ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53858

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O4 B 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C3' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
OP2 B 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O3' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 B 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4' A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
OP2 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O5' A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
P B 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
P A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O5' B 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C5' A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N3 B 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C5 B 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
OP1 B 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O4' B 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
OP1 A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C6 B 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C5' B 0, 0.000, 0.046, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C2 B 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C4' B 0, 0.000, 0.050, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.050
N1 B 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C1' B 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O2 B 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C2' B 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C3' B 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O2' B 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O3' B 0, 0.000, 0.086, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.086 std_dev=0.086

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03
N7 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
C5 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
C6 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
C8 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
N1 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
N3 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
N6 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01
N7 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
O4' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
OP1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
OP2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
P 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
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