ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53852

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, -0.001, 0.019, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.020
C2 A 0, -0.002, 0.021, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.023
N3 A 0, -0.001, 0.024, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.001, 0.026, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.002, 0.027, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.025
N9 A 0, -0.002, 0.023, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.026
C8 A 0, -0.002, 0.027, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.029
C1' A 0, -0.005, 0.025, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.094, 0.475, 0.856, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.475 std_dev=0.381
C2 B 0, 0.131, 0.594, 1.057, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.594 std_dev=0.463
N3 B 0, 0.032, 0.499, 0.967, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.499 std_dev=0.467
O4' A 0, -0.088, 0.388, 0.864, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.388 std_dev=0.476
C4' A 0, 0.065, 0.546, 1.026, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.546 std_dev=0.481
C4 B 0, 0.093, 0.592, 1.092, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.592 std_dev=0.500
N1 B 0, 0.182, 0.701, 1.219, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.701 std_dev=0.518
O4 B 0, 0.213, 0.738, 1.263, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.738 std_dev=0.525
O2 B 0, 0.227, 0.798, 1.369, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.798 std_dev=0.571
C5 B 0, 0.216, 0.804, 1.392, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.804 std_dev=0.588
C6 B 0, 0.231, 0.832, 1.433, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.832 std_dev=0.601
C3' A 0, -0.073, 0.574, 1.221, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.574 std_dev=0.647
O2' A 0, 0.245, 0.901, 1.557, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.901 std_dev=0.656
C1' B 0, 0.258, 0.917, 1.576, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.917 std_dev=0.659
O3' A 0, 0.181, 1.095, 2.009, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.095 std_dev=0.914
O5' A 0, 0.318, 1.250, 2.181, 2.234 max_d=2.234 avg_d=1.250 std_dev=0.931
C5' A 0, 0.121, 1.351, 2.580, 2.974 max_d=2.974 avg_d=1.351 std_dev=1.230
P A 0, 0.289, 1.530, 2.771, 3.040 max_d=3.040 avg_d=1.530 std_dev=1.241
OP1 A 0, 0.320, 1.603, 2.885, 3.139 max_d=3.139 avg_d=1.603 std_dev=1.282
C2' B 0, 0.136, 1.518, 2.899, 3.343 max_d=3.343 avg_d=1.518 std_dev=1.382
O2' B 0, 0.168, 1.560, 2.952, 3.380 max_d=3.380 avg_d=1.560 std_dev=1.392
OP2 A 0, 0.444, 1.955, 3.466, 3.679 max_d=3.679 avg_d=1.955 std_dev=1.511
O4' B 0, 0.054, 1.784, 3.513, 4.125 max_d=4.125 avg_d=1.784 std_dev=1.729
O3' B 0, -0.056, 2.148, 4.353, 5.179 max_d=5.179 avg_d=2.148 std_dev=2.205
C3' B 0, -0.141, 2.113, 4.368, 5.238 max_d=5.238 avg_d=2.113 std_dev=2.255
C4' B 0, -0.132, 2.272, 4.675, 5.597 max_d=5.597 avg_d=2.272 std_dev=2.403
C5' B 0, -0.520, 3.187, 6.894, 8.385 max_d=8.385 avg_d=3.187 std_dev=3.707
O5' B 0, -0.780, 3.649, 8.079, 9.883 max_d=9.883 avg_d=3.649 std_dev=4.429
P B 0, -1.390, 4.528, 10.447, 12.889 max_d=12.889 avg_d=4.528 std_dev=5.918
OP2 B 0, -1.709, 4.644, 10.997, 13.626 max_d=13.626 avg_d=4.644 std_dev=6.353
OP1 B 0, -1.558, 5.063, 11.684, 14.415 max_d=14.415 avg_d=5.063 std_dev=6.621

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.01 0.22 0.23 0.75 0.45
C2 0.05 0.00 0.33 0.24 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.62 0.38 0.19 0.32 0.39 0.97 0.63
