ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53836

back

Distances from reference structure (by RMSD)

9, 10, 2, 1, 2, 1, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.023, 0.040, 0.056, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.040 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.024, 0.044, 0.064, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.044 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.028, 0.049, 0.070, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.049 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.040, 0.064, 0.089, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.064 std_dev=0.025
O4 B 0, 0.057, 0.225, 0.393, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.225 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.012, 0.208, 0.403, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.208 std_dev=0.195
C2' B 0, 0.047, 0.264, 0.481, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.264 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.001, 0.250, 0.499, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.250 std_dev=0.249
N3 B 0, -0.008, 0.255, 0.518, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.255 std_dev=0.263
C6 B 0, -0.045, 0.271, 0.587, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.271 std_dev=0.316
C2 B 0, -0.040, 0.294, 0.628, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.294 std_dev=0.334
N1 B 0, -0.055, 0.282, 0.618, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.282 std_dev=0.336
C1' B 0, -0.048, 0.365, 0.778, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.365 std_dev=0.413
O2 B 0, -0.051, 0.385, 0.821, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.385 std_dev=0.436
O4' A 0, -0.173, 0.271, 0.715, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.271 std_dev=0.444
C2' A 0, -0.164, 0.346, 0.855, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.346 std_dev=0.510
O4' B 0, -0.071, 0.548, 1.167, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.548 std_dev=0.619
O5' B 0, 0.055, 0.701, 1.347, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.701 std_dev=0.646
C4' A 0, -0.246, 0.428, 1.102, 2.218 max_d=2.218 avg_d=0.428 std_dev=0.674
O2' B 0, -0.107, 0.569, 1.246, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.569 std_dev=0.676
O2' A 0, -0.066, 0.625, 1.316, 2.441 max_d=2.441 avg_d=0.625 std_dev=0.691
C3' A 0, -0.295, 0.413, 1.120, 2.253 max_d=2.253 avg_d=0.413 std_dev=0.707
C5' B 0, 0.010, 0.729, 1.449, 2.700 max_d=2.700 avg_d=0.729 std_dev=0.719
C4' B 0, -0.081, 0.665, 1.411, 2.493 max_d=2.493 avg_d=0.665 std_dev=0.746
C3' B 0, -0.110, 0.696, 1.502, 2.437 max_d=2.437 avg_d=0.696 std_dev=0.806
OP1 A 0, -0.218, 0.662, 1.542, 2.893 max_d=2.893 avg_d=0.662 std_dev=0.880
P A 0, -0.269, 0.627, 1.522, 2.958 max_d=2.958 avg_d=0.627 std_dev=0.896
O5' A 0, -0.278, 0.619, 1.516, 2.902 max_d=2.902 avg_d=0.619 std_dev=0.897
O3' A 0, -0.323, 0.576, 1.474, 2.842 max_d=2.842 avg_d=0.576 std_dev=0.898
P B 0, -0.081, 0.854, 1.790, 2.836 max_d=2.836 avg_d=0.854 std_dev=0.936
OP2 A 0, -0.267, 0.670, 1.607, 3.105 max_d=3.105 avg_d=0.670 std_dev=0.937
C5' A 0, -0.329, 0.620, 1.568, 3.099 max_d=3.099 avg_d=0.620 std_dev=0.949
OP2 B 0, -0.078, 0.882, 1.842, 3.000 max_d=3.000 avg_d=0.882 std_dev=0.960
OP1 B 0, -0.223, 1.163, 2.550, 3.941 max_d=3.941 avg_d=1.163 std_dev=1.387
O3' B 0, -0.375, 1.042, 2.459, 4.053 max_d=4.053 avg_d=1.042 std_dev=1.417

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.00 0.16 0.29 0.28 0.16
