ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53853

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.001, 0.016, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.001, 0.020, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.003, 0.028, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.002, 0.030, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.028
C5 B 0, 0.026, 0.318, 0.611, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.318 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.023, 0.339, 0.655, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.339 std_dev=0.316
O4 B 0, 0.027, 0.357, 0.687, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.357 std_dev=0.330
C6 B 0, 0.042, 0.418, 0.793, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.418 std_dev=0.376
N1 B 0, 0.153, 0.610, 1.067, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.610 std_dev=0.457
N3 B 0, 0.164, 0.628, 1.092, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.628 std_dev=0.464
C2 B 0, 0.220, 0.770, 1.320, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.770 std_dev=0.550
C1' B 0, 0.231, 0.811, 1.391, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.811 std_dev=0.580
O2 B 0, 0.301, 1.028, 1.755, 1.560 max_d=1.560 avg_d=1.028 std_dev=0.727
C2' B 0, 0.412, 1.528, 2.643, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.528 std_dev=1.115
O4' A 0, 0.486, 1.668, 2.851, 2.594 max_d=2.594 avg_d=1.668 std_dev=1.182
C2' A 0, 0.501, 1.721, 2.940, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.721 std_dev=1.219
O2' B 0, 0.420, 1.726, 3.033, 3.159 max_d=3.159 avg_d=1.726 std_dev=1.306
C4' A 0, 0.604, 2.066, 3.527, 3.154 max_d=3.154 avg_d=2.066 std_dev=1.461
O4' B 0, 0.581, 2.203, 3.826, 3.859 max_d=3.859 avg_d=2.203 std_dev=1.622
C3' A 0, 0.674, 2.308, 3.941, 3.545 max_d=3.545 avg_d=2.308 std_dev=1.633
O2' A 0, 0.765, 2.621, 4.477, 4.051 max_d=4.051 avg_d=2.621 std_dev=1.856
O3' A 0, 0.730, 2.600, 4.470, 4.316 max_d=4.316 avg_d=2.600 std_dev=1.870
C3' B 0, 0.541, 2.557, 4.573, 4.929 max_d=4.929 avg_d=2.557 std_dev=2.016
C4' B 0, 0.531, 2.642, 4.753, 5.167 max_d=5.167 avg_d=2.642 std_dev=2.111
O3' B 0, 0.814, 3.315, 5.816, 6.041 max_d=6.041 avg_d=3.315 std_dev=2.501
C5' A 0, 1.178, 4.027, 6.877, 6.165 max_d=6.165 avg_d=4.027 std_dev=2.849
C5' B 0, 1.206, 4.534, 7.862, 7.894 max_d=7.894 avg_d=4.534 std_dev=3.328
O5' A 0, 1.416, 4.841, 8.267, 7.410 max_d=7.410 avg_d=4.841 std_dev=3.426
O5' B 0, 1.452, 5.325, 9.197, 9.097 max_d=9.097 avg_d=5.325 std_dev=3.873
P A 0, 1.993, 6.809, 11.625, 10.372 max_d=10.372 avg_d=6.809 std_dev=4.816
P B 0, 2.005, 6.913, 11.821, 10.904 max_d=10.904 avg_d=6.913 std_dev=4.908
OP1 B 0, 2.091, 7.213, 12.335, 11.391 max_d=11.391 avg_d=7.213 std_dev=5.122
OP2 A 0, 2.122, 7.251, 12.379, 11.034 max_d=11.034 avg_d=7.251 std_dev=5.129
OP2 B 0, 2.159, 7.644, 13.130, 12.612 max_d=12.612 avg_d=7.644 std_dev=5.486
OP1 A 0, 2.325, 7.949, 13.573, 12.148 max_d=12.148 avg_d=7.949 std_dev=5.624

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.00 0.11 0.11 0.06 0.06
C2 0.05 0.00 0.21 0.27 0.00 0.32 0.01 0.61 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.17 0.33 0.29 0.85 1.03 1.23 1.06
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.10 0.01 0.04 0.10 0.09 0.11 0.16 0.21 0.06 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.24 0.24 0.33 0.26
