ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53871

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 13, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.035 std_dev=0.027
C4' A 0, 0.156, 0.218, 0.279, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.218 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.059, 0.130, 0.200, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.130 std_dev=0.071
O4' A 0, 0.040, 0.119, 0.198, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.119 std_dev=0.079
C3' A 0, 0.129, 0.216, 0.303, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.216 std_dev=0.087
O2' B 0, 0.116, 0.205, 0.294, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.205 std_dev=0.089
O3' A 0, 0.142, 0.237, 0.332, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.237 std_dev=0.095
C2' B 0, 0.106, 0.216, 0.325, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.216 std_dev=0.110
N9 B 0, 0.129, 0.239, 0.350, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.239 std_dev=0.110
C1' B 0, 0.131, 0.243, 0.356, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.243 std_dev=0.113
C4 B 0, 0.105, 0.220, 0.334, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.220 std_dev=0.115
C5 B 0, 0.135, 0.252, 0.368, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.252 std_dev=0.117
C6 B 0, 0.159, 0.276, 0.393, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.276 std_dev=0.117
N1 B 0, 0.154, 0.271, 0.388, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.271 std_dev=0.117
C8 B 0, 0.158, 0.277, 0.396, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.277 std_dev=0.119
P A 0, 0.127, 0.251, 0.375, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.251 std_dev=0.124
C2 B 0, 0.117, 0.241, 0.365, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.241 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.075, 0.199, 0.324, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.199 std_dev=0.125
N7 B 0, 0.158, 0.283, 0.409, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.283 std_dev=0.126
O6 B 0, 0.194, 0.320, 0.446, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.320 std_dev=0.126
N3 B 0, 0.080, 0.207, 0.334, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.207 std_dev=0.127
C3' B 0, 0.120, 0.247, 0.375, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.247 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.333, 0.463, 0.593, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.463 std_dev=0.130
N2 B 0, 0.147, 0.280, 0.413, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.280 std_dev=0.133
O4' B 0, 0.151, 0.289, 0.426, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.289 std_dev=0.138
O3' B 0, 0.125, 0.267, 0.409, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.267 std_dev=0.142
C4' B 0, 0.144, 0.286, 0.428, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.286 std_dev=0.142
C5' B 0, 0.152, 0.308, 0.464, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.308 std_dev=0.156
O5' B 0, 0.156, 0.333, 0.511, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.333 std_dev=0.178
OP2 B 0, 0.134, 0.315, 0.497, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.315 std_dev=0.181
P B 0, 0.137, 0.327, 0.517, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.327 std_dev=0.190
OP1 A 0, 0.229, 0.424, 0.620, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.424 std_dev=0.196
OP2 A 0, 0.121, 0.330, 0.539, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.330 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.132, 0.351, 0.570, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.351 std_dev=0.219
O5' A 0, 0.270, 0.523, 0.776, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.523 std_dev=0.253

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.18 0.12 0.20 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.04 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.06 0.07 0.19 0.09 0.18 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.19 0.16 0.07
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.10 0.30 0.17 0.11
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.03 0.04 0.19 0.09 0.19 0.08
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.06 0.04 0.09 0.11 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.17 0.05
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.08 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.20 0.11 0.17 0.08
C5' 0.11 0.23 0.09 0.02 0.25 0.01 0.31 0.00 0.31 0.32 0.28 0.21 0.34 0.34 0.24 0.08 0.04 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.08 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.02 0.03 0.20 0.11 0.16 0.08
C8 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.11 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.05 0.20 0.11 0.20 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.04 0.06 0.19 0.10 0.17 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.04 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.06 0.07 0.19 0.08 0.19 0.08
N6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.09 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.03 0.20 0.14 0.15 0.08
N7 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.11 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.21 0.13 0.17 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.19 0.09 0.20 0.08
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.10 0.01 0.07 0.08 0.10 0.04 0.13 0.15 0.09 0.05 0.04 0.00 0.03 0.02 0.18 0.25 0.16 0.09
O3' 0.04 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.00 0.10 0.08 0.35 0.16 0.12
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.02 0.10 0.00 0.17 0.11 0.29 0.16
O5' 0.18 0.19 0.18 0.10 0.19 0.01 0.20 0.01 0.20 0.20 0.19 0.19 0.20 0.21 0.19 0.18 0.08 0.17 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.09 0.19 0.30 0.09 0.21 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.08 0.14 0.13 0.09 0.25 0.35 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.18 0.16 0.17 0.19 0.17 0.17 0.19 0.16 0.20 0.17 0.19 0.15 0.17 0.20 0.16 0.16 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.07 0.11 0.08 0.05 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.12 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.12 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.16 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07
C2 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.13 0.07 0.06 0.06
C2' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08
C3' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.10 0.09
C4 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.12 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.06 0.06 0.06
C4' 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.08 0.13 0.08 0.10 0.09 0.13 0.11 0.10 0.09 0.12 0.11 0.09 0.11 0.08 0.11 0.10 0.10
C5 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06
C5' 0.28 0.24 0.32 0.32 0.26 0.30 0.24 0.33 0.21 0.26 0.21 0.24 0.26 0.24 0.27 0.33 0.31 0.27 0.29 0.18 0.30 0.28 0.28
C6 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.05
C8 0.08 0.11 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.09 0.07 0.07 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09
N1 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.11 0.07 0.06 0.06
N3 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.12 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.13 0.07 0.05 0.06
N6 0.07 0.09 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07
N7 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.07 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09
N9 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.13 0.09 0.10 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07
O2' 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09
O3' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09
O4' 0.07 0.13 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.11 0.18 0.11 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08
O5' 0.23 0.22 0.20 0.20 0.23 0.21 0.25 0.19 0.25 0.25 0.23 0.20 0.22 0.26 0.23 0.21 0.20 0.24 0.20 0.27 0.18 0.19 0.20
OP1 0.20 0.12 0.19 0.21 0.15 0.23 0.15 0.25 0.12 0.23 0.12 0.13 0.13 0.21 0.19 0.15 0.19 0.24 0.26 0.11 0.30 0.28 0.28
OP2 0.08 0.11 0.09 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.13 0.10 0.08 0.08 0.12 0.10 0.07 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07
P 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.12 0.08 0.09 0.08 0.12 0.10 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.08 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.00 0.06 0.08 0.05
N2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.05 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.10 0.08 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.06 0.07 0.04
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.07 0.00 0.08 0.09 0.07
OP1 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06 0.06 0.05 0.02 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.08 0.04 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00