ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53834

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 15, 16, 6, 4, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.024, 0.046, 0.067, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.046 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.030, 0.057, 0.084, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.032, 0.063, 0.094, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.063 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.035, 0.073, 0.112, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.073 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.056, 0.104, 0.153, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.104 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.031, 0.151, 0.270, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.151 std_dev=0.120
C5' A 0, 0.055, 0.219, 0.382, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.219 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.087, 0.280, 0.473, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.280 std_dev=0.193
C4 B 0, 0.047, 0.259, 0.470, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.259 std_dev=0.211
C6 B 0, 0.061, 0.274, 0.486, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.274 std_dev=0.213
O4 B 0, 0.069, 0.283, 0.497, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.283 std_dev=0.214
O2' A 0, -0.049, 0.183, 0.416, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.183 std_dev=0.232
C2' B 0, 0.056, 0.291, 0.526, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.291 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.020, 0.263, 0.506, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.263 std_dev=0.243
N3 B 0, 0.013, 0.262, 0.511, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.262 std_dev=0.249
C5' B 0, 0.081, 0.332, 0.583, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.332 std_dev=0.251
C2 B 0, 0.017, 0.276, 0.535, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.276 std_dev=0.259
C1' B 0, 0.041, 0.304, 0.566, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.304 std_dev=0.263
O4' B 0, 0.074, 0.348, 0.622, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.348 std_dev=0.274
C4' B 0, 0.067, 0.355, 0.643, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.355 std_dev=0.288
O2 B 0, 0.036, 0.331, 0.625, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.331 std_dev=0.294
O5' B 0, 0.006, 0.304, 0.603, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.304 std_dev=0.299
C3' B 0, 0.034, 0.359, 0.685, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.359 std_dev=0.325
C3' A 0, -0.128, 0.198, 0.525, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.198 std_dev=0.327
OP1 B 0, 0.031, 0.374, 0.717, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.374 std_dev=0.343
O5' A 0, -0.117, 0.244, 0.605, 2.043 max_d=2.043 avg_d=0.244 std_dev=0.361
P A 0, -0.088, 0.329, 0.746, 2.404 max_d=2.404 avg_d=0.329 std_dev=0.417
O2' B 0, -0.101, 0.362, 0.824, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.362 std_dev=0.462
OP2 A 0, -0.059, 0.413, 0.884, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.413 std_dev=0.472
OP1 A 0, -0.120, 0.438, 0.996, 3.229 max_d=3.229 avg_d=0.438 std_dev=0.558
P B 0, -0.230, 0.357, 0.944, 3.248 max_d=3.248 avg_d=0.357 std_dev=0.587
