ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53843

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.020, 0.033, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.033 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.025, 0.041, 0.057, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.041 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.033 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.014, 0.036, 0.057, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.017, 0.044, 0.070, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.044 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.301, 0.517, 0.733, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.517 std_dev=0.216
C2' A 0, 0.237, 0.455, 0.672, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.455 std_dev=0.218
O2' A 0, 0.318, 0.592, 0.865, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.592 std_dev=0.273
O2 B 0, 0.202, 0.481, 0.760, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.481 std_dev=0.279
C4' A 0, 0.396, 0.683, 0.969, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.683 std_dev=0.286
C2 B 0, 0.362, 0.650, 0.938, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.650 std_dev=0.288
C3' A 0, 0.394, 0.700, 1.005, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.700 std_dev=0.305
N3 B 0, 0.426, 0.743, 1.061, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.743 std_dev=0.318
O3' A 0, 0.441, 0.827, 1.214, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.827 std_dev=0.387
N1 B 0, 0.555, 0.955, 1.355, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.955 std_dev=0.400
C4 B 0, 0.528, 0.942, 1.357, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.942 std_dev=0.415
OP1 A 0, 0.561, 1.008, 1.455, 1.457 max_d=1.457 avg_d=1.008 std_dev=0.447
C3' B 0, 0.588, 1.049, 1.509, 1.560 max_d=1.560 avg_d=1.049 std_dev=0.461
C2' B 0, 0.628, 1.093, 1.557, 1.609 max_d=1.609 avg_d=1.093 std_dev=0.465
O3' B 0, 0.612, 1.093, 1.574, 1.652 max_d=1.652 avg_d=1.093 std_dev=0.481
OP2 B 0, 0.437, 0.919, 1.401, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.919 std_dev=0.482
C5 B 0, 0.656, 1.139, 1.622, 1.550 max_d=1.550 avg_d=1.139 std_dev=0.483
C1' B 0, 0.653, 1.137, 1.622, 1.672 max_d=1.672 avg_d=1.137 std_dev=0.485
C6 B 0, 0.701, 1.192, 1.683, 1.594 max_d=1.594 avg_d=1.192 std_dev=0.491
O4 B 0, 0.607, 1.101, 1.595, 1.782 max_d=1.782 avg_d=1.101 std_dev=0.494
P A 0, 0.545, 1.044, 1.542, 1.608 max_d=1.608 avg_d=1.044 std_dev=0.499
C5' A 0, 0.665, 1.168, 1.672, 1.639 max_d=1.639 avg_d=1.168 std_dev=0.503
O5' A 0, 0.633, 1.141, 1.650, 1.626 max_d=1.626 avg_d=1.141 std_dev=0.508
OP1 B 0, 0.566, 1.087, 1.609, 1.684 max_d=1.684 avg_d=1.087 std_dev=0.521
O5' B 0, 0.607, 1.157, 1.706, 1.767 max_d=1.767 avg_d=1.157 std_dev=0.549
OP2 A 0, 0.597, 1.158, 1.720, 1.806 max_d=1.806 avg_d=1.158 std_dev=0.562
P B 0, 0.525, 1.089, 1.652, 1.730 max_d=1.730 avg_d=1.089 std_dev=0.563
C4' B 0, 0.657, 1.230, 1.802, 1.891 max_d=1.891 avg_d=1.230 std_dev=0.572
C5' B 0, 0.585, 1.173, 1.760, 1.863 max_d=1.863 avg_d=1.173 std_dev=0.588
O4' B 0, 0.719, 1.308, 1.897, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.308 std_dev=0.589
O2' B 0, 0.797, 1.388, 1.980, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.388 std_dev=0.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.16 0.06 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.04 0.11 0.15 0.11 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.07 0.09 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.13 0.03 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.07 0.08 0.08 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.12 0.15 0.11 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.03 0.02 0.06 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.03 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.16 0.17 0.15 0.14
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.13 0.08 0.05 0.13 0.14 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.03 0.17 0.18 0.16 0.16
C8 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.17 0.15 0.13 0.12
N1 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.03 0.14 0.17 0.14 0.14
N3 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.04 0.09 0.14 0.09 0.09
N6 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.03 0.19 0.20 0.19 0.19
N7 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.19 0.17 0.17 0.17
