ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53855

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C4' A 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O4' A 0, 0.000, 0.326, 0.652, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C3' A 0, 0.000, 0.326, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.326 std_dev=0.326
O2 B 0, 0.000, 0.357, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.357 std_dev=0.357
O3' A 0, 0.000, 0.392, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.392 std_dev=0.392
C2' A 0, 0.000, 0.399, 0.799, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C2 B 0, 0.000, 0.424, 0.847, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.424 std_dev=0.424
OP2 A 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
N3 B 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
C5' A 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
C5' B 0, 0.000, 0.484, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.484 std_dev=0.484
P A 0, 0.000, 0.501, 1.002, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.501 std_dev=0.501
O3' B 0, 0.000, 0.527, 1.055, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.527 std_dev=0.527
C3' B 0, 0.000, 0.537, 1.073, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.537 std_dev=0.537
O2' B 0, 0.000, 0.548, 1.096, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.548 std_dev=0.548
C4 B 0, 0.000, 0.551, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.551 std_dev=0.551
C2' B 0, 0.000, 0.557, 1.114, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.557 std_dev=0.557
OP1 A 0, 0.000, 0.574, 1.147, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.574 std_dev=0.574
N1 B 0, 0.000, 0.577, 1.154, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.577 std_dev=0.577
C1' B 0, 0.000, 0.585, 1.170, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.585 std_dev=0.585
C4' B 0, 0.000, 0.597, 1.194, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.597 std_dev=0.597
O4 B 0, 0.000, 0.612, 1.224, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.612 std_dev=0.612
O4' B 0, 0.000, 0.644, 1.287, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.644 std_dev=0.644
O2' A 0, 0.000, 0.655, 1.311, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.655 std_dev=0.655
O5' A 0, 0.000, 0.661, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.661 std_dev=0.661
C5 B 0, 0.000, 0.697, 1.394, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.697 std_dev=0.697
C6 B 0, 0.000, 0.709, 1.419, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.709 std_dev=0.709
OP1 B 0, 0.000, 0.716, 1.432, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.716 std_dev=0.716
P B 0, 0.000, 0.721, 1.441, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.721 std_dev=0.721
O5' B 0, 0.000, 0.757, 1.515, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.757 std_dev=0.757
OP2 B 0, 0.000, 0.787, 1.574, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.787 std_dev=0.787

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.20 0.31 0.07 0.14
C2 0.01 0.00 0.26 0.17 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.30 0.25 0.18 0.41 0.27 0.04 0.22
C2' 0.01 0.26 0.00 0.02 0.18 0.01 0.15 0.03 0.20 0.03 0.25 0.25 0.18 0.07 0.08 0.01 0.07 0.01 0.26 0.37 0.08 0.23
