ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53830

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.023, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.003, 0.025, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N1 A 0, -0.001, 0.025, 0.050, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.001, 0.027, 0.052, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.027 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.019, 0.069, 0.119, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.069 std_dev=0.050
O4 A 0, 0.030, 0.141, 0.252, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.141 std_dev=0.111
C5 B 0, 0.198, 0.607, 1.015, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.607 std_dev=0.409
C4 B 0, 0.214, 0.632, 1.049, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.632 std_dev=0.417
N7 B 0, 0.173, 0.591, 1.010, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.591 std_dev=0.419
N9 B 0, 0.246, 0.665, 1.084, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.665 std_dev=0.419
C6 B 0, 0.268, 0.690, 1.112, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.690 std_dev=0.422
C8 B 0, 0.231, 0.663, 1.094, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.663 std_dev=0.431
N6 B 0, 0.309, 0.757, 1.205, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.757 std_dev=0.448
N3 B 0, 0.234, 0.684, 1.135, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.684 std_dev=0.450
N1 B 0, 0.323, 0.793, 1.264, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.793 std_dev=0.471
C2 B 0, 0.289, 0.761, 1.232, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.761 std_dev=0.471
C1' B 0, 0.279, 0.762, 1.245, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.762 std_dev=0.483
O4' B 0, 0.523, 1.388, 2.253, 2.300 max_d=2.300 avg_d=1.388 std_dev=0.865
C2' A 0, -0.117, 0.794, 1.704, 2.281 max_d=2.281 avg_d=0.794 std_dev=0.911
O4' A 0, -0.106, 0.835, 1.776, 2.392 max_d=2.392 avg_d=0.835 std_dev=0.941
C2' B 0, 0.512, 1.581, 2.650, 2.801 max_d=2.801 avg_d=1.581 std_dev=1.069
C4' B 0, 0.517, 1.665, 2.814, 3.149 max_d=3.149 avg_d=1.665 std_dev=1.149
O2' A 0, -0.180, 1.046, 2.272, 3.119 max_d=3.119 avg_d=1.046 std_dev=1.226
O3' A 0, 0.038, 1.271, 2.504, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.271 std_dev=1.233
C3' A 0, -0.028, 1.212, 2.452, 3.189 max_d=3.189 avg_d=1.212 std_dev=1.240
C4' A 0, -0.027, 1.357, 2.742, 3.629 max_d=3.629 avg_d=1.357 std_dev=1.384
O2' B 0, 0.513, 1.908, 3.303, 3.294 max_d=3.294 avg_d=1.908 std_dev=1.395
C3' B 0, 0.420, 1.847, 3.275, 3.819 max_d=3.819 avg_d=1.847 std_dev=1.427
O3' B 0, 0.578, 2.391, 4.205, 4.887 max_d=4.887 avg_d=2.391 std_dev=1.814
C5' A 0, 0.156, 2.281, 4.405, 5.670 max_d=5.670 avg_d=2.281 std_dev=2.124
C5' B 0, 0.622, 2.808, 4.995, 5.542 max_d=5.542 avg_d=2.808 std_dev=2.187
O5' B 0, 0.512, 2.843, 5.173, 6.202 max_d=6.202 avg_d=2.843 std_dev=2.331
O5' A 0, -0.515, 2.158, 4.831, 6.735 max_d=6.735 avg_d=2.158 std_dev=2.673
P B 0, 0.535, 3.855, 7.174, 8.392 max_d=8.392 avg_d=3.855 std_dev=3.319
OP2 B 0, 0.514, 3.909, 7.304, 8.533 max_d=8.533 avg_d=3.909 std_dev=3.395
P A 0, -0.697, 3.050, 6.796, 9.432 max_d=9.432 avg_d=3.050 std_dev=3.747
OP2 A 0, -0.882, 3.205, 7.292, 10.206 max_d=10.206 avg_d=3.205 std_dev=4.087
OP1 B 0, 0.663, 4.764, 8.864, 10.294 max_d=10.294 avg_d=4.764 std_dev=4.100
OP1 A 0, -0.617, 3.596, 7.810, 10.699 max_d=10.699 avg_d=3.596 std_dev=4.214

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.28 0.01 0.00 0.19 0.22 0.37 0.14
C2 0.03 0.00 0.29 0.29 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.12 0.01 0.29 0.17 0.32 0.68 0.20
