ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53825

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 6, 10, 6, 6, 7, 4, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.037 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C4 B 0, 0.204, 0.414, 0.623, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.414 std_dev=0.209
C5 B 0, 0.192, 0.411, 0.629, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.411 std_dev=0.219
N9 B 0, 0.218, 0.441, 0.665, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.441 std_dev=0.224
N3 B 0, 0.255, 0.488, 0.721, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.488 std_dev=0.233
C8 B 0, 0.201, 0.450, 0.699, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.450 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.219, 0.474, 0.728, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.474 std_dev=0.254
N7 B 0, 0.187, 0.441, 0.696, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.441 std_dev=0.255
C1' B 0, 0.280, 0.550, 0.819, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.550 std_dev=0.269
C2 B 0, 0.231, 0.514, 0.797, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.514 std_dev=0.283
N1 B 0, 0.213, 0.511, 0.809, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.511 std_dev=0.298
N6 B 0, 0.203, 0.543, 0.884, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.543 std_dev=0.340
O4' A 0, -0.022, 0.499, 1.019, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.499 std_dev=0.520
C2' A 0, -0.022, 0.537, 1.096, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.537 std_dev=0.559
C3' B 0, 0.154, 0.873, 1.593, 3.744 max_d=3.744 avg_d=0.873 std_dev=0.719
C3' A 0, 0.074, 0.827, 1.580, 2.124 max_d=2.124 avg_d=0.827 std_dev=0.753
C2' B 0, 0.112, 0.881, 1.650, 3.562 max_d=3.562 avg_d=0.881 std_dev=0.769
C4' A 0, 0.033, 0.812, 1.590, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.812 std_dev=0.778
O3' B 0, 0.215, 1.010, 1.805, 3.124 max_d=3.124 avg_d=1.010 std_dev=0.795
O4' B 0, 0.039, 0.910, 1.780, 3.066 max_d=3.066 avg_d=0.910 std_dev=0.870
C4' B 0, 0.135, 1.041, 1.947, 3.352 max_d=3.352 avg_d=1.041 std_dev=0.906
O2' A 0, -0.046, 0.923, 1.891, 2.672 max_d=2.672 avg_d=0.923 std_dev=0.968
O3' A 0, 0.153, 1.172, 2.190, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.172 std_dev=1.019
C5' A 0, 0.040, 1.123, 2.205, 3.479 max_d=3.479 avg_d=1.123 std_dev=1.082
O5' A 0, -0.116, 1.211, 2.539, 5.755 max_d=5.755 avg_d=1.211 std_dev=1.327
O2' B 0, -0.007, 1.399, 2.804, 5.062 max_d=5.062 avg_d=1.399 std_dev=1.406
P A 0, -0.279, 1.283, 2.846, 6.954 max_d=6.954 avg_d=1.283 std_dev=1.562
OP2 A 0, -0.116, 1.530, 3.177, 7.269 max_d=7.269 avg_d=1.530 std_dev=1.647
C5' B 0, -0.145, 1.698, 3.541, 6.290 max_d=6.290 avg_d=1.698 std_dev=1.843
OP1 A 0, 0.010, 1.910, 3.811, 7.457 max_d=7.457 avg_d=1.910 std_dev=1.901
O5' B 0, -0.423, 1.874, 4.171, 7.990 max_d=7.990 avg_d=1.874 std_dev=2.297
P B 0, -0.728, 2.618, 5.964, 10.765 max_d=10.765 avg_d=2.618 std_dev=3.346
OP1 B 0, -0.389, 3.240, 6.870, 11.669 max_d=11.669 avg_d=3.240 std_dev=3.630
OP2 B 0, -1.187, 2.672, 6.532, 12.235 max_d=12.235 avg_d=2.672 std_dev=3.860

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.34 0.02 0.00 0.27 0.61 0.23 0.28
C2 0.02 0.00 0.20 0.23 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.22 0.02 0.16 0.31 0.80 0.43 0.31
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.05 0.01 0.14 0.21 0.19 0.02 0.15 0.35 0.01 0.03 0.05 0.02 0.50 0.69 0.55 0.57
