ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53827

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 3, 0, 3, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.043 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.015, 0.050, 0.086, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.050 std_dev=0.035
C5 B 0, 0.270, 0.549, 0.829, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.549 std_dev=0.279
N7 B 0, 0.342, 0.622, 0.903, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.622 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.282, 0.572, 0.862, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.572 std_dev=0.290
N6 B 0, 0.350, 0.653, 0.956, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.653 std_dev=0.303
C4 B 0, 0.253, 0.563, 0.873, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.563 std_dev=0.310
N3 B 0, 0.201, 0.540, 0.880, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.540 std_dev=0.340
N1 B 0, 0.250, 0.592, 0.933, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.592 std_dev=0.342
C8 B 0, 0.364, 0.706, 1.049, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.706 std_dev=0.342
N9 B 0, 0.358, 0.701, 1.045, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.701 std_dev=0.344
C2 B 0, 0.185, 0.536, 0.887, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.536 std_dev=0.351
C1' B 0, 0.397, 0.853, 1.310, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.853 std_dev=0.457
O4' B 0, 0.470, 1.006, 1.541, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.006 std_dev=0.535
C2' B 0, 0.764, 1.376, 1.988, 2.368 max_d=2.368 avg_d=1.376 std_dev=0.612
C4' B 0, 0.400, 1.101, 1.803, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.101 std_dev=0.702
O4' A 0, 0.178, 0.902, 1.625, 2.092 max_d=2.092 avg_d=0.902 std_dev=0.723
C3' B 0, 0.342, 1.078, 1.814, 3.196 max_d=3.196 avg_d=1.078 std_dev=0.736
C2' A 0, 0.214, 0.961, 1.708, 2.202 max_d=2.202 avg_d=0.961 std_dev=0.747
O3' B 0, 0.465, 1.362, 2.259, 3.612 max_d=3.612 avg_d=1.362 std_dev=0.897
C3' A 0, 0.162, 1.085, 2.007, 2.743 max_d=2.743 avg_d=1.085 std_dev=0.923
O3' A 0, -0.110, 0.922, 1.954, 2.730 max_d=2.730 avg_d=0.922 std_dev=1.032
C4' A 0, 0.180, 1.217, 2.254, 3.017 max_d=3.017 avg_d=1.217 std_dev=1.037
O2' A 0, 0.383, 1.473, 2.562, 3.172 max_d=3.172 avg_d=1.473 std_dev=1.090
O2' B 0, 1.064, 2.270, 3.477, 4.143 max_d=4.143 avg_d=2.270 std_dev=1.206
O5' A 0, 0.697, 2.056, 3.414, 3.996 max_d=3.996 avg_d=2.056 std_dev=1.358
C5' B 0, 0.000, 1.546, 3.091, 5.704 max_d=5.704 avg_d=1.546 std_dev=1.545