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.10 0.02 0.13 0.20 0.22 0.03 0.25 0.46 0.00 0.02 0.13 0.01 0.15 0.21 0.18 0.11
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.45 0.01 0.44 0.02 0.37 0.24 0.39 0.24 0.01 0.01 0.51 0.03 0.35 0.17 0.20 0.19
C4 0.01 0.01 0.10 0.45 0.00 0.19 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.22 0.00 0.03 0.60 0.64 1.53 0.89
C4' 0.00 0.10 0.02 0.01 0.19 0.00 0.34 0.00 0.35 0.10 0.07 0.30 0.29 0.03 0.20 0.01 0.01 0.32 0.16 0.14
C5 0.02 0.01 0.13 0.44 0.01 0.34 0.00 0.41 0.00 0.01 0.00 0.02 0.53 0.28 0.01 0.21 0.92 0.99 1.80 1.27
C5' 0.07 0.19 0.20 0.02 0.25 0.00 0.41 0.00 0.38 0.11 0.17 0.38 0.09 0.23 0.29 0.02 0.01 0.11 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.37 0.01 0.35 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.55 0.21 0.02 0.29 0.89 0.82 1.47 1.10
N1 0.00 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.04 0.01 0.01 0.39 0.23 0.84 0.46
N3 0.02 0.00 0.25 0.39 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.01 0.21 0.27 0.28 1.03 0.42
O2 0.05 0.00 0.46 0.24 0.01 0.30 0.02 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.45 0.29 0.02 0.51 0.36 0.77 0.35 0.40
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.29 0.29 0.53 0.09 0.55 0.19 0.06 0.45 0.00 0.02 0.28 0.20 0.27 0.06 0.19 0.18
O3' 0.28 0.12 0.02 0.01 0.22 0.03 0.28 0.23 0.21 0.04 0.12 0.29 0.02 0.00 0.29 0.16 0.42 0.11 0.27 0.24
O4 0.01 0.01 0.13 0.51 0.00 0.20 0.01 0.29 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.29 0.00 0.04 0.62 0.75 1.69 0.98
O4' 0.00 0.29 0.01 0.03 0.03 0.01 0.21 0.02 0.29 0.01 0.21 0.51 0.20 0.16 0.04 0.00 0.11 0.27 0.21 0.04
O5' 0.19 0.17 0.15 0.35 0.60 0.01 0.92 0.01 0.89 0.39 0.27 0.36 0.27 0.42 0.62 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.22 0.32 0.21 0.17 0.64 0.32 0.99 0.11 0.82 0.23 0.28 0.77 0.06 0.11 0.75 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.68 0.18 0.20 1.53 0.16 1.80 0.27 1.47 0.84 1.03 0.35 0.19 0.27 1.69 0.21 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.20 0.11 0.19 0.89 0.14 1.27 0.02 1.10 0.46 0.42 0.40 0.18 0.24 0.98 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.11 0.98 0.40 0.14 0.19 0.08 0.82 0.11 0.20 0.11 0.14 0.19 0.08 0.22 1.41 0.53 0.23 0.78 1.48 1.55 1.36
C2 0.32 0.14 0.87 0.31 0.17 0.17 0.11 0.74 0.14 0.23 0.14 0.17 0.21 0.11 0.24 1.29 0.43 0.18 0.80 1.25 1.50 1.23
C2' 0.80 0.52 1.53 1.01 0.57 0.56 0.45 0.84 0.38 0.58 0.43 0.60 0.31 0.44 0.65 2.04 1.17 0.35 0.53 1.38 1.49 1.21
C3' 0.66 0.59 1.40 0.80 0.56 0.24 0.51 0.79 0.54 0.50 0.57 0.59 0.56 0.47 0.57 1.97 0.98 0.04 0.69 1.63 1.66 1.44
C4 0.30 0.09 0.52 0.23 0.18 0.23 0.14 0.65 0.07 0.30 0.08 0.15 0.14 0.23 0.27 0.97 0.22 0.22 0.90 1.15 1.44 1.11
C4' 0.43 0.14 0.99 0.36 0.23 0.35 0.13 0.96 0.11 0.29 0.11 0.22 0.20 0.15 0.33 1.50 0.53 0.52 0.96 1.73 1.68 1.58
C5 0.30 0.09 0.59 0.20 0.18 0.21 0.14 0.68 0.08 0.29 0.09 0.14 0.12 0.21 0.26 1.05 0.24 0.20 0.89 1.24 1.48 1.16
C5' 0.55 0.29 0.99 0.39 0.37 0.42 0.29 0.95 0.24 0.43 0.25 0.37 0.26 0.31 0.46 1.51 0.56 0.60 0.97 1.68 1.64 1.54
C6 0.30 0.10 0.74 0.21 0.16 0.18 0.10 0.72 0.08 0.26 0.10 0.14 0.15 0.16 0.24 1.20 0.31 0.17 0.83 1.31 1.50 1.21
N1 0.31 0.12 0.87 0.30 0.15 0.17 0.09 0.76 0.11 0.23 0.12 0.15 0.18 0.11 0.23 1.31 0.43 0.18 0.80 1.34 1.52 1.26
N3 0.30 0.12 0.66 0.20 0.16 0.20 0.09 0.68 0.12 0.26 0.12 0.15 0.20 0.13 0.25 1.10 0.27 0.20 0.87 1.15 1.44 1.14
O2 0.34 0.18 1.03 0.46 0.19 0.17 0.15 0.77 0.18 0.20 0.17 0.20 0.23 0.14 0.25 1.40 0.59 0.20 0.75 1.26 1.49 1.26
