ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53857

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C8 A 0, 0.000, 0.064, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.000, 0.134, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O4' A 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C4 B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C3' A 0, 0.000, 0.377, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C5 B 0, 0.000, 0.381, 0.762, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.381
O4 B 0, 0.000, 0.443, 0.886, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.443 std_dev=0.443
C6 B 0, 0.000, 0.474, 0.948, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.474 std_dev=0.474
N3 B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
N1 B 0, 0.000, 0.505, 1.010, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.505
C5' A 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
O4' B 0, 0.000, 0.535, 1.070, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.535 std_dev=0.535
C2 B 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
O5' A 0, 0.000, 0.551, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.551 std_dev=0.551
O2' A 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
OP2 B 0, 0.000, 0.656, 1.312, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.656 std_dev=0.656
O3' A 0, 0.000, 0.667, 1.334, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.667 std_dev=0.667
C4' B 0, 0.000, 0.668, 1.335, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.668 std_dev=0.668
C5' B 0, 0.000, 0.694, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.694 std_dev=0.694
O5' B 0, 0.000, 0.697, 1.394, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.697 std_dev=0.697
C1' B 0, 0.000, 0.701, 1.403, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.701 std_dev=0.701
O2 B 0, 0.000, 0.755, 1.510, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.755 std_dev=0.755
OP2 A 0, 0.000, 0.792, 1.584, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.792 std_dev=0.792
P B 0, 0.000, 0.809, 1.618, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.809 std_dev=0.809
P A 0, 0.000, 0.855, 1.710, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.855 std_dev=0.855
C3' B 0, 0.000, 0.932, 1.864, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.932 std_dev=0.932
C2' B 0, 0.000, 0.973, 1.945, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.973 std_dev=0.973
O3' B 0, 0.000, 1.006, 2.012, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.006 std_dev=1.006
O2' B 0, 0.000, 1.029, 2.059, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.029 std_dev=1.029
OP1 A 0, 0.000, 1.141, 2.282, 2.282 max_d=2.282 avg_d=1.141 std_dev=1.141
OP1 B 0, 0.000, 1.277, 2.554, 2.554 max_d=2.554 avg_d=1.277 std_dev=1.277

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.23 0.06 0.05 0.09 0.19 0.15
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.09 0.07 0.03 0.06 0.04 0.08 0.05 0.03 0.00 0.06 0.02 0.12 0.18 0.07 0.12
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.13 0.04 0.07 0.03 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.09 0.01 0.15 0.08
C4 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.13 0.03 0.04 0.08 0.17 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.13 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 0.03 0.05 0.11 0.19 0.14
C5' 0.01 0.06 0.09 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02
C6 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.11 0.04 0.06 0.12 0.21 0.16
C8 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.06 0.02 0.04 0.08 0.15 0.10
N1 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.26 0.19 0.05 0.06 0.11 0.21 0.16
N3 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.23 0.05 0.04 0.07 0.17 0.13
N6 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.08 0.04 0.06 0.14 0.22 0.17
N7 0.00 0.01 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.03 0.00 0.05 0.11 0.19 0.13
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.05 0.00 0.03 0.05 0.14 0.09
O2' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.19 0.13 0.25 0.02 0.28 0.15 0.26 0.15 0.31 0.22 0.12 0.00 0.15 0.08 0.11 0.18 0.15 0.12
O3' 0.11 0.23 0.06 0.00 0.13 0.02 0.07 0.05 0.11 0.06 0.19 0.23 0.08 0.03 0.05 0.15 0.00 0.09 0.11 0.07 0.17 0.10
O4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.03 0.09 0.06
O5' 0.01 0.05 0.12 0.09 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.11 0.11 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.00 0.09 0.18 0.01 0.08 0.03 0.11 0.04 0.12 0.08 0.11 0.07 0.14 0.11 0.05 0.18 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.19 0.07 0.15 0.17 0.05 0.19 0.00 0.21 0.15 0.21 0.17 0.22 0.19 0.14 0.15 0.17 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.12 0.08 0.13 0.01 0.14 0.02 0.16 0.10 0.16 0.13 0.17 0.13 0.09 0.12 0.10 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.34 0.41 0.56 0.01 0.37 0.07 0.40 0.05 0.21 0.25 0.50 0.22 0.58 0.13 0.22 0.44 0.48 0.27 0.34
