ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53829

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.031, 0.060, 0.088, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.060 std_dev=0.028
C3' A 0, 0.197, 0.374, 0.552, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.374 std_dev=0.177
C2' A 0, 0.064, 0.255, 0.446, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.255 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.236, 0.447, 0.658, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.447 std_dev=0.211
C4' A 0, 0.116, 0.331, 0.547, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.331 std_dev=0.216
O4' A 0, 0.085, 0.305, 0.526, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.305 std_dev=0.221
O3' A 0, 0.220, 0.454, 0.688, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.454 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.312, 0.563, 0.815, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.563 std_dev=0.252
N7 B 0, 0.191, 0.443, 0.694, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.443 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.307, 0.559, 0.812, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.559 std_dev=0.252
C8 B 0, 0.294, 0.571, 0.849, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.571 std_dev=0.277
N9 B 0, 0.361, 0.654, 0.947, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.654 std_dev=0.293
N1 B 0, 0.399, 0.696, 0.994, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.696 std_dev=0.298
O2' A 0, 0.142, 0.442, 0.741, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.442 std_dev=0.300
N6 B 0, 0.353, 0.696, 1.038, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.696 std_dev=0.343
N3 B 0, 0.355, 0.701, 1.047, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.701 std_dev=0.346
C2 B 0, 0.365, 0.720, 1.075, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.720 std_dev=0.355
C5' A 0, 0.292, 0.733, 1.173, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.733 std_dev=0.440
C1' B 0, 0.445, 0.903, 1.362, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.903 std_dev=0.458
C2' B 0, 0.514, 1.070, 1.626, 1.681 max_d=1.681 avg_d=1.070 std_dev=0.556
O4' B 0, 0.528, 1.153, 1.778, 2.231 max_d=2.231 avg_d=1.153 std_dev=0.625
P B 0, 0.518, 1.150, 1.781, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.150 std_dev=0.631
O2' B 0, 0.540, 1.182, 1.824, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.182 std_dev=0.642
OP2 A 0, 0.576, 1.254, 1.932, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.254 std_dev=0.678
OP1 A 0, 0.814, 1.520, 2.226, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.520 std_dev=0.706
C5' B 0, 0.604, 1.346, 2.087, 2.704 max_d=2.704 avg_d=1.346 std_dev=0.742
O5' B 0, 0.549, 1.302, 2.055, 2.757 max_d=2.757 avg_d=1.302 std_dev=0.753
C4' B 0, 0.552, 1.333, 2.113, 2.849 max_d=2.849 avg_d=1.333 std_dev=0.780
P A 0, 0.142, 0.983, 1.824, 2.740 max_d=2.740 avg_d=0.983 std_dev=0.841
OP2 B 0, 0.634, 1.486, 2.338, 3.097 max_d=3.097 avg_d=1.486 std_dev=0.852
C3' B 0, 0.472, 1.360, 2.247, 3.159 max_d=3.159 avg_d=1.360 std_dev=0.887
O5' A 0, -0.004, 1.023, 2.051, 3.029 max_d=3.029 avg_d=1.023 std_dev=1.028
OP1 B 0, 0.413, 1.611, 2.808, 3.760 max_d=3.760 avg_d=1.611 std_dev=1.197
O3' B 0, 0.376, 1.720, 3.063, 4.690 max_d=4.690 avg_d=1.720 std_dev=1.344

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.18 0.28 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.07 0.39 0.43 0.33 0.27