O2' 0.79 0.35 1.54 1.02 0.44 0.61 0.26 0.88 0.14 0.47 0.19 0.48 0.12 0.25 0.58 2.05 1.14 0.42 0.54 1.47 1.49 1.26
O3' 0.60 0.39 1.28 0.56 0.39 0.23 0.29 0.98 0.32 0.35 0.35 0.43 0.36 0.23 0.45 1.93 0.74 0.39 1.05 2.08 2.02 1.86
O4 0.31 0.10 0.38 0.35 0.22 0.29 0.20 0.63 0.09 0.34 0.08 0.17 0.12 0.30 0.30 0.80 0.27 0.27 0.95 1.10 1.39 1.07
O4' 0.48 0.24 0.81 0.27 0.33 0.53 0.26 1.03 0.19 0.41 0.20 0.32 0.20 0.28 0.43 1.23 0.37 0.70 1.06 1.66 1.64 1.56
O5' 0.56 0.19 0.88 0.22 0.31 0.48 0.21 0.95 0.20 0.41 0.17 0.30 0.32 0.26 0.45 1.41 0.34 0.70 0.98 1.57 1.54 1.46
OP1 1.06 0.42 1.08 0.63 0.61 1.13 0.42 1.51 0.33 0.74 0.32 0.61 0.46 0.47 0.83 1.63 0.59 1.32 1.60 2.25 2.04 2.10
OP2 0.72 1.04 1.26 0.68 0.88 0.16 1.02 0.48 1.22 0.80 1.20 0.89 1.42 0.96 0.77 1.78 0.84 0.35 0.51 1.15 1.16 1.02
P 0.65 0.29 0.88 0.26 0.34 0.63 0.33 1.05 0.44 0.44 0.40 0.33 0.65 0.34 0.49 1.43 0.34 0.83 1.11 1.71 1.61 1.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.20 0.00 0.15 0.11 0.20 0.12
C2 0.04 0.00 0.57 0.43 0.01 0.15 0.03 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.44 0.35 0.31 0.30 0.35 0.34 0.25
C2' 0.00 0.57 0.00 0.01 0.30 0.01 0.16 0.01 0.29 0.23 0.46 0.55 0.22 0.10 0.03 0.00 0.02 0.03 0.24 0.19 0.17 0.23
C3' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.33 0.00 0.38 0.04 0.43 0.29 0.45 0.37 0.45 0.35 0.23 0.02 0.01 0.02 0.29 0.23 0.17 0.21
C4 0.02 0.01 0.30 0.33 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.18 0.17 0.35 0.26 0.46 0.26
C4' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.07 0.29 0.06 0.16 0.13 0.26 0.10 0.25 0.04 0.00 0.02 0.05 0.21 0.02
C5 0.01 0.03 0.16 0.38 0.00 0.11 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.07 0.49 0.40 0.70 0.42
C5' 0.05 0.14 0.01 0.04 0.10 0.00 0.29 0.00 0.22 0.57 0.04 0.16 0.33 0.55 0.25 0.22 0.07 0.05 0.00 0.12 0.35 0.01
C6 0.03 0.02 0.29 0.43 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.27 0.13 0.47 0.37 0.69 0.38
C8 0.03 0.02 0.23 0.29 0.02 0.29 0.01 0.57 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.49 0.19 0.20 0.62 0.61 0.83 0.64
N1 0.05 0.00 0.46 0.45 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.27 0.33 0.23 0.38 0.31 0.52 0.27
N3 0.04 0.01 0.55 0.37 0.01 0.16 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.45 0.30 0.31 0.27 0.32 0.28 0.24
N6 0.02 0.03 0.22 0.45 0.01 0.13 0.01 0.33 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.29 0.09 0.54 0.48 0.85 0.49
N7 0.02 0.03 0.10 0.35 0.01 0.26 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.43 0.22 0.12 0.64 0.64 0.93 0.66
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.10 0.01 0.25 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.07 0.02 0.38 0.30 0.49 0.32
O2' 0.01 0.44 0.00 0.02 0.13 0.25 0.18 0.22 0.13 0.49 0.27 0.45 0.18 0.43 0.19 0.00 0.03 0.17 0.06 0.14 0.12 0.05
O3' 0.20 0.35 0.02 0.01 0.18 0.04 0.20 0.07 0.27 0.19 0.33 0.30 0.29 0.22 0.07 0.03 0.00 0.11 0.21 0.21 0.30 0.18
O4' 0.00 0.31 0.03 0.02 0.17 0.00 0.07 0.05 0.13 0.20 0.23 0.31 0.09 0.12 0.02 0.17 0.11 0.00 0.18 0.07 0.24 0.10
O5' 0.15 0.30 0.24 0.29 0.35 0.02 0.49 0.00 0.47 0.62 0.38 0.27 0.54 0.64 0.38 0.06 0.21 0.18 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.35 0.19 0.23 0.26 0.05 0.40 0.12 0.37 0.61 0.31 0.32 0.48 0.64 0.30 0.14 0.21 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.34 0.17 0.17 0.46 0.21 0.70 0.35 0.69 0.83 0.52 0.28 0.85 0.93 0.49 0.12 0.30 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.25 0.23 0.21 0.26 0.02 0.42 0.01 0.38 0.64 0.27 0.24 0.49 0.66 0.32 0.05 0.18 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00