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.38 0.01 0.39 0.02 0.34 0.23 0.31 0.15 0.02 0.01 0.41 0.02 0.24 0.26 0.17 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.38 0.00 0.16 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.14 0.01 0.03 0.52 1.03 0.78 0.54
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.16 0.00 0.25 0.01 0.25 0.09 0.08 0.15 0.32 0.02 0.17 0.00 0.02 0.17 0.20 0.05
C5 0.02 0.02 0.14 0.39 0.00 0.25 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.49 0.21 0.01 0.13 0.62 1.09 0.81 0.65
C5' 0.07 0.12 0.21 0.02 0.23 0.01 0.31 0.00 0.28 0.11 0.15 0.18 0.09 0.24 0.25 0.02 0.01 0.17 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.34 0.01 0.25 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.45 0.16 0.01 0.18 0.56 0.97 0.59 0.56
N1 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.13 0.02 0.01 0.36 0.79 0.37 0.35
N3 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.26 0.13 0.02 0.11 0.39 0.91 0.61 0.39
O2 0.04 0.01 0.35 0.15 0.02 0.15 0.02 0.18 0.02 0.01 0.02 0.00 0.29 0.40 0.03 0.27 0.26 0.72 0.38 0.26
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.39 0.32 0.49 0.09 0.45 0.23 0.26 0.29 0.00 0.05 0.42 0.22 0.39 0.57 0.64 0.50
O3' 0.34 0.22 0.03 0.01 0.14 0.02 0.21 0.24 0.16 0.13 0.13 0.40 0.05 0.00 0.17 0.22 0.32 0.42 0.28 0.32
O4 0.02 0.02 0.05 0.41 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.02 0.02 0.03 0.42 0.17 0.00 0.04 0.55 1.08 0.89 0.59
O4' 0.00 0.16 0.02 0.02 0.03 0.00 0.13 0.02 0.18 0.01 0.11 0.27 0.22 0.22 0.04 0.00 0.17 0.46 0.24 0.18
O5' 0.27 0.31 0.50 0.24 0.52 0.02 0.62 0.01 0.56 0.36 0.39 0.26 0.39 0.32 0.55 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.61 0.80 0.69 0.26 1.03 0.17 1.09 0.17 0.97 0.79 0.91 0.72 0.57 0.42 1.08 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.43 0.55 0.17 0.78 0.20 0.81 0.33 0.59 0.37 0.61 0.38 0.64 0.28 0.89 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.31 0.57 0.19 0.54 0.05 0.65 0.02 0.56 0.35 0.39 0.26 0.50 0.32 0.59 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.17 0.28 0.46 0.13 0.85 0.15 1.54 0.22 0.12 0.21 0.15 0.31 0.14 0.16 0.75 0.48 0.72 2.11 2.79 3.03 2.68
C2 0.23 0.16 0.23 0.39 0.12 0.64 0.14 1.15 0.22 0.14 0.21 0.13 0.32 0.11 0.15 0.63 0.42 0.55 1.73 2.36 2.26 2.08
C2' 0.40 0.35 0.55 0.74 0.36 0.99 0.38 1.72 0.39 0.39 0.38 0.35 0.43 0.39 0.38 0.71 0.62 0.79 2.34 3.11 3.53 3.05
C3' 0.20 0.30 0.35 0.58 0.23 0.94 0.33 1.74 0.43 0.22 0.39 0.22 0.55 0.34 0.17 0.69 0.56 0.74 2.29 3.06 3.49 3.00
C4 0.25 0.20 0.23 0.35 0.16 0.42 0.15 0.79 0.21 0.25 0.24 0.17 0.29 0.20 0.21 0.52 0.38 0.36 1.37 2.21 1.62 1.64
C4' 0.38 0.28 0.31 0.55 0.24 1.03 0.19 1.74 0.25 0.17 0.27 0.30 0.34 0.15 0.27 0.80 0.60 0.89 2.24 2.93 3.31 2.89
C5 0.24 0.20 0.24 0.38 0.15 0.51 0.14 0.95 0.21 0.22 0.24 0.16 0.29 0.16 0.20 0.57 0.41 0.42 1.56 2.42 2.00 1.92
C5' 0.42 0.36 0.30 0.57 0.31 1.01 0.26 1.68 0.31 0.23 0.35 0.37 0.38 0.20 0.32 0.77 0.62 0.88 2.19 2.90 3.22 2.82
C6 0.23 0.18 0.24 0.41 0.13 0.63 0.13 1.17 0.21 0.17 0.23 0.14 0.30 0.11 0.16 0.62 0.44 0.52 1.78 2.58 2.41 2.22
N1 0.23 0.17 0.24 0.42 0.12 0.70 0.14 1.29 0.22 0.14 0.22 0.14 0.31 0.11 0.15 0.67 0.45 0.59 1.88 2.59 2.58 2.33
N3 0.24 0.17 0.22 0.36 0.13 0.47 0.12 0.87 0.21 0.22 0.22 0.14 0.31 0.13 0.19 0.55 0.39 0.41 1.44 2.16 1.74 1.70
O2 0.23 0.17 0.24 0.39 0.14 0.71 0.18 1.27 0.24 0.12 0.21 0.15 0.32 0.19 0.14 0.69 0.43 0.64 1.82 2.28 2.38 2.15
O2' 0.48 0.25 0.52 0.62 0.29 0.92 0.24 1.68 0.23 0.32 0.23 0.30 0.28 0.24 0.36 0.81 0.66 0.73 2.32 3.22 3.63 3.13
