ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53849

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.020, 0.044, 0.068, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.044 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.020, 0.044, 0.069, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.044 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.022, 0.047, 0.072, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.047 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.015, 0.050, 0.085, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.050 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.020, 0.055, 0.091, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.055 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.032, 0.070, 0.108, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.070 std_dev=0.038
N1 B 0, 0.212, 0.458, 0.703, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.458 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.153, 0.440, 0.727, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.440 std_dev=0.287
C1' B 0, 0.267, 0.599, 0.932, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.599 std_dev=0.332
C2 B 0, 0.216, 0.633, 1.050, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.633 std_dev=0.417
C5 B 0, 0.041, 0.573, 1.105, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.573 std_dev=0.532
N3 B 0, 0.129, 0.699, 1.269, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.699 std_dev=0.570
O2 B 0, 0.218, 0.803, 1.387, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.803 std_dev=0.585
C4 B 0, 0.038, 0.695, 1.353, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.695 std_dev=0.658
C4' B 0, 0.155, 0.891, 1.627, 2.214 max_d=2.214 avg_d=0.891 std_dev=0.736
C2' B 0, 0.171, 0.914, 1.658, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.914 std_dev=0.744
O4' A 0, 0.113, 0.863, 1.613, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.863 std_dev=0.750
C2' A 0, 0.158, 0.949, 1.740, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.949 std_dev=0.791
C4' A 0, 0.441, 1.258, 2.075, 2.578 max_d=2.578 avg_d=1.258 std_dev=0.817
O4' B 0, 0.036, 0.875, 1.713, 2.463 max_d=2.463 avg_d=0.875 std_dev=0.838
C3' B 0, 0.111, 1.024, 1.938, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.024 std_dev=0.913
O4 B 0, -0.036, 0.902, 1.839, 2.705 max_d=2.705 avg_d=0.902 std_dev=0.938
C3' A 0, 0.459, 1.515, 2.571, 3.318 max_d=3.318 avg_d=1.515 std_dev=1.056
O2' A 0, 0.646, 1.848, 3.049, 3.797 max_d=3.797 avg_d=1.848 std_dev=1.202
O2' B 0, 0.201, 1.460, 2.718, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.460 std_dev=1.258
O3' A 0, 1.021, 2.318, 3.614, 4.022 max_d=4.022 avg_d=2.318 std_dev=1.296
O3' B 0, 0.309, 1.626, 2.943, 4.028 max_d=4.028 avg_d=1.626 std_dev=1.317
C5' A 0, 0.137, 1.945, 3.754, 5.380 max_d=5.380 avg_d=1.945 std_dev=1.809
C5' B 0, -0.488, 1.396, 3.279, 5.117 max_d=5.117 avg_d=1.396 std_dev=1.883
O5' A 0, -0.263, 2.266, 4.794, 7.208 max_d=7.208 avg_d=2.266 std_dev=2.529
O5' B 0, -0.999, 1.626, 4.251, 6.865 max_d=6.865 avg_d=1.626 std_dev=2.625
P A 0, -0.667, 2.973, 6.612, 10.147 max_d=10.147 avg_d=2.973 std_dev=3.639
P B 0, -1.499, 2.300, 6.099, 9.883 max_d=9.883 avg_d=2.300 std_dev=3.799
OP1 A 0, -0.404, 3.536, 7.476, 11.235 max_d=11.235 avg_d=3.536 std_dev=3.940
OP2 B 0, -1.697, 2.561, 6.820, 11.063 max_d=11.063 avg_d=2.561 std_dev=4.258
OP1 B 0, -1.566, 2.716, 6.999, 11.256 max_d=11.256 avg_d=2.716 std_dev=4.283
OP2 A 0, -1.114, 3.273, 7.661, 11.974 max_d=11.974 avg_d=3.273 std_dev=4.388

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.00 0.08 0.28 0.15 0.12
