ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53839

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 8, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.018, 0.029, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.021, 0.037, 0.053, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.037 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.020, 0.036, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.036 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.022, 0.039, 0.056, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.039 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.030, 0.057, 0.084, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.057 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.035, 0.065, 0.096, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.065 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.046, 0.081, 0.116, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.081 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.043, 0.079, 0.114, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.079 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.060, 0.110, 0.159, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.110 std_dev=0.050
N1 B 0, 0.343, 0.570, 0.797, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.570 std_dev=0.227
C1' B 0, 0.319, 0.547, 0.775, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.547 std_dev=0.228
C6 B 0, 0.242, 0.474, 0.705, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.474 std_dev=0.231
O2' A 0, 0.312, 0.565, 0.817, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.565 std_dev=0.253
C5 B 0, 0.301, 0.555, 0.808, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.555 std_dev=0.253
C4 B 0, 0.427, 0.699, 0.970, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.699 std_dev=0.272
C2 B 0, 0.528, 0.828, 1.128, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.828 std_dev=0.300
O4 B 0, 0.477, 0.790, 1.103, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.790 std_dev=0.313
N3 B 0, 0.546, 0.860, 1.174, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.860 std_dev=0.314
C2' A 0, 0.437, 0.781, 1.125, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.781 std_dev=0.344
O4' B 0, 0.444, 0.822, 1.201, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.822 std_dev=0.378
O4' A 0, 0.472, 0.863, 1.254, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.863 std_dev=0.391
C3' B 0, 0.599, 0.998, 1.397, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.998 std_dev=0.399
O2 B 0, 0.656, 1.055, 1.454, 1.471 max_d=1.471 avg_d=1.055 std_dev=0.399
C2' B 0, 0.500, 0.919, 1.338, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.919 std_dev=0.419
C4' B 0, 0.582, 1.061, 1.539, 1.661 max_d=1.661 avg_d=1.061 std_dev=0.479
O5' B 0, 0.840, 1.387, 1.935, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.387 std_dev=0.548
C5' B 0, 0.842, 1.392, 1.941, 1.972 max_d=1.972 avg_d=1.392 std_dev=0.550
C4' A 0, 0.725, 1.317, 1.908, 1.821 max_d=1.821 avg_d=1.317 std_dev=0.592
C3' A 0, 0.747, 1.346, 1.945, 1.855 max_d=1.855 avg_d=1.346 std_dev=0.599
OP2 B 0, 0.421, 1.086, 1.751, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.086 std_dev=0.665
P B 0, 0.375, 1.049, 1.723, 3.253 max_d=3.253 avg_d=1.049 std_dev=0.674
O2' B 0, 1.114, 1.793, 2.472, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.793 std_dev=0.679
O3' B 0, 1.150, 1.921, 2.692, 2.904 max_d=2.904 avg_d=1.921 std_dev=0.771
O5' A 0, 1.041, 1.821, 2.601, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.821 std_dev=0.780
C5' A 0, 1.135, 2.017, 2.898, 2.735 max_d=2.735 avg_d=2.017 std_dev=0.882
P A 0, 1.104, 1.997, 2.889, 3.161 max_d=3.161 avg_d=1.997 std_dev=0.893
