ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53872

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 2, 8, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.017, 0.033, 0.048, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.025, 0.043, 0.060, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.043 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.007, 0.011, 0.030, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.011 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.043, 0.071, 0.099, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.071 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.051, 0.084, 0.117, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.084 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.031, 0.066, 0.100, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.066 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.155, 0.265, 0.375, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.265 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.208, 0.328, 0.448, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.328 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.241, 0.370, 0.498, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.370 std_dev=0.128
C6 B 0, 0.385, 0.520, 0.655, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.520 std_dev=0.135
C5 B 0, 0.341, 0.482, 0.623, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.482 std_dev=0.141
N7 B 0, 0.366, 0.514, 0.663, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.514 std_dev=0.148
O2' A 0, 0.283, 0.444, 0.604, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.444 std_dev=0.161
O6 B 0, 0.352, 0.515, 0.679, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.515 std_dev=0.164
C3' A 0, 0.300, 0.470, 0.640, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.470 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.573, 0.782, 0.992, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.782 std_dev=0.210
C5' A 0, 0.431, 0.661, 0.891, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.661 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.449, 0.690, 0.931, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.690 std_dev=0.241
O3' A 0, 0.443, 0.700, 0.958, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.700 std_dev=0.257
C8 B 0, 0.507, 0.765, 1.023, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.765 std_dev=0.258
C2 B 0, 0.629, 0.906, 1.183, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.906 std_dev=0.277
N3 B 0, 0.568, 0.863, 1.159, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.863 std_dev=0.295
N9 B 0, 0.549, 0.863, 1.178, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.863 std_dev=0.315
O5' A 0, 0.466, 0.810, 1.153, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.810 std_dev=0.344
OP1 A 0, 0.598, 0.945, 1.291, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.945 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.609, 0.960, 1.312, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.960 std_dev=0.351
N2 B 0, 0.815, 1.182, 1.548, 1.604 max_d=1.604 avg_d=1.182 std_dev=0.367
P A 0, 0.584, 0.971, 1.358, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.971 std_dev=0.387
O5' B 0, 0.705, 1.100, 1.495, 1.515 max_d=1.515 avg_d=1.100 std_dev=0.395
P B 0, 0.677, 1.073, 1.470, 1.494 max_d=1.494 avg_d=1.073 std_dev=0.396
C5' B 0, 0.720, 1.136, 1.552, 1.582 max_d=1.582 avg_d=1.136 std_dev=0.416
OP2 B 0, 0.740, 1.186, 1.631, 1.662 max_d=1.662 avg_d=1.186 std_dev=0.446
C4' B 0, 0.796, 1.262, 1.727, 1.766 max_d=1.766 avg_d=1.262 std_dev=0.465
OP1 B 0, 0.800, 1.277, 1.754, 1.755 max_d=1.755 avg_d=1.277 std_dev=0.477
C1' B 0, 0.755, 1.233, 1.712, 1.713 max_d=1.713 avg_d=1.233 std_dev=0.479
