ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53828

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.007, 0.028, 0.048, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.008, 0.046, 0.083, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.046 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.004, 0.061, 0.117, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.061 std_dev=0.056
C5 B 0, 0.166, 0.374, 0.581, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.374 std_dev=0.208
C4 B 0, 0.109, 0.343, 0.577, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.343 std_dev=0.234
N9 B 0, 0.219, 0.488, 0.757, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.488 std_dev=0.269
C6 B 0, 0.200, 0.500, 0.800, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.500 std_dev=0.300
O4' A 0, -0.014, 0.305, 0.625, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.305 std_dev=0.320
N7 B 0, 0.279, 0.600, 0.921, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.600 std_dev=0.321
C2' A 0, 0.047, 0.391, 0.735, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.391 std_dev=0.344
C8 B 0, 0.302, 0.650, 0.998, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.650 std_dev=0.348
C1' B 0, 0.282, 0.690, 1.098, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.690 std_dev=0.408
N6 B 0, 0.229, 0.667, 1.105, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.667 std_dev=0.438
N1 B 0, 0.178, 0.647, 1.116, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.647 std_dev=0.469
N3 B 0, 0.002, 0.479, 0.956, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.479 std_dev=0.477
O2' A 0, 0.193, 0.739, 1.286, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.739 std_dev=0.546
C2 B 0, 0.063, 0.629, 1.195, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.629 std_dev=0.566
C4' A 0, -0.027, 0.551, 1.129, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.551 std_dev=0.578
C2' B 0, 0.390, 0.971, 1.553, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.971 std_dev=0.581
C3' A 0, 0.046, 0.660, 1.274, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.660 std_dev=0.614
C5' A 0, -0.080, 0.710, 1.499, 2.690 max_d=2.690 avg_d=0.710 std_dev=0.789
O2' B 0, 0.467, 1.261, 2.055, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.261 std_dev=0.794
O4' B 0, 0.447, 1.309, 2.170, 2.375 max_d=2.375 avg_d=1.309 std_dev=0.861
O3' A 0, 0.234, 1.110, 1.986, 2.779 max_d=2.779 avg_d=1.110 std_dev=0.876
C3' B 0, 0.511, 1.479, 2.447, 2.496 max_d=2.496 avg_d=1.479 std_dev=0.968
O5' A 0, -0.113, 0.855, 1.824, 3.335 max_d=3.335 avg_d=0.855 std_dev=0.969
C4' B 0, 0.537, 1.551, 2.565, 2.811 max_d=2.811 avg_d=1.551 std_dev=1.014
OP2 A 0, 0.305, 1.449, 2.594, 4.187 max_d=4.187 avg_d=1.449 std_dev=1.145
P A 0, -0.109, 1.104, 2.317, 4.331 max_d=4.331 avg_d=1.104 std_dev=1.213
O3' B 0, 0.701, 2.085, 3.470, 3.480 max_d=3.480 avg_d=2.085 std_dev=1.384
OP1 A 0, 0.617, 2.608, 4.599, 7.129 max_d=7.129 avg_d=2.608 std_dev=1.991
C5' B 0, 0.422, 2.446, 4.470, 4.982 max_d=4.982 avg_d=2.446 std_dev=2.024
O5' B 0, 0.384, 2.744, 5.104, 5.738 max_d=5.738 avg_d=2.744 std_dev=2.360
OP1 B 0, 0.663, 3.827, 6.992, 7.392 max_d=7.392 avg_d=3.827 std_dev=3.164
P B 0, 0.345, 3.650, 6.955, 7.454 max_d=7.454 avg_d=3.650 std_dev=3.305
OP2 B 0, 0.767, 4.369, 7.971, 8.439 max_d=8.439 avg_d=4.369 std_dev=3.602

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03 0.11 0.03 0.00 0.35 0.59 0.34 0.33
C2 0.03 0.00 0.14 0.23 0.01 0.07 0.02 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.19 0.01 0.09 0.39 0.74 0.53 0.37