C3' 0.02 0.17 0.02 0.00 0.10 0.01 0.08 0.04 0.11 0.02 0.16 0.16 0.11 0.03 0.05 0.03 0.03 0.00 0.21 0.36 0.04 0.20
C4 0.01 0.01 0.18 0.10 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.17 0.13 0.37 0.32 0.01 0.22
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.26 0.19 0.03
C5 0.01 0.01 0.15 0.08 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.17 0.10 0.39 0.32 0.04 0.24
C5' 0.01 0.17 0.03 0.04 0.11 0.00 0.10 0.00 0.13 0.03 0.15 0.15 0.12 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.34 0.25 0.04
C6 0.02 0.01 0.20 0.11 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.26 0.21 0.12 0.42 0.31 0.07 0.25
C8 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.32 0.34 0.01 0.22
N1 0.03 0.01 0.25 0.16 0.02 0.05 0.02 0.15 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.31 0.25 0.15 0.43 0.29 0.08 0.25
N3 0.01 0.00 0.25 0.16 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.26 0.22 0.19 0.38 0.29 0.01 0.20
N6 0.02 0.02 0.18 0.11 0.02 0.03 0.01 0.12 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.26 0.21 0.10 0.44 0.32 0.10 0.27
N7 0.00 0.02 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.12 0.06 0.35 0.33 0.03 0.23
N9 0.00 0.02 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.12 0.04 0.32 0.34 0.01 0.21
O2' 0.01 0.30 0.01 0.03 0.21 0.01 0.20 0.03 0.26 0.05 0.31 0.26 0.26 0.12 0.09 0.00 0.10 0.01 0.11 0.28 0.02 0.12
O3' 0.08 0.25 0.07 0.03 0.17 0.04 0.17 0.04 0.21 0.10 0.25 0.22 0.21 0.12 0.12 0.10 0.00 0.05 0.03 0.24 0.01 0.08
O4' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.13 0.00 0.10 0.04 0.12 0.01 0.15 0.19 0.10 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.17 0.29 0.18 0.09
O5' 0.20 0.41 0.26 0.21 0.37 0.00 0.39 0.00 0.42 0.32 0.43 0.38 0.44 0.35 0.32 0.11 0.03 0.17 0.00 0.03 0.00 0.01
OP1 0.31 0.27 0.37 0.36 0.32 0.26 0.32 0.34 0.31 0.34 0.29 0.29 0.32 0.33 0.34 0.28 0.24 0.29 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.04 0.08 0.04 0.01 0.19 0.04 0.25 0.07 0.01 0.08 0.01 0.10 0.03 0.01 0.02 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.22 0.23 0.20 0.22 0.03 0.24 0.04 0.25 0.22 0.25 0.20 0.27 0.23 0.21 0.12 0.08 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.06 0.02 0.01 0.13 0.02 0.20 0.05 0.20 0.15 0.06 0.03 0.08 0.07 0.09 0.07 0.06 0.15 0.06 0.06
C2 0.01 0.04 0.11 0.09 0.21 0.03 0.26 0.02 0.18 0.09 0.09 0.04 0.15 0.16 0.24 0.01 0.03 0.18 0.03 0.06
C2' 0.02 0.05 0.04 0.09 0.03 0.08 0.04 0.09 0.05 0.03 0.07 0.09 0.08 0.15 0.06 0.02 0.09 0.02 0.22 0.11
C3' 0.04 0.02 0.01 0.05 0.05 0.05 0.13 0.07 0.13 0.07 0.03 0.10 0.09 0.13 0.03 0.00 0.01 0.04 0.15 0.03
C4 0.02 0.02 0.13 0.11 0.10 0.07 0.15 0.01 0.10 0.04 0.01 0.10 0.18 0.17 0.10 0.04 0.03 0.11 0.10 0.00
C4' 0.20 0.12 0.13 0.13 0.23 0.12 0.34 0.13 0.34 0.25 0.13 0.01 0.02 0.02 0.21 0.17 0.22 0.27 0.07 0.19
C5 0.11 0.10 0.19 0.16 0.01 0.13 0.02 0.06 0.03 0.07 0.08 0.15 0.23 0.20 0.01 0.12 0.12 0.04 0.14 0.07
C5' 0.18 0.14 0.10 0.13 0.31 0.11 0.42 0.14 0.40 0.27 0.18 0.01 0.10 0.02 0.31 0.15 0.30 0.33 0.13 0.27
C6 0.13 0.11 0.21 0.18 0.01 0.14 0.01 0.07 0.06 0.10 0.07 0.14 0.23 0.22 0.04 0.14 0.14 0.03 0.14 0.08
C8 0.07 0.09 0.15 0.13 0.03 0.11 0.01 0.04 0.00 0.04 0.09 0.15 0.20 0.17 0.06 0.08 0.10 0.03 0.16 0.07
N1 0.08 0.04 0.18 0.16 0.12 0.10 0.12 0.04 0.03 0.03 0.02 0.09 0.20 0.21 0.19 0.10 0.08 0.10 0.08 0.02