O3' A 0, -0.308, 0.319, 0.945, 3.402 max_d=3.402 avg_d=0.319 std_dev=0.627
O3' B 0, -0.148, 0.510, 1.168, 3.766 max_d=3.766 avg_d=0.510 std_dev=0.658
OP2 B 0, -0.512, 0.514, 1.540, 5.551 max_d=5.551 avg_d=0.514 std_dev=1.026

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.00 0.09 0.34 0.08 0.16
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.21 0.02 0.07 0.50 0.12 0.17
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.33 0.14 0.26
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.13 0.20 0.08 0.03 0.17 0.20 0.10 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.12 0.01 0.04 0.49 0.12 0.15
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.03 0.02 0.07 0.08 0.04 0.13 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.06 0.01 0.06 0.53 0.20 0.12
C5' 0.04 0.03 0.10 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03 0.04 0.09 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.13 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.08 0.02 0.06 0.55 0.23 0.13
C8 0.01 0.01 0.03 0.20 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.02 0.09 0.51 0.18 0.10
N1 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.14 0.02 0.05 0.53 0.18 0.15
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.23 0.02 0.08 0.46 0.09 0.17
N6 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.08 0.02 0.09 0.56 0.29 0.11
N7 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.10 0.02 0.11 0.54 0.25 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.01 0.04 0.45 0.10 0.14
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.17 0.13 0.17 0.04 0.20 0.09 0.22 0.20 0.20 0.13 0.10 0.00 0.04 0.09 0.17 0.26 0.12 0.22
O3' 0.15 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.06 0.09 0.08 0.09 0.14 0.23 0.08 0.10 0.06 0.04 0.00 0.11 0.10 0.22 0.19 0.15
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.04 0.25 0.10 0.09
O5' 0.09 0.07 0.22 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.09 0.05 0.08 0.09 0.11 0.04 0.17 0.10 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.34 0.50 0.33 0.06 0.49 0.05 0.53 0.10 0.55 0.51 0.53 0.46 0.56 0.54 0.45 0.26 0.22 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.12 0.14 0.08 0.12 0.09 0.20 0.17 0.23 0.18 0.18 0.09 0.29 0.25 0.10 0.12 0.19 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.17 0.26 0.04 0.15 0.03 0.12 0.01 0.13 0.10 0.15 0.17 0.11 0.10 0.14 0.22 0.15 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.12 0.08 0.25 0.14 0.11 0.12 0.11 0.10 0.07 0.14 0.14 0.19 0.42 0.18 0.09 0.10 0.11 0.12 0.18
C2 0.18 0.13 0.18 0.11 0.12 0.10 0.20 0.13 0.21 0.17 0.11 0.13 0.37 0.11 0.12 0.18 0.10 0.14 0.48 0.10
C2' 0.08 0.11 0.09 0.25 0.15 0.11 0.12 0.12 0.09 0.08 0.14 0.12 0.15 0.41 0.18 0.10 0.10 0.12 0.18 0.14
C3' 0.22 0.11 0.28 0.08 0.12 0.13 0.13 0.18 0.16 0.16 0.10 0.12 0.34 0.24 0.14 0.20 0.28 0.16 0.18 0.37
C4 0.12 0.08 0.14 0.14 0.10 0.07 0.13 0.12 0.15 0.10 0.11 0.10 0.33 0.19 0.16 0.13 0.09 0.11 0.25 0.08
C4' 0.06 0.10 0.09 0.21 0.13 0.10 0.12 0.11 0.10 0.06 0.13 0.12 0.16 0.49 0.17 0.06 0.20 0.18 0.30 0.39
C5 0.15 0.08 0.17 0.10 0.10 0.10 0.13 0.15 0.17 0.12 0.11 0.11 0.40 0.11 0.16 0.14 0.13 0.13 0.19 0.13
C5' 0.16 0.22 0.15 0.36 0.22 0.28 0.19 0.21 0.16 0.18 0.23 0.24 0.14 0.69 0.24 0.19 0.11 0.09 0.42 0.33
C6 0.20 0.12 0.21 0.10 0.09 0.13 0.17 0.16 0.20 0.17 0.08 0.12 0.45 0.10 0.13 0.18 0.13 0.13 0.26 0.09