O3' A 0, 1.177, 2.115, 3.054, 2.956 max_d=2.956 avg_d=2.115 std_dev=0.939
OP1 A 0, 1.048, 2.000, 2.951, 3.746 max_d=3.746 avg_d=2.000 std_dev=0.952
OP2 A 0, 1.219, 2.177, 3.135, 3.337 max_d=3.337 avg_d=2.177 std_dev=0.958
OP1 B 0, 0.992, 1.979, 2.966, 4.811 max_d=4.811 avg_d=1.979 std_dev=0.987

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.16 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.30 0.28 0.01 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.40 0.19 0.19 0.23 0.25 0.20
C2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.17 0.03 0.12 0.01 0.18 0.09 0.25 0.28 0.15 0.04 0.04 0.00 0.06 0.01 0.04 0.25 0.06 0.09
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.18 0.00 0.16 0.01 0.21 0.11 0.26 0.25 0.19 0.11 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.23 0.06 0.07
C4 0.01 0.01 0.17 0.18 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.24 0.10 0.16 0.23 0.20 0.16
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.09 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.12 0.16 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.22 0.07 0.18 0.29 0.25 0.21
C5' 0.03 0.15 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.15 0.08 0.16 0.12 0.16 0.10 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.18 0.21 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.29 0.11 0.20 0.30 0.30 0.24
C8 0.01 0.01 0.09 0.11 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.10 0.14 0.29 0.18 0.16
N1 0.02 0.00 0.25 0.26 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.37 0.16 0.20 0.27 0.29 0.23
N3 0.02 0.00 0.28 0.25 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.35 0.17 0.16 0.21 0.20 0.17
N6 0.01 0.00 0.15 0.19 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.28 0.10 0.22 0.33 0.33 0.27
N7 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.03 0.17 0.32 0.25 0.20
N9 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.12 0.22 0.14 0.12
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.10 0.09 0.06 0.08 0.11 0.08 0.18 0.20 0.09 0.04 0.01 0.00 0.08 0.04 0.04 0.14 0.04 0.04
O3' 0.04 0.40 0.06 0.01 0.24 0.02 0.22 0.03 0.29 0.12 0.37 0.35 0.28 0.14 0.11 0.08 0.00 0.02 0.07 0.26 0.11 0.10
O4' 0.00 0.19 0.01 0.02 0.10 0.00 0.07 0.01 0.11 0.10 0.16 0.17 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.08 0.07
O5' 0.08 0.19 0.04 0.04 0.16 0.01 0.18 0.01 0.20 0.14 0.20 0.16 0.22 0.17 0.12 0.04 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.23 0.25 0.23 0.23 0.06 0.29 0.06 0.30 0.29 0.27 0.21 0.33 0.32 0.22 0.14 0.26 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.25 0.06 0.06 0.20 0.02 0.25 0.01 0.30 0.18 0.29 0.20 0.33 0.25 0.14 0.04 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.20 0.09 0.07 0.16 0.01 0.21 0.01 0.24 0.16 0.23 0.17 0.27 0.20 0.12 0.04 0.10 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.30 0.13 0.20 0.21 0.13 0.23 0.21 0.20 0.17 0.34 0.40 0.42 0.20 0.23 0.12 0.29 0.53 0.41 0.35
C2 0.17 0.41 0.11 0.21 0.21 0.13 0.22 0.18 0.20 0.19 0.42 0.57 0.38 0.21 0.21 0.14 0.29 0.58 0.42 0.36
C2' 0.36 0.52 0.30 0.22 0.42 0.28 0.29 0.37 0.29 0.38 0.56 0.61 0.55 0.22 0.44 0.30 0.25 0.50 0.38 0.31
C3' 0.51 0.70 0.43 0.32 0.69 0.43 0.52 0.53 0.48 0.56 0.77 0.76 0.64 0.29 0.77 0.46 0.33 0.53 0.40 0.37
C4 0.14 0.32 0.12 0.21 0.18 0.12 0.22 0.18 0.20 0.16 0.36 0.44 0.42 0.20 0.18 0.10 0.31 0.57 0.44 0.37
C4' 0.29 0.49 0.21 0.23 0.51 0.24 0.39 0.37 0.33 0.35 0.57 0.55 0.45 0.23 0.60 0.26 0.24 0.50 0.37 0.32
C5 0.14 0.33 0.15 0.22 0.18 0.13 0.18 0.16 0.18 0.16 0.37 0.43 0.46 0.23 0.18 0.10 0.34 0.59 0.47 0.41
C5' 0.27 0.48 0.17 0.30 0.57 0.27 0.45 0.40 0.36 0.35 0.59 0.53 0.38 0.34 0.68 0.25 0.24 0.47 0.35 0.32
C6 0.16 0.39 0.14 0.21 0.18 0.12 0.15 0.14 0.16 0.18 0.40 0.49 0.47 0.21 0.17 0.09 0.35 0.62 0.48 0.42