C2 0.02 0.00 0.20 0.36 0.01 0.58 0.01 0.91 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.49 0.26 0.57 1.59 1.25 2.29 1.62
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.07 0.08 0.10 0.14 0.20 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.17 0.31 0.19
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.15 0.00 0.11 0.02 0.14 0.28 0.26 0.36 0.13 0.24 0.09 0.01 0.00 0.02 0.33 0.40 0.24 0.24
C4 0.01 0.01 0.10 0.15 0.00 0.22 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.23 0.07 0.28 0.70 0.20 0.97 0.51
C4' 0.01 0.58 0.01 0.00 0.22 0.00 0.04 0.01 0.16 0.41 0.40 0.58 0.06 0.31 0.07 0.11 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.04 0.09 0.37 0.24 0.60 0.10
C5' 0.04 0.91 0.07 0.02 0.27 0.01 0.08 0.00 0.17 0.74 0.60 0.86 0.06 0.61 0.17 0.05 0.07 0.01 0.01 0.25 0.21 0.01
C6 0.01 0.02 0.08 0.14 0.01 0.16 0.01 0.17 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.23 0.07 0.21 0.72 0.18 1.13 0.52
C8 0.01 0.03 0.10 0.28 0.01 0.41 0.03 0.74 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.30 0.21 0.35 0.53 1.17 0.55 0.93
N1 0.02 0.01 0.14 0.26 0.02 0.40 0.01 0.60 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.37 0.19 0.42 1.26 0.85 1.91 1.22
N3 0.03 0.00 0.20 0.36 0.00 0.58 0.01 0.86 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.48 0.24 0.58 1.44 1.04 1.90 1.38
N6 0.02 0.03 0.07 0.13 0.01 0.06 0.02 0.06 0.00 0.07 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.20 0.06 0.12 0.51 0.16 0.86 0.25
N7 0.02 0.00 0.06 0.24 0.02 0.31 0.01 0.61 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.00 0.02 0.25 0.17 0.22 0.31 1.02 0.29 0.72
N9 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.07 0.02 0.17 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.10 0.08 0.02 0.09 0.41 0.20 0.17
O2' 0.01 0.49 0.01 0.01 0.23 0.11 0.17 0.05 0.23 0.30 0.37 0.48 0.20 0.25 0.10 0.00 0.02 0.07 0.11 0.07 0.22 0.11
O3' 0.13 0.26 0.01 0.00 0.07 0.02 0.04 0.07 0.07 0.21 0.19 0.24 0.06 0.17 0.08 0.02 0.00 0.07 0.31 0.67 0.21 0.33
O4' 0.00 0.57 0.02 0.02 0.28 0.00 0.09 0.01 0.21 0.35 0.42 0.58 0.12 0.22 0.02 0.07 0.07 0.00 0.04 0.36 0.04 0.18
O5' 0.08 1.59 0.27 0.33 0.70 0.01 0.37 0.01 0.72 0.53 1.26 1.44 0.51 0.31 0.09 0.11 0.31 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 1.25 0.17 0.40 0.20 0.05 0.24 0.25 0.18 1.17 0.85 1.04 0.16 1.02 0.41 0.07 0.67 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 2.29 0.31 0.24 0.97 0.08 0.60 0.21 1.13 0.55 1.91 1.90 0.86 0.29 0.20 0.22 0.21 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 1.62 0.19 0.24 0.51 0.04 0.10 0.01 0.52 0.93 1.22 1.38 0.25 0.72 0.17 0.11 0.33 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.32 0.85 0.35 0.38 0.56 0.26 1.25 0.18 0.19 0.41 0.34 1.19 0.78 0.44 0.87 1.22 1.74 1.88 1.90
C2 0.19 0.14 0.53 0.69 0.21 0.08 0.12 0.10 0.13 0.14 0.21 0.16 0.35 0.95 0.28 0.42 0.42 0.45 0.46 0.28
C2' 0.92 1.13 0.09 0.51 0.92 1.46 0.83 2.15 0.84 0.98 1.07 1.29 0.34 0.15 0.88 1.78 2.07 2.42 2.51 2.65
C3' 0.48 1.01 0.39 0.09 0.82 1.01 0.55 1.81 0.46 0.64 1.06 1.30 0.79 0.48 0.88 1.28 1.95 2.46 2.70 2.74
C4 0.10 0.19 0.68 0.45 0.28 0.28 0.26 0.66 0.21 0.17 0.25 0.17 0.77 0.78 0.30 0.65 0.49 0.73 0.86 0.90
C4' 0.51 0.20 1.42 0.89 0.25 0.02 0.18 0.89 0.35 0.24 0.41 0.40 1.90 1.43 0.42 0.30 1.10 1.91 2.14 2.05
C5 0.11 0.13 0.54 0.33 0.32 0.28 0.35 0.62 0.28 0.18 0.20 0.17 0.64 0.61 0.37 0.57 0.47 0.72 0.86 0.86
C5' 1.13 0.12 2.05 1.64 0.12 0.82 0.52 0.07 0.84 0.71 0.26 0.16 2.56 2.28 0.35 0.47 0.45 1.35 1.81 1.49
C6 0.15 0.12 0.41 0.38 0.18 0.13 0.31 0.30 0.29 0.16 0.15 0.22 0.39 0.61 0.20 0.43 0.07 0.18 0.21 0.28
