ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53851

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.033 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.009, 0.042, 0.075, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.042 std_dev=0.033
N1 A 0, 0.001, 0.039, 0.077, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.039 std_dev=0.038
C4 A 0, 0.008, 0.050, 0.093, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.050 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.017, 0.062, 0.107, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.062 std_dev=0.045
N9 A 0, 0.014, 0.060, 0.106, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.060 std_dev=0.046
C2 A 0, -0.008, 0.044, 0.097, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.044 std_dev=0.053
N3 A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.052 std_dev=0.053
C1' A 0, -0.004, 0.062, 0.128, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.062 std_dev=0.066
N6 A 0, 0.001, 0.083, 0.165, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.083 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.172, 0.410, 0.647, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.410 std_dev=0.237
C2' A 0, 0.136, 0.464, 0.793, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.464 std_dev=0.328
C4' A 0, 0.209, 0.544, 0.878, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.544 std_dev=0.334
C3' A 0, 0.202, 0.557, 0.913, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.557 std_dev=0.355
O4' B 0, 0.245, 0.617, 0.989, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.617 std_dev=0.372
C6 B 0, 0.267, 0.640, 1.014, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.640 std_dev=0.374
O5' B 0, 0.242, 0.658, 1.074, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.658 std_dev=0.416
C4' B 0, 0.267, 0.693, 1.118, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.693 std_dev=0.425
N1 B 0, 0.258, 0.686, 1.113, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.686 std_dev=0.427
C1' B 0, 0.273, 0.701, 1.128, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.701 std_dev=0.428
C3' B 0, 0.322, 0.764, 1.207, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.764 std_dev=0.443
C5' B 0, 0.270, 0.732, 1.194, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.732 std_dev=0.462
C5 B 0, 0.292, 0.758, 1.224, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.758 std_dev=0.466
C2' B 0, 0.305, 0.786, 1.267, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.786 std_dev=0.481
O3' A 0, 0.090, 0.592, 1.095, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.592 std_dev=0.503
P B 0, 0.284, 0.805, 1.326, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.805 std_dev=0.521
C5' A 0, 0.354, 0.877, 1.401, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.877 std_dev=0.523
OP2 B 0, 0.311, 0.849, 1.387, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.849 std_dev=0.538
C2 B 0, 0.251, 0.826, 1.401, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.826 std_dev=0.575
O2' A 0, 0.122, 0.716, 1.310, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.716 std_dev=0.594
O5' A 0, 0.261, 0.856, 1.451, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.856 std_dev=0.595
C4 B 0, 0.289, 0.899, 1.509, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.899 std_dev=0.610
O3' B 0, 0.422, 1.063, 1.705, 1.719 max_d=1.719 avg_d=1.063 std_dev=0.641
N3 B 0, 0.262, 0.905, 1.548, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.905 std_dev=0.643
O2 B 0, 0.243, 0.919, 1.596, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.919 std_dev=0.676
OP1 B 0, 0.260, 0.939, 1.618, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.939 std_dev=0.679
O2' B 0, 0.317, 1.041, 1.765, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.041 std_dev=0.724
