ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53873

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 9, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.006, 0.010, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.053, 0.141, 0.228, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.141 std_dev=0.087
C2' A 0, 0.056, 0.145, 0.234, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.145 std_dev=0.089
N9 B 0, 0.149, 0.239, 0.329, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.239 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.077, 0.167, 0.257, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.167 std_dev=0.090
O3' A 0, 0.024, 0.120, 0.215, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.120 std_dev=0.096
C4' A 0, 0.094, 0.206, 0.317, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.206 std_dev=0.111
C4 B 0, 0.096, 0.210, 0.323, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.210 std_dev=0.113
C8 B 0, 0.155, 0.272, 0.388, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.272 std_dev=0.116
C1' B 0, 0.190, 0.312, 0.435, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.312 std_dev=0.123
C5 B 0, 0.088, 0.237, 0.386, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.237 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.099, 0.253, 0.407, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.253 std_dev=0.154
N7 B 0, 0.142, 0.300, 0.458, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.300 std_dev=0.158
N3 B 0, 0.091, 0.250, 0.409, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.250 std_dev=0.159
O4' B 0, 0.129, 0.292, 0.455, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.292 std_dev=0.163
C2' B 0, 0.282, 0.453, 0.625, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.453 std_dev=0.171
O5' A 0, 0.160, 0.332, 0.503, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.332 std_dev=0.172
C5' A 0, 0.158, 0.338, 0.518, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.338 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.092, 0.283, 0.475, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.283 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.049, 0.248, 0.447, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.248 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.040, 0.249, 0.458, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.249 std_dev=0.209
C3' B 0, 0.271, 0.486, 0.701, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.486 std_dev=0.215
O2' B 0, 0.329, 0.549, 0.769, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.549 std_dev=0.220
O6 B 0, 0.177, 0.400, 0.624, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.400 std_dev=0.224
C4' B 0, 0.129, 0.363, 0.598, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.363 std_dev=0.234
P A 0, 0.210, 0.454, 0.699, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.454 std_dev=0.245
N2 B 0, 0.085, 0.336, 0.586, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.336 std_dev=0.250
O3' B 0, 0.348, 0.621, 0.893, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.621 std_dev=0.273
O5' B 0, 0.246, 0.521, 0.795, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.521 std_dev=0.274
C5' B 0, 0.152, 0.433, 0.714, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.433 std_dev=0.281
OP1 B 0, 0.443, 0.733, 1.023, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.733 std_dev=0.290
OP1 A 0, 0.306, 0.599, 0.893, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.599 std_dev=0.294
P B 0, 0.329, 0.632, 0.936, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.632 std_dev=0.303
OP2 A 0, 0.297, 0.602, 0.908, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.602 std_dev=0.305
OP2 B 0, 0.333, 0.690, 1.046, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.690 std_dev=0.356

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.08 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.08 0.04 0.10 0.11 0.15 0.13
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.22 0.13
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.21 0.13
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.10 0.11 0.14 0.13
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.13 0.15 0.19 0.17
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.12 0.08 0.05 0.12 0.13 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.13 0.16 0.21 0.18
C8 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.15 0.15 0.16 0.16
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.04 0.12 0.14 0.18 0.16
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.08 0.04 0.08 0.09 0.13 0.11
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.15 0.20 0.24 0.21
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.16 0.19 0.21 0.20
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.10 0.12 0.11
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05 0.10 0.13 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.23 0.29 0.18
O3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.20 0.23 0.13
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.06 0.06
