ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53826

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 3, 3, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.009, 0.026, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.016, 0.049, 0.082, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.049 std_dev=0.033
O4 A 0, -0.015, 0.086, 0.186, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.086 std_dev=0.101
O4' A 0, 0.021, 0.146, 0.271, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.146 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.072, 0.239, 0.405, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.239 std_dev=0.166
C2' A 0, 0.021, 0.228, 0.435, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.228 std_dev=0.207
C4 B 0, 0.174, 0.450, 0.727, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.450 std_dev=0.277
N3 B 0, 0.267, 0.555, 0.843, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.555 std_dev=0.288
C3' A 0, 0.159, 0.476, 0.794, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.476 std_dev=0.317
N9 B 0, 0.144, 0.468, 0.793, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.468 std_dev=0.325
C5' A 0, 0.077, 0.414, 0.751, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.414 std_dev=0.337
O2' A 0, 0.121, 0.464, 0.808, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.464 std_dev=0.344
N7 B 0, 0.420, 0.766, 1.112, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.766 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.247, 0.606, 0.966, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.606 std_dev=0.359
C8 B 0, 0.283, 0.646, 1.008, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.646 std_dev=0.363
C2 B 0, 0.291, 0.681, 1.071, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.681 std_dev=0.390
C1' B 0, 0.197, 0.596, 0.995, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.596 std_dev=0.399
O5' A 0, 0.224, 0.671, 1.119, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.671 std_dev=0.448
C6 B 0, 0.247, 0.746, 1.245, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.746 std_dev=0.499
O3' A 0, 0.350, 0.852, 1.353, 2.343 max_d=2.343 avg_d=0.852 std_dev=0.502
N1 B 0, 0.228, 0.744, 1.260, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.744 std_dev=0.516
N6 B 0, 0.412, 1.026, 1.640, 2.171 max_d=2.171 avg_d=1.026 std_dev=0.614
OP1 A 0, 0.269, 0.963, 1.657, 3.055 max_d=3.055 avg_d=0.963 std_dev=0.694
O4' B 0, 1.097, 1.977, 2.857, 2.912 max_d=2.912 avg_d=1.977 std_dev=0.880
P A 0, -0.071, 0.863, 1.797, 4.184 max_d=4.184 avg_d=0.863 std_dev=0.934
C4' B 0, 1.335, 2.343, 3.352, 4.077 max_d=4.077 avg_d=2.343 std_dev=1.008
C2' B 0, 1.196, 2.209, 3.223, 4.235 max_d=4.235 avg_d=2.209 std_dev=1.013
C3' B 0, 0.927, 2.085, 3.242, 5.376 max_d=5.376 avg_d=2.085 std_dev=1.157
O3' B 0, 0.639, 1.985, 3.331, 6.356 max_d=6.356 avg_d=1.985 std_dev=1.346
OP2 A 0, -0.373, 1.037, 2.448, 6.315 max_d=6.315 avg_d=1.037 std_dev=1.411
O2' B 0, 2.068, 3.740, 5.411, 5.318 max_d=5.318 avg_d=3.740 std_dev=1.672
C5' B 0, 2.616, 4.570, 6.525, 6.708 max_d=6.708 avg_d=4.570 std_dev=1.955
O5' B 0, 2.984, 5.400, 7.816, 7.552 max_d=7.552 avg_d=5.400 std_dev=2.416
OP2 B 0, 4.841, 8.080, 11.319, 11.913 max_d=11.913 avg_d=8.080 std_dev=3.239
P B 0, 4.376, 7.684, 10.993, 10.476 max_d=10.476 avg_d=7.684 std_dev=3.309
OP1 B 0, 5.083, 8.578, 12.073, 10.909 max_d=10.909 avg_d=8.578 std_dev=3.495

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.10 0.10 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.06 0.01 0.04 0.09 0.06 0.28 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.08 0.02 0.12 0.02 0.12 0.04 0.05 0.14 0.01 0.02 0.10 0.01 0.06 0.21 0.25 0.18
