ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53831

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C6 A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C1' A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O2' A 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O4' A 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O4 A 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C3' A 0, 0.000, 0.194, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C3' B 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C4' A 0, 0.000, 0.252, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O5' A 0, 0.000, 0.334, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.334 std_dev=0.334
O3' A 0, 0.000, 0.342, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C5' A 0, 0.000, 0.394, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.394 std_dev=0.394
N9 B 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O4' B 0, 0.000, 0.432, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C4' B 0, 0.000, 0.440, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C4 B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
N3 B 0, 0.000, 0.465, 0.929, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.465 std_dev=0.465
C1' B 0, 0.000, 0.474, 0.948, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.474 std_dev=0.474
C8 B 0, 0.000, 0.475, 0.951, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.475 std_dev=0.475
P A 0, 0.000, 0.508, 1.017, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.508 std_dev=0.508
N7 B 0, 0.000, 0.515, 1.029, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.515 std_dev=0.515
C5' B 0, 0.000, 0.537, 1.074, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.537 std_dev=0.537
OP2 A 0, 0.000, 0.558, 1.117, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.558 std_dev=0.558
OP1 A 0, 0.000, 0.559, 1.117, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.559 std_dev=0.559
C5 B 0, 0.000, 0.566, 1.133, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C2 B 0, 0.000, 0.679, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.679 std_dev=0.679
C2' B 0, 0.000, 0.739, 1.479, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.739 std_dev=0.739
C6 B 0, 0.000, 0.772, 1.544, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.772 std_dev=0.772
O5' B 0, 0.000, 0.788, 1.575, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.788 std_dev=0.788
N1 B 0, 0.000, 0.841, 1.682, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.841 std_dev=0.841
P B 0, 0.000, 0.941, 1.882, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.941 std_dev=0.941
N6 B 0, 0.000, 0.942, 1.883, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.942 std_dev=0.942
O3' B 0, 0.000, 1.027, 2.055, 2.055 max_d=2.055 avg_d=1.027 std_dev=1.027
OP2 B 0, 0.000, 1.071, 2.143, 2.143 max_d=2.143 avg_d=1.071 std_dev=1.071
OP1 B 0, 0.000, 1.201, 2.402, 2.402 max_d=2.402 avg_d=1.201 std_dev=1.201
O2' B 0, 0.000, 1.633, 3.265, 3.265 max_d=3.265 avg_d=1.633 std_dev=1.633

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.07 0.02
C2 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.13 0.15 0.20 0.15
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.08 0.03
C3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02
C4 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.20 0.26 0.32 0.27
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02
C5 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.20 0.26 0.31 0.26
C5' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.16 0.01 0.16 0.00 0.12 0.09 0.13 0.08 0.06 0.02 0.19 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02
C6 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.19 0.21 0.18
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.13 0.17 0.12
N3 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.13 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.16 0.20 0.27 0.21
O2 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.12 0.18 0.12
O2' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
O4 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.22 0.30 0.37 0.31
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05
O5' 0.03 0.13 0.03 0.02 0.20 0.02 0.20 0.01 0.16 0.11 0.16 0.11 0.02 0.00 0.22 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.15 0.04 0.04 0.26 0.01 0.26 0.02 0.19 0.13 0.20 0.12 0.02 0.03 0.30 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.20 0.08 0.05 0.32 0.00 0.31 0.00 0.21 0.17 0.27 0.18 0.04 0.02 0.37 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.15 0.03 0.02 0.27 0.02 0.26 0.02 0.18 0.12 0.21 0.12 0.02 0.00 0.31 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.08 0.47 0.07 0.00 0.09 0.09 0.19 0.19 0.08 0.17 0.00 0.30 0.05 0.10 0.74 0.18 0.03 0.35 0.62 0.64 0.52
