ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53841

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.018, 0.032, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.016, 0.034, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.011, 0.036, 0.060, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.007, 0.033, 0.058, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.012, 0.038, 0.065, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.038 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.009, 0.040, 0.071, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.040 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.013, 0.044, 0.076, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.044 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.015, 0.047, 0.079, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.047 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.019, 0.053, 0.086, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.053 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.085, 0.135, 0.185, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.135 std_dev=0.050
C4 B 0, 0.293, 0.530, 0.766, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.530 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.368, 0.608, 0.847, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.608 std_dev=0.240
O4 B 0, 0.337, 0.583, 0.828, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.583 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.291, 0.541, 0.791, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.541 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.336, 0.589, 0.842, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.589 std_dev=0.253
C2 B 0, 0.381, 0.666, 0.950, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.666 std_dev=0.284
C5 B 0, 0.241, 0.527, 0.813, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.527 std_dev=0.286
C1' B 0, 0.366, 0.665, 0.965, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.665 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.411, 0.729, 1.048, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.729 std_dev=0.318
C2' B 0, 0.438, 0.759, 1.080, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.759 std_dev=0.321
O4' A 0, 0.230, 0.558, 0.886, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.558 std_dev=0.328
O2 B 0, 0.476, 0.850, 1.223, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.850 std_dev=0.373
O3' A 0, 0.234, 0.633, 1.033, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.633 std_dev=0.400
C3' A 0, 0.286, 0.689, 1.093, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.689 std_dev=0.404
C2' A 0, 0.194, 0.600, 1.006, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.600 std_dev=0.406
C4' A 0, 0.346, 0.783, 1.220, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.783 std_dev=0.437
O4' B 0, 0.741, 1.237, 1.733, 1.886 max_d=1.886 avg_d=1.237 std_dev=0.496
O5' B 0, 0.713, 1.229, 1.745, 1.952 max_d=1.952 avg_d=1.229 std_dev=0.516
C3' B 0, 0.773, 1.328, 1.884, 2.047 max_d=2.047 avg_d=1.328 std_dev=0.555
C4' B 0, 0.920, 1.536, 2.152, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.536 std_dev=0.616
O2' A 0, 0.334, 0.965, 1.595, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.965 std_dev=0.631
P B 0, 0.902, 1.549, 2.196, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.549 std_dev=0.647
OP2 B 0, 0.922, 1.578, 2.235, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.578 std_dev=0.657
O3' B 0, 1.075, 1.800, 2.525, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.800 std_dev=0.725
OP1 B 0, 1.053, 1.799, 2.544, 2.548 max_d=2.548 avg_d=1.799 std_dev=0.745
C5' A 0, 0.615, 1.388, 2.161, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.388 std_dev=0.773
