ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53835

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 9, 9, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.011, 0.038, 0.065, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.011, 0.041, 0.070, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.041 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.008, 0.045, 0.082, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.045 std_dev=0.037
P B 0, 0.288, 0.442, 0.596, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.442 std_dev=0.154
OP2 B 0, 0.275, 0.439, 0.603, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.439 std_dev=0.164
O2' A 0, -0.004, 0.186, 0.376, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.186 std_dev=0.190
C2' A 0, -0.025, 0.174, 0.374, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.174 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.210, 0.411, 0.613, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.411 std_dev=0.201
N1 B 0, 0.175, 0.384, 0.594, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.384 std_dev=0.210
O4' A 0, -0.041, 0.172, 0.385, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.172 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.196, 0.420, 0.644, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.420 std_dev=0.224
C6 B 0, 0.127, 0.359, 0.591, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.359 std_dev=0.232
N3 B 0, 0.174, 0.406, 0.639, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.406 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.148, 0.385, 0.623, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.385 std_dev=0.238
O4 B 0, 0.199, 0.440, 0.681, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.440 std_dev=0.241
O2 B 0, 0.247, 0.492, 0.737, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.492 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.203, 0.449, 0.695, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.449 std_dev=0.246
C5 B 0, 0.111, 0.360, 0.610, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.360 std_dev=0.250
OP1 B 0, 0.321, 0.578, 0.834, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.578 std_dev=0.256
O5' B 0, 0.214, 0.521, 0.829, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.521 std_dev=0.307
C4' A 0, -0.025, 0.296, 0.617, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.296 std_dev=0.321
C3' A 0, -0.002, 0.323, 0.649, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.323 std_dev=0.325
C3' B 0, 0.123, 0.476, 0.830, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.476 std_dev=0.353
C4' B 0, 0.153, 0.508, 0.864, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.508 std_dev=0.356
C2' B 0, 0.085, 0.458, 0.832, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.458 std_dev=0.373
C5' B 0, 0.120, 0.577, 1.034, 2.271 max_d=2.271 avg_d=0.577 std_dev=0.457
O3' A 0, 0.021, 0.510, 1.000, 2.844 max_d=2.844 avg_d=0.510 std_dev=0.490
C5' A 0, -0.088, 0.432, 0.952, 2.918 max_d=2.918 avg_d=0.432 std_dev=0.520
O2' B 0, 0.023, 0.549, 1.075, 2.663 max_d=2.663 avg_d=0.549 std_dev=0.526
O5' A 0, -0.149, 0.396, 0.941, 3.129 max_d=3.129 avg_d=0.396 std_dev=0.545
O3' B 0, 0.014, 0.563, 1.112, 2.704 max_d=2.704 avg_d=0.563 std_dev=0.549
OP2 A 0, -0.073, 0.532, 1.136, 3.280 max_d=3.280 avg_d=0.532 std_dev=0.605
P A 0, -0.095, 0.510, 1.115, 3.325 max_d=3.325 avg_d=0.510 std_dev=0.605