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.18 0.16 0.13
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.33 0.11 0.33 0.32
C4 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.46 0.60 0.51 0.43
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.04 0.11 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.21 0.27 0.18
C5 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.04 0.02 0.05 0.41 0.61 0.47 0.41
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.12 0.04 0.02 0.09 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.42 0.25 0.01
C6 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.03 0.11 0.03 0.02 0.07 0.34 0.53 0.34 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.32 0.42 0.26 0.23
N3 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.06 0.45 0.52 0.45 0.37
O2 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01 0.11 0.02 0.09 0.03 0.03 0.01 0.00 0.14 0.13 0.02 0.13 0.39 0.37 0.28 0.23
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.02 0.10 0.03 0.11 0.02 0.07 0.14 0.00 0.04 0.06 0.01 0.23 0.14 0.20 0.21
O3' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.08 0.13 0.04 0.00 0.06 0.04 0.34 0.28 0.44 0.45
O4 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.06 0.00 0.03 0.50 0.65 0.59 0.49
O4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.13 0.01 0.04 0.03 0.00 0.34 0.36 0.14 0.17
O5' 0.18 0.39 0.16 0.33 0.46 0.01 0.41 0.01 0.34 0.32 0.45 0.39 0.23 0.34 0.50 0.34 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.28 0.43 0.18 0.11 0.60 0.21 0.61 0.42 0.53 0.42 0.52 0.37 0.14 0.28 0.65 0.36 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.33 0.16 0.33 0.51 0.27 0.47 0.25 0.34 0.26 0.45 0.28 0.20 0.44 0.59 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.27 0.13 0.32 0.43 0.18 0.41 0.01 0.32 0.23 0.37 0.23 0.21 0.45 0.49 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.17 0.43 0.18 0.13 0.39 0.16 0.49 0.25 0.14 0.23 0.13 0.35 0.13 0.17 0.45 0.19 0.35 0.45 1.18 0.48 0.20
C2 0.29 0.16 0.38 0.15 0.14 0.30 0.15 0.37 0.24 0.22 0.22 0.13 0.35 0.13 0.21 0.50 0.14 0.36 0.39 1.33 0.63 0.29
C2' 0.32 0.19 0.51 0.23 0.18 0.42 0.19 0.54 0.26 0.21 0.25 0.18 0.36 0.17 0.23 0.55 0.20 0.38 0.49 1.25 0.42 0.28
C3' 0.28 0.16 0.49 0.25 0.13 0.44 0.16 0.54 0.25 0.15 0.23 0.13 0.35 0.14 0.17 0.47 0.24 0.35 0.48 1.03 0.31 0.19
C4 0.24 0.18 0.23 0.19 0.13 0.24 0.12 0.29 0.22 0.25 0.24 0.13 0.33 0.18 0.20 0.44 0.14 0.33 0.33 1.33 0.67 0.31
C4' 0.20 0.15 0.36 0.22 0.07 0.40 0.16 0.48 0.25 0.05 0.23 0.07 0.35 0.13 0.08 0.30 0.28 0.30 0.44 0.90 0.36 0.15
C5 0.23 0.21 0.24 0.13 0.13 0.27 0.13 0.35 0.24 0.21 0.27 0.15 0.33 0.13 0.18 0.41 0.14 0.34 0.38 1.33 0.64 0.29
C5' 0.18 0.18 0.31 0.22 0.10 0.39 0.17 0.47 0.26 0.08 0.25 0.10 0.35 0.13 0.09 0.25 0.31 0.30 0.43 0.91 0.37 0.15
C6 0.23 0.20 0.30 0.09 0.12 0.31 0.14 0.41 0.25 0.17 0.26 0.14 0.35 0.10 0.16 0.41 0.15 0.34 0.41 1.31 0.60 0.26
N1 0.26 0.17 0.36 0.12 0.12 0.33 0.14 0.42 0.24 0.17 0.24 0.13 0.35 0.10 0.17 0.45 0.15 0.35 0.42 1.30 0.58 0.26
N3 0.28 0.15 0.29 0.19 0.13 0.25 0.12 0.30 0.22 0.26 0.22 0.12 0.35 0.15 0.22 0.49 0.15 0.35 0.33 1.33 0.67 0.32
O2 0.35 0.18 0.47 0.19 0.20 0.33 0.20 0.39 0.25 0.25 0.23 0.19 0.35 0.19 0.27 0.56 0.19 0.39 0.40 1.32 0.63 0.30
O2' 0.42 0.25 0.63 0.31 0.27 0.47 0.25 0.59 0.29 0.31 0.28 0.26 0.37 0.25 0.33 0.71 0.24 0.43 0.53 1.35 0.45 0.41