O3' 0.61 0.39 0.58 0.69 0.39 1.08 0.29 1.83 0.31 0.34 0.34 0.44 0.36 0.24 0.45 1.01 0.89 0.89 2.26 3.04 3.46 2.96
O4 0.27 0.22 0.25 0.34 0.20 0.33 0.20 0.61 0.21 0.30 0.25 0.20 0.25 0.27 0.25 0.49 0.36 0.31 1.15 2.06 1.20 1.35
O4' 0.49 0.36 0.43 0.58 0.35 1.01 0.26 1.62 0.26 0.30 0.30 0.40 0.28 0.21 0.39 0.89 0.66 0.91 2.11 2.73 2.99 2.66
O5' 0.38 0.37 0.34 0.53 0.30 0.89 0.30 1.55 0.39 0.25 0.40 0.35 0.49 0.27 0.30 0.70 0.56 0.77 2.10 2.86 3.07 2.70
OP1 0.84 0.91 0.75 0.58 0.86 0.66 0.89 1.07 0.95 0.83 0.94 0.87 1.03 0.89 0.83 1.28 0.96 0.66 1.56 2.35 2.43 2.11
OP2 0.54 0.74 0.55 0.80 0.61 1.07 0.64 1.68 0.75 0.50 0.79 0.67 0.85 0.56 0.54 0.51 0.55 0.96 2.23 3.01 3.09 2.78
P 0.41 0.36 0.33 0.48 0.30 0.77 0.31 1.36 0.39 0.29 0.39 0.34 0.50 0.30 0.32 0.77 0.61 0.66 1.92 2.70 2.82 2.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.25 0.01 0.30 0.51 0.36 0.38
C2 0.03 0.00 0.27 0.36 0.01 0.51 0.01 1.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.21 0.40 0.94 1.33 1.57 1.17
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.14 0.02 0.07 0.20 0.13 0.14 0.21 0.27 0.10 0.09 0.03 0.01 0.04 0.03 0.44 0.68 0.55 0.66
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.22 0.01 0.26 0.05 0.27 0.35 0.31 0.34 0.29 0.34 0.18 0.02 0.01 0.02 0.34 0.36 0.50 0.43
C4 0.02 0.01 0.14 0.22 0.00 0.23 0.01 0.48 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.14 0.21 0.43 0.92 0.63 0.51
C4' 0.02 0.51 0.02 0.01 0.23 0.00 0.12 0.01 0.21 0.32 0.39 0.50 0.16 0.23 0.08 0.25 0.03 0.01 0.04 0.25 0.32 0.10
C5 0.02 0.01 0.07 0.26 0.01 0.12 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.14 0.09 0.49 1.14 0.49 0.55
C5' 0.11 1.02 0.20 0.05 0.48 0.01 0.34 0.00 0.50 0.55 0.81 0.95 0.41 0.45 0.21 0.18 0.18 0.03 0.01 0.41 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.27 0.01 0.21 0.01 0.50 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.14 0.17 0.46 1.16 0.66 0.54
C8 0.02 0.01 0.14 0.35 0.01 0.32 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.26 0.21 0.22 1.00 1.43 1.01 1.10
N1 0.02 0.00 0.21 0.31 0.02 0.39 0.01 0.81 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.15 0.31 0.69 1.23 1.20 0.87
N3 0.03 0.00 0.27 0.34 0.00 0.50 0.01 0.95 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.24 0.40 0.86 1.16 1.35 1.04
N6 0.03 0.01 0.10 0.29 0.02 0.16 0.02 0.41 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.32 0.18 0.12 0.50 1.29 0.56 0.57
N7 0.02 0.01 0.09 0.34 0.01 0.23 0.00 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.29 0.23 0.13 0.90 1.50 0.91 1.02
N9 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.13 0.02 0.49 0.88 0.44 0.54
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.23 0.25 0.27 0.18 0.30 0.26 0.30 0.28 0.32 0.29 0.17 0.00 0.08 0.17 0.42 0.72 0.59 0.70
O3' 0.25 0.21 0.04 0.01 0.14 0.03 0.14 0.18 0.14 0.21 0.15 0.24 0.18 0.23 0.13 0.08 0.00 0.17 0.38 0.43 0.59 0.39
O4' 0.01 0.40 0.03 0.02 0.21 0.01 0.09 0.03 0.17 0.22 0.31 0.40 0.12 0.13 0.02 0.17 0.17 0.00 0.28 0.34 0.35 0.25
O5' 0.30 0.94 0.44 0.34 0.43 0.04 0.49 0.01 0.46 1.00 0.69 0.86 0.50 0.90 0.49 0.42 0.38 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.51 1.33 0.68 0.36 0.92 0.25 1.14 0.41 1.16 1.43 1.23 1.16 1.29 1.50 0.88 0.72 0.43 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 1.57 0.55 0.50 0.63 0.32 0.49 0.38 0.66 1.01 1.20 1.35 0.56 0.91 0.44 0.59 0.59 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.38 1.17 0.66 0.43 0.51 0.10 0.55 0.02 0.54 1.10 0.87 1.04 0.57 1.02 0.54 0.70 0.39 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00