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.16 0.00 0.22 0.01 0.22 0.36 0.22 0.26 0.26 0.34 0.17 0.04 0.01 0.02 0.09 0.03 0.08 0.06
C4 0.03 0.00 0.10 0.16 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.22 0.15 0.32 0.35 0.38 0.35
C4' 0.00 0.32 0.01 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.08 0.31 0.21 0.32 0.10 0.25 0.08 0.21 0.03 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.20 0.04 0.25 0.23 0.20 0.19
C5' 0.03 0.61 0.10 0.01 0.22 0.01 0.14 0.00 0.19 0.49 0.42 0.58 0.18 0.41 0.11 0.12 0.14 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.22 0.00 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.26 0.10 0.30 0.33 0.34 0.32
C8 0.02 0.01 0.11 0.36 0.00 0.31 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.20 0.07 0.20 0.69 0.70 0.77 0.71
N1 0.03 0.00 0.16 0.22 0.00 0.21 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.22 0.31 0.21 0.59 0.74 0.87 0.75
N3 0.05 0.00 0.21 0.26 0.00 0.32 0.01 0.58 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.31 0.30 0.81 0.91 1.06 0.95
N6 0.00 0.02 0.06 0.26 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.28 0.27 0.05 0.29 0.30 0.29 0.25
N7 0.01 0.01 0.06 0.34 0.00 0.25 0.00 0.41 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.25 0.14 0.12 0.61 0.65 0.75 0.65
N9 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.12 0.01 0.20 0.18 0.12 0.14
O2' 0.01 0.17 0.00 0.04 0.18 0.21 0.24 0.12 0.25 0.20 0.22 0.13 0.28 0.25 0.15 0.00 0.06 0.15 0.17 0.19 0.35 0.20
O3' 0.22 0.33 0.04 0.01 0.22 0.03 0.20 0.14 0.26 0.07 0.31 0.31 0.27 0.14 0.12 0.06 0.00 0.12 0.20 0.22 0.17 0.19
O4' 0.00 0.29 0.02 0.02 0.15 0.00 0.04 0.01 0.10 0.20 0.21 0.30 0.05 0.12 0.01 0.15 0.12 0.00 0.15 0.13 0.03 0.07
O5' 0.11 0.85 0.24 0.09 0.32 0.01 0.25 0.01 0.30 0.69 0.59 0.81 0.29 0.61 0.20 0.17 0.20 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 1.03 0.24 0.03 0.35 0.08 0.23 0.10 0.33 0.70 0.74 0.91 0.30 0.65 0.18 0.19 0.22 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 1.23 0.33 0.08 0.38 0.02 0.20 0.01 0.34 0.77 0.87 1.06 0.29 0.75 0.12 0.35 0.17 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 1.06 0.26 0.06 0.35 0.01 0.19 0.01 0.32 0.71 0.75 0.95 0.25 0.65 0.14 0.20 0.19 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.24 0.49 0.32 0.03 0.56 0.13 0.87 0.15 0.11 0.18 0.45 0.51 0.58 0.06 0.77 0.64 1.15 0.82 1.00
C2 0.45 0.48 0.60 0.81 0.14 0.39 0.11 0.43 0.21 0.39 0.33 0.58 0.54 0.91 0.02 0.33 1.01 0.99 1.48 0.91
C2' 0.61 0.62 0.13 0.21 0.29 0.97 0.21 1.25 0.29 0.48 0.49 0.85 0.17 0.29 0.25 1.19 1.07 1.48 1.07 1.39
C3' 0.49 0.77 0.14 0.11 0.53 0.88 0.34 1.34 0.32 0.52 0.74 1.03 0.30 0.32 0.54 1.06 1.35 1.57 1.63 1.77
C4 0.21 0.35 0.42 0.43 0.04 0.19 0.07 0.34 0.03 0.17 0.25 0.52 0.32 0.59 0.06 0.52 0.27 0.52 0.81 0.18
C4' 0.22 0.34 0.87 0.61 0.21 0.25 0.18 0.70 0.24 0.19 0.37 0.57 1.07 0.98 0.23 0.38 0.75 1.13 1.27 1.28
C5 0.17 0.29 0.31 0.32 0.05 0.24 0.10 0.46 0.07 0.14 0.22 0.42 0.23 0.45 0.11 0.46 0.26 0.39 1.03 0.25
C5' 0.63 0.43 1.29 1.09 0.35 0.42 0.41 0.31 0.55 0.47 0.47 0.61 1.55 1.55 0.37 0.12 0.34 0.70 1.19 0.93
C6 0.22 0.33 0.32 0.41 0.06 0.04 0.03 0.27 0.06 0.20 0.25 0.42 0.27 0.50 0.09 0.25 0.66 0.62 1.43 0.66
C8 0.28 0.22 0.42 0.39 0.11 0.70 0.18 1.08 0.21 0.21 0.17 0.35 0.43 0.50 0.12 0.77 0.57 0.84 0.97 0.79
N1 0.37 0.43 0.49 0.66 0.13 0.31 0.11 0.42 0.21 0.34 0.31 0.50 0.47 0.74 0.03 0.22 1.05 1.02 1.72 1.05
N3 0.36 0.44 0.56 0.70 0.10 0.22 0.06 0.11 0.10 0.30 0.30 0.59 0.44 0.86 0.02 0.45 0.61 0.67 0.93 0.36