N3 0.05 0.05 0.07 0.06 0.19 0.01 0.26 0.04 0.21 0.13 0.09 0.04 0.13 0.14 0.20 0.02 0.05 0.18 0.03 0.07
N6 0.19 0.16 0.25 0.22 0.12 0.19 0.14 0.11 0.17 0.17 0.14 0.16 0.26 0.25 0.09 0.20 0.21 0.04 0.18 0.14
N7 0.12 0.14 0.19 0.16 0.09 0.14 0.05 0.07 0.07 0.10 0.14 0.17 0.23 0.20 0.11 0.13 0.14 0.00 0.17 0.10
N9 0.01 0.03 0.11 0.09 0.06 0.07 0.12 0.02 0.09 0.04 0.01 0.11 0.18 0.16 0.04 0.03 0.04 0.08 0.12 0.02
O2' 0.16 0.04 0.12 0.04 0.02 0.05 0.07 0.01 0.11 0.12 0.03 0.02 0.10 0.01 0.09 0.12 0.02 0.03 0.16 0.06
O3' 0.11 0.02 0.08 0.03 0.01 0.03 0.12 0.01 0.14 0.10 0.05 0.08 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04 0.06 0.10 0.01
O4' 0.12 0.10 0.01 0.06 0.25 0.06 0.35 0.12 0.32 0.22 0.13 0.06 0.16 0.06 0.24 0.09 0.18 0.27 0.06 0.19
O5' 0.00 0.17 0.00 0.03 0.15 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.21 0.23 0.02 0.02 0.17 0.01 0.05 0.05 0.18 0.11
OP1 0.01 0.12 0.04 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03 0.14 0.02 0.12 0.22 0.09 0.00 0.01 0.06 0.17 0.15 0.07 0.13
OP2 0.14 0.09 0.10 0.08 0.19 0.07 0.27 0.01 0.27 0.18 0.11 0.02 0.04 0.00 0.20 0.10 0.17 0.12 0.07 0.06
P 0.05 0.06 0.01 0.02 0.02 0.04 0.13 0.02 0.14 0.05 0.06 0.14 0.02 0.00 0.02 0.06 0.10 0.08 0.06 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.10 0.03 0.18 0.09
C2 0.03 0.00 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.04 0.03 0.00 0.08 0.07 0.11 0.03
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.09 0.12 0.00 0.02 0.06 0.00 0.09 0.04 0.20 0.10
C3' 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.03 0.11 0.05 0.03 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.18 0.07
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.17 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.16 0.03 0.07
C4' 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.18 0.07
C5 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.00 0.04 0.13 0.05 0.08
C5' 0.04 0.09 0.03 0.03 0.17 0.00 0.20 0.00 0.17 0.10 0.12 0.05 0.02 0.04 0.19 0.03 0.01 0.05 0.23 0.06
C6 0.01 0.00 0.03 0.11 0.02 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.12 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.07 0.02 0.11 0.05
N3 0.03 0.01 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.12 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.04 0.03 0.01 0.05 0.12 0.05 0.01
O2 0.03 0.00 0.12 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.10 0.04 0.00 0.11 0.05 0.16 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.13 0.00 0.00 0.07 0.04 0.07 0.03 0.20 0.09
O3' 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.04 0.12 0.05 0.04 0.10 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02 0.15 0.04
O4 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.02 0.00 0.00 0.05 0.23 0.11 0.14
O4' 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.00 0.13 0.07 0.21 0.13
O5' 0.10 0.08 0.09 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.07 0.05 0.11 0.07 0.03 0.05 0.13 0.00 0.00 0.05 0.02
OP1 0.03 0.07 0.04 0.01 0.16 0.00 0.13 0.05 0.05 0.02 0.12 0.05 0.03 0.02 0.23 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.11 0.20 0.18 0.03 0.18 0.05 0.23 0.03 0.11 0.05 0.16 0.20 0.15 0.11 0.21 0.05 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.03 0.10 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.04 0.14 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00