C5' B 0, 1.321, 2.159, 2.998, 3.068 max_d=3.068 avg_d=2.159 std_dev=0.838
O5' A 0, 0.237, 1.229, 2.221, 3.670 max_d=3.670 avg_d=1.229 std_dev=0.992
OP2 A 0, 0.305, 1.500, 2.696, 4.597 max_d=4.597 avg_d=1.500 std_dev=1.195
P A 0, 0.353, 1.766, 3.178, 5.617 max_d=5.617 avg_d=1.766 std_dev=1.412
OP1 A 0, 0.656, 2.404, 4.153, 7.197 max_d=7.197 avg_d=2.404 std_dev=1.748

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.04 0.01 0.02 0.17 0.00 0.35 0.85 0.21 0.38
C2 0.07 0.00 0.27 0.18 0.01 0.13 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.12 0.19 0.49 1.16 0.30 0.57
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.13 0.02 0.05 0.15 0.11 0.17 0.20 0.28 0.07 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.42 0.57 0.33 0.34
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.12 0.08 0.17 0.17 0.11 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.34 0.43 0.35 0.22
C4 0.04 0.01 0.13 0.10 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.08 0.10 0.55 1.26 0.36 0.67
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.13 0.09 0.14 0.05 0.12 0.03 0.09 0.04 0.01 0.02 0.42 0.21 0.09
C5 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.08 0.06 0.69 1.56 0.55 0.91
C5' 0.06 0.07 0.15 0.02 0.09 0.01 0.17 0.00 0.15 0.24 0.10 0.06 0.21 0.25 0.12 0.06 0.06 0.01 0.01 0.27 0.31 0.02
C6 0.04 0.00 0.11 0.12 0.02 0.04 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.08 0.08 0.68 1.59 0.57 0.92
C8 0.03 0.01 0.17 0.08 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.14 0.13 0.76 1.59 0.58 0.97
N1 0.06 0.00 0.20 0.17 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.10 0.15 0.59 1.39 0.44 0.75
N3 0.07 0.00 0.28 0.17 0.00 0.14 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.10 0.20 0.44 1.05 0.23 0.49
N6 0.03 0.01 0.07 0.11 0.02 0.05 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.07 0.06 0.76 1.77 0.71 1.07
N7 0.04 0.01 0.12 0.08 0.01 0.12 0.00 0.25 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.23 0.12 0.10 0.80 1.76 0.69 1.08
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.12 0.02 0.56 1.22 0.36 0.66
O2' 0.02 0.30 0.01 0.01 0.10 0.09 0.09 0.06 0.08 0.26 0.19 0.31 0.10 0.23 0.09 0.00 0.08 0.05 0.44 0.55 0.36 0.37
O3' 0.17 0.12 0.02 0.01 0.08 0.04 0.08 0.06 0.08 0.14 0.10 0.10 0.07 0.12 0.12 0.08 0.00 0.16 0.28 0.49 0.30 0.26
O4' 0.00 0.19 0.02 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.08 0.13 0.15 0.20 0.06 0.10 0.02 0.05 0.16 0.00 0.34 0.84 0.26 0.38
O5' 0.35 0.49 0.42 0.34 0.55 0.02 0.69 0.01 0.68 0.76 0.59 0.44 0.76 0.80 0.56 0.44 0.28 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.85 1.16 0.57 0.43 1.26 0.42 1.56 0.27 1.59 1.59 1.39 1.05 1.77 1.76 1.22 0.55 0.49 0.84 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.30 0.33 0.35 0.36 0.21 0.55 0.31 0.57 0.58 0.44 0.23 0.71 0.69 0.36 0.36 0.30 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.57 0.34 0.22 0.67 0.09 0.91 0.02 0.92 0.97 0.75 0.49 1.07 1.08 0.66 0.37 0.26 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.22 0.24 0.20 0.23 0.15 0.09 0.17 0.10 0.12 0.27 0.26 0.29 0.29 0.29 0.16 0.10 0.20 0.16 0.10
C2 0.09 0.18 0.09 0.08 0.09 0.09 0.21 0.13 0.18 0.09 0.20 0.27 0.10 0.09 0.14 0.10 0.17 0.27 0.26 0.20
C2' 0.29 0.22 0.36 0.35 0.20 0.33 0.14 0.32 0.17 0.22 0.22 0.26 0.37 0.39 0.28 0.32 0.27 0.27 0.18 0.22
C3' 0.20 0.18 0.37 0.37 0.30 0.27 0.27 0.26 0.21 0.16 0.25 0.18 0.42 0.52 0.37 0.16 0.22 0.34 0.27 0.22
C4 0.11 0.22 0.12 0.09 0.13 0.10 0.13 0.10 0.16 0.11 0.26 0.30 0.14 0.09 0.18 0.12 0.11 0.18 0.10 0.09
C4' 0.41 0.18 0.58 0.60 0.18 0.52 0.22 0.50 0.31 0.28 0.15 0.20 0.67 0.76 0.25 0.38 0.41 0.52 0.30 0.38
C5 0.13 0.25 0.12 0.14 0.10 0.13 0.17 0.12 0.18 0.13 0.25 0.35 0.13 0.15 0.13 0.14 0.12 0.14 0.10 0.09
C5' 0.73 0.44 0.86 0.88 0.29 0.84 0.42 0.79 0.58 0.58 0.32 0.46 0.95 1.02 0.23 0.72 0.66 0.70 0.41 0.59
