Doublet Group distance statistics: 53874

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 4, 6, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, -0.002, 0.007, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.007 std_dev=0.009
C5	A	0, -0.004, 0.012, 0.028, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.012 std_dev=0.016
N1	A	0, -0.006, 0.012, 0.030, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.012 std_dev=0.018
C2	A	0, -0.009, 0.010, 0.028, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.010 std_dev=0.018
N3	A	0, -0.009, 0.012, 0.032, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.012 std_dev=0.020
C4	A	0, -0.007, 0.015, 0.036, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.015 std_dev=0.021
C1'	A	0, -0.009, 0.014, 0.037, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.014 std_dev=0.023
N9	A	0, -0.006, 0.018, 0.042, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.018 std_dev=0.024
N7	A	0, -0.005, 0.026, 0.056, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.026 std_dev=0.031
N6	A	0, -0.008, 0.023, 0.054, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.023 std_dev=0.031
C8	A	0, -0.008, 0.029, 0.066, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.029 std_dev=0.037
O3'	A	0, 0.078, 0.268, 0.458, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.268 std_dev=0.190
C8	B	0, 0.275, 0.494, 0.713, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.494 std_dev=0.219
C5	B	0, 0.380, 0.610, 0.840, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.610 std_dev=0.230
C2'	B	0, 0.394, 0.630, 0.866, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.630 std_dev=0.236
N7	B	0, 0.346, 0.582, 0.819, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.582 std_dev=0.237
C4	B	0, 0.294, 0.536, 0.779, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.536 std_dev=0.242
C3'	A	0, 0.045, 0.296, 0.546, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.296 std_dev=0.251
C2	B	0, 0.382, 0.652, 0.922, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.652 std_dev=0.270
N1	B	0, 0.475, 0.753, 1.030, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.753 std_dev=0.278
N9	B	0, 0.217, 0.500, 0.782, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.500 std_dev=0.283
C6	B	0, 0.481, 0.765, 1.048, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.765 std_dev=0.284
N3	B	0, 0.271, 0.570, 0.868, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.570 std_dev=0.298
O5'	A	0, 0.190, 0.501, 0.813, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.501 std_dev=0.312
N2	B	0, 0.377, 0.703, 1.030, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.703 std_dev=0.327
O3'	B	0, 0.454, 0.786, 1.119, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.786 std_dev=0.333
C4'	A	0, -0.002, 0.343, 0.688, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.343 std_dev=0.345
O6	B	0, 0.596, 0.945, 1.294, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.945 std_dev=0.349
C3'	B	0, 0.239, 0.643, 1.048, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.643 std_dev=0.405
C1'	B	0, 0.170, 0.580, 0.989, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.580 std_dev=0.409
