ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53856

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C6 B 0, 0.000, 0.426, 0.852, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C5 B 0, 0.000, 0.505, 1.010, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.505
N1 B 0, 0.000, 0.545, 1.090, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.545 std_dev=0.545
C4 B 0, 0.000, 0.726, 1.453, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.726 std_dev=0.726
C2 B 0, 0.000, 0.807, 1.614, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.807 std_dev=0.807
C1' B 0, 0.000, 0.836, 1.672, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.836 std_dev=0.836
N3 B 0, 0.000, 0.853, 1.706, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.853 std_dev=0.853
O4 B 0, 0.000, 1.025, 2.050, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.025 std_dev=1.025
O2 B 0, 0.000, 1.159, 2.319, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.159 std_dev=1.159
O3' A 0, 0.000, 1.161, 2.321, 2.321 max_d=2.321 avg_d=1.161 std_dev=1.161
O4' A 0, 0.000, 1.240, 2.479, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.240 std_dev=1.240
C2' A 0, 0.000, 1.317, 2.633, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.317 std_dev=1.317
C2' B 0, 0.000, 1.380, 2.761, 2.761 max_d=2.761 avg_d=1.380 std_dev=1.380
C3' A 0, 0.000, 1.438, 2.877, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.438 std_dev=1.438
C4' A 0, 0.000, 1.457, 2.915, 2.915 max_d=2.915 avg_d=1.457 std_dev=1.457
O2' B 0, 0.000, 1.517, 3.033, 3.033 max_d=3.033 avg_d=1.517 std_dev=1.517
O3' B 0, 0.000, 1.788, 3.576, 3.576 max_d=3.576 avg_d=1.788 std_dev=1.788
C3' B 0, 0.000, 2.122, 4.245, 4.245 max_d=4.245 avg_d=2.122 std_dev=2.122
O2' A 0, 0.000, 2.134, 4.268, 4.268 max_d=4.268 avg_d=2.134 std_dev=2.134
O4' B 0, 0.000, 2.137, 4.275, 4.275 max_d=4.275 avg_d=2.137 std_dev=2.137
OP2 A 0, 0.000, 2.417, 4.835, 4.835 max_d=4.835 avg_d=2.417 std_dev=2.417
P A 0, 0.000, 2.519, 5.039, 5.039 max_d=5.039 avg_d=2.519 std_dev=2.519
C5' A 0, 0.000, 2.672, 5.345, 5.345 max_d=5.345 avg_d=2.672 std_dev=2.672
C4' B 0, 0.000, 2.688, 5.376, 5.376 max_d=5.376 avg_d=2.688 std_dev=2.688
O5' A 0, 0.000, 2.773, 5.547, 5.547 max_d=5.547 avg_d=2.773 std_dev=2.773
OP1 A 0, 0.000, 3.119, 6.239, 6.239 max_d=6.239 avg_d=3.119 std_dev=3.119
C5' B 0, 0.000, 4.108, 8.215, 8.215 max_d=8.215 avg_d=4.108 std_dev=4.108
O5' B 0, 0.000, 4.346, 8.693, 8.693 max_d=8.693 avg_d=4.346 std_dev=4.346
OP1 B 0, 0.000, 5.247, 10.494, 10.494 max_d=10.494 avg_d=5.247 std_dev=5.247
P B 0, 0.000, 5.448, 10.896, 10.896 max_d=10.896 avg_d=5.448 std_dev=5.448
OP2 B 0, 0.000, 6.216, 12.431, 12.431 max_d=12.431 avg_d=6.216 std_dev=6.216

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.19 0.01 0.50 0.10 0.28 0.09
C2 0.00 0.00 0.06 0.32 0.02 0.47 0.02 0.62 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.66 0.00 0.50 0.07 0.03 0.20 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.20 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.72 0.28 0.90 0.57
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.15 0.00 0.08 0.02 0.12 0.10 0.23 0.31 0.07 0.05 0.02 0.00 0.00 0.04 0.32 0.02 0.72 0.28
C4 0.01 0.02 0.03 0.15 0.00 0.18 0.00 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.33 0.08 0.25 0.55 0.28 0.19 0.27
