ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53870

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 3, 4, 3, 4, 4, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.046, 0.082, 0.119, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.082 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.030, 0.076, 0.123, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.076 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.024, 0.098, 0.173, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.098 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.101, 0.183, 0.266, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.183 std_dev=0.083
C4' A 0, 0.101, 0.191, 0.281, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.191 std_dev=0.090
O3' A 0, 0.140, 0.267, 0.393, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.267 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.173, 0.330, 0.488, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.330 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.188, 0.366, 0.543, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.366 std_dev=0.178
N3 B 0, 0.160, 0.390, 0.619, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.390 std_dev=0.230
N2 B 0, 0.126, 0.365, 0.604, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.365 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.138, 0.378, 0.618, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.378 std_dev=0.240
C4 B 0, 0.175, 0.428, 0.680, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.428 std_dev=0.252
P A 0, 0.236, 0.492, 0.748, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.492 std_dev=0.256
N9 B 0, 0.211, 0.481, 0.750, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.481 std_dev=0.270
N1 B 0, 0.142, 0.414, 0.687, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.414 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.231, 0.510, 0.789, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.510 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.228, 0.509, 0.790, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.509 std_dev=0.281
C5 B 0, 0.165, 0.449, 0.732, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.449 std_dev=0.283
OP1 A 0, 0.317, 0.609, 0.901, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.609 std_dev=0.292
O2' B 0, 0.211, 0.504, 0.797, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.504 std_dev=0.293
OP2 A 0, 0.247, 0.540, 0.833, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.540 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.151, 0.447, 0.742, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.447 std_dev=0.295
C8 B 0, 0.220, 0.521, 0.821, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.521 std_dev=0.300
N7 B 0, 0.191, 0.501, 0.811, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.501 std_dev=0.310
C3' B 0, 0.270, 0.589, 0.907, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.589 std_dev=0.319
O4' B 0, 0.266, 0.585, 0.905, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.585 std_dev=0.320
O6 B 0, 0.174, 0.501, 0.828, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.501 std_dev=0.327
O3' B 0, 0.295, 0.639, 0.983, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.639 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.277, 0.625, 0.972, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.625 std_dev=0.348
C5' B 0, 0.308, 0.688, 1.067, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.688 std_dev=0.380
O5' B 0, 0.334, 0.723, 1.112, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.723 std_dev=0.389
P B 0, 0.322, 0.712, 1.101, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.712 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.323, 0.727, 1.131, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.727 std_dev=0.404
OP1 B 0, 0.312, 0.719, 1.125, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.719 std_dev=0.407

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.10 0.11 0.15 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.11 0.13 0.12
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.13 0.15 0.17 0.15
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.03 0.10 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.13 0.16 0.19 0.17
C8 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.12 0.13 0.13 0.13
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.12 0.14 0.18 0.15
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.08 0.09 0.12 0.10
N6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.15 0.19 0.22 0.19
N7 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.14 0.17 0.18 0.17
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.09 0.10 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04