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.24 0.01 0.31 0.02 0.30 0.15 0.14 0.08 0.01 0.01 0.27 0.02 0.05 0.26 0.33 0.19
C4 0.02 0.01 0.08 0.24 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.26 0.00 0.03 0.25 0.11 0.73 0.32
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.07 0.04 0.11 0.04 0.13 0.01 0.02 0.20 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.12 0.31 0.01 0.15 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.34 0.01 0.04 0.30 0.16 0.81 0.40
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.09 0.12 0.04 0.10 0.04 0.19 0.02 0.01 0.18 0.23 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.30 0.01 0.14 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.30 0.01 0.04 0.25 0.12 0.59 0.30
N1 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.02 0.11 0.05 0.29 0.12
N3 0.02 0.00 0.05 0.14 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.01 0.03 0.16 0.04 0.49 0.18
O2 0.02 0.00 0.14 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.15 0.01 0.06 0.04 0.11 0.13 0.09
O2' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.10 0.05 0.05 0.15 0.28 0.00 0.07 0.10 0.09 0.04 0.28 0.28 0.13
O3' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.26 0.04 0.34 0.04 0.30 0.12 0.14 0.15 0.07 0.00 0.30 0.04 0.10 0.42 0.48 0.25
O4 0.02 0.01 0.10 0.27 0.00 0.13 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.30 0.00 0.03 0.28 0.14 0.85 0.38
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.09 0.04 0.03 0.00 0.11 0.08 0.14 0.12
O5' 0.06 0.09 0.06 0.05 0.25 0.02 0.30 0.01 0.25 0.11 0.16 0.04 0.04 0.10 0.28 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.06 0.21 0.26 0.11 0.20 0.16 0.18 0.12 0.05 0.04 0.11 0.28 0.42 0.14 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.28 0.25 0.33 0.73 0.23 0.81 0.23 0.59 0.29 0.49 0.13 0.28 0.48 0.85 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.18 0.19 0.32 0.07 0.40 0.02 0.30 0.12 0.18 0.09 0.13 0.25 0.38 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.08 0.62 0.62 0.10 0.43 0.10 0.89 0.14 0.18 0.13 0.08 0.22 0.13 0.17 0.58 0.42 0.24 1.44 2.16 1.95 1.95
C2 0.25 0.10 0.56 0.54 0.12 0.37 0.11 0.68 0.14 0.19 0.13 0.12 0.22 0.13 0.19 0.50 0.37 0.20 1.17 1.73 1.48 1.51
C2' 0.25 0.12 0.73 0.66 0.09 0.41 0.12 0.85 0.20 0.19 0.19 0.09 0.29 0.15 0.17 0.78 0.46 0.33 1.33 2.05 2.01 1.87
C3' 0.27 0.18 0.71 0.64 0.15 0.37 0.21 0.77 0.28 0.26 0.26 0.13 0.38 0.25 0.21 0.81 0.48 0.39 1.20 1.93 1.93 1.73
C4 0.26 0.14 0.47 0.44 0.16 0.24 0.12 0.25 0.11 0.25 0.14 0.16 0.17 0.18 0.23 0.47 0.30 0.20 0.55 1.01 1.02 0.72
C4' 0.24 0.11 0.68 0.65 0.10 0.40 0.12 0.87 0.18 0.19 0.17 0.09 0.27 0.15 0.17 0.69 0.45 0.27 1.37 2.17 1.99 1.93
C5 0.25 0.15 0.51 0.45 0.15 0.23 0.11 0.31 0.13 0.23 0.16 0.15 0.18 0.17 0.21 0.54 0.31 0.22 0.64 1.16 1.15 0.88
C5' 0.23 0.13 0.67 0.63 0.11 0.37 0.13 0.79 0.19 0.20 0.19 0.10 0.28 0.16 0.17 0.69 0.44 0.26 1.26 2.06 1.86 1.78
C6 0.24 0.12 0.56 0.50 0.12 0.27 0.08 0.50 0.12 0.21 0.14 0.12 0.19 0.13 0.19 0.56 0.34 0.22 0.91 1.51 1.37 1.25
N1 0.24 0.09 0.58 0.55 0.10 0.35 0.08 0.69 0.13 0.19 0.12 0.10 0.21 0.12 0.18 0.55 0.37 0.21 1.17 1.80 1.59 1.56
N3 0.27 0.11 0.50 0.48 0.14 0.30 0.10 0.43 0.13 0.23 0.12 0.13 0.21 0.13 0.21 0.45 0.32 0.19 0.82 1.30 1.08 1.03
O2 0.25 0.13 0.57 0.59 0.14 0.48 0.16 0.89 0.19 0.18 0.16 0.14 0.25 0.18 0.18 0.51 0.41 0.24 1.47 2.03 1.76 1.86