O2'	B	0, 0.493, 0.917, 1.342, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.917 std_dev=0.425
P	A	0, 0.281, 0.716, 1.152, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.716 std_dev=0.436
OP1	A	0, 0.492, 0.929, 1.366, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.929 std_dev=0.437
C5'	A	0, 0.146, 0.588, 1.030, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.588 std_dev=0.442
O4'	A	0, -0.169, 0.329, 0.826, 2.291 max_d=2.291 avg_d=0.329 std_dev=0.498
C2'	A	0, -0.168, 0.351, 0.870, 2.410 max_d=2.410 avg_d=0.351 std_dev=0.519
OP2	A	0, 0.314, 0.917, 1.521, 2.922 max_d=2.922 avg_d=0.917 std_dev=0.604
C4'	B	0, -0.243, 0.666, 1.574, 4.339 max_d=4.339 avg_d=0.666 std_dev=0.909
O4'	B	0, -0.246, 0.664, 1.574, 4.365 max_d=4.365 avg_d=0.664 std_dev=0.910
O2'	A	0, -0.384, 0.608, 1.600, 4.586 max_d=4.586 avg_d=0.608 std_dev=0.992
C5'	B	0, -0.778, 0.720, 2.218, 6.866 max_d=6.866 avg_d=0.720 std_dev=1.498
O5'	B	0, -0.810, 0.801, 2.411, 7.410 max_d=7.410 avg_d=0.801 std_dev=1.611
P	B	0, -1.265, 0.937, 3.138, 9.989 max_d=9.989 avg_d=0.937 std_dev=2.201
OP1	B	0, -1.166, 1.171, 3.509, 10.757 max_d=10.757 avg_d=1.171 std_dev=2.337
OP2	B	0, -1.711, 0.879, 3.470, 11.549 max_d=11.549 avg_d=0.879 std_dev=2.591

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.03	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.00	0.10	0.12	0.14	0.05
C2	0.04	0.00	0.10	0.06	0.01	0.09	0.00	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.25	0.16	0.12	0.14	0.10	0.20	0.11
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.07	0.01	0.06	0.07	0.07	0.06	0.09	0.09	0.08	0.06	0.03	0.00	0.05	0.01	0.14	0.27	0.30	0.18
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.03	0.03	0.04	0.04	0.05	0.03	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.27	0.24	0.15
C4	0.02	0.01	0.07	0.03	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.08	0.13	0.06	0.15	0.09	0.19	0.10
C4'	0.01	0.09	0.01	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.05	0.06	0.07	0.08	0.05	0.06	0.03	0.12	0.01	0.00	0.01	0.15	0.19	0.03
C5	0.01	0.00	0.06	0.03	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.11	0.03	0.17	0.11	0.23	0.13
C5'	0.03	0.07	0.07	0.03	0.05	0.00	0.07	0.00	0.07	0.11	0.07	0.07	0.09	0.11	0.06	0.19	0.04	0.03	0.00	0.12	0.20	0.01
C6	0.02	0.01	0.07	0.03	0.01	0.05	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.13	0.06	0.17	0.12	0.24	0.14
C8	0.02	0.00	0.06	0.04	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.25	0.08	0.08	0.18	0.10	0.23	0.12
N1	0.03	0.00	0.09	0.04	0.01	0.07	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.17	0.15	0.10	0.15	0.11	0.22	0.13
N3	0.04	0.00	0.09	0.05	0.00	0.08	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.25	0.15	0.12	0.13	0.10	0.18	0.09
N6	0.01	0.01	0.08	0.03	0.01	0.05	0.01	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.12	0.04	0.18	0.15	0.26	0.16
N7	0.01	0.00	0.06	0.04	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.19	0.09	0.05	0.19	0.13	0.25	0.15
N9	0.00	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.10	0.01	0.15	0.09	0.17	0.09
O2'	0.01	0.25	0.00	0.01	0.08	0.12	0.05	0.19	0.07	0.25	0.17	0.25	0.04	0.19	0.08	0.00	0.22	0.07	0.26	0.27	0.31	0.31