C8 0.05 0.21 0.66 0.20 0.47 0.50 0.39 1.11 0.27 0.18 0.39 0.14 0.96 0.53 0.58 0.72 1.13 1.65 1.89 1.77
N1 0.19 0.15 0.39 0.53 0.19 0.05 0.15 0.09 0.21 0.14 0.26 0.20 0.24 0.76 0.31 0.35 0.40 0.44 0.47 0.30
N3 0.14 0.17 0.71 0.67 0.16 0.13 0.13 0.35 0.13 0.15 0.17 0.19 0.65 1.00 0.18 0.60 0.07 0.19 0.22 0.35
N6 0.16 0.13 0.31 0.29 0.17 0.13 0.38 0.26 0.34 0.17 0.16 0.28 0.31 0.49 0.17 0.37 0.06 0.15 0.17 0.23
N7 0.08 0.15 0.55 0.19 0.45 0.42 0.43 0.90 0.32 0.19 0.30 0.14 0.77 0.48 0.56 0.63 0.86 1.27 1.49 1.39
N9 0.06 0.25 0.76 0.35 0.38 0.45 0.30 1.02 0.21 0.18 0.37 0.21 1.01 0.71 0.44 0.75 0.96 1.39 1.58 1.55
O2' 1.17 1.15 0.30 0.82 0.94 1.86 0.94 2.58 1.01 1.12 1.03 1.26 0.12 0.33 0.86 2.12 2.38 2.81 2.68 2.95
O3' 0.90 1.33 0.12 0.64 1.03 1.57 0.78 2.47 0.75 0.99 1.29 1.66 0.33 0.10 1.05 1.72 2.64 3.24 3.21 3.49
O4' 0.85 0.32 1.75 1.18 0.18 0.29 0.43 0.52 0.62 0.61 0.13 0.24 2.14 1.60 0.15 0.04 0.62 1.36 1.57 1.48
O5' 1.68 0.71 2.60 2.36 0.70 1.44 1.29 0.65 1.59 1.36 0.41 0.34 2.88 2.96 0.41 1.05 0.41 0.58 0.86 0.63
OP1 2.00 0.72 2.92 3.01 0.59 2.28 1.35 1.71 1.77 1.51 0.30 0.37 3.30 3.91 0.21 1.63 1.36 0.72 0.13 0.46
OP2 2.35 1.19 3.03 3.11 1.31 2.40 2.13 1.87 2.47 2.04 0.88 0.68 3.17 3.60 0.94 1.98 1.65 0.74 0.39 0.71
P 2.14 0.89 3.00 3.06 0.81 2.26 1.57 1.62 1.98 1.70 0.49 0.50 3.28 3.82 0.42 1.73 1.30 0.46 0.13 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.18 0.07 0.09
C2 0.02 0.00 0.08 0.27 0.02 0.42 0.02 0.66 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.22 0.02 0.36 0.63 0.69 0.83 0.78
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.05 0.15 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.15 0.06 0.04
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.06 0.00 0.23 0.01 0.29 0.04 0.20 0.50 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.14 0.08 0.05
C4 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.03 0.20 0.20 0.15 0.16
C4' 0.01 0.42 0.01 0.00 0.04 0.00 0.34 0.00 0.43 0.03 0.31 0.81 0.06 0.02 0.05 0.00 0.04 0.15 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.08 0.23 0.01 0.34 0.00 0.55 0.00 0.02 0.02 0.02 0.20 0.20 0.01 0.30 0.86 0.96 1.00 0.95
C5' 0.01 0.66 0.01 0.01 0.08 0.00 0.55 0.00 0.65 0.04 0.52 1.30 0.06 0.02 0.10 0.00 0.00 0.15 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.43 0.00 0.65 0.00 0.00 0.02 0.01 0.24 0.23 0.01 0.38 0.95 1.01 0.99 0.99
N1 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.18 0.19 0.09 0.12
N3 0.02 0.01 0.05 0.20 0.01 0.31 0.02 0.52 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.18 0.01 0.24 0.49 0.60 0.74 0.65
O2 0.03 0.01 0.15 0.50 0.03 0.81 0.02 1.30 0.01 0.01 0.02 0.00 0.43 0.42 0.03 0.69 1.36 1.47 1.63 1.59
O2' 0.01 0.22 0.00 0.03 0.04 0.06 0.20 0.06 0.24 0.02 0.15 0.43 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.19 0.05 0.06
O3' 0.02 0.22 0.01 0.01 0.06 0.02 0.20 0.02 0.23 0.03 0.18 0.42 0.04 0.00 0.08 0.03 0.15 0.11 0.11 0.08
O4 0.02 0.02 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.02 0.18 0.17 0.14 0.14
O4' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.03 0.00 0.30 0.00 0.38 0.02 0.24 0.69 0.04 0.03 0.02 0.00 0.17 0.18 0.06 0.09
O5' 0.14 0.63 0.05 0.08 0.20 0.04 0.86 0.00 0.95 0.18 0.49 1.36 0.06 0.15 0.18 0.17 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.18 0.69 0.15 0.14 0.20 0.15 0.96 0.15 1.01 0.19 0.60 1.47 0.19 0.11 0.17 0.18 0.04 0.00 0.02 0.00
OP2 0.07 0.83 0.06 0.08 0.15 0.03 1.00 0.04 0.99 0.09 0.74 1.63 0.05 0.11 0.14 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.78 0.04 0.05 0.16 0.02 0.95 0.01 0.99 0.12 0.65 1.59 0.06 0.08 0.14 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00