OP1 A 0, -0.064, 0.588, 1.240, 3.525 max_d=3.525 avg_d=0.588 std_dev=0.652

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.17 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.19 0.12 0.13 0.14 0.17 0.13
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.02 0.11 0.05 0.15 0.16 0.10 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.12 0.09 0.06
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.10 0.07 0.12 0.12 0.10 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.14 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.10 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.07 0.09 0.11 0.14 0.10
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.05 0.10 0.13 0.16 0.12
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.10 0.11 0.11 0.09 0.12 0.10 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.07 0.13 0.15 0.18 0.14
C8 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.07 0.11 0.10 0.14 0.12
N1 0.02 0.00 0.15 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.18 0.11 0.14 0.15 0.18 0.14
N3 0.03 0.01 0.16 0.12 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.11 0.11 0.12 0.14 0.11
N6 0.02 0.01 0.10 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.15 0.07 0.14 0.17 0.21 0.16
N7 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.11 0.13 0.16 0.13
N9 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.12 0.08
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.08 0.04 0.06 0.04 0.10 0.05 0.15 0.15 0.09 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.10 0.07 0.04
O3' 0.02 0.19 0.03 0.01 0.12 0.01 0.11 0.02 0.15 0.08 0.18 0.17 0.15 0.09 0.06 0.05 0.00 0.01 0.07 0.19 0.09 0.10
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.11 0.11 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.07 0.10 0.08
O5' 0.05 0.13 0.05 0.06 0.09 0.02 0.10 0.01 0.13 0.11 0.14 0.11 0.14 0.11 0.07 0.05 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.14 0.12 0.14 0.11 0.06 0.13 0.04 0.15 0.10 0.15 0.12 0.17 0.13 0.09 0.10 0.19 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.17 0.09 0.07 0.14 0.04 0.16 0.02 0.18 0.14 0.18 0.14 0.21 0.16 0.12 0.07 0.09 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.06 0.06 0.10 0.02 0.12 0.01 0.14 0.12 0.14 0.11 0.16 0.13 0.08 0.04 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.12 0.30 0.17 0.17 0.17 0.20 0.16 0.14 0.16 0.15 0.37 0.27 0.20 0.11 0.22 0.19 0.24 0.21
C2 0.14 0.15 0.20 0.36 0.13 0.24 0.12 0.24 0.12 0.14 0.15 0.17 0.30 0.27 0.15 0.15 0.24 0.20 0.21 0.19
C2' 0.22 0.26 0.18 0.26 0.26 0.18 0.22 0.22 0.21 0.23 0.28 0.27 0.41 0.22 0.29 0.20 0.23 0.22 0.25 0.23
C3' 0.26 0.31 0.20 0.24 0.35 0.20 0.32 0.26 0.28 0.28 0.34 0.30 0.43 0.21 0.41 0.25 0.27 0.27 0.30 0.28
C4 0.14 0.15 0.12 0.33 0.14 0.21 0.14 0.22 0.14 0.14 0.15 0.15 0.38 0.29 0.16 0.12 0.24 0.18 0.22 0.20
C4' 0.13 0.16 0.11 0.28 0.23 0.14 0.22 0.19 0.19 0.15 0.19 0.14 0.36 0.27 0.29 0.12 0.22 0.22 0.27 0.24
C5 0.15 0.15 0.14 0.33 0.15 0.22 0.15 0.24 0.15 0.15 0.15 0.15 0.44 0.32 0.16 0.12 0.25 0.18 0.22 0.20
C5' 0.13 0.16 0.14 0.28 0.27 0.12 0.27 0.17 0.21 0.16 0.21 0.14 0.39 0.32 0.34 0.11 0.20 0.23 0.28 0.25
C6 0.15 0.14 0.14 0.36 0.11 0.25 0.11 0.27 0.13 0.14 0.12 0.15 0.44 0.33 0.12 0.14 0.26 0.19 0.20 0.19
C8 0.16 0.17 0.17 0.30 0.20 0.19 0.20 0.22 0.19 0.17 0.18 0.16 0.46 0.31 0.23 0.11 0.24 0.19 0.23 0.21
N1 0.14 0.14 0.18 0.37 0.10 0.26 0.10 0.26 0.11 0.13 0.12 0.16 0.34 0.30 0.11 0.16 0.25 0.21 0.21 0.19