C2 0.21 0.06 0.46 0.04 0.05 0.03 0.04 0.12 0.16 0.18 0.15 0.03 0.29 0.02 0.16 0.78 0.03 0.05 0.44 0.61 0.71 0.57
C2' 0.22 0.07 0.55 0.02 0.02 0.06 0.09 0.18 0.20 0.10 0.17 0.02 0.33 0.06 0.13 0.83 0.20 0.01 0.39 0.73 0.66 0.59
C3' 0.24 0.10 0.58 0.00 0.02 0.05 0.10 0.17 0.23 0.12 0.21 0.01 0.37 0.05 0.14 0.91 0.19 0.02 0.41 0.78 0.64 0.60
C4 0.30 0.10 0.50 0.00 0.09 0.03 0.01 0.09 0.21 0.28 0.22 0.03 0.41 0.13 0.24 0.98 0.08 0.13 0.52 0.70 0.75 0.63
C4' 0.19 0.11 0.54 0.02 0.00 0.06 0.10 0.16 0.22 0.10 0.21 0.01 0.36 0.05 0.11 0.84 0.18 0.00 0.37 0.71 0.62 0.55
C5 0.28 0.12 0.52 0.03 0.06 0.01 0.03 0.14 0.22 0.25 0.23 0.01 0.39 0.08 0.21 1.00 0.01 0.10 0.50 0.73 0.76 0.64
C5' 0.16 0.20 0.50 0.06 0.05 0.09 0.16 0.18 0.30 0.07 0.30 0.08 0.44 0.09 0.08 0.85 0.21 0.03 0.37 0.73 0.64 0.56
C6 0.24 0.11 0.51 0.06 0.04 0.05 0.06 0.17 0.21 0.19 0.21 0.00 0.36 0.03 0.17 0.93 0.10 0.05 0.46 0.71 0.73 0.61
N1 0.21 0.08 0.49 0.06 0.03 0.06 0.06 0.17 0.19 0.15 0.18 0.01 0.32 0.00 0.14 0.82 0.11 0.02 0.42 0.66 0.71 0.58
N3 0.26 0.07 0.47 0.01 0.08 0.02 0.02 0.08 0.19 0.26 0.18 0.04 0.36 0.10 0.21 0.86 0.07 0.11 0.49 0.64 0.73 0.60
O2 0.16 0.00 0.42 0.05 0.06 0.04 0.02 0.11 0.10 0.12 0.07 0.06 0.20 0.00 0.13 0.63 0.04 0.02 0.39 0.52 0.62 0.50
O2' 0.17 0.05 0.51 0.02 0.00 0.09 0.10 0.18 0.18 0.03 0.15 0.02 0.30 0.10 0.09 0.69 0.25 0.04 0.29 0.66 0.51 0.49
O3' 0.29 0.06 0.65 0.07 0.06 0.01 0.07 0.13 0.20 0.14 0.18 0.05 0.35 0.03 0.18 0.97 0.18 0.06 0.42 0.83 0.59 0.61
O4 0.35 0.09 0.52 0.07 0.13 0.10 0.04 0.03 0.20 0.33 0.23 0.06 0.44 0.18 0.29 1.05 0.21 0.19 0.56 0.73 0.77 0.65
O4' 0.14 0.10 0.47 0.07 0.00 0.10 0.09 0.19 0.19 0.08 0.18 0.02 0.30 0.04 0.09 0.75 0.18 0.04 0.32 0.60 0.60 0.49
O5' 0.12 0.27 0.43 0.14 0.11 0.15 0.21 0.26 0.37 0.04 0.38 0.15 0.51 0.12 0.03 0.84 0.26 0.08 0.35 0.70 0.63 0.54
OP1 0.10 0.35 0.41 0.16 0.16 0.17 0.26 0.28 0.44 0.01 0.47 0.21 0.59 0.15 0.00 0.85 0.31 0.09 0.35 0.74 0.61 0.55
OP2 0.00 0.46 0.27 0.29 0.25 0.27 0.34 0.38 0.53 0.05 0.57 0.32 0.67 0.21 0.09 0.76 0.36 0.18 0.28 0.64 0.58 0.48
P 0.08 0.36 0.38 0.18 0.16 0.18 0.26 0.28 0.43 0.02 0.47 0.22 0.58 0.15 0.01 0.83 0.29 0.10 0.34 0.71 0.63 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.00 0.23 0.23 0.26 0.24
C2 0.04 0.00 0.22 0.13 0.01 0.09 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.20 0.31 0.29 0.35 0.31
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.00 0.07 0.13 0.12 0.12 0.18 0.22 0.10 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.50 0.56 0.56 0.55
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.17 0.00 0.26 0.03 0.27 0.25 0.20 0.09 0.32 0.30 0.16 0.01 0.00 0.01 0.20 0.32 0.02 0.20
C4 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.17 0.09 0.28 0.27 0.34 0.29
C4' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.07 0.22 0.02 0.10 0.13 0.20 0.08 0.21 0.01 0.00 0.03 0.02 0.19 0.04
C5 0.00 0.01 0.07 0.26 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.03 0.02 0.24 0.25 0.33 0.27
C5' 0.02 0.04 0.13 0.03 0.05 0.01 0.17 0.00 0.15 0.26 0.05 0.06 0.22 0.28 0.09 0.05 0.21 0.01 0.01 0.13 0.34 0.02
C6 0.00 0.00 0.12 0.27 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.06 0.06 0.24 0.25 0.33 0.27
C8 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.22 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.35 0.06 0.15 0.20 0.24 0.33 0.25
N1 0.02 0.00 0.18 0.20 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.18 0.14 0.28 0.27 0.34 0.30
N3 0.04 0.00 0.22 0.09 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.32 0.20 0.31 0.29 0.34 0.31
N6 0.01 0.00 0.10 0.32 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.02 0.01 0.20 0.22 0.30 0.24
N7 0.01 0.01 0.06 0.30 0.00 0.20 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.36 0.08 0.09 0.20 0.24 0.33 0.25
N9 0.00 0.01 0.00 0.16 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.12 0.01 0.26 0.26 0.33 0.28
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.21 0.25 0.05 0.21 0.35 0.10 0.05 0.26 0.36 0.19 0.00 0.01 0.14 0.28 0.33 0.52 0.37
O3' 0.28 0.29 0.03 0.00 0.17 0.01 0.03 0.21 0.06 0.06 0.18 0.32 0.02 0.08 0.12 0.01 0.00 0.16 0.05 0.10 0.33 0.14
O4' 0.00 0.20 0.02 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.06 0.15 0.14 0.20 0.01 0.09 0.01 0.14 0.16 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00
O5' 0.23 0.31 0.50 0.20 0.28 0.03 0.24 0.01 0.24 0.20 0.28 0.31 0.20 0.20 0.26 0.28 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.23 0.29 0.56 0.32 0.27 0.02 0.25 0.13 0.25 0.24 0.27 0.29 0.22 0.24 0.26 0.33 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.35 0.56 0.02 0.34 0.19 0.33 0.34 0.33 0.33 0.34 0.34 0.30 0.33 0.33 0.52 0.33 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.24 0.31 0.55 0.20 0.29 0.04 0.27 0.02 0.27 0.25 0.30 0.31 0.24 0.25 0.28 0.37 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00