0.88 0.35 0.37 0.64 0.77 0.87 1.07 1.15 0.53 1.12 0.65 1.45 0.81 0.45 0.46 0.39 0.69 1.12 1.50 1.21 1.13
P 0.28 0.76 0.19 0.37 0.49 0.77 0.73 1.09 1.01 0.34 1.00 0.52 1.30 0.64 0.28 0.37 0.48 0.63 1.08 1.47 1.09 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.26 0.01 0.32 0.55 0.24 0.41
C2 0.05 0.00 0.22 0.23 0.01 0.16 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.26 0.17 0.47 1.07 0.71 0.65
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.11 0.01 0.05 0.19 0.09 0.12 0.17 0.22 0.07 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.49 0.71 0.59 0.77
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.19 0.01 0.23 0.03 0.25 0.19 0.25 0.20 0.27 0.23 0.14 0.02 0.01 0.01 0.21 0.19 0.49 0.37
C4 0.02 0.01 0.11 0.19 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.17 0.09 0.39 1.00 0.41 0.51
C4' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.16 0.12 0.16 0.12 0.14 0.06 0.21 0.02 0.01 0.02 0.34 0.29 0.11
C5 0.02 0.01 0.05 0.23 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.13 0.05 0.42 1.22 0.46 0.52
C5' 0.09 0.30 0.19 0.03 0.19 0.01 0.24 0.00 0.24 0.34 0.26 0.28 0.29 0.33 0.18 0.12 0.17 0.02 0.01 0.41 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.16 0.08 0.41 1.27 0.56 0.53
C8 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.16 0.01 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.24 0.10 0.11 0.53 1.19 0.41 0.59
N1 0.04 0.00 0.17 0.25 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.21 0.13 0.43 1.19 0.66 0.59
N3 0.05 0.00 0.22 0.20 0.00 0.16 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.27 0.17 0.45 0.94 0.61 0.60
N6 0.03 0.01 0.07 0.27 0.02 0.12 0.02 0.29 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.28 0.16 0.07 0.41 1.39 0.62 0.53
N7 0.02 0.01 0.08 0.23 0.01 0.14 0.00 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.27 0.12 0.07 0.50 1.35 0.51 0.58
N9 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.16 0.14 0.02 0.41 0.91 0.26 0.49
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.19 0.21 0.24 0.12 0.25 0.24 0.23 0.20 0.28 0.27 0.16 0.00 0.06 0.14 0.44 0.75 0.65 0.81
O3' 0.26 0.26 0.03 0.01 0.17 0.02 0.13 0.17 0.16 0.10 0.21 0.27 0.16 0.12 0.14 0.06 0.00 0.19 0.26 0.56 0.47 0.29
O4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.11 0.13 0.17 0.07 0.07 0.02 0.14 0.19 0.00 0.17 0.26 0.11 0.13
O5' 0.32 0.47 0.49 0.21 0.39 0.02 0.42 0.01 0.41 0.53 0.43 0.45 0.41 0.50 0.41 0.44 0.26 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.55 1.07 0.71 0.19 1.00 0.34 1.22 0.41 1.27 1.19 1.19 0.94 1.39 1.35 0.91 0.75 0.56 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.71 0.59 0.49 0.41 0.29 0.46 0.37 0.56 0.41 0.66 0.61 0.62 0.51 0.26 0.65 0.47 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.41 0.65 0.77 0.37 0.51 0.11 0.52 0.02 0.53 0.59 0.59 0.60 0.53 0.58 0.49 0.81 0.29 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00