C5' A 0, 0.402, 1.950, 3.497, 4.620 max_d=4.620 avg_d=1.950 std_dev=1.547
O5' B 0, 0.026, 1.670, 3.313, 5.988 max_d=5.988 avg_d=1.670 std_dev=1.643
P A 0, 0.980, 2.760, 4.539, 4.870 max_d=4.870 avg_d=2.760 std_dev=1.779
OP2 A 0, 0.559, 2.464, 4.370, 6.813 max_d=6.813 avg_d=2.464 std_dev=1.905
P B 0, -0.412, 2.042, 4.496, 8.375 max_d=8.375 avg_d=2.042 std_dev=2.454
OP1 A 0, 1.109, 3.575, 6.041, 6.796 max_d=6.796 avg_d=3.575 std_dev=2.466
OP2 B 0, 0.142, 2.668, 5.195, 8.144 max_d=8.144 avg_d=2.668 std_dev=2.527
OP1 B 0, -0.363, 2.493, 5.348, 10.183 max_d=10.183 avg_d=2.493 std_dev=2.856

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.32 0.02 0.01 0.21 0.42 0.19 0.24
C2 0.03 0.00 0.28 0.29 0.02 0.13 0.02 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.15 0.03 0.23 0.33 0.62 0.48 0.43
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.05 0.03 0.15 0.24 0.22 0.04 0.21 0.46 0.01 0.04 0.06 0.03 0.52 0.60 0.61 0.54
C3' 0.04 0.29 0.00 0.00 0.32 0.01 0.26 0.03 0.20 0.19 0.33 0.29 0.02 0.03 0.35 0.03 0.26 0.22 0.34 0.26
C4 0.02 0.02 0.05 0.32 0.00 0.11 0.01 0.28 0.02 0.02 0.01 0.03 0.32 0.12 0.01 0.07 0.53 0.90 0.88 0.73
C4' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.11 0.00 0.13 0.02 0.14 0.06 0.12 0.20 0.29 0.04 0.12 0.01 0.07 0.27 0.25 0.06
C5 0.02 0.02 0.15 0.26 0.01 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.13 0.02 0.14 0.62 0.98 0.97 0.82
C5' 0.12 0.25 0.24 0.03 0.28 0.02 0.27 0.00 0.24 0.19 0.27 0.29 0.15 0.23 0.30 0.02 0.01 0.43 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.20 0.02 0.14 0.01 0.24 0.00 0.00 0.02 0.01 0.41 0.13 0.02 0.20 0.57 0.84 0.78 0.70
N1 0.01 0.01 0.04 0.19 0.02 0.06 0.01 0.19 0.00 0.00 0.02 0.02 0.19 0.13 0.02 0.04 0.37 0.62 0.47 0.45
N3 0.03 0.01 0.21 0.33 0.01 0.12 0.01 0.27 0.02 0.02 0.00 0.02 0.28 0.12 0.02 0.19 0.41 0.76 0.67 0.56
O2 0.06 0.01 0.46 0.29 0.03 0.20 0.02 0.29 0.01 0.02 0.02 0.00 0.47 0.26 0.04 0.38 0.27 0.53 0.39 0.34
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.32 0.29 0.42 0.15 0.41 0.19 0.28 0.47 0.00 0.08 0.34 0.20 0.47 0.54 0.74 0.53
O3' 0.32 0.15 0.04 0.03 0.12 0.04 0.13 0.23 0.13 0.13 0.12 0.26 0.08 0.00 0.15 0.26 0.25 0.38 0.39 0.32
O4 0.02 0.03 0.06 0.35 0.01 0.12 0.02 0.30 0.02 0.02 0.02 0.04 0.34 0.15 0.00 0.08 0.56 0.96 0.99 0.79
O4' 0.01 0.23 0.03 0.03 0.07 0.01 0.14 0.02 0.20 0.04 0.19 0.38 0.20 0.26 0.08 0.00 0.18 0.39 0.33 0.26