O3'	0.10	0.16	0.05	0.00	0.13	0.01	0.11	0.04	0.13	0.08	0.15	0.15	0.12	0.09	0.10	0.22	0.00	0.05	0.05	0.24	0.23	0.12
O4'	0.00	0.12	0.01	0.01	0.06	0.00	0.03	0.03	0.06	0.08	0.10	0.12	0.04	0.05	0.01	0.07	0.05	0.00	0.09	0.11	0.23	0.07
O5'	0.10	0.14	0.14	0.06	0.15	0.01	0.17	0.00	0.17	0.18	0.15	0.13	0.18	0.19	0.15	0.26	0.05	0.09	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.12	0.10	0.27	0.27	0.09	0.15	0.11	0.12	0.12	0.10	0.11	0.10	0.15	0.13	0.09	0.27	0.24	0.11	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.14	0.20	0.30	0.24	0.19	0.19	0.23	0.20	0.24	0.23	0.22	0.18	0.26	0.25	0.17	0.31	0.23	0.23	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.11	0.18	0.15	0.10	0.03	0.13	0.01	0.14	0.12	0.13	0.09	0.16	0.15	0.09	0.31	0.12	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.33	0.20	0.23	0.24	0.22	0.15	0.17	0.18	0.16	0.21	0.17	0.22	0.24	0.18	0.26	0.25	0.25	0.37	0.36	0.17	0.44	0.59	0.45
C2	0.24	0.22	0.20	0.09	0.21	0.30	0.16	0.31	0.13	0.20	0.16	0.25	0.24	0.18	0.22	0.46	0.19	0.44	0.23	0.15	0.38	0.13	0.18
C2'	0.52	0.32	0.50	0.54	0.38	0.40	0.33	0.54	0.28	0.41	0.28	0.31	0.36	0.33	0.45	0.46	0.50	0.44	0.71	0.25	0.81	0.86	0.78
C3'	0.36	0.21	0.22	0.35	0.23	0.22	0.17	0.53	0.16	0.22	0.17	0.23	0.24	0.17	0.27	0.28	0.27	0.27	0.73	0.15	0.94	0.99	0.86
C4	0.33	0.23	0.21	0.09	0.24	0.35	0.15	0.31	0.13	0.20	0.16	0.25	0.27	0.14	0.27	0.45	0.21	0.56	0.21	0.13	0.27	0.13	0.17
C4'	0.50	0.31	0.35	0.33	0.37	0.26	0.34	0.25	0.30	0.43	0.29	0.31	0.36	0.38	0.43	0.41	0.32	0.45	0.45	0.31	0.66	0.68	0.56
C5	0.35	0.26	0.18	0.10	0.26	0.54	0.17	0.62	0.15	0.20	0.18	0.29	0.32	0.15	0.29	0.53	0.18	0.73	0.54	0.14	0.62	0.48	0.53
C5'	0.59	0.34	0.40	0.32	0.40	0.40	0.35	0.18	0.30	0.46	0.29	0.36	0.40	0.38	0.48	0.53	0.37	0.59	0.26	0.28	0.47	0.38	0.32
C6	0.30	0.28	0.17	0.16	0.26	0.56	0.18	0.73	0.17	0.20	0.19	0.31	0.32	0.17	0.26	0.54	0.15	0.70	0.70	0.17	0.86	0.66	0.71
C8	0.41	0.24	0.20	0.12	0.25	0.50	0.16	0.47	0.14	0.21	0.18	0.27	0.30	0.15	0.30	0.43	0.23	0.73	0.34	0.13	0.32	0.29	0.33
N1	0.25	0.25	0.19	0.14	0.23	0.44	0.18	0.55	0.16	0.20	0.17	0.27	0.27	0.19	0.23	0.51	0.16	0.55	0.51	0.18	0.72	0.39	0.50
N3	0.26	0.21	0.22	0.10	0.21	0.23	0.14	0.17	0.13	0.19	0.16	0.23	0.24	0.15	0.23	0.41	0.21	0.41	0.12	0.13	0.17	0.31	0.15
N6	0.29	0.29	0.14	0.24	0.24	0.68	0.19	0.97	0.19	0.19	0.21	0.35	0.32	0.17	0.24	0.55	0.12	0.76	0.98	0.21	1.19	1.08	1.05
N7	0.39	0.27	0.17	0.11	0.26	0.64	0.17	0.74	0.15	0.20	0.19	0.30	0.33	0.15	0.30	0.51	0.19	0.84	0.64	0.14	0.66	0.64	0.65
N9	0.37	0.22	0.22	0.15	0.24	0.31	0.16	0.21	0.14	0.21	0.17	0.25	0.27	0.15	0.28	0.38	0.24	0.55	0.14	0.13	0.16	0.19	0.14
O2'	0.54	0.44	0.66	0.67	0.56	0.49	0.64	0.76	0.59	0.77	0.50	0.36	0.45	0.75	0.63	0.50	0.58	0.39	0.99	0.62	1.05	1.18	1.06
O3'	0.24	0.17	0.24	0.41	0.16	0.31	0.13	0.74	0.15	0.12	0.15	0.19	0.18	0.12	0.17	0.20	0.29	0.20	0.99	0.16	1.24	1.39	1.19
O4'	0.60	0.38	0.50	0.43	0.47	0.39	0.46	0.24	0.41	0.59	0.37	0.36	0.43	0.52	0.56	0.50	0.42	0.57	0.35	0.42	0.47	0.51	0.42
O5'	0.60	0.37	0.23	0.15	0.39	0.50	0.29	0.30	0.25	0.37	0.29	0.40	0.43	0.28	0.46	0.36	0.19	0.70	0.22	0.20	0.28	0.21	0.21
OP1	0.61	0.38	0.33	0.17	0.43	0.51	0.35	0.27	0.30	0.43	0.32	0.40	0.44	0.35	0.49	0.54	0.31	0.66	0.15	0.25	0.22	0.18	0.16