N6 0.17 0.25 0.22 0.31 0.06 0.09 0.01 0.36 0.05 0.15 0.19 0.32 0.21 0.38 0.14 0.18 0.67 0.64 1.59 0.77
N7 0.25 0.23 0.33 0.34 0.13 0.56 0.18 0.89 0.20 0.20 0.19 0.33 0.31 0.43 0.15 0.63 0.26 0.51 0.98 0.44
N9 0.20 0.26 0.42 0.31 0.04 0.49 0.12 0.78 0.13 0.13 0.19 0.46 0.40 0.51 0.07 0.71 0.41 0.81 0.76 0.65
O2' 0.79 0.55 0.35 0.43 0.18 1.20 0.26 1.42 0.39 0.54 0.35 0.77 0.46 0.36 0.12 1.35 1.20 1.86 1.18 1.60
O3' 0.66 0.83 0.16 0.48 0.57 1.21 0.44 1.75 0.45 0.64 0.76 1.07 0.07 0.20 0.56 1.27 1.87 2.20 2.19 2.42
O4' 0.40 0.32 1.08 0.82 0.23 0.24 0.35 0.50 0.43 0.36 0.27 0.46 1.18 1.10 0.13 0.22 0.36 0.83 0.83 0.83
O5' 0.63 0.32 1.30 1.27 0.34 0.68 0.40 0.62 0.57 0.42 0.47 0.52 1.47 1.75 0.45 0.23 0.24 0.15 0.90 0.46
OP1 0.98 0.41 1.55 1.59 0.46 1.13 0.60 0.83 0.83 0.66 0.55 0.53 1.83 2.20 0.59 0.70 0.37 0.65 0.98 0.38
OP2 0.92 0.26 1.47 1.69 0.38 1.28 0.56 1.23 0.84 0.60 0.51 0.44 1.58 2.13 0.60 0.76 0.90 1.06 1.11 0.70
P 1.04 0.34 1.65 1.77 0.36 1.25 0.62 1.01 0.89 0.71 0.43 0.42 1.84 2.34 0.46 0.77 0.62 0.60 0.89 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.06 0.00 0.35 0.61 0.47 0.09
C2 0.03 0.00 0.12 0.29 0.01 0.33 0.03 0.56 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.25 0.00 0.22 0.46 0.40 1.14 0.57
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.08 0.25 0.01 0.02 0.02 0.01 0.23 0.63 0.22 0.07
C3' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.21 0.03 0.22 0.54 0.00 0.01 0.07 0.03 0.15 0.42 0.09 0.06
C4 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.39 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.09 0.54 0.23 1.46 0.67
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.28 0.07 0.28 0.59 0.08 0.02 0.18 0.00 0.01 0.68 0.12 0.25
C5 0.02 0.03 0.09 0.17 0.01 0.23 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.03 0.15 0.15 0.05 0.19 0.89 0.70 1.59 0.96
C5' 0.06 0.56 0.01 0.01 0.39 0.01 0.46 0.00 0.48 0.21 0.53 0.93 0.09 0.10 0.43 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.21 0.04 0.28 0.01 0.48 0.00 0.00 0.02 0.00 0.18 0.18 0.06 0.24 0.91 0.73 1.36 0.87
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.01 0.21 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.48 0.34 0.92 0.37
N3 0.04 0.00 0.08 0.22 0.01 0.28 0.01 0.53 0.02 0.03 0.00 0.04 0.13 0.19 0.01 0.15 0.42 0.25 1.35 0.61
O2 0.06 0.00 0.25 0.54 0.03 0.59 0.03 0.93 0.00 0.01 0.04 0.00 0.36 0.48 0.05 0.39 0.82 0.89 1.40 1.02
O2' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.03 0.08 0.15 0.09 0.18 0.03 0.13 0.36 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.98 0.18 0.33
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.04 0.02 0.15 0.10 0.18 0.02 0.19 0.48 0.05 0.00 0.03 0.01 0.09 0.57 0.40 0.33
O4 0.06 0.00 0.02 0.07 0.01 0.18 0.05 0.43 0.06 0.05 0.01 0.05 0.04 0.03 0.00 0.11 0.52 0.25 1.58 0.72
O4' 0.00 0.22 0.01 0.03 0.09 0.00 0.19 0.02 0.24 0.03 0.15 0.39 0.01 0.01 0.11 0.00 0.33 0.61 0.38 0.04
O5' 0.35 0.46 0.23 0.15 0.54 0.01 0.89 0.01 0.91 0.48 0.42 0.82 0.07 0.09 0.52 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.61 0.40 0.63 0.42 0.23 0.68 0.70 0.06 0.73 0.34 0.25 0.89 0.98 0.57 0.25 0.61 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 1.14 0.22 0.09 1.46 0.12 1.59 0.03 1.36 0.92 1.35 1.40 0.18 0.40 1.58 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.57 0.07 0.06 0.67 0.25 0.96 0.02 0.87 0.37 0.61 1.02 0.33 0.33 0.72 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00