O5' 0.21 0.33 0.52 0.26 0.53 0.07 0.62 0.01 0.57 0.37 0.41 0.27 0.47 0.25 0.56 0.18 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.42 0.62 0.60 0.22 0.90 0.27 0.98 0.43 0.84 0.62 0.76 0.53 0.54 0.38 0.96 0.39 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.48 0.61 0.34 0.88 0.25 0.97 0.40 0.78 0.47 0.67 0.39 0.74 0.39 0.99 0.33 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.43 0.54 0.26 0.73 0.06 0.82 0.02 0.70 0.45 0.56 0.34 0.53 0.32 0.79 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.13 0.50 0.50 0.16 0.67 0.13 1.12 0.14 0.19 0.14 0.15 0.17 0.14 0.19 0.77 0.37 0.53 1.29 1.93 1.97 1.73
C2 0.21 0.15 0.41 0.44 0.16 0.51 0.14 0.84 0.15 0.18 0.15 0.16 0.17 0.14 0.18 0.67 0.30 0.43 1.03 1.59 1.56 1.34
C2' 0.65 0.38 0.98 0.87 0.46 0.93 0.38 1.34 0.29 0.53 0.30 0.46 0.21 0.41 0.55 1.20 0.79 0.75 1.51 2.05 2.16 1.90
C3' 0.47 0.35 0.75 0.76 0.38 0.90 0.35 1.42 0.32 0.41 0.32 0.38 0.30 0.37 0.42 0.94 0.61 0.71 1.59 2.20 2.34 2.07
C4 0.19 0.16 0.23 0.41 0.16 0.35 0.15 0.51 0.15 0.19 0.16 0.16 0.15 0.18 0.18 0.48 0.28 0.32 0.70 1.21 1.12 0.88
C4' 0.56 0.33 0.53 0.76 0.39 1.01 0.30 1.46 0.24 0.41 0.27 0.40 0.19 0.30 0.46 0.69 0.62 0.90 1.56 2.13 2.26 2.03
C5 0.19 0.15 0.25 0.39 0.15 0.41 0.13 0.62 0.14 0.18 0.15 0.15 0.15 0.15 0.17 0.52 0.27 0.37 0.79 1.33 1.27 1.03
C5' 0.74 0.55 0.57 0.84 0.58 1.09 0.48 1.44 0.43 0.57 0.47 0.61 0.36 0.46 0.64 0.68 0.73 1.02 1.50 1.98 2.13 1.90
C6 0.20 0.13 0.33 0.40 0.14 0.49 0.12 0.79 0.13 0.17 0.14 0.13 0.15 0.13 0.17 0.61 0.28 0.42 0.95 1.53 1.51 1.27
N1 0.22 0.13 0.41 0.43 0.14 0.55 0.13 0.91 0.14 0.18 0.14 0.14 0.16 0.13 0.18 0.68 0.31 0.45 1.08 1.67 1.67 1.44
N3 0.19 0.15 0.31 0.42 0.15 0.40 0.14 0.62 0.15 0.19 0.15 0.15 0.16 0.16 0.17 0.55 0.28 0.35 0.81 1.32 1.25 1.03
O2 0.25 0.19 0.53 0.49 0.20 0.58 0.19 0.98 0.19 0.22 0.19 0.20 0.20 0.19 0.22 0.77 0.33 0.47 1.18 1.75 1.73 1.53
O2' 0.71 0.39 1.06 0.84 0.47 0.96 0.37 1.40 0.32 0.53 0.33 0.48 0.32 0.39 0.58 1.32 0.78 0.77 1.48 2.13 2.12 1.91
O3' 0.37 0.20 0.47 0.67 0.24 0.99 0.19 1.62 0.15 0.27 0.16 0.24 0.13 0.20 0.29 0.67 0.47 0.81 1.77 2.48 2.64 2.37
O4 0.21 0.19 0.22 0.45 0.20 0.28 0.20 0.36 0.19 0.23 0.19 0.20 0.18 0.23 0.21 0.41 0.33 0.27 0.56 1.04 0.93 0.66
O4' 0.65 0.41 0.52 0.78 0.48 0.99 0.39 1.35 0.33 0.52 0.35 0.48 0.27 0.39 0.56 0.68 0.68 0.94 1.45 2.00 2.11 1.89
O5' 0.72 0.46 0.63 0.85 0.52 1.08 0.44 1.38 0.38 0.53 0.39 0.54 0.36 0.44 0.59 0.73 0.82 0.98 1.39 1.74 1.83 1.64
OP1 0.84 0.80 0.52 0.63 0.77 0.97 0.74 1.14 0.78 0.70 0.80 0.81 0.83 0.70 0.77 0.78 0.80 1.00 1.04 1.24 1.40 1.17
OP2 1.01 0.73 1.02 1.21 0.78 1.43 0.69 1.65 0.66 0.77 0.66 0.81 0.69 0.69 0.85 1.07 1.26 1.29 1.57 1.73 1.82 1.67
P 0.84 0.64 0.64 0.87 0.67 1.13 0.59 1.34 0.57 0.64 0.59 0.70 0.59 0.58 0.71 0.75 0.93 1.06 1.27 1.49 1.61 1.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.17 0.47 0.55 0.30