O5' 0.04 0.10 0.03 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.12 0.12 0.08 0.15 0.14 0.09 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.11 0.04 0.05 0.11 0.04 0.15 0.04 0.16 0.13 0.14 0.09 0.19 0.17 0.09 0.05 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.15 0.04 0.05 0.13 0.01 0.17 0.01 0.19 0.13 0.18 0.12 0.22 0.18 0.10 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.03 0.03 0.12 0.01 0.15 0.01 0.17 0.13 0.15 0.10 0.19 0.17 0.09 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.16 0.11 0.18 0.14 0.17 0.13 0.12 0.16 0.12 0.16 0.15 0.11 0.10 0.21 0.12 0.18 0.13
C2 0.10 0.10 0.14 0.14 0.07 0.12 0.08 0.11 0.11 0.08 0.11 0.12 0.08 0.09 0.08 0.17 0.16 0.10 0.10 0.14 0.13 0.17 0.13
C2' 0.12 0.16 0.14 0.14 0.15 0.13 0.17 0.12 0.20 0.15 0.20 0.16 0.14 0.17 0.13 0.16 0.16 0.12 0.11 0.22 0.12 0.17 0.13
C3' 0.13 0.18 0.15 0.14 0.16 0.13 0.19 0.12 0.22 0.16 0.21 0.17 0.15 0.19 0.15 0.17 0.16 0.12 0.11 0.25 0.15 0.21 0.16
C4 0.11 0.06 0.14 0.14 0.10 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.09 0.08 0.08 0.15 0.11 0.17 0.16 0.11 0.10 0.16 0.14 0.20 0.14
C4' 0.12 0.16 0.14 0.13 0.15 0.12 0.18 0.12 0.21 0.15 0.20 0.16 0.14 0.18 0.14 0.16 0.15 0.11 0.11 0.24 0.14 0.20 0.15
C5 0.15 0.08 0.17 0.17 0.13 0.16 0.15 0.16 0.13 0.17 0.06 0.12 0.11 0.18 0.15 0.19 0.18 0.15 0.14 0.15 0.18 0.23 0.18
C5' 0.13 0.17 0.14 0.14 0.16 0.13 0.19 0.13 0.21 0.16 0.20 0.17 0.15 0.19 0.14 0.17 0.16 0.13 0.12 0.25 0.18 0.24 0.18
C6 0.16 0.11 0.19 0.19 0.12 0.18 0.11 0.17 0.07 0.17 0.09 0.15 0.12 0.16 0.16 0.20 0.20 0.16 0.15 0.11 0.19 0.24 0.19
C8 0.15 0.13 0.16 0.16 0.16 0.15 0.19 0.15 0.20 0.19 0.16 0.13 0.14 0.21 0.16 0.18 0.17 0.15 0.14 0.24 0.18 0.24 0.18
N1 0.14 0.12 0.18 0.18 0.09 0.16 0.08 0.15 0.11 0.11 0.13 0.14 0.11 0.10 0.12 0.20 0.20 0.14 0.13 0.14 0.16 0.20 0.16
N3 0.09 0.07 0.12 0.12 0.07 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.09 0.07 0.11 0.08 0.16 0.15 0.09 0.08 0.14 0.11 0.17 0.12
N6 0.20 0.16 0.22 0.23 0.16 0.21 0.15 0.22 0.10 0.22 0.15 0.18 0.15 0.21 0.19 0.21 0.23 0.20 0.19 0.11 0.23 0.28 0.23
N7 0.17 0.13 0.18 0.18 0.17 0.17 0.20 0.17 0.19 0.21 0.13 0.14 0.14 0.22 0.18 0.19 0.19 0.17 0.16 0.22 0.20 0.26 0.20
N9 0.12 0.11 0.14 0.14 0.13 0.13 0.16 0.12 0.17 0.15 0.14 0.10 0.11 0.17 0.13 0.17 0.16 0.12 0.11 0.20 0.14 0.20 0.15
O2' 0.14 0.17 0.15 0.15 0.15 0.14 0.17 0.14 0.19 0.15 0.19 0.18 0.16 0.16 0.14 0.18 0.18 0.14 0.13 0.21 0.13 0.13 0.11
O3' 0.13 0.19 0.15 0.15 0.17 0.14 0.20 0.13 0.23 0.17 0.23 0.19 0.16 0.19 0.15 0.17 0.17 0.13 0.12 0.26 0.16 0.20 0.16
O4' 0.11 0.14 0.13 0.13 0.14 0.12 0.17 0.11 0.19 0.15 0.18 0.14 0.13 0.17 0.13 0.16 0.15 0.11 0.10 0.22 0.14 0.20 0.14
O5' 0.15 0.18 0.17 0.17 0.17 0.16 0.20 0.15 0.22 0.18 0.21 0.17 0.17 0.21 0.17 0.19 0.18 0.15 0.15 0.26 0.21 0.28 0.22
OP1 0.17 0.20 0.18 0.18 0.20 0.17 0.23 0.17 0.25 0.21 0.23 0.19 0.18 0.24 0.19 0.19 0.19 0.17 0.18 0.29 0.26 0.32 0.26
OP2 0.21 0.21 0.22 0.22 0.22 0.21 0.25 0.21 0.26 0.24 0.23 0.20 0.21 0.26 0.22 0.22 0.22 0.21 0.22 0.29 0.30 0.35 0.29
P 0.18 0.19 0.19 0.19 0.19 0.18 0.22 0.18 0.24 0.21 0.22 0.18 0.18 0.23 0.19 0.20 0.20 0.17 0.18 0.27 0.26 0.32 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.10
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.06 0.00 0.13 0.19 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.12 0.07
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.12 0.18 0.13
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.13 0.20 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.00 0.15 0.20 0.14
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.12 0.18 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.00 0.14 0.20 0.14
N2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.07 0.01 0.13 0.19 0.14
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.00 0.12 0.18 0.13
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.14 0.20 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.17 0.12
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.10 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.13 0.10
O5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.07 0.07 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.00 0.15 0.20 0.14
OP1 0.08 0.13 0.04 0.02 0.12 0.02 0.13 0.01 0.15 0.12 0.14 0.13 0.12 0.14 0.10 0.04 0.03 0.07 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.19 0.12 0.08 0.18 0.06 0.20 0.02 0.20 0.18 0.20 0.19 0.18 0.20 0.17 0.10 0.05 0.13 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.13 0.07 0.05 0.13 0.04 0.13 0.01 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.07 0.03 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00