ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53865

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 9, 12, 5, 1, 3, 4, 9, 21, 13, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.022, 0.036, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.021, 0.038, 0.054, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.029, 0.049, 0.070, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.049 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.030, 0.053, 0.076, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.053 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.046, 0.076, 0.106, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.076 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.041, 0.073, 0.104, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.073 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.054, 0.093, 0.131, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.093 std_dev=0.039
N7 B 0, 0.183, 0.413, 0.644, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.413 std_dev=0.231
C5 B 0, 0.202, 0.450, 0.698, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.450 std_dev=0.248
C2' A 0, 0.024, 0.278, 0.531, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.278 std_dev=0.253
C8 B 0, 0.190, 0.446, 0.703, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.446 std_dev=0.257
O4' A 0, -0.064, 0.195, 0.454, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.195 std_dev=0.259
N9 B 0, 0.235, 0.504, 0.773, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.504 std_dev=0.269
C4 B 0, 0.240, 0.515, 0.790, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.515 std_dev=0.275
C2' B 0, 0.214, 0.518, 0.822, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.518 std_dev=0.304
C1' B 0, 0.291, 0.619, 0.946, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.619 std_dev=0.327
C6 B 0, 0.206, 0.534, 0.863, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.534 std_dev=0.329
N3 B 0, 0.283, 0.646, 1.009, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.646 std_dev=0.363
O6 B 0, 0.228, 0.592, 0.957, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.592 std_dev=0.364
O4' B 0, 0.345, 0.712, 1.078, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.712 std_dev=0.367
N1 B 0, 0.239, 0.656, 1.073, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.656 std_dev=0.417
C2 B 0, 0.272, 0.702, 1.133, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.702 std_dev=0.430
C5' B 0, 0.378, 0.813, 1.248, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.813 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.403, 0.851, 1.298, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.851 std_dev=0.447
C4' A 0, 0.076, 0.535, 0.994, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.535 std_dev=0.459
N2 B 0, 0.325, 0.871, 1.416, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.871 std_dev=0.546
O2' A 0, 0.215, 0.773, 1.331, 3.057 max_d=3.057 avg_d=0.773 std_dev=0.558
O5' B 0, 0.352, 0.929, 1.506, 3.081 max_d=3.081 avg_d=0.929 std_dev=0.577