C2 0.03 0.00 0.30 0.21 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.16 0.24 0.29 0.30 0.30 0.23
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.16 0.14 0.17 0.24 0.29 0.10 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.31 0.61 0.40 0.40
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.19 0.00 0.25 0.01 0.27 0.23 0.24 0.18 0.30 0.26 0.16 0.02 0.00 0.02 0.18 0.29 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.15 0.19 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.13 0.24 0.27 0.27 0.17
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.16 0.08 0.12 0.05 0.12 0.05 0.24 0.02 0.00 0.02 0.10 0.20 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.06 0.06 0.24 0.24 0.23 0.14
C5' 0.06 0.22 0.16 0.01 0.13 0.01 0.10 0.00 0.13 0.11 0.19 0.20 0.11 0.09 0.05 0.08 0.17 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.11 0.26 0.24 0.24 0.17
C8 0.01 0.01 0.17 0.23 0.00 0.16 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.38 0.12 0.14 0.21 0.20 0.20 0.07
N1 0.03 0.00 0.24 0.24 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.19 0.29 0.28 0.27 0.21
N3 0.03 0.00 0.29 0.18 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.19 0.24 0.28 0.30 0.30 0.22
N6 0.02 0.01 0.10 0.30 0.02 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.13 0.07 0.25 0.22 0.21 0.15
N7 0.01 0.01 0.10 0.26 0.00 0.12 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.34 0.15 0.07 0.23 0.20 0.18 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.16 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.06 0.01 0.19 0.25 0.25 0.12
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.04 0.24 0.16 0.08 0.09 0.38 0.10 0.24 0.16 0.34 0.15 0.00 0.03 0.17 0.18 0.57 0.45 0.35
O3' 0.23 0.16 0.02 0.00 0.08 0.02 0.06 0.17 0.08 0.12 0.10 0.19 0.13 0.15 0.06 0.03 0.00 0.18 0.27 0.27 0.29 0.23
O4' 0.00 0.24 0.01 0.02 0.13 0.00 0.06 0.02 0.11 0.14 0.19 0.24 0.07 0.07 0.01 0.17 0.18 0.00 0.06 0.08 0.28 0.13
O5' 0.16 0.29 0.31 0.18 0.24 0.02 0.24 0.01 0.26 0.21 0.29 0.28 0.25 0.23 0.19 0.18 0.27 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.29 0.30 0.61 0.29 0.27 0.10 0.24 0.09 0.24 0.20 0.28 0.30 0.22 0.20 0.25 0.57 0.27 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.30 0.40 0.13 0.27 0.20 0.23 0.16 0.24 0.20 0.27 0.30 0.21 0.18 0.25 0.45 0.29 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.23 0.40 0.10 0.17 0.04 0.14 0.01 0.17 0.07 0.21 0.22 0.15 0.10 0.12 0.35 0.23 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.16 0.17 0.50 0.13 0.27 0.17 0.24 0.17 0.16 0.16 0.19 0.55 0.40 0.12 0.17 0.24 0.24 0.34 0.33
C2 0.27 0.24 0.23 0.31 0.15 0.22 0.24 0.21 0.28 0.25 0.20 0.30 0.59 0.22 0.13 0.26 0.22 0.49 0.38 0.32
C2' 0.24 0.33 0.17 0.37 0.29 0.15 0.22 0.16 0.22 0.25 0.36 0.37 0.62 0.25 0.34 0.20 0.17 0.25 0.38 0.31
C3' 0.43 0.46 0.34 0.35 0.53 0.34 0.52 0.41 0.48 0.45 0.49 0.43 0.72 0.28 0.58 0.43 0.42 0.43 0.36 0.42
C4 0.18 0.18 0.19 0.48 0.10 0.27 0.19 0.22 0.19 0.17 0.17 0.23 0.57 0.38 0.09 0.18 0.19 0.22 0.31 0.26
C4' 0.18 0.19 0.14 0.51 0.30 0.28 0.33 0.30 0.28 0.20 0.22 0.17 0.51 0.48 0.36 0.22 0.35 0.47 0.39 0.46
C5 0.16 0.19 0.19 0.55 0.05 0.34 0.17 0.26 0.17 0.14 0.18 0.26 0.56 0.51 0.08 0.20 0.22 0.24 0.36 0.27
C5' 0.23 0.24 0.18 0.66 0.36 0.42 0.40 0.44 0.33 0.25 0.27 0.23 0.42 0.70 0.43 0.32 0.48 0.63 0.48 0.59
C6 0.18 0.21 0.21 0.49 0.05 0.30 0.21 0.23 0.22 0.15 0.18 0.31 0.59 0.43 0.09 0.20 0.19 0.43 0.46 0.33
C8 0.14 0.17 0.16 0.64 0.09 0.40 0.13 0.35 0.13 0.13 0.16 0.21 0.51 0.64 0.10 0.24 0.33 0.31 0.35 0.38
N1 0.26 0.22 0.23 0.34 0.10 0.23 0.25 0.21 0.28 0.23 0.17 0.32 0.61 0.24 0.10 0.24 0.23 0.58 0.46 0.38