C3' B 0, 0.913, 1.447, 1.981, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.447 std_dev=0.534
O3' B 0, 1.085, 1.689, 2.293, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.689 std_dev=0.604
C2' B 0, 1.020, 1.682, 2.343, 2.331 max_d=2.331 avg_d=1.682 std_dev=0.662
OP2 A 0, 0.468, 1.192, 1.915, 4.163 max_d=4.163 avg_d=1.192 std_dev=0.724
O2' B 0, 1.382, 2.228, 3.075, 3.053 max_d=3.053 avg_d=2.228 std_dev=0.846

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.08 0.15 0.11
C2 0.05 0.00 0.11 0.09 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.13 0.06 0.23 0.10 0.42 0.26
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.09 0.11 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.15 0.06 0.23 0.14
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.07 0.09 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.09 0.24 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.25 0.09 0.41 0.26
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.31 0.11 0.54 0.34
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.32 0.12 0.57 0.35
C8 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.33 0.10 0.48 0.32
N1 0.04 0.00 0.09 0.07 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.10 0.05 0.28 0.11 0.51 0.32
N3 0.04 0.01 0.11 0.09 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.06 0.20 0.09 0.35 0.23
N6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.35 0.14 0.65 0.40
N7 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.36 0.12 0.60 0.38
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.24 0.09 0.34 0.23
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.10 0.12 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.06 0.10 0.06
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.10 0.13 0.05 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.15 0.14 0.21 0.12
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.12 0.06 0.06
O5' 0.11 0.23 0.15 0.19 0.25 0.01 0.31 0.01 0.32 0.33 0.28 0.20 0.35 0.36 0.24 0.06 0.15 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.06 0.09 0.09 0.06 0.11 0.05 0.12 0.10 0.11 0.09 0.14 0.12 0.09 0.06 0.14 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.42 0.23 0.24 0.41 0.03 0.54 0.01 0.57 0.48 0.51 0.35 0.65 0.60 0.34 0.10 0.21 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.26 0.14 0.15 0.26 0.02 0.34 0.01 0.35 0.32 0.32 0.23 0.40 0.38 0.23 0.06 0.12 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.10 0.07 0.08 0.06 0.10 0.07 0.08 0.14 0.08 0.15 0.09 0.14 0.13 0.11 0.07 0.11 0.12 0.09 0.03 0.07 0.02
C2 0.29 0.22 0.27 0.27 0.24 0.25 0.19 0.18 0.16 0.24 0.18 0.22 0.24 0.19 0.27 0.31 0.27 0.24 0.18 0.12 0.14 0.17 0.14
C2' 0.13 0.10 0.10 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.14 0.09 0.14 0.08 0.13 0.13 0.11 0.08 0.13 0.13 0.09 0.07 0.04 0.05
C3' 0.13 0.08 0.11 0.07 0.09 0.10 0.10 0.04 0.09 0.13 0.09 0.14 0.07 0.12 0.12 0.13 0.08 0.16 0.05 0.10 0.02 0.07 0.01
C4 0.16 0.16 0.12 0.13 0.13 0.12 0.09 0.08 0.07 0.13 0.12 0.18 0.16 0.12 0.15 0.14 0.13 0.14 0.13 0.06 0.06 0.11 0.06
C4' 0.13 0.08 0.11 0.07 0.09 0.09 0.10 0.04 0.09 0.14 0.08 0.13 0.09 0.13 0.13 0.13 0.08 0.15 0.03 0.10 0.07 0.11 0.04
C5 0.12 0.13 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.06 0.06 0.12 0.11 0.16 0.12 0.12 0.12 0.12 0.10 0.11 0.12 0.06 0.05 0.11 0.05
C5' 0.14 0.10 0.13 0.09 0.12 0.11 0.12 0.07 0.11 0.14 0.09 0.14 0.11 0.14 0.14 0.16 0.09 0.17 0.03 0.13 0.13 0.16 0.09
C6 0.15 0.16 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.08 0.12 0.14 0.15 0.17 0.16 0.13 0.15 0.16 0.14 0.13 0.12 0.10 0.07 0.12 0.06
C8 0.11 0.09 0.13 0.08 0.11 0.07 0.14 0.10 0.12 0.16 0.09 0.13 0.09 0.17 0.13 0.16 0.10 0.09 0.16 0.13 0.09 0.13 0.10
N1 0.24 0.20 0.23 0.22 0.21 0.20 0.19 0.14 0.16 0.22 0.18 0.20 0.22 0.19 0.23 0.27 0.23 0.20 0.15 0.14 0.11 0.14 0.10