O4 B 0, 0.302, 1.062, 1.821, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.062 std_dev=0.759
P A 0, 0.404, 1.262, 2.120, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.262 std_dev=0.858
OP2 A 0, 0.365, 1.498, 2.631, 2.890 max_d=2.890 avg_d=1.498 std_dev=1.133
OP1 A 0, 0.489, 1.632, 2.776, 3.059 max_d=3.059 avg_d=1.632 std_dev=1.144

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.08 0.11 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.32 0.65 0.59 0.49
C2 0.11 0.00 0.09 0.15 0.01 0.28 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.25 0.34 0.54 0.70 0.81 0.60
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.14 0.05 0.12 0.07 0.09 0.07 0.09 0.04 0.00 0.04 0.02 0.51 1.06 0.84 0.81
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02 0.14 0.09 0.15 0.05 0.12 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.70 0.38 0.47
C4 0.05 0.01 0.04 0.04 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.12 0.16 0.48 0.74 0.82 0.62
C4' 0.04 0.28 0.01 0.00 0.11 0.00 0.06 0.01 0.09 0.20 0.21 0.27 0.06 0.16 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.28 0.08 0.10
C5 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.07 0.07 0.46 0.76 0.88 0.64
C5' 0.06 0.35 0.14 0.03 0.23 0.01 0.26 0.00 0.27 0.34 0.31 0.33 0.29 0.35 0.18 0.09 0.08 0.03 0.01 0.08 0.25 0.02
C6 0.05 0.00 0.05 0.02 0.01 0.09 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.14 0.12 0.14 0.48 0.73 0.87 0.62
C8 0.03 0.01 0.12 0.14 0.00 0.20 0.01 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.19 0.09 0.16 0.36 0.82 0.89 0.67
N1 0.08 0.00 0.07 0.09 0.01 0.21 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.24 0.20 0.26 0.53 0.72 0.85 0.61
N3 0.11 0.00 0.09 0.15 0.00 0.27 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.30 0.24 0.33 0.51 0.70 0.78 0.59
N6 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01 0.06 0.03 0.29 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.11 0.08 0.08 0.44 0.71 0.85 0.59
N7 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.16 0.00 0.35 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.13 0.06 0.08 0.39 0.80 0.92 0.66
N9 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.42 0.76 0.80 0.62
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.15 0.05 0.06 0.09 0.14 0.19 0.24 0.30 0.11 0.13 0.03 0.00 0.07 0.03 0.48 1.16 0.97 0.86
O3' 0.06 0.25 0.04 0.01 0.12 0.02 0.07 0.08 0.12 0.09 0.20 0.24 0.08 0.06 0.05 0.07 0.00 0.07 0.11 0.48 0.23 0.24
O4' 0.01 0.34 0.02 0.02 0.16 0.01 0.07 0.03 0.14 0.16 0.26 0.33 0.08 0.08 0.01 0.03 0.07 0.00 0.10 0.23 0.22 0.15
O5' 0.32 0.54 0.51 0.30 0.48 0.02 0.46 0.01 0.48 0.36 0.53 0.51 0.44 0.39 0.42 0.48 0.11 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.65 0.70 1.06 0.70 0.74 0.28 0.76 0.08 0.73 0.82 0.72 0.70 0.71 0.80 0.76 1.16 0.48 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.59 0.81 0.84 0.38 0.82 0.08 0.88 0.25 0.87 0.89 0.85 0.78 0.85 0.92 0.80 0.97 0.23 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.49 0.60 0.81 0.47 0.62 0.10 0.64 0.02 0.62 0.67 0.61 0.59 0.59 0.66 0.62 0.86 0.24 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.56 0.25 0.16 0.52 0.15 0.23 0.18 0.18 0.35 0.65 0.64 0.27 0.16 0.67 0.20 0.20 0.43 0.35 0.31
C2 0.21 0.27 0.30 0.31 0.18 0.26 0.36 0.22 0.30 0.15 0.23 0.48 0.34 0.38 0.25 0.22 0.21 0.29 0.30 0.25
C2' 0.16 0.35 0.14 0.14 0.36 0.11 0.18 0.21 0.14 0.21 0.43 0.41 0.15 0.17 0.49 0.11 0.24 0.48 0.42 0.37
C3' 0.19 0.45 0.18 0.12 0.43 0.09 0.19 0.19 0.14 0.26 0.55 0.54 0.19 0.15 0.59 0.11 0.21 0.50 0.40 0.36
C4 0.21 0.46 0.20 0.08 0.29 0.09 0.15 0.02 0.13 0.24 0.51 0.57 0.23 0.08 0.33 0.16 0.07 0.26 0.22 0.17
C4' 0.25 0.56 0.24 0.09 0.48 0.04 0.20 0.09 0.15 0.32 0.65 0.68 0.26 0.10 0.63 0.15 0.13 0.44 0.32 0.29
C5 0.20 0.45 0.22 0.09 0.27 0.10 0.10 0.09 0.10 0.24 0.47 0.56 0.24 0.08 0.29 0.15 0.13 0.23 0.21 0.17