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.15 0.09 0.08
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.09 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.14 0.04 0.05
O3' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.18 0.07 0.09
O5' 0.03 0.11 0.03 0.04 0.12 0.01 0.16 0.00 0.17 0.17 0.14 0.09 0.19 0.19 0.10 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.15 0.13 0.09 0.15 0.11 0.17 0.04 0.18 0.15 0.17 0.14 0.20 0.17 0.15 0.14 0.08 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.11 0.03 0.04 0.11 0.03 0.15 0.03 0.16 0.13 0.14 0.09 0.19 0.17 0.09 0.04 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.04 0.04 0.10 0.04 0.14 0.00 0.16 0.12 0.14 0.09 0.19 0.17 0.08 0.05 0.05 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.21 0.12 0.09 0.26 0.08 0.22 0.06 0.17 0.17 0.25 0.21 0.11 0.07 0.30 0.14 0.05 0.11 0.06 0.06
C2 0.10 0.17 0.10 0.09 0.13 0.10 0.08 0.12 0.10 0.10 0.21 0.22 0.11 0.10 0.19 0.14 0.14 0.19 0.20 0.18
C2' 0.14 0.23 0.12 0.09 0.31 0.08 0.28 0.06 0.21 0.19 0.28 0.22 0.11 0.06 0.36 0.13 0.08 0.14 0.09 0.09
C3' 0.11 0.21 0.10 0.08 0.30 0.07 0.28 0.07 0.21 0.18 0.26 0.19 0.09 0.06 0.33 0.08 0.08 0.14 0.09 0.10
C4 0.11 0.19 0.10 0.08 0.20 0.09 0.12 0.09 0.11 0.12 0.23 0.21 0.10 0.09 0.24 0.13 0.09 0.15 0.13 0.12
C4' 0.08 0.16 0.07 0.05 0.24 0.04 0.22 0.06 0.16 0.13 0.21 0.15 0.07 0.03 0.28 0.07 0.04 0.14 0.07 0.08
C5 0.13 0.19 0.12 0.12 0.15 0.12 0.10 0.12 0.12 0.13 0.21 0.22 0.13 0.13 0.17 0.13 0.13 0.17 0.15 0.15
C5' 0.04 0.13 0.05 0.02 0.21 0.05 0.20 0.09 0.15 0.11 0.18 0.11 0.05 0.02 0.25 0.04 0.06 0.13 0.06 0.09
C6 0.13 0.18 0.15 0.14 0.07 0.13 0.13 0.14 0.13 0.12 0.18 0.23 0.16 0.15 0.09 0.14 0.15 0.18 0.18 0.16
C8 0.15 0.21 0.12 0.11 0.22 0.12 0.20 0.13 0.19 0.18 0.23 0.21 0.11 0.11 0.22 0.15 0.14 0.18 0.14 0.15
N1 0.12 0.17 0.13 0.12 0.08 0.12 0.13 0.13 0.13 0.11 0.18 0.23 0.15 0.13 0.11 0.13 0.15 0.19 0.20 0.18
N3 0.10 0.18 0.09 0.08 0.18 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.22 0.21 0.10 0.07 0.25 0.14 0.11 0.18 0.17 0.15
N6 0.17 0.18 0.19 0.18 0.10 0.17 0.18 0.17 0.17 0.15 0.14 0.26 0.21 0.19 0.12 0.16 0.17 0.19 0.20 0.18
N7 0.16 0.20 0.14 0.15 0.17 0.15 0.15 0.16 0.16 0.16 0.21 0.22 0.14 0.16 0.17 0.16 0.17 0.19 0.16 0.17
N9 0.13 0.20 0.11 0.08 0.23 0.08 0.19 0.08 0.15 0.16 0.24 0.21 0.10 0.07 0.26 0.14 0.07 0.14 0.09 0.09
O2' 0.14 0.24 0.12 0.08 0.33 0.08 0.30 0.08 0.22 0.20 0.30 0.23 0.10 0.05 0.39 0.13 0.09 0.17 0.13 0.13
O3' 0.14 0.23 0.12 0.11 0.33 0.12 0.32 0.14 0.25 0.21 0.29 0.21 0.11 0.10 0.37 0.11 0.14 0.23 0.15 0.17
O4' 0.14 0.19 0.14 0.12 0.22 0.10 0.19 0.08 0.15 0.15 0.21 0.19 0.13 0.09 0.26 0.15 0.06 0.11 0.05 0.05
O5' 0.04 0.13 0.05 0.02 0.20 0.04 0.20 0.08 0.16 0.11 0.17 0.10 0.05 0.01 0.23 0.03 0.05 0.09 0.05 0.06
OP1 0.06 0.10 0.07 0.03 0.11 0.03 0.10 0.04 0.08 0.08 0.11 0.11 0.10 0.01 0.13 0.05 0.06 0.07 0.08 0.07
OP2 0.02 0.06 0.03 0.01 0.11 0.03 0.13 0.05 0.10 0.06 0.09 0.08 0.05 0.01 0.14 0.02 0.05 0.07 0.04 0.05
P 0.02 0.08 0.04 0.01 0.12 0.02 0.12 0.04 0.10 0.06 0.10 0.07 0.05 0.00 0.14 0.01 0.04 0.06 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.11 0.11 0.18 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.08 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.00 0.18 0.22 0.29 0.24
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.19 0.23 0.28 0.24
C5' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.04 0.03 0.01 0.14 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01 0.15 0.17 0.19 0.18
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.10 0.10 0.14 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.15 0.17 0.25 0.19
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.08 0.07 0.16 0.11
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.05 0.04 0.00 0.09 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03
O4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.19 0.26 0.33 0.27
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03
O5' 0.02 0.11 0.03 0.03 0.18 0.01 0.19 0.00 0.15 0.10 0.15 0.08 0.01 0.04 0.19 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.11 0.02 0.03 0.22 0.03 0.23 0.03 0.17 0.10 0.17 0.07 0.05 0.05 0.26 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.05 0.18 0.04 0.02 0.29 0.01 0.28 0.01 0.19 0.14 0.25 0.16 0.02 0.03 0.33 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.14 0.03 0.02 0.24 0.01 0.24 0.01 0.18 0.12 0.19 0.11 0.02 0.03 0.27 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00