C3' B 0, 0.334, 0.970, 1.605, 2.352 max_d=2.352 avg_d=0.970 std_dev=0.635
C5' A 0, 0.080, 0.718, 1.355, 3.837 max_d=3.837 avg_d=0.718 std_dev=0.637
O2' B 0, 0.411, 1.121, 1.831, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.121 std_dev=0.710
C3' A 0, 0.126, 0.884, 1.642, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.884 std_dev=0.758
P B 0, 0.317, 1.100, 1.883, 4.616 max_d=4.616 avg_d=1.100 std_dev=0.783
O5' A 0, 0.170, 1.078, 1.986, 4.548 max_d=4.548 avg_d=1.078 std_dev=0.908
P A 0, 0.059, 1.134, 2.210, 6.429 max_d=6.429 avg_d=1.134 std_dev=1.076
OP1 B 0, 0.429, 1.529, 2.630, 5.503 max_d=5.503 avg_d=1.529 std_dev=1.101
OP1 A 0, 0.113, 1.282, 2.451, 7.141 max_d=7.141 avg_d=1.282 std_dev=1.169
OP2 B 0, 0.318, 1.682, 3.046, 5.613 max_d=5.613 avg_d=1.682 std_dev=1.364
O3' B 0, 0.219, 1.643, 3.068, 3.683 max_d=3.683 avg_d=1.643 std_dev=1.425
O3' A 0, 0.066, 1.540, 3.015, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.540 std_dev=1.475
OP2 A 0, 0.087, 1.799, 3.510, 6.760 max_d=6.760 avg_d=1.799 std_dev=1.711

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.35 0.01 0.14 0.78 0.18 0.25
C2 0.04 0.00 0.15 0.10 0.01 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.40 0.50 0.18 0.22 0.98 0.78 0.18
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.22 0.09 0.10 0.13 0.15 0.08 0.07 0.03 0.00 0.05 0.03 0.46 0.74 0.31 0.54
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.18 0.01 0.32 0.03 0.30 0.43 0.19 0.08 0.38 0.45 0.23 0.02 0.01 0.02 0.10 0.20 0.25 0.11
C4 0.02 0.01 0.08 0.18 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.29 0.09 0.24 0.96 0.73 0.17
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.12 0.24 0.11 0.14 0.15 0.22 0.10 0.28 0.03 0.00 0.02 0.21 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.32 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.15 0.04 0.38 1.00 1.04 0.25
C5' 0.07 0.17 0.22 0.03 0.11 0.01 0.20 0.00 0.19 0.30 0.16 0.16 0.25 0.31 0.12 0.09 0.25 0.02 0.01 0.18 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.30 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.39 0.19 0.08 0.39 0.99 1.15 0.26
C8 0.01 0.01 0.10 0.43 0.01 0.24 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.30 0.23 0.10 0.45 1.02 0.89 0.31
N1 0.03 0.01 0.13 0.19 0.02 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.35 0.14 0.30 0.99 1.01 0.20
N3 0.04 0.01 0.15 0.08 0.01 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.53 0.18 0.18 0.94 0.61 0.19
N6 0.02 0.02 0.08 0.38 0.01 0.15 0.02 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.40 0.16 0.06 0.48 0.98 1.35 0.35
N7 0.01 0.01 0.07 0.45 0.01 0.22 0.00 0.31 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.24 0.06 0.51 1.04 1.19 0.37
N9 0.00 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.16 0.02 0.22 0.93 0.57 0.19
O2' 0.03 0.40 0.00 0.02 0.31 0.28 0.35 0.09 0.39 0.30 0.41 0.36 0.40 0.34 0.22 0.00 0.09 0.21 0.38 0.65 0.34 0.50
O3' 0.35 0.50 0.05 0.01 0.29 0.03 0.15 0.25 0.19 0.23 0.35 0.53 0.16 0.24 0.16 0.09 0.00 0.24 0.24 0.54 0.39 0.32