N3 0.25 0.20 0.22 0.23 0.20 0.22 0.14 0.16 0.12 0.18 0.15 0.21 0.22 0.14 0.22 0.25 0.23 0.23 0.17 0.08 0.13 0.16 0.13
N6 0.11 0.15 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.13 0.11 0.15 0.17 0.13 0.11 0.11 0.13 0.12 0.10 0.13 0.13 0.08 0.13 0.08
N7 0.10 0.09 0.10 0.06 0.09 0.05 0.12 0.09 0.09 0.15 0.07 0.13 0.08 0.16 0.12 0.14 0.09 0.08 0.14 0.11 0.09 0.13 0.09
N9 0.11 0.11 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.07 0.14 0.08 0.15 0.10 0.14 0.12 0.11 0.08 0.10 0.12 0.08 0.03 0.09 0.03
O2' 0.13 0.11 0.12 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.15 0.09 0.15 0.09 0.13 0.14 0.12 0.09 0.13 0.13 0.10 0.11 0.04 0.07
O3' 0.13 0.10 0.11 0.08 0.08 0.12 0.09 0.09 0.09 0.12 0.10 0.14 0.06 0.11 0.11 0.13 0.09 0.17 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01
O4' 0.12 0.11 0.10 0.07 0.09 0.07 0.10 0.05 0.08 0.14 0.08 0.17 0.10 0.13 0.13 0.12 0.08 0.13 0.07 0.09 0.04 0.11 0.02
O5' 0.31 0.39 0.33 0.27 0.39 0.22 0.43 0.20 0.46 0.39 0.45 0.36 0.35 0.43 0.36 0.37 0.26 0.25 0.26 0.48 0.13 0.24 0.19
OP1 0.15 0.17 0.19 0.13 0.17 0.13 0.18 0.14 0.19 0.17 0.19 0.17 0.16 0.18 0.16 0.24 0.12 0.15 0.16 0.20 0.20 0.20 0.17
OP2 0.55 0.73 0.59 0.49 0.69 0.39 0.77 0.34 0.85 0.69 0.85 0.68 0.64 0.76 0.63 0.67 0.49 0.42 0.43 0.90 0.22 0.42 0.32
P 0.29 0.39 0.31 0.24 0.38 0.20 0.44 0.17 0.49 0.40 0.47 0.35 0.34 0.45 0.35 0.37 0.24 0.22 0.22 0.53 0.11 0.21 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.03 0.08 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.09 0.07 0.17 0.02 0.13 0.12 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.07 0.07 0.05 0.09 0.11 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.07 0.16 0.12 0.11
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.10 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.14 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.13 0.02 0.10 0.10 0.08
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.14 0.01 0.10 0.11 0.09
C5' 0.02 0.11 0.07 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.09 0.05 0.10 0.12 0.10 0.07 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.10 0.03 0.15 0.01 0.11 0.12 0.11
C8 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.03 0.10 0.02 0.08 0.10 0.07
N1 0.02 0.01 0.09 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.05 0.17 0.02 0.13 0.13 0.13
N2 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.10 0.08 0.17 0.02 0.14 0.14 0.14
N3 0.02 0.00 0.09 0.07 0.00 0.06 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.09 0.06 0.16 0.03 0.11 0.10 0.10
N7 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.09 0.10 0.02 0.12 0.02 0.09 0.11 0.08
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00 0.10 0.02 0.08 0.09 0.06
O2' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.09 0.01 0.10 0.05 0.13 0.08 0.15 0.18 0.14 0.09 0.03 0.00 0.03 0.01 0.12 0.13 0.19 0.18 0.15
O3' 0.08 0.09 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.04 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.03 0.00 0.06 0.04 0.10 0.14 0.07 0.05
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.12 0.08
O5' 0.06 0.17 0.11 0.04 0.13 0.01 0.14 0.01 0.15 0.10 0.17 0.17 0.16 0.12 0.10 0.12 0.04 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.02 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.13 0.10 0.03 0.15 0.00 0.12 0.13 0.11
OP1 0.08 0.13 0.16 0.14 0.10 0.09 0.10 0.07 0.11 0.08 0.13 0.14 0.11 0.09 0.08 0.19 0.14 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.12 0.12 0.06 0.10 0.04 0.11 0.02 0.12 0.10 0.13 0.14 0.10 0.11 0.09 0.18 0.07 0.12 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.11 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.11 0.07 0.13 0.14 0.10 0.08 0.06 0.15 0.05 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00