ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53848

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.008, 0.038, 0.068, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.038 std_dev=0.030
N1 A 0, -0.002, 0.029, 0.060, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.029 std_dev=0.031
N1 B 0, 0.117, 0.374, 0.631, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.374 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.242, 0.528, 0.814, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.528 std_dev=0.286
C2 B 0, 0.164, 0.493, 0.823, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.493 std_dev=0.330
C1' B 0, 0.314, 0.756, 1.199, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.756 std_dev=0.443
O4' B 0, 0.307, 0.751, 1.196, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.751 std_dev=0.445
C5 B 0, 0.242, 0.698, 1.154, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.698 std_dev=0.456
O2 B 0, 0.277, 0.816, 1.356, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.816 std_dev=0.540
N3 B 0, 0.014, 0.564, 1.113, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.564 std_dev=0.550
C4' B 0, 0.467, 1.030, 1.594, 1.591 max_d=1.591 avg_d=1.030 std_dev=0.563
C4 B 0, 0.087, 0.695, 1.304, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.695 std_dev=0.609
C5' B 0, 0.601, 1.261, 1.920, 1.841 max_d=1.841 avg_d=1.261 std_dev=0.660
C2' B 0, 0.429, 1.214, 1.999, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.214 std_dev=0.785
C3' B 0, 0.626, 1.447, 2.269, 2.427 max_d=2.427 avg_d=1.447 std_dev=0.821
O4 B 0, 0.196, 1.041, 1.886, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.041 std_dev=0.845
O4' A 0, -0.156, 0.793, 1.741, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.793 std_dev=0.949
C4' A 0, -0.118, 0.890, 1.897, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.890 std_dev=1.008
C2' A 0, -0.145, 0.881, 1.906, 2.218 max_d=2.218 avg_d=0.881 std_dev=1.025
C3' A 0, -0.088, 0.959, 2.006, 2.619 max_d=2.619 avg_d=0.959 std_dev=1.047
O3' A 0, 0.023, 1.133, 2.243, 3.073 max_d=3.073 avg_d=1.133 std_dev=1.110
O2' B 0, 0.478, 1.612, 2.745, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.612 std_dev=1.134
O3' B 0, 0.659, 1.812, 2.965, 3.245 max_d=3.245 avg_d=1.812 std_dev=1.153
O5' B 0, 0.409, 1.639, 2.869, 3.428 max_d=3.428 avg_d=1.639 std_dev=1.230
O2' A 0, -0.266, 1.393, 3.053, 3.457 max_d=3.457 avg_d=1.393 std_dev=1.660
P B 0, 0.643, 2.756, 4.869, 5.764 max_d=5.764 avg_d=2.756 std_dev=2.113
C5' A 0, -0.324, 1.884, 4.093, 4.646 max_d=4.646 avg_d=1.884 std_dev=2.209
O5' A 0, 0.523, 3.115, 5.708, 6.730 max_d=6.730 avg_d=3.115 std_dev=2.593
OP1 B 0, 0.772, 3.401, 6.031, 7.178 max_d=7.178 avg_d=3.401 std_dev=2.630
OP2 B 0, 0.772, 3.620, 6.468, 7.068 max_d=7.068 avg_d=3.620 std_dev=2.848
P A 0, 0.047, 4.074, 8.101, 9.625 max_d=9.625 avg_d=4.074 std_dev=4.027
OP2 A 0, 0.341, 4.722, 9.103, 10.900 max_d=10.900 avg_d=4.722 std_dev=4.381
OP1 A 0, -0.499, 4.126, 8.751, 9.961 max_d=9.961 avg_d=4.126 std_dev=4.625

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.21 0.02 0.45 0.60 0.64 0.41
C2 0.04 0.00 0.54 0.63 0.03 0.43 0.02 0.66 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.59 0.59 0.42 0.30 1.19 0.56 0.54
C2' 0.00 0.54 0.00 0.01 0.26 0.03 0.11 0.17 0.23 0.26 0.42 0.53 0.14 0.14 0.01 0.00 0.03 0.01 0.58 0.56 0.77 0.54
C3' 0.03 0.63 0.01 0.00 0.31 0.01 0.18 0.03 0.32 0.17 0.52 0.60 0.24 0.06 0.05 0.02 0.02 0.03 0.34 0.33 0.49 0.30