C2 0.03 0.00 0.43 0.44 0.01 0.47 0.01 0.92 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.42 0.17 0.36 0.87 1.21 1.07 0.93
C2' 0.00 0.43 0.00 0.01 0.23 0.03 0.12 0.19 0.21 0.20 0.34 0.43 0.15 0.11 0.03 0.00 0.03 0.03 0.36 0.65 0.58 0.53
C3' 0.03 0.44 0.01 0.00 0.30 0.01 0.30 0.03 0.36 0.25 0.41 0.40 0.36 0.28 0.18 0.03 0.01 0.05 0.33 0.24 0.49 0.30
C4 0.01 0.01 0.23 0.30 0.00 0.23 0.00 0.48 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.13 0.19 0.45 0.76 0.72 0.46
C4' 0.03 0.47 0.03 0.01 0.23 0.00 0.13 0.01 0.22 0.23 0.37 0.45 0.17 0.15 0.05 0.29 0.02 0.01 0.04 0.21 0.36 0.10
C5 0.01 0.01 0.12 0.30 0.00 0.13 0.00 0.35 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.09 0.38 0.82 0.65 0.37
C5' 0.09 0.92 0.19 0.03 0.48 0.01 0.35 0.00 0.51 0.39 0.77 0.85 0.43 0.31 0.18 0.18 0.20 0.02 0.01 0.35 0.30 0.03
C6 0.01 0.01 0.21 0.36 0.01 0.22 0.01 0.51 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.26 0.20 0.16 0.52 0.93 0.72 0.49
C8 0.01 0.02 0.20 0.25 0.01 0.23 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.40 0.10 0.21 0.53 0.95 0.78 0.63
N1 0.02 0.01 0.34 0.41 0.01 0.37 0.02 0.77 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.20 0.28 0.75 1.13 0.93 0.77
N3 0.03 0.00 0.43 0.40 0.01 0.45 0.01 0.85 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.14 0.36 0.78 1.02 0.99 0.82
N6 0.02 0.02 0.15 0.36 0.01 0.17 0.01 0.43 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.28 0.23 0.11 0.48 0.96 0.67 0.43
N7 0.01 0.01 0.11 0.28 0.01 0.15 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.14 0.12 0.45 0.95 0.75 0.54
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.11 0.02 0.24 0.65 0.60 0.34
O2' 0.02 0.42 0.00 0.03 0.21 0.29 0.24 0.18 0.26 0.40 0.33 0.40 0.28 0.37 0.18 0.00 0.07 0.14 0.36 0.64 0.61 0.57
O3' 0.24 0.17 0.03 0.01 0.13 0.02 0.16 0.20 0.20 0.10 0.20 0.14 0.23 0.14 0.11 0.07 0.00 0.17 0.40 0.40 0.47 0.32
O4' 0.01 0.36 0.03 0.05 0.19 0.01 0.09 0.02 0.16 0.21 0.28 0.36 0.11 0.12 0.02 0.14 0.17 0.00 0.09 0.28 0.59 0.23
O5' 0.17 0.87 0.36 0.33 0.45 0.04 0.38 0.01 0.52 0.53 0.75 0.78 0.48 0.45 0.24 0.36 0.40 0.09 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.47 1.21 0.65 0.24 0.76 0.21 0.82 0.35 0.93 0.95 1.13 1.02 0.96 0.95 0.65 0.64 0.40 0.28 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 1.07 0.58 0.49 0.72 0.36 0.65 0.30 0.72 0.78 0.93 0.99 0.67 0.75 0.60 0.61 0.47 0.59 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.93 0.53 0.30 0.46 0.10 0.37 0.03 0.49 0.63 0.77 0.82 0.43 0.54 0.34 0.57 0.32 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00