C4' 0.01 0.47 0.03 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.11 0.31 0.31 0.46 0.01 0.23 0.05 0.07 0.01 0.00 0.05 0.29 0.18 0.16
C5 0.01 0.02 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.19 0.09 0.08 0.84 0.66 0.39 0.56
C5' 0.11 0.62 0.20 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.67 0.36 0.58 0.16 0.57 0.24 0.10 0.13 0.01 0.01 0.13 0.21 0.03
C6 0.03 0.00 0.05 0.12 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.34 0.08 0.18 0.71 0.66 0.27 0.50
C8 0.01 0.02 0.03 0.10 0.00 0.31 0.01 0.67 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.20 0.16 0.28 1.21 0.78 0.69 0.78
N1 0.02 0.01 0.06 0.23 0.01 0.31 0.01 0.36 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.54 0.03 0.36 0.36 0.35 0.01 0.21
N3 0.01 0.00 0.06 0.31 0.01 0.46 0.00 0.58 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.64 0.02 0.51 0.08 0.07 0.14 0.09
N6 0.05 0.02 0.06 0.07 0.04 0.01 0.03 0.16 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.27 0.10 0.08 0.88 0.91 0.40 0.69
N7 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.23 0.00 0.57 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.13 0.16 1.19 0.95 0.67 0.85
N9 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.14 0.01 0.79 0.32 0.40 0.39
O2' 0.01 0.66 0.00 0.00 0.33 0.07 0.19 0.10 0.34 0.20 0.54 0.64 0.27 0.09 0.05 0.00 0.03 0.03 0.58 0.07 0.92 0.48
O3' 0.19 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.09 0.13 0.08 0.16 0.03 0.02 0.10 0.13 0.14 0.03 0.00 0.16 0.00 0.36 0.51 0.01
O4' 0.01 0.50 0.02 0.04 0.25 0.00 0.08 0.01 0.18 0.28 0.36 0.51 0.08 0.16 0.01 0.03 0.16 0.00 0.21 0.27 0.09 0.24
O5' 0.50 0.07 0.72 0.32 0.55 0.05 0.84 0.01 0.71 1.21 0.36 0.08 0.88 1.19 0.79 0.58 0.00 0.21 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.10 0.03 0.28 0.02 0.28 0.29 0.66 0.13 0.66 0.78 0.35 0.07 0.91 0.95 0.32 0.07 0.36 0.27 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.20 0.90 0.72 0.19 0.18 0.39 0.21 0.27 0.69 0.01 0.14 0.40 0.67 0.40 0.92 0.51 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.06 0.57 0.28 0.27 0.16 0.56 0.03 0.50 0.78 0.21 0.09 0.69 0.85 0.39 0.48 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.40 0.80 0.51 0.21 0.19 0.07 0.13 0.16 0.07 0.41 0.61 0.92 0.35 0.27 0.39 0.29 0.32 0.13 0.22
C2 0.23 0.04 0.45 0.46 0.02 0.11 0.19 0.00 0.29 0.16 0.11 0.11 0.24 0.15 0.10 0.34 0.42 0.43 0.13 0.44
C2' 0.67 0.10 0.11 0.05 0.24 0.61 0.57 0.43 0.73 0.49 0.03 0.13 0.07 0.27 0.13 0.82 0.01 0.03 0.18 0.04
C3' 0.30 0.16 0.38 0.29 0.09 0.20 0.17 0.07 0.30 0.13 0.23 0.31 0.24 0.05 0.17 0.37 0.55 0.59 0.53 0.63
C4 0.27 0.25 0.55 0.26 0.20 0.48 0.07 0.48 0.21 0.07 0.35 0.38 0.59 0.02 0.29 0.69 0.06 0.01 0.65 0.12
C4' 0.18 0.50 0.86 0.75 0.46 0.19 0.30 0.38 0.22 0.32 0.55 0.57 0.82 0.62 0.51 0.03 0.86 0.90 0.73 0.86
C5 0.43 0.18 0.28 0.12 0.28 0.90 0.00 1.05 0.20 0.15 0.38 0.25 0.48 0.27 0.41 1.05 0.66 0.59 1.42 0.77
C5' 0.08 0.33 0.59 0.55 0.47 0.11 0.44 0.40 0.34 0.28 0.43 0.27 0.45 0.36 0.53 0.03 0.94 1.00 1.00 1.00
C6 0.49 0.03 0.11 0.15 0.23 0.85 0.02 1.02 0.24 0.27 0.24 0.04 0.23 0.31 0.40 1.00 0.69 0.66 1.52 0.80
C8 0.30 0.36 0.43 0.18 0.34 1.02 0.04 1.20 0.13 0.01 0.49 0.54 0.84 0.28 0.45 1.03 0.76 0.64 1.41 0.89
N1 0.38 0.10 0.21 0.13 0.07 0.45 0.13 0.48 0.29 0.28 0.08 0.08 0.13 0.10 0.21 0.64 0.13 0.11 0.83 0.16
N3 0.17 0.18 0.63 0.58 0.08 0.06 0.16 0.06 0.26 0.07 0.23 0.30 0.45 0.27 0.14 0.32 0.51 0.51 0.01 0.50