C4 0.02 0.03 0.26 0.31 0.00 0.19 0.01 0.20 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.29 0.20 0.44 0.86 0.83 0.44
C4' 0.03 0.43 0.03 0.01 0.19 0.00 0.09 0.02 0.18 0.25 0.33 0.41 0.12 0.17 0.05 0.15 0.05 0.02 0.05 0.26 0.12 0.10
C5 0.02 0.02 0.11 0.18 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.19 0.06 0.68 0.93 1.17 0.67
C5' 0.08 0.66 0.17 0.03 0.20 0.02 0.09 0.00 0.18 0.56 0.47 0.60 0.10 0.44 0.16 0.13 0.14 0.03 0.02 0.10 0.06 0.05
C6 0.03 0.01 0.23 0.32 0.02 0.18 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.25 0.29 0.15 0.55 1.00 1.07 0.56
C8 0.02 0.02 0.26 0.17 0.01 0.25 0.01 0.56 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.42 0.25 0.27 1.13 1.11 1.54 1.13
N1 0.05 0.01 0.42 0.52 0.04 0.33 0.03 0.47 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.46 0.49 0.30 0.34 1.13 0.77 0.48
N3 0.03 0.01 0.53 0.60 0.01 0.41 0.00 0.60 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.56 0.55 0.43 0.27 1.05 0.51 0.47
N6 0.03 0.01 0.14 0.24 0.01 0.12 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.22 0.09 0.68 1.03 1.28 0.70
N7 0.03 0.02 0.14 0.06 0.01 0.17 0.00 0.44 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.30 0.17 0.18 1.06 1.10 1.59 1.09
N9 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.16 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.17 0.04 0.68 0.79 0.99 0.63
O2' 0.01 0.59 0.00 0.02 0.27 0.15 0.15 0.13 0.25 0.42 0.46 0.56 0.18 0.30 0.10 0.00 0.04 0.07 0.42 0.62 0.73 0.48
O3' 0.21 0.59 0.03 0.02 0.29 0.05 0.19 0.14 0.29 0.25 0.49 0.55 0.22 0.17 0.17 0.04 0.00 0.16 0.36 0.16 0.60 0.33
O4' 0.02 0.42 0.01 0.03 0.20 0.02 0.06 0.03 0.15 0.27 0.30 0.43 0.09 0.18 0.04 0.07 0.16 0.00 0.37 0.63 0.59 0.42
O5' 0.45 0.30 0.58 0.34 0.44 0.05 0.68 0.02 0.55 1.13 0.34 0.27 0.68 1.06 0.68 0.42 0.36 0.37 0.00 0.02 0.01 0.02
OP1 0.60 1.19 0.56 0.33 0.86 0.26 0.93 0.10 1.00 1.11 1.13 1.05 1.03 1.10 0.79 0.62 0.16 0.63 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.64 0.56 0.77 0.49 0.83 0.12 1.17 0.06 1.07 1.54 0.77 0.51 1.28 1.59 0.99 0.73 0.60 0.59 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.41 0.54 0.54 0.30 0.44 0.10 0.67 0.05 0.56 1.13 0.48 0.47 0.70 1.09 0.63 0.48 0.33 0.42 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.22 0.38 0.40 0.43 0.25 0.28 0.49 0.12 0.10 0.37 0.20 0.80 0.53 0.56 0.17 1.29 1.75 2.30 1.62
C2 0.11 0.16 0.13 0.28 0.11 0.24 0.24 0.37 0.20 0.10 0.19 0.28 0.43 0.21 0.16 0.19 0.87 1.27 1.63 0.98
C2' 0.61 0.34 0.81 0.56 0.25 0.44 0.46 0.41 0.59 0.49 0.24 0.30 1.12 0.63 0.14 0.48 1.42 1.47 2.67 1.74
C3' 0.47 0.11 0.78 0.66 0.14 0.36 0.13 0.14 0.33 0.28 0.10 0.09 1.11 0.78 0.34 0.34 1.13 1.48 2.30 1.49
C4 0.12 0.16 0.21 0.31 0.19 0.23 0.05 0.39 0.11 0.05 0.25 0.20 0.61 0.34 0.28 0.16 1.06 1.38 1.92 1.23
C4' 0.52 0.22 0.82 0.93 0.52 0.66 0.40 0.60 0.39 0.33 0.40 0.18 1.15 1.11 0.77 0.58 0.82 1.78 1.70 1.26
C5 0.16 0.07 0.15 0.28 0.04 0.22 0.14 0.34 0.17 0.10 0.09 0.13 0.53 0.29 0.09 0.17 0.96 1.19 1.80 1.10
C5' 1.08 0.53 1.38 1.58 0.70 1.30 0.79 1.15 0.88 0.79 0.53 0.46 1.65 1.79 0.94 1.17 0.38 1.72 0.91 0.81
C6 0.16 0.09 0.16 0.27 0.21 0.22 0.28 0.31 0.24 0.16 0.09 0.14 0.38 0.19 0.23 0.19 0.80 1.03 1.56 0.88
C8 0.20 0.12 0.34 0.37 0.25 0.22 0.16 0.41 0.11 0.08 0.22 0.10 0.82 0.51 0.31 0.13 1.22 1.50 2.22 1.48
N1 0.14 0.12 0.16 0.28 0.23 0.23 0.32 0.33 0.26 0.15 0.11 0.23 0.36 0.17 0.28 0.19 0.77 1.10 1.51 0.84