N3 0.14 0.15 0.16 0.34 0.13 0.21 0.12 0.22 0.13 0.13 0.14 0.16 0.31 0.27 0.16 0.13 0.23 0.19 0.22 0.19
N6 0.17 0.14 0.19 0.36 0.12 0.28 0.14 0.31 0.14 0.15 0.12 0.15 0.53 0.38 0.14 0.16 0.29 0.20 0.20 0.20
N7 0.17 0.16 0.19 0.30 0.19 0.21 0.20 0.24 0.19 0.17 0.17 0.15 0.49 0.33 0.22 0.11 0.25 0.19 0.22 0.21
N9 0.14 0.15 0.13 0.31 0.17 0.19 0.17 0.21 0.16 0.15 0.16 0.15 0.40 0.29 0.20 0.11 0.23 0.18 0.23 0.21
O2' 0.18 0.21 0.16 0.28 0.19 0.17 0.18 0.21 0.17 0.18 0.21 0.23 0.36 0.23 0.21 0.17 0.23 0.21 0.24 0.22
O3' 0.35 0.41 0.27 0.26 0.44 0.29 0.39 0.34 0.36 0.38 0.45 0.42 0.46 0.23 0.49 0.36 0.33 0.31 0.33 0.33
O4' 0.13 0.14 0.15 0.34 0.16 0.19 0.16 0.21 0.14 0.13 0.14 0.15 0.36 0.34 0.20 0.10 0.23 0.21 0.26 0.23
O5' 0.16 0.19 0.18 0.26 0.31 0.11 0.31 0.17 0.25 0.20 0.25 0.17 0.44 0.33 0.39 0.12 0.20 0.23 0.28 0.25
OP1 0.19 0.21 0.25 0.24 0.31 0.12 0.32 0.18 0.27 0.22 0.25 0.18 0.48 0.34 0.38 0.15 0.20 0.21 0.25 0.23
OP2 0.24 0.25 0.32 0.24 0.36 0.13 0.38 0.19 0.32 0.27 0.29 0.22 0.56 0.37 0.43 0.16 0.21 0.23 0.28 0.25
P 0.20 0.22 0.26 0.24 0.34 0.11 0.35 0.17 0.29 0.23 0.27 0.19 0.51 0.35 0.41 0.14 0.20 0.23 0.28 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.19 0.02 0.01 0.12 0.32 0.22 0.18
C2 0.01 0.00 0.11 0.12 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.01 0.08 0.12 0.25 0.20 0.15
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.13 0.11 0.02 0.08 0.19 0.00 0.02 0.06 0.01 0.29 0.59 0.46 0.43
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.17 0.00 0.16 0.02 0.13 0.10 0.16 0.10 0.02 0.01 0.19 0.01 0.07 0.37 0.14 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.17 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.07 0.00 0.04 0.12 0.21 0.23 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.03 0.06 0.15 0.01 0.06 0.00 0.01 0.15 0.06 0.06
C5 0.03 0.01 0.10 0.16 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.07 0.01 0.08 0.12 0.21 0.23 0.18
C5' 0.06 0.09 0.13 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.12 0.10 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.13 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.04 0.01 0.10 0.11 0.22 0.21 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.09 0.02 0.01 0.11 0.26 0.20 0.15
N3 0.02 0.00 0.08 0.16 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.09 0.01 0.06 0.12 0.22 0.20 0.15
O2 0.02 0.01 0.19 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.19 0.02 0.13 0.13 0.28 0.20 0.16
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.20 0.15 0.25 0.07 0.23 0.12 0.13 0.15 0.00 0.03 0.22 0.09 0.24 0.59 0.54 0.44
O3' 0.19 0.13 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.12 0.04 0.09 0.09 0.19 0.03 0.00 0.08 0.14 0.13 0.21 0.16 0.11
O4 0.02 0.01 0.06 0.19 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.08 0.00 0.04 0.13 0.21 0.26 0.19
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.02 0.10 0.01 0.06 0.13 0.09 0.14 0.04 0.00 0.07 0.12 0.13 0.10
O5' 0.12 0.12 0.29 0.07 0.12 0.01 0.12 0.01 0.11 0.11 0.12 0.13 0.24 0.13 0.13 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.32 0.25 0.59 0.37 0.21 0.15 0.21 0.06 0.22 0.26 0.22 0.28 0.59 0.21 0.21 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.20 0.46 0.14 0.23 0.06 0.23 0.02 0.21 0.20 0.20 0.20 0.54 0.16 0.26 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.15 0.43 0.18 0.17 0.06 0.18 0.02 0.15 0.15 0.15 0.16 0.44 0.11 0.19 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00