N6 0.57 0.18 0.11 0.41 0.26 1.10 0.02 1.42 0.22 0.34 0.17 0.29 0.11 0.49 0.50 1.17 1.18 1.21 2.21 1.38
N7 0.43 0.26 0.22 0.37 0.36 1.24 0.06 1.51 0.15 0.10 0.47 0.37 0.64 0.43 0.50 1.26 1.10 0.99 1.89 1.26
N9 0.20 0.36 0.64 0.22 0.26 0.55 0.03 0.58 0.16 0.01 0.43 0.54 0.83 0.04 0.34 0.70 0.15 0.08 0.69 0.23
O2' 0.94 0.43 0.12 0.19 0.77 0.71 1.19 0.53 1.29 0.89 0.44 0.07 0.14 0.32 0.68 1.03 0.19 0.24 0.42 0.19
O3' 0.34 0.05 0.40 0.38 0.12 0.10 0.40 0.19 0.48 0.24 0.08 0.26 0.27 0.23 0.06 0.37 0.65 0.66 0.65 0.72
O4' 0.45 0.77 1.24 0.99 0.69 0.27 0.53 0.33 0.46 0.59 0.80 0.85 1.26 0.82 0.73 0.13 0.81 0.86 0.45 0.75
O5' 0.44 0.31 0.01 0.07 0.18 0.23 0.16 0.17 0.21 0.31 0.24 0.37 0.07 0.00 0.15 0.40 0.57 0.65 0.71 0.64
OP1 0.29 0.32 0.15 0.30 0.24 0.33 0.17 0.25 0.16 0.25 0.30 0.39 0.08 0.01 0.24 0.35 0.18 0.05 0.03 0.18
OP2 0.13 0.15 0.12 0.31 0.24 0.71 0.28 1.23 0.27 0.20 0.19 0.09 0.15 0.02 0.25 0.50 1.25 1.40 1.47 1.34
P 0.21 0.16 0.02 0.02 0.08 0.04 0.04 0.34 0.05 0.13 0.12 0.21 0.05 0.00 0.06 0.09 0.47 0.57 0.60 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.23 0.01 0.01 0.10 0.12 0.52 0.09
C2 0.02 0.00 0.00 0.07 0.02 0.27 0.02 0.56 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.14 0.02 0.26 0.74 0.79 1.45 0.88
C2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.18 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.05 0.02 0.31 0.29 0.51 0.31
C3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.09 0.00 0.20 0.02 0.23 0.07 0.02 0.22 0.02 0.00 0.08 0.07 0.02 0.08 0.08 0.02
C4 0.01 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.22 0.13 0.00 0.07 0.12 0.12 0.77 0.14
C4' 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.00 0.26 0.01 0.33 0.03 0.19 0.55 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.26 0.00
C5 0.01 0.02 0.05 0.20 0.00 0.26 0.00 0.36 0.01 0.02 0.00 0.03 0.40 0.15 0.01 0.30 0.42 0.64 0.04 0.56
C5' 0.05 0.56 0.18 0.02 0.07 0.01 0.36 0.00 0.46 0.04 0.45 1.05 0.02 0.13 0.10 0.02 0.00 0.34 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.23 0.01 0.33 0.01 0.46 0.00 0.00 0.02 0.00 0.39 0.16 0.01 0.40 0.52 0.77 0.07 0.64
N1 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.06 0.10 0.04 0.63 0.10
N3 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.19 0.00 0.45 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.02 0.15 0.61 0.76 1.40 0.77
O2 0.01 0.00 0.04 0.22 0.03 0.55 0.03 1.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.47 0.12 0.04 0.53 1.34 1.46 2.14 1.59
O2' 0.04 0.15 0.00 0.02 0.22 0.14 0.40 0.02 0.39 0.10 0.02 0.47 0.00 0.05 0.22 0.10 0.26 0.30 0.46 0.30
O3' 0.23 0.14 0.03 0.00 0.13 0.00 0.15 0.13 0.16 0.16 0.12 0.12 0.05 0.00 0.12 0.12 0.18 0.22 0.14 0.18
O4 0.01 0.02 0.05 0.08 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.04 0.22 0.12 0.00 0.05 0.17 0.23 0.85 0.21
O4' 0.01 0.26 0.02 0.07 0.07 0.01 0.30 0.02 0.40 0.06 0.15 0.53 0.10 0.12 0.05 0.00 0.08 0.43 0.41 0.09
O5' 0.10 0.74 0.31 0.02 0.12 0.01 0.42 0.00 0.52 0.10 0.61 1.34 0.26 0.18 0.17 0.08 0.00 0.05 0.04 0.00
OP1 0.12 0.79 0.29 0.08 0.12 0.31 0.64 0.34 0.77 0.04 0.76 1.46 0.30 0.22 0.23 0.43 0.05 0.00 0.03 0.01
OP2 0.52 1.45 0.51 0.08 0.77 0.26 0.04 0.18 0.07 0.63 1.40 2.14 0.46 0.14 0.85 0.41 0.04 0.03 0.00 0.01
P 0.09 0.88 0.31 0.02 0.14 0.00 0.56 0.02 0.64 0.10 0.77 1.59 0.30 0.18 0.21 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00