N3 0.09 0.20 0.17 0.30 0.19 0.24 0.11 0.40 0.13 0.06 0.29 0.28 0.55 0.29 0.29 0.17 1.00 1.40 1.81 1.15
N6 0.18 0.19 0.25 0.28 0.34 0.22 0.33 0.27 0.27 0.21 0.26 0.12 0.34 0.18 0.37 0.21 0.69 0.83 1.41 0.74
N7 0.22 0.07 0.21 0.31 0.09 0.21 0.08 0.35 0.14 0.12 0.09 0.06 0.68 0.39 0.13 0.16 1.04 1.23 1.94 1.22
N9 0.15 0.17 0.31 0.36 0.33 0.24 0.16 0.44 0.08 0.06 0.30 0.17 0.75 0.47 0.42 0.15 1.21 1.56 2.17 1.46
O2' 0.91 0.78 0.94 0.64 0.86 0.84 1.04 1.04 1.04 0.89 0.76 0.71 1.16 0.50 0.78 0.89 2.09 2.05 3.44 2.46
O3' 0.48 0.28 0.72 0.44 0.24 0.37 0.35 0.59 0.43 0.37 0.22 0.26 1.09 0.51 0.21 0.37 1.62 1.95 2.81 2.05
O4' 0.51 0.33 0.68 0.89 0.63 0.76 0.55 0.83 0.50 0.41 0.51 0.27 0.99 1.02 0.86 0.69 1.01 2.00 1.77 1.42
O5' 1.87 1.20 2.15 2.34 0.89 2.08 1.24 1.87 1.55 1.53 0.89 1.20 2.35 2.54 0.75 1.95 0.88 1.85 0.30 0.91
OP1 2.64 2.09 2.64 3.07 2.12 3.02 2.40 2.94 2.52 2.39 1.96 1.98 2.52 3.22 2.07 2.92 2.04 2.91 1.25 2.01
OP2 3.21 2.38 3.35 3.74 1.88 3.60 2.29 3.44 2.73 2.76 1.97 2.41 3.31 3.91 1.52 3.45 2.50 2.93 1.56 2.31
P 2.46 1.72 2.62 2.99 1.50 2.82 1.87 2.68 2.14 2.09 1.44 1.68 2.66 3.19 1.36 2.68 1.73 2.48 0.85 1.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.09 0.02 0.15 0.05 0.01 0.30 0.56 0.34 0.15
C2 0.04 0.00 0.13 0.10 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.10 0.02 0.09 0.37 0.71 0.61 0.20
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.01 0.16 0.11 0.18 0.02 0.08 0.28 0.00 0.03 0.06 0.03 0.60 0.55 0.78 0.50
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.12 0.01 0.11 0.00 0.10 0.08 0.11 0.14 0.02 0.02 0.14 0.02 0.33 0.49 0.46 0.28
C4 0.04 0.02 0.05 0.12 0.00 0.08 0.02 0.20 0.02 0.02 0.01 0.01 0.22 0.03 0.01 0.05 0.68 0.99 1.06 0.59
C4' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.13 0.04 0.06 0.16 0.14 0.02 0.08 0.01 0.03 0.29 0.21 0.08
C5 0.03 0.02 0.16 0.11 0.02 0.13 0.00 0.30 0.01 0.02 0.02 0.03 0.34 0.04 0.03 0.10 0.86 1.16 1.17 0.80
C5' 0.03 0.02 0.11 0.00 0.20 0.01 0.30 0.00 0.29 0.10 0.08 0.11 0.05 0.10 0.21 0.03 0.02 0.31 0.39 0.04
C6 0.02 0.03 0.18 0.10 0.02 0.13 0.01 0.29 0.00 0.01 0.02 0.05 0.33 0.04 0.03 0.12 0.82 1.08 0.98 0.70
N1 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.00 0.02 0.04 0.12 0.07 0.03 0.02 0.50 0.76 0.65 0.34
N3 0.04 0.01 0.08 0.11 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.10 0.06 0.02 0.06 0.49 0.81 0.82 0.34
O2 0.09 0.00 0.28 0.14 0.01 0.16 0.03 0.11 0.05 0.04 0.02 0.00 0.32 0.13 0.02 0.16 0.23 0.67 0.40 0.10
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.22 0.14 0.34 0.05 0.33 0.12 0.10 0.32 0.00 0.06 0.23 0.08 0.45 0.56 0.71 0.44
O3' 0.15 0.10 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.10 0.04 0.07 0.06 0.13 0.06 0.00 0.03 0.11 0.08 0.34 0.27 0.09
O4 0.05 0.02 0.06 0.14 0.01 0.08 0.03 0.21 0.03 0.03 0.02 0.02 0.23 0.03 0.00 0.05 0.70 1.03 1.15 0.64
O4' 0.01 0.09 0.03 0.02 0.05 0.01 0.10 0.03 0.12 0.02 0.06 0.16 0.08 0.11 0.05 0.00 0.05 0.62 0.15 0.20
O5' 0.30 0.37 0.60 0.33 0.68 0.03 0.86 0.02 0.82 0.50 0.49 0.23 0.45 0.08 0.70 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.56 0.71 0.55 0.49 0.99 0.29 1.16 0.31 1.08 0.76 0.81 0.67 0.56 0.34 1.03 0.62 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.61 0.78 0.46 1.06 0.21 1.17 0.39 0.98 0.65 0.82 0.40 0.71 0.27 1.15 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.20 0.50 0.28 0.59 0.08 0.80 0.04 0.70 0.34 0.34 0.10 0.44 0.09 0.64 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00