O4' 0.01 0.18 0.03 0.02 0.09 0.00 0.04 0.02 0.08 0.10 0.14 0.18 0.06 0.06 0.02 0.21 0.24 0.00 0.10 0.64 0.11 0.17
O5' 0.14 0.22 0.46 0.10 0.24 0.02 0.38 0.01 0.39 0.45 0.30 0.18 0.48 0.51 0.22 0.38 0.24 0.10 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.78 0.98 0.74 0.20 0.96 0.21 1.00 0.18 0.99 1.02 0.99 0.94 0.98 1.04 0.93 0.65 0.54 0.64 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.78 0.31 0.25 0.73 0.22 1.04 0.40 1.15 0.89 1.01 0.61 1.35 1.19 0.57 0.34 0.39 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.18 0.54 0.11 0.17 0.06 0.25 0.02 0.26 0.31 0.20 0.19 0.35 0.37 0.19 0.50 0.32 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.17 0.14 0.71 0.14 0.37 0.19 0.24 0.22 0.21 0.20 0.19 0.14 0.24 0.14 0.56 1.08 0.13 0.17 0.26 0.70 0.59 0.40
C2 0.21 0.27 0.20 0.53 0.23 0.25 0.20 0.23 0.22 0.19 0.27 0.29 0.26 0.18 0.21 0.73 0.51 0.17 0.27 0.23 1.04 1.08 0.34
C2' 0.18 0.19 0.20 0.75 0.20 0.43 0.24 0.34 0.24 0.26 0.21 0.19 0.18 0.29 0.20 0.48 1.11 0.23 0.26 0.27 0.73 0.65 0.37
C3' 0.77 0.58 0.88 0.40 0.65 0.49 0.57 0.54 0.50 0.69 0.52 0.57 0.65 0.57 0.72 1.06 0.71 0.65 0.69 0.42 0.70 0.21 0.80
C4 0.18 0.16 0.18 0.58 0.14 0.29 0.14 0.22 0.17 0.19 0.18 0.18 0.15 0.16 0.17 0.71 0.67 0.15 0.20 0.21 0.90 0.83 0.33
C4' 0.42 0.27 0.52 0.58 0.32 0.44 0.30 0.45 0.28 0.40 0.26 0.26 0.30 0.34 0.38 0.73 1.14 0.38 0.60 0.31 0.61 0.25 0.80
C5 0.24 0.14 0.23 0.49 0.15 0.28 0.10 0.22 0.14 0.21 0.16 0.17 0.15 0.16 0.21 0.76 0.47 0.20 0.21 0.21 0.90 0.73 0.35
C5' 0.43 0.27 0.53 0.80 0.27 0.69 0.20 0.63 0.20 0.27 0.22 0.29 0.31 0.20 0.33 0.62 1.44 0.49 0.61 0.22 0.54 0.31 0.64
C6 0.26 0.18 0.24 0.42 0.20 0.25 0.13 0.22 0.11 0.21 0.13 0.21 0.23 0.17 0.24 0.78 0.31 0.23 0.23 0.21 0.98 0.84 0.34
C8 0.20 0.21 0.20 0.59 0.14 0.35 0.16 0.22 0.21 0.22 0.24 0.25 0.16 0.19 0.18 0.69 0.77 0.21 0.23 0.23 0.70 0.46 0.44
N1 0.25 0.27 0.22 0.45 0.23 0.24 0.17 0.22 0.15 0.20 0.22 0.30 0.27 0.17 0.23 0.76 0.35 0.21 0.25 0.16 1.04 1.00 0.34
N3 0.18 0.22 0.18 0.59 0.19 0.28 0.19 0.23 0.23 0.19 0.24 0.23 0.20 0.19 0.18 0.69 0.68 0.14 0.25 0.26 0.98 1.02 0.33
N6 0.30 0.20 0.27 0.34 0.23 0.26 0.18 0.25 0.19 0.23 0.17 0.22 0.26 0.20 0.26 0.79 0.22 0.28 0.25 0.30 0.97 0.77 0.35
N7 0.26 0.21 0.25 0.48 0.15 0.31 0.15 0.23 0.21 0.23 0.25 0.24 0.16 0.18 0.22 0.76 0.49 0.24 0.25 0.25 0.78 0.53 0.41
N9 0.15 0.17 0.16 0.65 0.12 0.34 0.15 0.22 0.19 0.20 0.19 0.19 0.13 0.19 0.15 0.65 0.86 0.15 0.17 0.23 0.77 0.63 0.38
O2' 0.53 0.50 0.46 0.93 0.52 0.68 0.51 0.55 0.48 0.53 0.48 0.50 0.51 0.52 0.53 0.53 1.18 0.58 0.55 0.45 0.69 1.00 0.33
O3' 1.11 0.56 1.22 0.69 0.72 1.02 0.55 1.21 0.40 0.87 0.43 0.55 0.71 0.60 0.92 1.31 0.46 1.13 1.32 0.32 1.26 0.78 1.58
O4' 0.19 0.18 0.25 0.73 0.12 0.45 0.17 0.34 0.22 0.21 0.21 0.22 0.15 0.22 0.15 0.55 1.25 0.23 0.34 0.28 0.61 0.25 0.58
O5' 0.48 0.36 0.54 1.00 0.35 0.92 0.28 0.85 0.26 0.34 0.31 0.39 0.40 0.27 0.39 0.64 1.58 0.66 0.57 0.24 0.65 0.33 0.40
OP1 0.95 1.19 1.01 1.17 1.06 1.07 1.02 0.87 1.08 0.83 1.16 1.23 1.15 0.87 0.96 0.81 1.63 0.98 0.73 1.06 0.57 0.44 0.63