O5' 0.04 0.10 0.05 0.04 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.12 0.08 0.15 0.16 0.10 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.11 0.17 0.19 0.11 0.08 0.15 0.02 0.16 0.15 0.14 0.09 0.20 0.19 0.10 0.23 0.20 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.15 0.22 0.21 0.14 0.09 0.19 0.03 0.21 0.16 0.18 0.13 0.24 0.21 0.12 0.29 0.23 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.13 0.13 0.13 0.13 0.03 0.17 0.00 0.18 0.16 0.16 0.11 0.21 0.20 0.11 0.18 0.13 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.13 0.19 0.19 0.14 0.19 0.17 0.18 0.18 0.17 0.15 0.13 0.13 0.19 0.14 0.24 0.21 0.19 0.18 0.21 0.21 0.16 0.18
C2 0.19 0.16 0.18 0.20 0.14 0.21 0.17 0.23 0.21 0.15 0.17 0.18 0.17 0.19 0.15 0.20 0.20 0.21 0.24 0.25 0.22 0.21 0.22
C2' 0.15 0.12 0.19 0.21 0.13 0.21 0.18 0.20 0.19 0.18 0.15 0.12 0.12 0.22 0.13 0.26 0.24 0.18 0.18 0.22 0.22 0.17 0.19
C3' 0.13 0.12 0.15 0.17 0.14 0.18 0.18 0.18 0.19 0.19 0.15 0.12 0.12 0.22 0.13 0.21 0.21 0.16 0.16 0.23 0.20 0.16 0.17
C4 0.18 0.14 0.19 0.19 0.13 0.20 0.17 0.19 0.19 0.14 0.17 0.14 0.14 0.18 0.12 0.22 0.20 0.20 0.20 0.22 0.20 0.16 0.19
C4' 0.11 0.13 0.13 0.15 0.13 0.16 0.17 0.17 0.18 0.17 0.15 0.13 0.12 0.20 0.12 0.18 0.19 0.15 0.16 0.20 0.18 0.18 0.16
C5 0.15 0.15 0.17 0.19 0.12 0.21 0.16 0.21 0.19 0.11 0.18 0.15 0.14 0.16 0.10 0.22 0.21 0.20 0.20 0.22 0.19 0.17 0.18
C5' 0.11 0.13 0.13 0.15 0.13 0.16 0.16 0.19 0.16 0.18 0.14 0.15 0.13 0.20 0.13 0.18 0.20 0.15 0.17 0.19 0.18 0.21 0.18
C6 0.16 0.16 0.17 0.20 0.11 0.23 0.16 0.24 0.20 0.10 0.18 0.17 0.15 0.15 0.10 0.21 0.21 0.21 0.23 0.23 0.19 0.18 0.20
C8 0.12 0.16 0.17 0.19 0.14 0.19 0.17 0.20 0.18 0.13 0.17 0.16 0.14 0.16 0.11 0.24 0.22 0.18 0.20 0.20 0.19 0.21 0.19
N1 0.18 0.17 0.18 0.20 0.13 0.22 0.16 0.25 0.21 0.13 0.18 0.20 0.18 0.17 0.13 0.20 0.21 0.21 0.25 0.25 0.21 0.22 0.22
N3 0.19 0.14 0.19 0.20 0.14 0.20 0.18 0.20 0.20 0.16 0.16 0.15 0.15 0.20 0.15 0.21 0.20 0.20 0.21 0.24 0.22 0.17 0.20
N6 0.15 0.16 0.16 0.20 0.10 0.24 0.14 0.26 0.19 0.09 0.19 0.18 0.14 0.13 0.09 0.21 0.22 0.20 0.23 0.23 0.20 0.20 0.20
N7 0.11 0.16 0.16 0.19 0.13 0.20 0.16 0.20 0.19 0.11 0.18 0.17 0.14 0.15 0.09 0.23 0.22 0.17 0.20 0.21 0.20 0.21 0.20
N9 0.16 0.14 0.18 0.19 0.14 0.19 0.17 0.19 0.18 0.15 0.16 0.14 0.14 0.18 0.13 0.24 0.21 0.19 0.19 0.21 0.20 0.17 0.18
O2' 0.24 0.13 0.31 0.31 0.15 0.27 0.19 0.25 0.20 0.19 0.16 0.12 0.13 0.23 0.17 0.36 0.33 0.23 0.23 0.24 0.29 0.21 0.25
O3' 0.17 0.14 0.20 0.20 0.15 0.20 0.20 0.20 0.21 0.20 0.17 0.13 0.13 0.23 0.15 0.24 0.24 0.18 0.18 0.25 0.24 0.17 0.19
O4' 0.12 0.14 0.14 0.15 0.13 0.16 0.17 0.17 0.18 0.16 0.16 0.14 0.13 0.19 0.12 0.20 0.18 0.16 0.17 0.21 0.18 0.18 0.17
O5' 0.13 0.14 0.15 0.17 0.15 0.17 0.17 0.19 0.17 0.20 0.15 0.15 0.14 0.20 0.16 0.20 0.22 0.16 0.18 0.19 0.18 0.21 0.18
OP1 0.19 0.18 0.16 0.20 0.19 0.21 0.21 0.23 0.20 0.23 0.19 0.17 0.18 0.23 0.20 0.14 0.23 0.19 0.22 0.21 0.19 0.27 0.22
OP2 0.21 0.21 0.14 0.19 0.21 0.24 0.21 0.26 0.21 0.21 0.21 0.22 0.21 0.21 0.21 0.10 0.21 0.23 0.25 0.21 0.20 0.29 0.23
P 0.17 0.16 0.13 0.17 0.17 0.19 0.19 0.21 0.18 0.20 0.17 0.16 0.16 0.21 0.18 0.11 0.20 0.18 0.20 0.19 0.18 0.26 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.11 0.05 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.16 0.00 0.12 0.22 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.14 0.03 0.07
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.10 0.12 0.09 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.14 0.03 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.13 0.00 0.17 0.17 0.16
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.09 0.10 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.17 0.00 0.24 0.24 0.22
C5' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.14 0.07 0.15 0.16 0.12 0.10 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.03 0.05 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.19 0.00 0.24 0.30 0.24
C8 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.13 0.01 0.26 0.17 0.19
N1 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.18 0.00 0.16 0.29 0.20
N2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.15 0.04 0.15 0.00 0.21 0.22 0.15
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.03 0.13 0.00 0.10 0.15 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.16 0.01 0.29 0.23 0.23
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.18 0.12 0.14
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.14 0.02 0.06
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.06 0.11 0.15 0.10 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.19 0.06 0.10
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04
O5' 0.04 0.16 0.02 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.19 0.13 0.18 0.15 0.13 0.16 0.10 0.02 0.04 0.04 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.20 0.00 0.27 0.33 0.26
OP1 0.11 0.12 0.14 0.14 0.17 0.07 0.24 0.03 0.24 0.26 0.16 0.21 0.10 0.29 0.18 0.14 0.19 0.06 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.22 0.03 0.03 0.17 0.04 0.24 0.05 0.30 0.17 0.29 0.22 0.15 0.23 0.12 0.02 0.06 0.07 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.15 0.07 0.07 0.16 0.03 0.22 0.00 0.24 0.19 0.20 0.15 0.11 0.23 0.14 0.06 0.10 0.04 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00