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.03 0.10 0.14 0.13 0.03 0.11 0.23 0.01 0.08 0.07 0.02 0.41 0.51 0.38 0.41
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.33 0.01 0.32 0.02 0.28 0.20 0.29 0.20 0.03 0.01 0.35 0.02 0.22 0.28 0.14 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.33 0.00 0.17 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.31 0.01 0.04 0.42 0.78 0.71 0.39
C4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.17 0.00 0.23 0.01 0.22 0.10 0.11 0.08 0.23 0.07 0.18 0.01 0.03 0.25 0.20 0.06
C5 0.02 0.02 0.10 0.32 0.01 0.23 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.32 0.01 0.10 0.43 0.70 0.73 0.40
C5' 0.09 0.20 0.14 0.02 0.36 0.01 0.41 0.00 0.37 0.22 0.27 0.14 0.12 0.18 0.37 0.03 0.02 0.27 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.28 0.01 0.22 0.00 0.37 0.00 0.01 0.02 0.03 0.24 0.26 0.01 0.13 0.43 0.64 0.63 0.38
N1 0.02 0.01 0.03 0.20 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.03 0.14 0.15 0.01 0.02 0.40 0.67 0.51 0.36
N3 0.02 0.00 0.11 0.29 0.00 0.11 0.01 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01 0.17 0.25 0.01 0.05 0.40 0.79 0.62 0.38
O2 0.07 0.00 0.23 0.20 0.01 0.08 0.02 0.14 0.03 0.03 0.01 0.00 0.10 0.19 0.01 0.17 0.37 0.73 0.47 0.36
O2' 0.03 0.11 0.01 0.03 0.24 0.23 0.27 0.12 0.24 0.14 0.17 0.10 0.00 0.13 0.26 0.17 0.22 0.31 0.36 0.25
O3' 0.11 0.19 0.08 0.01 0.31 0.07 0.32 0.18 0.26 0.15 0.25 0.19 0.13 0.00 0.34 0.06 0.37 0.44 0.33 0.34
O4 0.03 0.01 0.07 0.35 0.01 0.18 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.34 0.00 0.05 0.41 0.80 0.75 0.39
O4' 0.00 0.09 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.03 0.13 0.02 0.05 0.17 0.17 0.06 0.05 0.00 0.30 0.64 0.28 0.32
O5' 0.35 0.39 0.41 0.22 0.42 0.03 0.43 0.02 0.43 0.40 0.40 0.37 0.22 0.37 0.41 0.30 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.59 0.74 0.51 0.28 0.78 0.25 0.70 0.27 0.64 0.67 0.79 0.73 0.31 0.44 0.80 0.64 0.01 0.00 0.03 0.00
OP2 0.34 0.53 0.38 0.14 0.71 0.20 0.73 0.30 0.63 0.51 0.62 0.47 0.36 0.33 0.75 0.28 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.33 0.37 0.41 0.15 0.39 0.06 0.40 0.01 0.38 0.36 0.38 0.36 0.25 0.34 0.39 0.32 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.21 0.36 0.70 0.13 0.53 0.20 0.91 0.34 0.24 0.33 0.12 0.49 0.18 0.23 0.28 0.88 0.43 1.38 1.06 2.34 1.50
C2 0.32 0.24 0.22 0.51 0.10 0.40 0.18 0.64 0.36 0.27 0.35 0.11 0.52 0.13 0.21 0.23 0.64 0.41 0.88 0.47 1.40 0.76
C2' 0.51 0.16 0.47 0.83 0.22 0.63 0.15 0.88 0.19 0.37 0.19 0.21 0.32 0.21 0.37 0.38 1.06 0.65 1.25 0.86 2.29 1.33
C3' 0.44 0.22 0.58 0.93 0.28 0.64 0.24 0.98 0.22 0.38 0.22 0.26 0.27 0.29 0.37 0.40 1.16 0.51 1.41 1.10 2.44 1.55
C4 0.32 0.28 0.12 0.36 0.15 0.34 0.15 0.48 0.30 0.37 0.37 0.16 0.45 0.27 0.26 0.19 0.44 0.42 0.33 0.51 0.51 0.28
C4' 0.31 0.20 0.47 0.86 0.17 0.64 0.20 1.10 0.29 0.24 0.28 0.16 0.41 0.20 0.23 0.30 1.05 0.35 1.58 1.37 2.63 1.79
C5 0.32 0.28 0.15 0.40 0.14 0.33 0.14 0.49 0.29 0.34 0.37 0.16 0.43 0.23 0.25 0.20 0.54 0.43 0.47 0.39 0.84 0.29
C5' 0.35 0.25 0.49 0.86 0.24 0.68 0.24 1.10 0.30 0.29 0.30 0.23 0.39 0.25 0.29 0.33 1.04 0.41 1.56 1.31 2.55 1.72
C6 0.31 0.26 0.22 0.49 0.11 0.37 0.14 0.58 0.31 0.29 0.36 0.13 0.46 0.16 0.22 0.22 0.67 0.43 0.76 0.38 1.37 0.64
N1 0.32 0.23 0.27 0.57 0.11 0.42 0.16 0.69 0.34 0.26 0.35 0.12 0.50 0.14 0.21 0.24 0.73 0.42 1.00 0.59 1.70 0.95
N3 0.32 0.26 0.15 0.38 0.13 0.34 0.15 0.48 0.34 0.36 0.37 0.14 0.52 0.21 0.26 0.21 0.47 0.41 0.46 0.33 0.73 0.27
O2 0.30 0.24 0.28 0.61 0.12 0.49 0.25 0.80 0.40 0.20 0.36 0.12 0.54 0.21 0.18 0.25 0.71 0.40 1.17 0.75 1.71 1.10