C6 0.11 0.22 0.13 0.15 0.12 0.11 0.21 0.08 0.18 0.11 0.22 0.35 0.14 0.19 0.15 0.11 0.11 0.14 0.14 0.09
C8 0.16 0.25 0.18 0.15 0.14 0.19 0.09 0.24 0.14 0.15 0.25 0.32 0.21 0.13 0.16 0.20 0.22 0.19 0.23 0.20
N1 0.09 0.18 0.10 0.10 0.11 0.08 0.23 0.08 0.19 0.09 0.19 0.30 0.12 0.13 0.16 0.09 0.14 0.21 0.22 0.16
N3 0.10 0.19 0.11 0.10 0.12 0.10 0.15 0.13 0.17 0.09 0.24 0.27 0.13 0.11 0.19 0.10 0.16 0.26 0.20 0.18
N6 0.13 0.22 0.19 0.22 0.16 0.15 0.21 0.11 0.17 0.12 0.20 0.38 0.20 0.28 0.19 0.13 0.12 0.12 0.13 0.08
N7 0.17 0.27 0.16 0.21 0.11 0.21 0.13 0.22 0.16 0.16 0.25 0.37 0.16 0.22 0.13 0.20 0.20 0.18 0.17 0.17
N9 0.13 0.23 0.17 0.11 0.16 0.12 0.08 0.15 0.14 0.13 0.26 0.29 0.21 0.14 0.20 0.15 0.12 0.16 0.12 0.10
O2' 0.63 0.55 0.54 0.55 0.42 0.65 0.48 0.65 0.58 0.59 0.48 0.57 0.52 0.46 0.35 0.73 0.63 0.47 0.55 0.58
O3' 0.09 0.24 0.27 0.29 0.38 0.18 0.29 0.22 0.15 0.14 0.34 0.24 0.33 0.49 0.47 0.15 0.22 0.36 0.39 0.28
O4' 0.30 0.14 0.47 0.46 0.16 0.39 0.13 0.38 0.23 0.19 0.18 0.18 0.55 0.60 0.25 0.27 0.31 0.39 0.24 0.27
O5' 1.14 0.96 1.35 1.24 0.78 1.05 0.81 0.83 0.94 1.01 0.85 0.99 1.47 1.41 0.70 0.97 0.78 0.52 0.59 0.60
OP1 2.01 1.86 2.31 1.90 1.42 1.60 1.34 1.04 1.53 1.82 1.67 2.02 2.59 2.01 1.28 1.65 0.83 0.26 0.42 0.41
OP2 1.30 1.03 1.49 1.31 0.71 1.21 0.73 0.89 0.91 1.07 0.85 1.14 1.78 1.57 0.59 1.15 0.73 0.52 0.44 0.53
P 1.67 1.39 1.92 1.74 1.01 1.54 1.02 1.13 1.24 1.44 1.20 1.50 2.15 1.99 0.86 1.47 0.91 0.45 0.37 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.11 0.08 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.12 0.02 0.08 0.11 0.09 0.16 0.10
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.11 0.02 0.08 0.18 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.12 0.12 0.07
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.02 0.13 0.04 0.08 0.14 0.01 0.01 0.10 0.01 0.11 0.16 0.14 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.11 0.01 0.03 0.14 0.17 0.26 0.18
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.05 0.06 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.09 0.06 0.02
C5 0.01 0.02 0.09 0.13 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.15 0.02 0.06 0.13 0.16 0.25 0.17
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.14 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.12 0.10 0.04 0.03 0.16 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.13 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.02 0.08 0.10 0.10 0.17 0.13
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.07 0.13 0.08
N3 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.11 0.01 0.06 0.12 0.13 0.22 0.15
O2 0.04 0.00 0.18 0.14 0.03 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.03 0.00 0.19 0.20 0.05 0.13 0.12 0.10 0.14 0.11
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.08 0.01 0.08 0.19 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.11 0.11 0.06
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.11 0.01 0.15 0.03 0.15 0.04 0.11 0.20 0.03 0.00 0.13 0.01 0.18 0.24 0.19 0.18
O4 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.08 0.02 0.16 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.13 0.00 0.03 0.16 0.22 0.30 0.22
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.13 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.14 0.11 0.12
O5' 0.05 0.11 0.06 0.11 0.14 0.02 0.13 0.01 0.10 0.09 0.12 0.12 0.06 0.18 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.09 0.12 0.16 0.17 0.09 0.16 0.11 0.10 0.07 0.13 0.10 0.11 0.24 0.22 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.16 0.12 0.14 0.26 0.06 0.25 0.04 0.17 0.13 0.22 0.14 0.11 0.19 0.30 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.07 0.11 0.18 0.02 0.17 0.01 0.13 0.08 0.15 0.11 0.06 0.18 0.22 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00