C8 0.09 0.14 0.11 0.16 0.15 0.09 0.12 0.13 0.12 0.08 0.18 0.18 0.29 0.26 0.19 0.09 0.18 0.17 0.21 0.27
N1 0.20 0.15 0.20 0.09 0.12 0.12 0.20 0.15 0.22 0.19 0.11 0.15 0.43 0.09 0.10 0.19 0.10 0.13 0.40 0.08
N3 0.15 0.10 0.14 0.16 0.11 0.09 0.16 0.13 0.18 0.13 0.10 0.11 0.32 0.20 0.14 0.16 0.09 0.13 0.43 0.07
N6 0.24 0.16 0.23 0.14 0.12 0.18 0.17 0.20 0.21 0.21 0.12 0.17 0.49 0.19 0.14 0.22 0.16 0.15 0.23 0.13
N7 0.13 0.12 0.16 0.13 0.14 0.11 0.13 0.16 0.15 0.10 0.16 0.16 0.39 0.15 0.19 0.13 0.18 0.17 0.19 0.24
N9 0.08 0.11 0.10 0.19 0.13 0.08 0.11 0.12 0.11 0.06 0.14 0.14 0.26 0.30 0.18 0.10 0.12 0.12 0.13 0.17
O2' 0.17 0.30 0.12 0.33 0.36 0.19 0.31 0.15 0.24 0.24 0.34 0.29 0.10 0.44 0.39 0.17 0.12 0.14 0.44 0.07
O3' 0.36 0.16 0.42 0.24 0.13 0.38 0.15 0.47 0.21 0.24 0.11 0.18 0.45 0.08 0.19 0.40 0.55 0.54 0.37 0.70
O4' 0.06 0.15 0.07 0.29 0.15 0.15 0.12 0.12 0.08 0.08 0.17 0.18 0.13 0.53 0.18 0.08 0.13 0.13 0.16 0.29
O5' 0.29 0.32 0.24 0.48 0.31 0.43 0.30 0.37 0.29 0.30 0.32 0.32 0.18 0.76 0.32 0.35 0.16 0.17 0.34 0.17
OP1 0.70 0.84 0.71 0.70 0.76 0.60 0.66 0.37 0.65 0.74 0.84 0.89 0.69 0.96 0.77 0.63 0.18 0.21 0.59 0.32
OP2 0.17 0.17 0.16 0.25 0.16 0.29 0.15 0.23 0.15 0.16 0.17 0.20 0.18 0.58 0.17 0.22 0.12 0.14 0.61 0.29
P 0.50 0.51 0.48 0.62 0.46 0.59 0.44 0.46 0.45 0.49 0.50 0.53 0.42 0.96 0.46 0.53 0.21 0.19 0.44 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.00 0.08 0.06 0.18 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.12 0.01 0.03 0.15 0.13 0.33 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.13 0.33 0.22
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.16 0.00 0.18 0.01 0.16 0.10 0.12 0.06 0.02 0.01 0.17 0.01 0.04 0.07 0.30 0.12
C4 0.01 0.01 0.03 0.16 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.06 0.00 0.02 0.25 0.22 0.62 0.33
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.04 0.03 0.12 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.19 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.10 0.01 0.03 0.27 0.24 0.65 0.35
C5' 0.03 0.07 0.07 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.14 0.08 0.10 0.04 0.06 0.09 0.14 0.02 0.00 0.05 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.08 0.01 0.04 0.23 0.18 0.48 0.27
N1 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.01 0.15 0.12 0.30 0.17
N3 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.08 0.01 0.03 0.20 0.18 0.47 0.26
O2 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.21 0.01 0.05 0.11 0.10 0.24 0.13
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.15 0.12 0.15 0.06 0.13 0.09 0.13 0.11 0.00 0.04 0.15 0.08 0.13 0.09 0.39 0.21
O3' 0.14 0.12 0.02 0.01 0.06 0.02 0.10 0.09 0.08 0.06 0.08 0.21 0.04 0.00 0.07 0.10 0.08 0.20 0.27 0.09
O4 0.01 0.01 0.04 0.17 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.07 0.00 0.03 0.27 0.25 0.71 0.37
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.08 0.10 0.03 0.00 0.10 0.07 0.15 0.10
O5' 0.08 0.15 0.16 0.04 0.25 0.01 0.27 0.00 0.23 0.15 0.20 0.11 0.13 0.08 0.27 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.13 0.13 0.07 0.22 0.05 0.24 0.05 0.18 0.12 0.18 0.10 0.09 0.20 0.25 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.33 0.33 0.30 0.62 0.19 0.65 0.15 0.48 0.30 0.47 0.24 0.39 0.27 0.71 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.18 0.22 0.12 0.33 0.04 0.35 0.01 0.27 0.17 0.26 0.13 0.21 0.09 0.37 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00