N3 0.23 0.22 0.21 0.38 0.15 0.22 0.22 0.19 0.24 0.22 0.20 0.27 0.58 0.24 0.14 0.22 0.18 0.32 0.31 0.25
N6 0.15 0.23 0.20 0.57 0.08 0.37 0.20 0.27 0.20 0.11 0.20 0.35 0.56 0.60 0.11 0.22 0.20 0.53 0.58 0.40
N7 0.15 0.19 0.16 0.66 0.09 0.43 0.12 0.37 0.12 0.13 0.18 0.25 0.51 0.70 0.11 0.27 0.32 0.24 0.35 0.34
N9 0.15 0.16 0.17 0.54 0.10 0.31 0.16 0.26 0.16 0.15 0.16 0.20 0.55 0.47 0.09 0.18 0.25 0.22 0.32 0.31
O2' 0.30 0.23 0.31 0.63 0.32 0.46 0.47 0.50 0.42 0.31 0.23 0.23 0.48 0.45 0.32 0.39 0.55 0.63 0.85 0.74
O3' 0.29 0.29 0.21 0.31 0.36 0.26 0.39 0.36 0.36 0.31 0.31 0.26 0.55 0.22 0.39 0.34 0.37 0.40 0.34 0.38
O4' 0.16 0.18 0.21 0.60 0.12 0.34 0.18 0.30 0.15 0.14 0.16 0.25 0.49 0.57 0.14 0.19 0.31 0.39 0.37 0.42
O5' 0.19 0.22 0.23 0.62 0.31 0.33 0.34 0.30 0.26 0.21 0.25 0.24 0.52 0.72 0.39 0.21 0.33 0.55 0.39 0.44
OP1 0.30 0.29 0.24 0.85 0.30 0.61 0.33 0.60 0.31 0.29 0.28 0.30 0.30 1.00 0.32 0.44 0.62 0.95 0.63 0.77
OP2 0.33 0.37 0.24 0.83 0.45 0.60 0.47 0.57 0.40 0.36 0.39 0.37 0.33 1.05 0.49 0.46 0.58 0.82 0.56 0.68
P 0.23 0.26 0.18 0.75 0.34 0.51 0.37 0.50 0.30 0.25 0.28 0.27 0.40 0.92 0.39 0.35 0.51 0.77 0.52 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.32 0.02 0.00 0.19 0.56 0.23 0.25
C2 0.02 0.00 0.18 0.20 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.19 0.01 0.12 0.16 0.36 0.17 0.14
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.20 0.16 0.02 0.13 0.30 0.00 0.03 0.04 0.01 0.43 1.02 0.67 0.68
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.32 0.00 0.32 0.01 0.28 0.19 0.26 0.14 0.02 0.01 0.33 0.02 0.05 0.64 0.27 0.26
C4 0.02 0.01 0.04 0.32 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.10 0.01 0.03 0.17 0.21 0.25 0.20
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.16 0.06 0.03 0.09 0.28 0.03 0.09 0.00 0.01 0.34 0.14 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.32 0.01 0.15 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.17 0.01 0.09 0.19 0.20 0.25 0.21
C5' 0.08 0.10 0.20 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.10 0.14 0.08 0.20 0.11 0.01 0.01 0.11 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.28 0.01 0.16 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.11 0.02 0.13 0.16 0.23 0.17 0.14
N1 0.00 0.01 0.02 0.19 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.12 0.02 0.01 0.15 0.37 0.16 0.14
N3 0.01 0.00 0.13 0.26 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.10 0.01 0.09 0.16 0.27 0.20 0.14
O2 0.03 0.01 0.30 0.14 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.34 0.02 0.19 0.17 0.45 0.17 0.17
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.30 0.28 0.39 0.08 0.36 0.18 0.17 0.18 0.00 0.03 0.33 0.19 0.31 1.05 0.78 0.67
O3' 0.32 0.19 0.03 0.01 0.10 0.03 0.17 0.20 0.11 0.12 0.10 0.34 0.03 0.00 0.12 0.24 0.25 0.28 0.38 0.14
O4 0.02 0.01 0.04 0.33 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.33 0.12 0.00 0.04 0.18 0.23 0.30 0.24
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.09 0.19 0.19 0.24 0.04 0.00 0.05 0.24 0.15 0.05
O5' 0.19 0.16 0.43 0.05 0.17 0.01 0.19 0.01 0.16 0.15 0.16 0.17 0.31 0.25 0.18 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.56 0.36 1.02 0.64 0.21 0.34 0.20 0.11 0.23 0.37 0.27 0.45 1.05 0.28 0.23 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.17 0.67 0.27 0.25 0.14 0.25 0.08 0.17 0.16 0.20 0.17 0.78 0.38 0.30 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.14 0.68 0.26 0.20 0.09 0.21 0.01 0.14 0.14 0.14 0.17 0.67 0.14 0.24 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00