O2' 0.29 0.15 0.85 0.81 0.13 0.56 0.10 1.10 0.16 0.16 0.17 0.15 0.24 0.08 0.19 0.86 0.50 0.33 1.62 2.41 2.35 2.25
O3' 0.30 0.23 0.77 0.69 0.19 0.43 0.25 0.82 0.32 0.28 0.31 0.18 0.42 0.28 0.24 0.93 0.54 0.49 1.22 1.99 2.04 1.79
O4 0.26 0.17 0.41 0.41 0.19 0.24 0.17 0.18 0.14 0.28 0.16 0.18 0.17 0.25 0.24 0.43 0.28 0.21 0.31 0.69 1.04 0.42
O4' 0.22 0.09 0.62 0.62 0.09 0.43 0.08 0.91 0.12 0.17 0.12 0.09 0.19 0.11 0.16 0.57 0.41 0.21 1.45 2.24 1.96 1.99
O5' 0.26 0.15 0.66 0.61 0.13 0.34 0.15 0.64 0.20 0.24 0.20 0.13 0.29 0.21 0.20 0.73 0.45 0.30 1.04 1.74 1.66 1.48
OP1 0.29 0.27 0.80 0.70 0.20 0.32 0.14 0.58 0.17 0.19 0.24 0.26 0.18 0.13 0.22 0.94 0.48 0.26 0.93 1.63 1.50 1.33
OP2 0.30 0.52 0.71 0.62 0.42 0.39 0.53 0.58 0.64 0.41 0.63 0.43 0.77 0.52 0.35 0.87 0.52 0.40 0.86 1.30 1.66 1.18
P 0.30 0.17 0.69 0.61 0.15 0.32 0.15 0.54 0.20 0.24 0.20 0.17 0.30 0.21 0.21 0.79 0.42 0.31 0.88 1.51 1.51 1.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.15 0.21 0.34 0.13
C2 0.02 0.00 0.50 0.56 0.01 0.65 0.01 1.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.36 0.17 0.35 1.46 1.97 2.54 1.94
C2' 0.00 0.50 0.00 0.01 0.26 0.01 0.10 0.15 0.21 0.27 0.38 0.51 0.13 0.15 0.02 0.00 0.03 0.02 0.44 0.32 0.42 0.41
C3' 0.01 0.56 0.01 0.00 0.28 0.00 0.18 0.01 0.28 0.25 0.45 0.54 0.22 0.18 0.09 0.02 0.01 0.01 0.41 0.25 0.42 0.37
C4 0.01 0.01 0.26 0.28 0.00 0.32 0.00 0.68 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.11 0.19 0.63 0.82 1.35 0.82
C4' 0.01 0.65 0.01 0.00 0.32 0.00 0.19 0.01 0.33 0.21 0.53 0.62 0.26 0.09 0.05 0.12 0.03 0.00 0.02 0.12 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.10 0.18 0.00 0.19 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.07 0.09 0.41 0.66 1.27 0.61
C5' 0.08 1.35 0.15 0.01 0.68 0.01 0.46 0.00 0.73 0.29 1.13 1.24 0.60 0.11 0.17 0.09 0.12 0.02 0.01 0.18 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.21 0.28 0.01 0.33 0.01 0.73 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.27 0.10 0.17 0.74 1.06 1.80 1.06
C8 0.01 0.01 0.27 0.25 0.01 0.21 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.18 0.08 0.16 0.61 0.83 0.63 0.64
N1 0.03 0.00 0.38 0.45 0.02 0.53 0.01 1.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.33 0.14 0.28 1.21 1.68 2.39 1.68
N3 0.02 0.00 0.51 0.54 0.01 0.62 0.01 1.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.34 0.17 0.35 1.27 1.59 2.04 1.58
N6 0.03 0.02 0.13 0.22 0.01 0.26 0.01 0.60 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.09 0.12 0.60 0.94 1.70 0.91
N7 0.01 0.02 0.15 0.18 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.18 0.05 0.08 0.38 0.69 0.75 0.41
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.12 0.10 0.01 0.20 0.37 0.64 0.22
O2' 0.02 0.36 0.00 0.02 0.23 0.12 0.21 0.09 0.27 0.18 0.33 0.34 0.26 0.18 0.12 0.00 0.05 0.09 0.45 0.31 0.47 0.43
O3' 0.18 0.17 0.03 0.01 0.11 0.03 0.07 0.12 0.10 0.08 0.14 0.17 0.09 0.05 0.10 0.05 0.00 0.16 0.28 0.35 0.46 0.32
O4' 0.00 0.35 0.02 0.01 0.19 0.00 0.09 0.02 0.17 0.16 0.28 0.35 0.12 0.08 0.01 0.09 0.16 0.00 0.15 0.15 0.34 0.11
O5' 0.15 1.46 0.44 0.41 0.63 0.02 0.41 0.01 0.74 0.61 1.21 1.27 0.60 0.38 0.20 0.45 0.28 0.15 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.21 1.97 0.32 0.25 0.82 0.12 0.66 0.18 1.06 0.83 1.68 1.59 0.94 0.69 0.37 0.31 0.35 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 2.54 0.42 0.42 1.35 0.13 1.27 0.24 1.80 0.63 2.39 2.04 1.70 0.75 0.64 0.47 0.46 0.34 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.13 1.94 0.41 0.37 0.82 0.04 0.61 0.01 1.06 0.64 1.68 1.58 0.91 0.41 0.22 0.43 0.32 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00