C2 0.21 0.07 0.47 0.63 0.21 0.44 0.17 0.48 0.05 0.07 0.10 0.24 0.20 0.67 0.29 0.23 0.50 0.66 0.34 0.46
C2' 0.40 0.46 0.52 0.62 0.16 0.44 0.10 0.45 0.21 0.35 0.39 0.57 0.36 0.61 0.00 0.32 0.50 0.47 0.30 0.36
C3' 0.37 0.45 0.48 0.56 0.11 0.38 0.00 0.36 0.12 0.31 0.38 0.62 0.36 0.57 0.02 0.27 0.38 0.30 0.12 0.21
C4 0.17 0.20 0.34 0.55 0.15 0.36 0.18 0.41 0.07 0.10 0.07 0.36 0.11 0.59 0.25 0.17 0.46 0.57 0.32 0.40
C4' 0.31 0.40 0.40 0.54 0.14 0.37 0.02 0.39 0.10 0.27 0.36 0.55 0.23 0.56 0.07 0.25 0.44 0.43 0.26 0.33
C5 0.06 0.10 0.19 0.48 0.16 0.32 0.23 0.40 0.15 0.00 0.02 0.23 0.05 0.55 0.21 0.11 0.45 0.60 0.35 0.43
C5' 0.30 0.43 0.35 0.51 0.26 0.37 0.10 0.41 0.14 0.29 0.43 0.55 0.17 0.54 0.25 0.26 0.45 0.44 0.31 0.36
C6 0.00 0.01 0.15 0.50 0.19 0.35 0.23 0.45 0.18 0.07 0.09 0.10 0.14 0.59 0.22 0.11 0.48 0.69 0.39 0.49
C8 0.09 0.20 0.19 0.43 0.05 0.27 0.19 0.33 0.11 0.06 0.17 0.32 0.01 0.50 0.12 0.08 0.38 0.47 0.28 0.34
N1 0.09 0.03 0.33 0.60 0.22 0.41 0.20 0.48 0.12 0.03 0.14 0.09 0.00 0.67 0.26 0.18 0.50 0.71 0.38 0.49
N3 0.25 0.19 0.47 0.61 0.17 0.41 0.15 0.45 0.02 0.13 0.00 0.39 0.23 0.64 0.28 0.23 0.48 0.60 0.32 0.41
N6 0.13 0.09 0.08 0.38 0.17 0.29 0.24 0.43 0.25 0.16 0.10 0.01 0.33 0.52 0.17 0.03 0.47 0.75 0.44 0.55
N7 0.01 0.12 0.10 0.39 0.10 0.25 0.24 0.34 0.18 0.02 0.09 0.23 0.11 0.48 0.13 0.05 0.39 0.52 0.33 0.38
N9 0.18 0.26 0.32 0.51 0.07 0.33 0.15 0.38 0.04 0.13 0.18 0.41 0.11 0.56 0.18 0.16 0.43 0.50 0.29 0.36
O2' 0.76 0.77 0.86 0.94 0.43 0.77 0.44 0.78 0.57 0.70 0.67 0.85 0.70 0.88 0.21 0.67 0.82 0.77 0.58 0.67
O3' 0.47 0.50 0.63 0.66 0.06 0.44 0.01 0.39 0.15 0.37 0.36 0.71 0.56 0.68 0.14 0.33 0.39 0.29 0.08 0.18
O4' 0.23 0.33 0.35 0.52 0.07 0.35 0.04 0.39 0.04 0.20 0.29 0.48 0.15 0.56 0.00 0.20 0.44 0.49 0.30 0.36
O5' 0.27 0.43 0.29 0.47 0.30 0.36 0.12 0.40 0.14 0.27 0.45 0.53 0.11 0.51 0.33 0.24 0.44 0.42 0.32 0.37
OP1 0.26 0.46 0.21 0.39 0.40 0.33 0.20 0.38 0.17 0.29 0.51 0.54 0.04 0.43 0.49 0.25 0.41 0.34 0.30 0.34
OP2 0.05 0.25 0.00 0.23 0.25 0.18 0.04 0.26 0.01 0.10 0.33 0.33 0.18 0.29 0.34 0.07 0.31 0.32 0.28 0.30
P 0.15 0.35 0.12 0.33 0.30 0.26 0.09 0.33 0.07 0.19 0.41 0.44 0.06 0.38 0.38 0.16 0.37 0.36 0.30 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.08
C2 0.00 0.00 0.14 0.18 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.07 0.14 0.14 0.01 0.04
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.11 0.22 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.04 0.17 0.08
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.20 0.00 0.16 0.00 0.12 0.13 0.21 0.18 0.00 0.00 0.20 0.00 0.00 0.15 0.01 0.04
C4 0.00 0.00 0.04 0.20 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.15 0.00 0.02 0.24 0.20 0.11 0.14
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.05 0.04 0.03 0.10 0.05 0.08 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.16 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.13 0.00 0.04 0.25 0.17 0.06 0.14
C5' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.16 0.00 0.20 0.00 0.18 0.09 0.10 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.07 0.12 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.00 0.06 0.19 0.12 0.04 0.08
N1 0.00 0.00 0.03 0.13 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.11 0.10 0.06 0.01
N3 0.00 0.00 0.11 0.21 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.01 0.06 0.20 0.18 0.08 0.10
O2 0.00 0.00 0.22 0.18 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.11 0.09 0.13 0.00 0.01
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.10 0.12 0.07 0.11 0.06 0.05 0.06 0.00 0.04 0.11 0.09 0.02 0.12 0.14 0.02
O3' 0.07 0.08 0.00 0.00 0.15 0.05 0.13 0.01 0.09 0.05 0.13 0.06 0.04 0.00 0.16 0.06 0.06 0.32 0.13 0.15
O4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.16 0.00 0.03 0.25 0.20 0.14 0.15
O4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.11 0.09 0.06 0.03 0.00 0.04 0.03 0.19 0.12
O5' 0.02 0.14 0.07 0.00 0.24 0.01 0.25 0.00 0.19 0.11 0.20 0.09 0.02 0.06 0.25 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.14 0.04 0.15 0.20 0.08 0.17 0.05 0.12 0.10 0.18 0.13 0.12 0.32 0.20 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.01 0.17 0.01 0.11 0.06 0.06 0.02 0.04 0.06 0.08 0.00 0.14 0.13 0.14 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.04 0.08 0.04 0.14 0.02 0.14 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.15 0.15 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00