C8 0.14 0.27 0.18 0.24 0.21 0.15 0.21 0.19 0.19 0.15 0.32 0.35 0.45 0.27 0.23 0.13 0.33 0.57 0.46 0.40
N1 0.18 0.44 0.10 0.21 0.20 0.13 0.18 0.15 0.17 0.20 0.43 0.59 0.41 0.21 0.19 0.12 0.32 0.61 0.44 0.39
N3 0.16 0.35 0.10 0.20 0.19 0.13 0.23 0.19 0.20 0.17 0.38 0.49 0.39 0.19 0.20 0.13 0.29 0.56 0.42 0.35
N6 0.18 0.38 0.21 0.23 0.20 0.14 0.08 0.15 0.12 0.20 0.37 0.47 0.52 0.25 0.18 0.11 0.39 0.67 0.52 0.47
N7 0.14 0.29 0.20 0.24 0.22 0.15 0.19 0.18 0.19 0.16 0.33 0.36 0.47 0.29 0.22 0.14 0.36 0.60 0.50 0.44
N9 0.14 0.29 0.14 0.22 0.20 0.13 0.22 0.19 0.20 0.16 0.33 0.39 0.43 0.22 0.21 0.11 0.31 0.55 0.44 0.37
O2' 0.26 0.38 0.20 0.19 0.26 0.21 0.23 0.31 0.22 0.26 0.40 0.49 0.45 0.18 0.26 0.22 0.24 0.48 0.38 0.30
O3' 0.68 0.88 0.57 0.44 0.86 0.60 0.66 0.70 0.63 0.73 0.95 0.95 0.76 0.40 0.94 0.65 0.45 0.58 0.46 0.45
O4' 0.14 0.31 0.11 0.25 0.30 0.14 0.26 0.24 0.22 0.18 0.38 0.40 0.38 0.28 0.37 0.12 0.26 0.52 0.38 0.33
O5' 0.27 0.48 0.17 0.33 0.59 0.30 0.47 0.42 0.37 0.36 0.59 0.51 0.36 0.38 0.70 0.26 0.25 0.46 0.35 0.32
OP1 0.26 0.39 0.17 0.41 0.50 0.37 0.44 0.48 0.36 0.32 0.48 0.41 0.30 0.49 0.60 0.30 0.33 0.46 0.39 0.37
OP2 0.30 0.49 0.21 0.40 0.64 0.38 0.55 0.49 0.43 0.39 0.60 0.50 0.33 0.50 0.74 0.31 0.31 0.48 0.37 0.36
P 0.28 0.48 0.20 0.37 0.60 0.35 0.51 0.47 0.40 0.37 0.58 0.50 0.36 0.45 0.71 0.29 0.29 0.47 0.36 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.01 0.00 0.21 0.48 0.31 0.28
C2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.16 0.01 0.06 0.25 0.48 0.36 0.28
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.09 0.11 0.02 0.07 0.16 0.00 0.02 0.04 0.01 0.22 0.71 0.47 0.46
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.16 0.00 0.19 0.02 0.18 0.09 0.11 0.09 0.01 0.01 0.16 0.03 0.08 0.49 0.12 0.20
C4 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.10 0.00 0.03 0.28 0.47 0.41 0.30
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.07 0.05 0.15 0.02 0.12 0.00 0.01 0.25 0.08 0.09
C5 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.14 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.16 0.01 0.05 0.28 0.46 0.41 0.32
C5' 0.05 0.16 0.09 0.02 0.28 0.01 0.30 0.00 0.25 0.16 0.22 0.11 0.08 0.13 0.30 0.01 0.01 0.17 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.18 0.01 0.13 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.15 0.01 0.06 0.27 0.46 0.38 0.31
N1 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.02 0.25 0.47 0.35 0.29
N3 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.07 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.11 0.01 0.05 0.27 0.47 0.39 0.28
O2 0.02 0.01 0.16 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.27 0.01 0.10 0.24 0.48 0.35 0.27
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.18 0.15 0.21 0.08 0.19 0.11 0.16 0.18 0.00 0.05 0.20 0.09 0.11 0.66 0.49 0.40
O3' 0.16 0.16 0.02 0.01 0.10 0.02 0.16 0.13 0.15 0.09 0.11 0.27 0.05 0.00 0.11 0.09 0.21 0.25 0.19 0.07
O4 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.12 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.11 0.00 0.04 0.28 0.46 0.42 0.30
O4' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.10 0.09 0.09 0.04 0.00 0.19 0.28 0.19 0.18
O5' 0.21 0.25 0.22 0.08 0.28 0.01 0.28 0.01 0.27 0.25 0.27 0.24 0.11 0.21 0.28 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.48 0.48 0.71 0.49 0.47 0.25 0.46 0.17 0.46 0.47 0.47 0.48 0.66 0.25 0.46 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.36 0.47 0.12 0.41 0.08 0.41 0.10 0.38 0.35 0.39 0.35 0.49 0.19 0.42 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.28 0.46 0.20 0.30 0.09 0.32 0.01 0.31 0.29 0.28 0.27 0.40 0.07 0.30 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00