OP2 0.86 1.15 0.91 0.91 0.94 0.94 0.81 0.89 0.88 0.60 1.05 1.25 1.12 0.60 0.81 1.21 1.42 0.78 0.61 0.81 0.78 0.38 0.44
P 0.73 0.50 0.74 1.23 0.53 1.21 0.45 1.04 0.39 0.55 0.42 0.52 0.56 0.45 0.61 0.57 1.93 0.96 0.63 0.34 0.76 0.26 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.32 0.01 0.18 0.02 0.71 0.17 0.27
C2 0.03 0.00 0.21 0.21 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.29 0.09 0.12 0.01 1.01 0.62 0.25
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.07 0.23 0.11 0.09 0.17 0.25 0.20 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.51 0.09 0.71 0.40 0.59
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.25 0.01 0.36 0.01 0.36 0.37 0.29 0.17 0.17 0.42 0.24 0.02 0.01 0.02 0.09 0.41 0.25 0.15 0.13
C4 0.01 0.01 0.11 0.25 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.14 0.05 0.12 0.01 1.01 0.57 0.25
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.16 0.07 0.06 0.04 0.16 0.08 0.32 0.03 0.01 0.02 0.12 0.13 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.36 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.10 0.04 0.18 0.01 1.15 0.81 0.26
C5' 0.08 0.06 0.23 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.12 0.08 0.07 0.06 0.14 0.06 0.09 0.23 0.02 0.01 0.13 0.18 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.11 0.06 0.19 0.01 1.18 0.90 0.27
C8 0.02 0.01 0.09 0.37 0.01 0.16 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.20 0.05 0.20 0.02 1.11 0.65 0.25
N1 0.03 0.01 0.17 0.29 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.16 0.08 0.15 0.01 1.11 0.79 0.26
N2 0.04 0.01 0.25 0.17 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.40 0.10 0.12 0.02 0.97 0.57 0.25
N3 0.03 0.01 0.20 0.17 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.33 0.08 0.12 0.01 0.94 0.49 0.25
N7 0.01 0.01 0.05 0.42 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.24 0.04 0.25 0.02 1.21 0.89 0.27
N9 0.00 0.01 0.02 0.24 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.08 0.02 0.11 0.02 0.94 0.43 0.24
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.28 0.32 0.34 0.09 0.37 0.27 0.35 0.27 0.26 0.33 0.21 0.00 0.06 0.22 0.40 0.39 0.58 0.47 0.52
O3' 0.32 0.29 0.03 0.01 0.14 0.03 0.10 0.23 0.11 0.20 0.16 0.40 0.33 0.24 0.08 0.06 0.00 0.24 0.24 0.17 0.64 0.31 0.36
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.10 0.08 0.04 0.02 0.22 0.24 0.00 0.10 0.06 0.50 0.16 0.14
O5' 0.18 0.12 0.51 0.09 0.12 0.02 0.18 0.01 0.19 0.20 0.15 0.12 0.12 0.25 0.11 0.40 0.24 0.10 0.00 0.24 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.41 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.39 0.17 0.06 0.24 0.00 1.23 1.03 0.29
OP1 0.71 1.01 0.71 0.25 1.01 0.13 1.15 0.18 1.18 1.11 1.11 0.97 0.94 1.21 0.94 0.58 0.64 0.50 0.02 1.23 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.62 0.40 0.15 0.57 0.19 0.81 0.40 0.90 0.65 0.79 0.57 0.49 0.89 0.43 0.47 0.31 0.16 0.02 1.03 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.25 0.59 0.13 0.25 0.04 0.26 0.02 0.27 0.25 0.26 0.25 0.25 0.27 0.24 0.52 0.36 0.14 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00