O2' 0.29 0.29 0.50 0.91 0.15 0.53 0.30 0.89 0.45 0.24 0.43 0.15 0.60 0.30 0.16 0.28 1.20 0.47 1.44 1.18 2.78 1.72
O3' 0.35 0.27 0.74 1.14 0.28 0.74 0.27 1.13 0.28 0.32 0.29 0.28 0.33 0.29 0.32 0.45 1.41 0.40 1.63 1.43 2.77 1.89
O4 0.30 0.29 0.13 0.38 0.17 0.38 0.18 0.53 0.27 0.40 0.37 0.18 0.38 0.35 0.28 0.18 0.38 0.41 0.34 0.79 0.33 0.59
O4' 0.37 0.33 0.45 0.77 0.26 0.66 0.31 1.11 0.43 0.29 0.42 0.27 0.56 0.28 0.29 0.37 0.92 0.42 1.56 1.35 2.52 1.73
O5' 0.39 0.44 0.46 0.76 0.37 0.56 0.40 0.96 0.50 0.37 0.51 0.37 0.60 0.38 0.36 0.40 0.96 0.38 1.34 1.09 2.25 1.45
OP1 0.47 0.95 0.75 1.13 0.76 0.83 0.87 1.18 1.04 0.60 1.06 0.81 1.18 0.77 0.60 0.50 1.30 0.49 1.60 1.28 2.41 1.68
OP2 0.72 0.50 0.56 0.51 0.60 0.56 0.57 0.77 0.48 0.70 0.46 0.56 0.44 0.63 0.68 0.68 0.66 0.68 0.95 0.64 1.61 0.90
P 0.27 0.47 0.40 0.73 0.33 0.50 0.39 0.89 0.53 0.27 0.56 0.36 0.65 0.32 0.27 0.32 0.93 0.25 1.26 0.98 2.10 1.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.25 0.18 0.43 0.24
C2 0.03 0.00 0.31 0.89 0.00 0.72 0.01 1.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.82 0.29 1.54 1.68 2.14 1.93
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.15 0.03 0.07 0.13 0.12 0.18 0.22 0.33 0.09 0.13 0.04 0.01 0.04 0.03 0.37 0.42 0.79 0.48
C3' 0.01 0.89 0.00 0.00 0.47 0.01 0.34 0.03 0.48 0.35 0.72 0.86 0.41 0.29 0.17 0.03 0.01 0.02 0.28 0.36 0.56 0.33
C4 0.02 0.00 0.15 0.47 0.00 0.39 0.00 0.63 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.34 0.16 0.79 0.87 0.98 1.01
C4' 0.01 0.72 0.03 0.01 0.39 0.00 0.26 0.01 0.41 0.26 0.61 0.68 0.33 0.15 0.10 0.22 0.02 0.00 0.02 0.17 0.18 0.07
C5 0.02 0.01 0.07 0.34 0.00 0.26 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.23 0.09 0.58 0.82 0.79 0.89
C5' 0.10 1.15 0.13 0.03 0.63 0.01 0.48 0.00 0.72 0.37 1.02 1.02 0.62 0.25 0.21 0.12 0.14 0.02 0.01 0.08 0.11 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.48 0.01 0.41 0.00 0.72 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.38 0.16 0.93 1.26 1.36 1.36
C8 0.01 0.01 0.18 0.35 0.01 0.26 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.17 0.35 0.16 0.51 0.24 0.59 0.35
N1 0.03 0.00 0.22 0.72 0.01 0.61 0.00 1.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.63 0.24 1.37 1.65 2.00 1.84
N3 0.03 0.00 0.33 0.86 0.00 0.68 0.00 1.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.75 0.28 1.33 1.33 1.68 1.56
N6 0.03 0.01 0.09 0.41 0.01 0.33 0.01 0.62 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.33 0.12 0.78 1.22 1.21 1.26
N7 0.01 0.01 0.13 0.29 0.01 0.15 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.29 0.07 0.25 0.28 0.30 0.26
N9 0.01 0.01 0.04 0.17 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.08 0.02 0.25 0.26 0.36 0.33
O2' 0.02 0.27 0.01 0.03 0.21 0.22 0.23 0.12 0.27 0.17 0.28 0.24 0.28 0.21 0.14 0.00 0.10 0.16 0.23 0.40 0.77 0.38
O3' 0.13 0.82 0.04 0.01 0.34 0.02 0.23 0.14 0.38 0.35 0.63 0.75 0.33 0.29 0.08 0.10 0.00 0.11 0.39 0.59 0.62 0.45
O4' 0.01 0.29 0.03 0.02 0.16 0.00 0.09 0.02 0.16 0.16 0.24 0.28 0.12 0.07 0.02 0.16 0.11 0.00 0.28 0.24 0.30 0.25
O5' 0.25 1.54 0.37 0.28 0.79 0.02 0.58 0.01 0.93 0.51 1.37 1.33 0.78 0.25 0.25 0.23 0.39 0.28 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.18 1.68 0.42 0.36 0.87 0.17 0.82 0.08 1.26 0.24 1.65 1.33 1.22 0.28 0.26 0.40 0.59 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 2.14 0.79 0.56 0.98 0.18 0.79 0.11 1.36 0.59 2.00 1.68 1.21 0.30 0.36 0.77 0.62 0.30 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.24 1.93 0.48 0.33 1.01 0.07 0.89 0.02 1.36 0.35 1.84 1.56 1.26 0.26 0.33 0.38 0.45 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00