C5' 0.37 0.64 0.35 0.20 0.56 0.23 0.35 0.20 0.32 0.43 0.72 0.76 0.36 0.18 0.69 0.34 0.22 0.37 0.31 0.28
C6 0.12 0.37 0.16 0.20 0.16 0.22 0.21 0.27 0.19 0.11 0.36 0.53 0.20 0.23 0.19 0.17 0.30 0.33 0.33 0.32
C8 0.28 0.51 0.30 0.25 0.51 0.18 0.28 0.15 0.20 0.35 0.59 0.56 0.31 0.29 0.59 0.19 0.11 0.30 0.08 0.14
N1 0.16 0.24 0.27 0.36 0.23 0.32 0.36 0.32 0.32 0.08 0.26 0.47 0.28 0.43 0.28 0.23 0.31 0.34 0.32 0.31
N3 0.21 0.38 0.24 0.18 0.14 0.15 0.25 0.09 0.21 0.19 0.40 0.53 0.28 0.22 0.16 0.17 0.12 0.28 0.29 0.21
N6 0.10 0.39 0.17 0.22 0.19 0.27 0.18 0.40 0.18 0.14 0.36 0.55 0.26 0.25 0.21 0.17 0.46 0.48 0.48 0.47
N7 0.26 0.49 0.32 0.23 0.42 0.14 0.21 0.07 0.15 0.33 0.53 0.55 0.34 0.27 0.45 0.17 0.04 0.19 0.17 0.09
N9 0.26 0.51 0.24 0.15 0.47 0.12 0.21 0.12 0.16 0.32 0.59 0.58 0.25 0.15 0.56 0.18 0.12 0.34 0.23 0.21
O2' 0.18 0.26 0.17 0.22 0.27 0.25 0.17 0.37 0.15 0.20 0.30 0.28 0.16 0.24 0.35 0.19 0.42 0.59 0.60 0.53
O3' 0.31 0.55 0.29 0.22 0.49 0.22 0.22 0.29 0.19 0.36 0.63 0.64 0.30 0.22 0.63 0.23 0.31 0.53 0.48 0.43
O4' 0.31 0.65 0.29 0.14 0.56 0.10 0.22 0.13 0.17 0.38 0.75 0.78 0.31 0.14 0.71 0.18 0.16 0.50 0.37 0.33
O5' 0.64 0.92 0.65 0.54 0.85 0.49 0.58 0.44 0.53 0.71 0.99 1.02 0.66 0.52 0.96 0.52 0.41 0.53 0.40 0.43
OP1 1.13 1.32 1.07 1.03 1.36 1.07 1.19 1.10 1.11 1.20 1.40 1.36 1.04 0.98 1.46 1.10 1.09 1.13 1.14 1.13
OP2 1.21 1.38 1.23 1.19 1.34 1.15 1.18 1.12 1.15 1.26 1.42 1.43 1.23 1.20 1.39 1.14 1.09 1.02 1.02 1.03
P 0.94 1.14 0.92 0.87 1.13 0.86 0.94 0.85 0.88 1.00 1.21 1.20 0.91 0.85 1.22 0.87 0.83 0.84 0.83 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02 0.04 0.19 0.19 0.21 0.18
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.14 0.08 0.08
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.12 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.12 0.01 0.08 0.17 0.08 0.11
C4 0.04 0.01 0.04 0.11 0.00 0.14 0.01 0.26 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.08 0.34 0.36 0.39 0.36
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.14 0.06 0.08 0.03 0.02 0.04 0.15 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02
C5 0.04 0.01 0.04 0.13 0.01 0.17 0.00 0.29 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.02 0.10 0.35 0.36 0.35 0.36
C5' 0.04 0.12 0.03 0.03 0.26 0.01 0.29 0.00 0.23 0.13 0.18 0.07 0.04 0.04 0.28 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.04 0.02 0.05 0.12 0.02 0.14 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.11 0.02 0.09 0.28 0.26 0.21 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.17 0.16 0.16 0.14
N3 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.08 0.02 0.18 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.05 0.27 0.27 0.31 0.27
O2 0.04 0.01 0.07 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.13 0.06 0.02 0.07 0.14 0.13 0.18 0.13
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.07 0.13 0.00 0.05 0.04 0.03 0.07 0.14 0.07 0.07
O3' 0.03 0.03 0.03 0.00 0.09 0.04 0.12 0.04 0.11 0.04 0.05 0.06 0.05 0.00 0.11 0.03 0.09 0.23 0.11 0.14
O4 0.04 0.02 0.04 0.12 0.01 0.15 0.02 0.28 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.11 0.00 0.09 0.37 0.41 0.46 0.41
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.09 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.09 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07
O5' 0.07 0.19 0.07 0.08 0.34 0.02 0.35 0.01 0.28 0.17 0.27 0.14 0.07 0.09 0.37 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.19 0.14 0.17 0.36 0.05 0.36 0.03 0.26 0.16 0.27 0.13 0.14 0.23 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.21 0.08 0.08 0.39 0.01 0.35 0.01 0.21 0.16 0.31 0.18 0.07 0.11 0.46 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.18 0.08 0.11 0.36 0.02 0.36 0.01 0.24 0.14 0.27 0.13 0.07 0.14 0.41 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00