OP2	0.77	0.45	0.53	0.43	0.54	0.83	0.47	0.67	0.41	0.58	0.40	0.44	0.52	0.49	0.63	0.61	0.48	0.91	0.55	0.36	0.44	0.57	0.59
P	0.69	0.41	0.37	0.27	0.46	0.69	0.37	0.49	0.31	0.46	0.33	0.42	0.48	0.37	0.54	0.50	0.35	0.82	0.33	0.25	0.19	0.32	0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.19	0.01	0.09	0.01	0.11	0.23	0.13
C2	0.02	0.00	0.05	0.30	0.00	0.42	0.00	0.73	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.39	0.11	0.34	0.90	0.00	1.32	0.88	0.97
C2'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.10	0.05	0.03	0.05	0.06	0.05	0.04	0.02	0.00	0.03	0.02	0.13	0.05	0.11	0.23	0.09
C3'	0.01	0.30	0.00	0.00	0.19	0.00	0.16	0.01	0.21	0.05	0.27	0.36	0.27	0.08	0.08	0.01	0.00	0.01	0.11	0.20	0.25	0.12	0.19
C4	0.01	0.00	0.04	0.19	0.00	0.20	0.00	0.31	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.27	0.11	0.17	0.36	0.00	0.64	0.15	0.32
C4'	0.01	0.42	0.01	0.00	0.20	0.00	0.11	0.00	0.19	0.15	0.32	0.53	0.39	0.08	0.03	0.14	0.02	0.00	0.01	0.15	0.06	0.06	0.02
C5	0.01	0.00	0.04	0.16	0.00	0.11	0.00	0.16	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.26	0.09	0.06	0.19	0.01	0.52	0.24	0.18
C5'	0.04	0.73	0.10	0.01	0.31	0.00	0.16	0.00	0.32	0.29	0.56	0.96	0.65	0.18	0.04	0.04	0.12	0.01	0.01	0.25	0.16	0.15	0.01
C6	0.01	0.00	0.05	0.21	0.00	0.19	0.00	0.32	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.32	0.09	0.13	0.38	0.00	0.80	0.22	0.38
C8	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.15	0.00	0.29	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.10	0.17	0.43	0.01	0.26	0.82	0.54
N1	0.02	0.00	0.05	0.27	0.00	0.32	0.01	0.56	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.38	0.10	0.25	0.69	0.00	1.17	0.61	0.75
N2	0.03	0.00	0.06	0.36	0.01	0.53	0.01	0.96	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.40	0.12	0.42	1.18	0.02	1.66	1.36	1.35
N3	0.02	0.00	0.05	0.27	0.00	0.39	0.00	0.65	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.35	0.12	0.35	0.79	0.00	1.07	0.67	0.79
N7	0.01	0.00	0.04	0.08	0.00	0.08	0.00	0.18	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.14	0.09	0.10	0.28	0.01	0.21	0.73	0.41
N9	0.00	0.01	0.02	0.08	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.12	0.12	0.01	0.09	0.01	0.22	0.33	0.16
O2'	0.01	0.39	0.00	0.01	0.27	0.14	0.26	0.04	0.32	0.05	0.38	0.40	0.35	0.14	0.12	0.00	0.03	0.08	0.06	0.31	0.12	0.18	0.04
O3'	0.19	0.11	0.03	0.00	0.11	0.02	0.09	0.12	0.09	0.10	0.10	0.12	0.12	0.09	0.12	0.03	0.00	0.12	0.21	0.09	0.38	0.28	0.34
O4'	0.01	0.34	0.02	0.01	0.17	0.00	0.06	0.01	0.13	0.17	0.25	0.42	0.35	0.10	0.01	0.08	0.12	0.00	0.10	0.09	0.10	0.17	0.17
O5'	0.09	0.90	0.13	0.11	0.36	0.01	0.19	0.01	0.38	0.43	0.69	1.18	0.79	0.28	0.09	0.06	0.21	0.10	0.00	0.29	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.00	0.05	0.20	0.00	0.15	0.01	0.25	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.31	0.09	0.09	0.29	0.00	0.73	0.23	0.29
OP1	0.11	1.32	0.11	0.25	0.64	0.06	0.52	0.16	0.80	0.26	1.17	1.66	1.07	0.21	0.22	0.12	0.38	0.10	0.01	0.73	0.00	0.00	0.00
OP2	0.23	0.88	0.23	0.12	0.15	0.06	0.24	0.15	0.22	0.82	0.61	1.36	0.67	0.73	0.33	0.18	0.28	0.17	0.01	0.23	0.00	0.00	0.00
P	0.13	0.97	0.09	0.19	0.32	0.02	0.18	0.01	0.38	0.54	0.75	1.35	0.79	0.41	0.16	0.04	0.34	0.17	0.00	0.29	0.00	0.00	0.00