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.16 0.01 0.06 0.13 0.13 0.21 0.25 0.33 0.08 0.13 0.02 0.00 0.03 0.01 0.18 0.28 0.52 0.13
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.10 0.00 0.02 0.02 0.07 0.17 0.17 0.23 0.03 0.12 0.03 0.02 0.01 0.01 0.39 0.67 0.22 0.29
C4 0.03 0.00 0.16 0.10 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.32 0.22 0.11 0.34 0.50 0.99 0.71
C4' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.01 0.13 0.03 0.01 0.02 0.24 0.32 0.01
C5 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.14 0.06 0.38 0.72 1.06 0.85
C5' 0.05 0.08 0.13 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.15 0.17 0.12 0.05 0.18 0.19 0.09 0.01 0.04 0.02 0.01 0.20 0.33 0.03
C6 0.02 0.00 0.13 0.07 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.32 0.20 0.10 0.37 0.71 1.07 0.84
C8 0.02 0.01 0.21 0.17 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.09 0.11 0.41 0.81 1.06 0.93
N1 0.04 0.00 0.25 0.17 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.50 0.31 0.16 0.35 0.55 1.04 0.74
N3 0.05 0.00 0.33 0.23 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.60 0.37 0.18 0.30 0.33 0.93 0.58
N6 0.02 0.01 0.08 0.03 0.01 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.27 0.16 0.08 0.39 0.85 1.10 0.93
N7 0.01 0.01 0.13 0.12 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.05 0.05 0.41 0.90 1.10 0.98
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.01 0.34 0.52 0.96 0.72
O2' 0.01 0.62 0.00 0.02 0.32 0.13 0.21 0.01 0.32 0.26 0.50 0.60 0.27 0.18 0.09 0.00 0.10 0.07 0.28 0.46 0.45 0.04
O3' 0.14 0.38 0.03 0.01 0.22 0.03 0.14 0.04 0.20 0.09 0.31 0.37 0.16 0.05 0.11 0.10 0.00 0.12 0.40 0.95 0.18 0.45
O4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.11 0.01 0.06 0.02 0.10 0.11 0.16 0.18 0.08 0.05 0.01 0.07 0.12 0.00 0.42 0.34 0.72 0.52
O5' 0.22 0.32 0.18 0.39 0.34 0.02 0.38 0.01 0.37 0.41 0.35 0.30 0.39 0.41 0.34 0.28 0.40 0.42 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.23 0.39 0.28 0.67 0.50 0.24 0.72 0.20 0.71 0.81 0.55 0.33 0.85 0.90 0.52 0.46 0.95 0.34 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.75 0.97 0.52 0.22 0.99 0.32 1.06 0.33 1.07 1.06 1.04 0.93 1.10 1.10 0.96 0.45 0.18 0.72 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.45 0.63 0.13 0.29 0.71 0.01 0.85 0.03 0.84 0.93 0.74 0.58 0.93 0.98 0.72 0.04 0.45 0.52 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.31 0.20 0.30 0.09 0.41 0.09 0.65 0.09 0.21 0.27 0.40 0.23 0.28 0.04 0.56 0.40 0.37 0.95 0.36
C2 0.52 0.28 0.33 0.61 0.15 1.43 0.03 2.17 0.19 0.33 0.06 0.39 0.23 0.52 0.37 1.32 1.46 1.94 1.51 1.92
C2' 0.27 0.48 0.19 0.29 0.24 0.25 0.16 0.40 0.13 0.26 0.51 0.64 0.37 0.27 0.26 0.39 0.69 0.80 1.31 0.76
C3' 0.32 0.52 0.25 0.40 0.34 0.24 0.17 0.30 0.19 0.31 0.57 0.66 0.43 0.39 0.41 0.38 0.89 1.09 1.60 1.02
C4 0.35 0.22 0.18 0.14 0.12 0.83 0.07 1.29 0.10 0.23 0.07 0.29 0.22 0.13 0.28 0.94 0.39 0.61 0.08 0.61
C4' 0.34 0.48 0.14 0.39 0.41 0.23 0.22 0.32 0.22 0.34 0.52 0.54 0.32 0.38 0.51 0.49 0.80 1.01 1.57 0.93
C5 0.28 0.05 0.26 0.15 0.25 0.79 0.15 1.22 0.10 0.14 0.15 0.11 0.33 0.16 0.37 0.97 0.35 0.58 0.01 0.57
C5' 0.45 0.62 0.09 0.46 0.71 0.19 0.54 0.19 0.46 0.50 0.72 0.63 0.42 0.49 0.88 0.52 1.04 1.44 1.97 1.30
C6 0.38 0.01 0.17 0.23 0.29 1.19 0.16 1.78 0.16 0.18 0.25 0.09 0.37 0.20 0.42 1.27 1.04 1.41 0.85 1.38
C8 0.12 0.07 0.45 0.63 0.14 0.19 0.15 0.34 0.05 0.05 0.03 0.11 0.32 0.57 0.19 0.48 0.69 0.68 1.33 0.68
N1 0.50 0.13 0.21 0.59 0.24 1.51 0.10 2.27 0.19 0.28 0.15 0.20 0.24 0.50 0.42 1.43 1.61 2.11 1.62 2.09