O3' 0.35 0.20 0.58 0.32 0.20 0.49 0.21 0.59 0.26 0.21 0.25 0.21 0.36 0.20 0.24 0.54 0.26 0.39 0.50 0.90 0.24 0.20
O4 0.25 0.18 0.20 0.25 0.15 0.22 0.15 0.25 0.19 0.29 0.23 0.14 0.29 0.25 0.23 0.44 0.17 0.32 0.29 1.31 0.67 0.33
O4' 0.19 0.16 0.32 0.19 0.08 0.38 0.16 0.46 0.25 0.07 0.24 0.08 0.36 0.14 0.09 0.29 0.26 0.31 0.43 0.99 0.45 0.17
O5' 0.55 0.85 0.32 0.41 0.74 0.27 0.77 0.22 0.85 0.61 0.88 0.78 0.87 0.69 0.64 0.43 0.33 0.43 0.20 0.67 0.47 0.26
OP1 0.35 0.77 0.23 0.26 0.62 0.29 0.70 0.43 0.83 0.48 0.85 0.66 0.91 0.62 0.48 0.29 0.25 0.25 0.30 0.71 0.38 0.18
OP2 0.43 0.89 0.26 0.24 0.72 0.23 0.78 0.37 0.91 0.54 0.96 0.77 0.97 0.67 0.56 0.38 0.20 0.25 0.32 0.83 0.30 0.17
P 0.34 0.75 0.17 0.17 0.60 0.22 0.66 0.38 0.78 0.44 0.81 0.65 0.83 0.57 0.46 0.27 0.17 0.19 0.29 0.78 0.27 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.01 0.22 0.45 0.11 0.31
C2 0.04 0.00 0.22 0.23 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.21 0.06 0.22 0.77 0.39 0.36
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.19 0.11 0.10 0.17 0.21 0.09 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.35 0.58 0.42 0.62
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.22 0.01 0.29 0.02 0.31 0.25 0.28 0.19 0.34 0.31 0.18 0.02 0.01 0.02 0.14 0.22 0.17 0.16
C4 0.02 0.01 0.11 0.22 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.15 0.04 0.25 0.78 0.37 0.36
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.11 0.06 0.26 0.05 0.00 0.01 0.19 0.24 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.29 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.29 0.12 0.03 0.29 0.96 0.57 0.40
C5' 0.08 0.08 0.19 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.17 0.12 0.06 0.19 0.19 0.11 0.10 0.19 0.03 0.01 0.35 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.31 0.00 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.30 0.14 0.05 0.30 1.00 0.63 0.41
C8 0.02 0.01 0.10 0.25 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.26 0.10 0.02 0.30 0.91 0.46 0.37
N1 0.02 0.00 0.17 0.28 0.00 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.05 0.26 0.91 0.54 0.39
N3 0.04 0.00 0.21 0.19 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.25 0.05 0.21 0.68 0.29 0.34
N6 0.02 0.01 0.09 0.34 0.01 0.11 0.02 0.19 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.33 0.17 0.06 0.33 1.12 0.76 0.45
N7 0.01 0.01 0.06 0.31 0.01 0.11 0.00 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.30 0.15 0.02 0.32 1.05 0.65 0.41
N9 0.00 0.01 0.02 0.18 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.13 0.01 0.25 0.71 0.27 0.34
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.23 0.26 0.29 0.10 0.30 0.26 0.26 0.21 0.33 0.30 0.19 0.00 0.03 0.16 0.24 0.49 0.42 0.55
O3' 0.30 0.21 0.02 0.01 0.15 0.05 0.12 0.19 0.14 0.10 0.16 0.25 0.17 0.15 0.13 0.03 0.00 0.22 0.32 0.66 0.12 0.22
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.16 0.22 0.00 0.12 0.18 0.05 0.10
O5' 0.22 0.22 0.35 0.14 0.25 0.01 0.29 0.01 0.30 0.30 0.26 0.21 0.33 0.32 0.25 0.24 0.32 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 0.77 0.58 0.22 0.78 0.19 0.96 0.35 1.00 0.91 0.91 0.68 1.12 1.05 0.71 0.49 0.66 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.39 0.42 0.17 0.37 0.24 0.57 0.38 0.63 0.46 0.54 0.29 0.76 0.65 0.27 0.42 0.12 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.36 0.62 0.16 0.36 0.07 0.40 0.01 0.41 0.37 0.39 0.34 0.45 0.41 0.34 0.55 0.22 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00