ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53867

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 13, 11, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.033 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.019, 0.048, 0.078, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.048 std_dev=0.029
C4' A 0, 0.033, 0.071, 0.110, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.071 std_dev=0.039
C3' A 0, 0.036, 0.076, 0.116, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.076 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.028, 0.077, 0.125, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.077 std_dev=0.048
O3' A 0, 0.058, 0.111, 0.163, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.111 std_dev=0.052
C5' A 0, 0.052, 0.119, 0.185, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.119 std_dev=0.067
O5' A 0, 0.059, 0.147, 0.236, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.147 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.052, 0.149, 0.246, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.149 std_dev=0.097
O3' B 0, 0.093, 0.202, 0.311, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.202 std_dev=0.109
P A 0, 0.077, 0.188, 0.299, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.188 std_dev=0.111
C3' B 0, 0.085, 0.197, 0.308, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.197 std_dev=0.112
OP1 A 0, 0.110, 0.222, 0.335, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.222 std_dev=0.112
N1 B 0, 0.106, 0.225, 0.344, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.225 std_dev=0.119
C6 B 0, 0.075, 0.197, 0.319, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.197 std_dev=0.122
O6 B 0, 0.082, 0.204, 0.326, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.204 std_dev=0.122
N7 B 0, 0.074, 0.200, 0.327, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.200 std_dev=0.126
C5 B 0, 0.064, 0.190, 0.317, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.190 std_dev=0.126
C2 B 0, 0.113, 0.243, 0.373, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.243 std_dev=0.130
C8 B 0, 0.085, 0.216, 0.347, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.216 std_dev=0.131
C2' B 0, 0.083, 0.216, 0.348, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.216 std_dev=0.133
C4 B 0, 0.073, 0.208, 0.342, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.208 std_dev=0.135
N2 B 0, 0.146, 0.282, 0.417, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.282 std_dev=0.136
O5' B 0, 0.108, 0.245, 0.382, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.245 std_dev=0.137
N9 B 0, 0.080, 0.217, 0.354, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.217 std_dev=0.137
OP2 B 0, 0.103, 0.242, 0.381, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.242 std_dev=0.139
C4' B 0, 0.104, 0.246, 0.388, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.246 std_dev=0.142
C5' B 0, 0.117, 0.259, 0.401, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.259 std_dev=0.142
N3 B 0, 0.090, 0.233, 0.376, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.233 std_dev=0.143
OP2 A 0, 0.119, 0.262, 0.406, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.262 std_dev=0.143
P B 0, 0.109, 0.259, 0.409, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.259 std_dev=0.150
C1' B 0, 0.090, 0.242, 0.393, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.242 std_dev=0.151
O2' B 0, 0.097, 0.249, 0.401, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.249 std_dev=0.152
O4' B 0, 0.102, 0.263, 0.423, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.263 std_dev=0.161
OP1 B 0, 0.149, 0.323, 0.498, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.323 std_dev=0.174

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.11 0.06 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.12 0.09 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.05 0.06
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.12 0.09 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.12 0.11 0.10
C5' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.13 0.12 0.10
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.12 0.11 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.12 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.05 0.12 0.09 0.08
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.08 0.13 0.13 0.11
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.12 0.12 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.12 0.09 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.11 0.05 0.06
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.08 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.10 0.06 0.06
O5' 0.04 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.12 0.10 0.07 0.12 0.07 0.12 0.03 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.08 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.09 0.05 0.02 0.09 0.02 0.11 0.02 0.12 0.11 0.11 0.09 0.13 0.12 0.09 0.05 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.10 0.08 0.06 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.10 0.10 0.08
C2 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.11 0.08 0.08 0.07
C2' 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09
C3' 0.08 0.10 0.07 0.05 0.09 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.06 0.05 0.08 0.08 0.10 0.11 0.11 0.09
C4 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07
C4' 0.06 0.09 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.06 0.03 0.07 0.07 0.09 0.11 0.11 0.09
C5 0.08 0.05 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.10 0.04 0.08 0.05 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08
C5' 0.07 0.10 0.07 0.05 0.09 0.05 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.06 0.03 0.07 0.07 0.09 0.11 0.11 0.09
C6 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08
C8 0.08 0.06 0.08 0.09 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.11 0.06 0.09 0.05 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.11 0.09
N1 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07
N3 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.10 0.08 0.08 0.07
N6 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09
N7 0.10 0.05 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.05 0.08 0.05 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.10
N9 0.06 0.07 0.07 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.09 0.08
O2' 0.12 0.13 0.10 0.09 0.13 0.10 0.14 0.10 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.15 0.13 0.10 0.08 0.12 0.11 0.14 0.12 0.12 0.11
O3' 0.08 0.10 0.06 0.05 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.06 0.05 0.08 0.09 0.12 0.11 0.10 0.09
O4' 0.06 0.09 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.10 0.10 0.07
O5' 0.04 0.07 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01 0.04 0.06 0.06 0.13 0.11 0.09
OP1 0.06 0.07 0.06 0.04 0.08 0.04 0.09 0.05 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.02 0.05 0.08 0.10 0.10 0.11 0.09
OP2 0.03 0.07 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.07 0.01 0.02 0.04 0.07 0.12 0.10 0.08
P 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.00 0.01 0.05 0.06 0.11 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.08 0.06
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.08 0.06
N2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.10 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.09 0.07
OP1 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.07 0.03 0.05 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00