N3 0.46 0.33 0.29 0.39 0.10 1.13 0.03 1.73 0.16 0.32 0.14 0.44 0.25 0.33 0.29 1.11 0.91 1.25 0.79 1.24
N6 0.32 0.19 0.32 0.15 0.36 1.21 0.23 1.77 0.20 0.13 0.39 0.26 0.59 0.13 0.44 1.33 1.13 1.52 0.91 1.46
N7 0.10 0.10 0.53 0.58 0.27 0.32 0.22 0.55 0.11 0.02 0.20 0.14 0.46 0.53 0.32 0.64 0.39 0.29 0.92 0.30
N9 0.25 0.21 0.24 0.31 0.04 0.47 0.07 0.75 0.05 0.17 0.13 0.27 0.21 0.29 0.14 0.66 0.26 0.18 0.76 0.17
O2' 0.19 0.44 0.22 0.10 0.07 0.34 0.40 0.59 0.23 0.13 0.41 0.70 0.40 0.11 0.19 0.35 0.45 0.51 0.93 0.48
O3' 0.31 0.46 0.29 0.36 0.24 0.35 0.34 0.49 0.30 0.29 0.45 0.63 0.42 0.34 0.23 0.41 0.74 0.83 1.32 0.80
O4' 0.34 0.37 0.17 0.35 0.29 0.37 0.20 0.55 0.23 0.31 0.36 0.40 0.22 0.34 0.33 0.62 0.53 0.61 1.22 0.57
O5' 0.54 0.68 0.29 0.51 0.70 0.20 0.54 0.11 0.49 0.57 0.74 0.71 0.54 0.47 0.83 0.56 1.19 1.67 2.31 1.55
OP1 1.23 1.19 0.86 0.49 1.20 0.76 1.21 0.53 1.21 1.21 1.18 1.18 1.28 0.49 1.20 1.15 1.02 1.62 2.33 1.51
OP2 1.62 1.79 1.21 0.67 1.93 0.98 1.80 0.70 1.67 1.70 1.88 1.78 1.65 0.63 2.05 1.46 0.87 1.58 2.11 1.36
P 1.33 1.38 0.90 0.45 1.44 0.83 1.38 0.59 1.33 1.35 1.42 1.37 1.30 0.44 1.50 1.28 0.80 1.39 2.04 1.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.25 0.01 0.00 0.33 0.31 0.32 0.28
C2 0.02 0.00 0.13 0.11 0.01 0.35 0.01 0.71 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.18 0.01 0.28 0.04 0.11 0.08 0.18
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.02 0.11 0.18 0.14 0.01 0.08 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.16 0.11 0.02
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.32 0.01 0.56 0.01 0.58 0.19 0.04 0.46 0.00 0.00 0.32 0.03 0.04 0.23 0.04 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.32 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.14 0.00 0.02 0.88 0.88 1.23 0.90
C4' 0.00 0.35 0.02 0.01 0.06 0.00 0.38 0.00 0.45 0.04 0.24 0.70 0.30 0.01 0.05 0.00 0.00 0.13 0.06 0.00
C5 0.01 0.01 0.11 0.56 0.00 0.38 0.00 0.50 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.28 0.01 0.20 1.48 1.54 2.00 1.61
C5' 0.08 0.71 0.18 0.01 0.06 0.00 0.50 0.00 0.59 0.06 0.56 1.30 0.12 0.22 0.09 0.00 0.01 0.30 0.18 0.01
C6 0.00 0.01 0.14 0.58 0.00 0.45 0.00 0.59 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.24 0.01 0.28 1.46 1.45 1.79 1.51
N1 0.00 0.01 0.01 0.19 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.06 0.01 0.00 0.62 0.57 0.71 0.57
N3 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.24 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.06 0.01 0.20 0.23 0.15 0.32 0.13
O2 0.03 0.01 0.24 0.46 0.02 0.70 0.02 1.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.39 0.02 0.47 0.77 0.87 1.01 1.00
O2' 0.03 0.08 0.00 0.00 0.25 0.30 0.31 0.12 0.28 0.15 0.16 0.08 0.00 0.06 0.25 0.20 0.11 0.27 0.12 0.08
O3' 0.25 0.18 0.02 0.00 0.14 0.01 0.28 0.22 0.24 0.06 0.06 0.39 0.06 0.00 0.17 0.18 0.07 0.37 0.11 0.17
O4 0.01 0.01 0.02 0.32 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.17 0.00 0.03 0.89 0.91 1.31 0.93
O4' 0.00 0.28 0.01 0.03 0.02 0.00 0.20 0.00 0.28 0.00 0.20 0.47 0.20 0.18 0.03 0.00 0.37 0.31 0.34 0.31
O5' 0.33 0.04 0.03 0.04 0.88 0.00 1.48 0.01 1.46 0.62 0.23 0.77 0.11 0.07 0.89 0.37 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.31 0.11 0.16 0.23 0.88 0.13 1.54 0.30 1.45 0.57 0.15 0.87 0.27 0.37 0.91 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.08 0.11 0.04 1.23 0.06 2.00 0.18 1.79 0.71 0.32 1.01 0.12 0.11 1.31 0.34 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.28 0.18 0.02 0.07 0.90 0.00 1.61 0.01 1.51 0.57 0.13 1.00 0.08 0.17 0.93 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00